seq1 = pF1KB0994.tfa, 1383 bp
seq2 = pF1KB0994/gi568815582f_30085210.tfa (gi568815582f:30085210_30288961), 203752 bp

>pF1KB0994 1383
>gi568815582f:30085210_30288961 (Chr16)

1-198  (100001-100198)   100% ->
199-321  (101389-101511)   100% ->
322-451  (101607-101736)   100% ->
452-636  (101830-102014)   100% ->
637-756  (102173-102292)   100% ->
757-861  (102516-102620)   100% ->
862-1007  (102733-102878)   100% ->
1008-1065  (102983-103040)   100% ->
1066-1281  (103152-103367)   100% ->
1282-1383  (103651-103752)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAGCCGGCAGGTGGTCCGCTCCAGCAAGTTCCGCCACGTGTTTGGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGAGCCGGCAGGTGGTCCGCTCCAGCAAGTTCCGCCACGTGTTTGGACA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GCCGGCCAAGGCCGACCAGTGCTATGAAGATGTGCGCGTCTCACAGACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GCCGGCCAAGGCCGACCAGTGCTATGAAGATGTGCGCGTCTCACAGACCA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CCTGGGACAGTGGCTTCTGTGCTGTCAACCCTAAGTTTGTGGCCCTGATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CCTGGGACAGTGGCTTCTGTGCTGTCAACCCTAAGTTTGTGGCCCTGATC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 TGTGAGGCCAGCGGGGGAGGGGCCTTCCTGGTGCTGCCCCTGGGCAAG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 100151 TGTGAGGCCAGCGGGGGAGGGGCCTTCCTGGTGCTGCCCCTGGGCAAGGT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    199        ACTGGACGTGTGGACAAGAATGCGCCCACGGTCTGTGGCCACA
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 G...TAGACTGGACGTGTGGACAAGAATGCGCCCACGGTCTGTGGCCACA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 CAGCCCCTGTGCTAGACATCGCCTGGTGCCCGCACAATGACAACGTCATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101432 CAGCCCCTGTGCTAGACATCGCCTGGTGCCCGCACAATGACAACGTCATT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 GCCAGTGGCTCCGAGGACTGCACAGTCATG         GTGTGGGAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 101482 GCCAGTGGCTCCGAGGACTGCACAGTCATGGTG...CAGGTGTGGGAGAT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 CCCAGATGGGGGCCTGATGCTGCCCCTGCGGGAGCCCGTCGTCACCCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101618 CCCAGATGGGGGCCTGATGCTGCCCCTGCGGGAGCCCGTCGTCACCCTGG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 AGGGCCACACCAAGCGTGTGGGCATTGTGGCCTGGCACACCACAGCCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101668 AGGGCCACACCAAGCGTGTGGGCATTGTGGCCTGGCACACCACAGCCCAG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 AACGTGCTGCTCAGTGCAG         GTTGTGACAACGTGATCATGGT
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 101718 AACGTGCTGCTCAGTGCAGGTG...CAGGTTGTGACAACGTGATCATGGT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 GTGGGACGTGGGCACTGGGGCGGCCATGCTGACACTGGGCCCAGAGGTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101852 GTGGGACGTGGGCACTGGGGCGGCCATGCTGACACTGGGCCCAGAGGTGC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 ACCCAGACACGATCTACAGTGTGGACTGGAGCCGAGATGGAGGCCTCATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101902 ACCCAGACACGATCTACAGTGTGGACTGGAGCCGAGATGGAGGCCTCATT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 TGTACCTCCTGCCGTGACAAGCGCGTGCGCATCATCGAGCCCCGCAAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101952 TGTACCTCCTGCCGTGACAAGCGCGTGCGCATCATCGAGCCCCGCAAAGG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 CACTGTCGTAGCT         GAGAAGGACCGTCCCCACGAGGGGACCC
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 102002 CACTGTCGTAGCTGTG...CAGGAGAAGGACCGTCCCCACGAGGGGACCC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 GGCCCGTGCGTGCAGTGTTCGTGTCGGAGGGGAAGATCCTGACCACGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102201 GGCCCGTGCGTGCAGTGTTCGTGTCGGAGGGGAAGATCCTGACCACGGGC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 TTCAGCCGCATGAGTGAGCGGCAGGTGGCGCTGTGGGACACA        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 102251 TTCAGCCGCATGAGTGAGCGGCAGGTGGCGCTGTGGGACACAGTG...CA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    757  AAGCACCTGGAGGAGCCGCTGTCCCTGCAGGAGCTGGACACCAGCAGCG
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102515 GAAGCACCTGGAGGAGCCGCTGTCCCTGCAGGAGCTGGACACCAGCAGCG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 GTGTCCTGCTGCCCTTCTTTGACCCTGACACCAACATCGTCTACCTCTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102565 GTGTCCTGCTGCCCTTCTTTGACCCTGACACCAACATCGTCTACCTCTGT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    856 GGCAAG         GGTGACAGCTCAATCCGGTACTTTGAGATCACTTC
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102615 GGCAAGGTG...CAGGGTGACAGCTCAATCCGGTACTTTGAGATCACTTC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 CGAGGCCCCTTTCCTGCACTATCTCTCCATGTTCAGTTCCAAGGAGTCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102768 CGAGGCCCCTTTCCTGCACTATCTCTCCATGTTCAGTTCCAAGGAGTCCC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    947 AGCGGGGCATGGGCTACATGCCCAAACGTGGCCTGGAGGTGAACAAGTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102818 AGCGGGGCATGGGCTACATGCCCAAACGTGGCCTGGAGGTGAACAAGTGT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    997 GAGATCGCCAG         GTTCTACAAGCTGCACGAGCGGAGGTGTGA
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 102868 GAGATCGCCAGGTG...CAGGTTCTACAAGCTGCACGAGCGGAGGTGTGA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1038 GCCCATTGCCATGACAGTGCCTCGAAAG         TCGGACCTGTTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 103013 GCCCATTGCCATGACAGTGCCTCGAAAGGTG...CAGTCGGACCTGTTCC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1079 AGGAGGACCTGTACCCACCCACCGCAGGGCCCGACCCTGCCCTCACGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103165 AGGAGGACCTGTACCCACCCACCGCAGGGCCCGACCCTGCCCTCACGGCT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1129 GAGGAGTGGCTGGGGGGTCGGGATGCTGGGCCCCTCCTCATCTCCCTCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103215 GAGGAGTGGCTGGGGGGTCGGGATGCTGGGCCCCTCCTCATCTCCCTCAA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1179 GGATGGCTACGTACCCCCAAAGAGCCGGGAGCTGAGGGTCAACCGGGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103265 GGATGGCTACGTACCCCCAAAGAGCCGGGAGCTGAGGGTCAACCGGGGCC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1229 TGGACACCGGGCGCAGGAGGGCAGCACCAGAGGCCAGTGGCACTCCCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103315 TGGACACCGGGCGCAGGAGGGCAGCACCAGAGGCCAGTGGCACTCCCAGC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1279 TCG         GATGCCGTGTCTCGGCTGGAGGAGGAGATGCGGAAGCT
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103365 TCGGTG...CAGGATGCCGTGTCTCGGCTGGAGGAGGAGATGCGGAAGCT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1320 CCAGGCCACGGTGCAGGAGCTCCAGAAGCGCTTGGACAGGCTGGAGGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103689 CCAGGCCACGGTGCAGGAGCTCCAGAAGCGCTTGGACAGGCTGGAGGAGA

   1450     .    :
   1370 CAGTCCAGGCCAAG
        ||||||||||||||
 103739 CAGTCCAGGCCAAG