seq1 = pF1KB0987.tfa, 774 bp
seq2 = pF1KB0987/gi568815592f_30037037.tfa (gi568815592f:30037037_30247809), 210773 bp

>pF1KB0987 774
>gi568815592f:30037037_30247809 (Chr6)

1-345  (100001-100345)   100% ->
346-441  (108958-109053)   100% ->
442-666  (109949-110173)   100% ->
667-689  (110484-110506)   100% ->
690-774  (110689-110773)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGATCCCTTTGCAGAAGGACAACCAGGAGGAGGGTGTCTGCCCCATCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGATCCCTTTGCAGAAGGACAACCAGGAGGAGGGTGTCTGCCCCATCTG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CCAGGAGAGCCTGAAGGAGGCCGTGAGCACCAACTGCGGACATCTCTTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CCAGGAGAGCCTGAAGGAGGCCGTGAGCACCAACTGCGGACATCTCTTCT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GTCGAGTGTGCCTGACACAGCATGTGGAGAAGGCCTCAGCCTCTGGGGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 GTCGAGTGTGCCTGACACAGCATGTGGAGAAGGCCTCAGCCTCTGGGGTC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 TTCTGCTGCCCCCTCTGCCGGAAGCCCTGTTCTGAGGAGGTGCTAGGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 TTCTGCTGCCCCCTCTGCCGGAAGCCCTGTTCTGAGGAGGTGCTAGGGAC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 AGGCTATATCTGCCCCAACCACCAGAAGAGGGTGTGCAGGTTCTGTGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 AGGCTATATCTGCCCCAACCACCAGAAGAGGGTGTGCAGGTTCTGTGAGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 AGAGCAGACTTCTTCTATGTGTGGAATGCCTGGTGTCCCCTGAACACATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 AGAGCAGACTTCTTCTATGTGTGGAATGCCTGGTGTCCCCTGAACACATG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 TCTCATCATGAACTGACCATTGAAAATGCCCTCAGCCACTACAAG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 100301 TCTCATCATGAACTGACCATTGAAAATGCCCTCAGCCACTACAAGGTA..

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    346     GAACGACTCAATCGCCGGAGCAGGAAGCTCAGAAAGGACATTGCAG
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 .TAGGAACGACTCAATCGCCGGAGCAGGAAGCTCAGAAAGGACATTGCAG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 AACTTCAGCGGCTCAAGGCTCAGCAGGAGAAGAAACTGCAGGCTCTGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109004 AACTTCAGCGGCTCAAGGCTCAGCAGGAGAAGAAACTGCAGGCTCTGCAG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442          TTTCAGGTAGACCACGGGAACCACAGGCTGGAGGCTGGGCC
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109054 GTG...TAGTTTCAGGTAGACCACGGGAACCACAGGCTGGAGGCTGGGCC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 GGAGAGCCAGCACCAAACCAGGGAACAGCTGGGTGCCCTCCCTCAGCAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109990 GGAGAGCCAGCACCAAACCAGGGAACAGCTGGGTGCCCTCCCTCAGCAGT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 GGCTGGGCCAGCTGGAGCACATGCCAGCAGAAGCGGCCAGAATCCTTGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110040 GGCTGGGCCAGCTGGAGCACATGCCAGCAGAAGCGGCCAGAATCCTTGAC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    583 ATCTCCAGGGCAGTAACACAGCTCAGAAGCCTGGTCATTGATCTGGAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110090 ATCTCCAGGGCAGTAACACAGCTCAGAAGCCTGGTCATTGATCTGGAAAG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    633 GACGGCCAAGGAATTAGACACCAACACACTGAAG         AATGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 110140 GACGGCCAAGGAATTAGACACCAACACACTGAAGGTG...TAGAATGCTG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    674 GTGACTTACTGAACAG         GAGTGCTCCACAGAAATTAGAGGTT
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 110491 GTGACTTACTGAACAGGTA...TAGGAGTGCTCCACAGAAATTAGAGGTT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 ATTTATCCCCAGTTGGAGAAAGGAGTCAGTGAATTGCTTCTTCAGCCCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110714 ATTTATCCCCAGTTGGAGAAAGGAGTCAGTGAATTGCTTCTTCAGCCCCC

    800     .    :
    765 TCAGAAGCTC
        ||||||||||
 110764 TCAGAAGCTC