seq1 = pF1KB0983.tfa, 720 bp
seq2 = pF1KB0983/gi568815583f_24875357.tfa (gi568815583f:24875357_25078320), 202964 bp

>pF1KB0983 720
>gi568815583f:24875357_25078320 (Chr15)

1-155  (100000-100153)   99% ->
156-267  (100949-101060)   100% ->
268-420  (101521-101673)   100% ->
421-559  (102422-102560)   100% ->
560-685  (102837-102962)   100% ->
686-720  (103051-103085)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGACTGTTGGCAAGAGTAGCAAGATGCTGCAGCACATTGACTATAGAAT
        |-||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100000 A GACTGTTGGCAAGAGTAGCAAGATGCTGCAGCACATTGACTATAGAAT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GAGATGTATCCTGCAAGATGGCCGAATCTTCATTGGCACCTTTAAGGCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100049 GAGATGTATCCTGCAAGATGGCCGAATCTTCATTGGCACCTTTAAGGCTT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TTGACAAGCATATGAATTTGATCCTCTGTGATTGTGATGAGTTCAGAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100099 TTGACAAGCATATGAATTTGATCCTCTGTGATTGTGATGAGTTCAGAAAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 ATCAA         GCCAAAGAATGCGAAGCAACCAGAGCGTGAAGAAAA
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100149 ATCAAGTA...TAGGCCAAAGAATGCGAAGCAACCAGAGCGTGAAGAAAA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GCGGGTTTTGGGTCTGGTGTTGCTGCGTGGGGAGAACTTGGTATCCATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100985 GCGGGTTTTGGGTCTGGTGTTGCTGCGTGGGGAGAACTTGGTATCCATGA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 CTGTGGAGGGGCCACCCCCCAAAGAT         ACTGGCATTGCTCGG
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 101035 CTGTGGAGGGGCCACCCCCCAAAGATGTA...CAGACTGGCATTGCTCGG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 GTACCACTTGCTGGAGCTGCTGGAGGCCCTGGGGTTGGTAGGGCAGCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101536 GTACCACTTGCTGGAGCTGCTGGAGGCCCTGGGGTTGGTAGGGCAGCTGG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 TAGAGGAGTACCAGCTGGTGTGCCAATTCCCCAGGCCCCTGCTGGATTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101586 TAGAGGAGTACCAGCTGGTGTGCCAATTCCCCAGGCCCCTGCTGGATTGG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 CAGGCCCTGTCCGAGGAGTTGGGGGACCATCCCAGCAG         GTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 101636 CAGGCCCTGTCCGAGGAGTTGGGGGACCATCCCAGCAGGTG...CAGGTA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 ATGACTCCACAGGGAAGAGGCACTGTAGCAGCTGCTGCTGTTGCTGCGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102425 ATGACTCCACAGGGAAGAGGCACTGTAGCAGCTGCTGCTGTTGCTGCGAC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 TGCCAGTATTGCTGGAGCCCCAACACAGTACCCACCAGGACGGGGCACTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102475 TGCCAGTATTGCTGGAGCCCCAACACAGTACCCACCAGGACGGGGCACTC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 CGCCCCCACCCGTCGGCAGAGCAACCCCACCTCCAG         GCATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 102525 CGCCCCCACCCGTCGGCAGAGCAACCCCACCTCCAGGTA...TAGGCATT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 ATGGCTCCTCCACCTGGTATGAGACCACCCATGGGCCCACCAATTGGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102842 ATGGCTCCTCCACCTGGTATGAGACCACCCATGGGCCCACCAATTGGGCT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 TCCCCCTGCTCGAGGGACGCCAATAGGCATGCCGCCTCCGGGAATGAGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102892 TCCCCCTGCTCGAGGGACGCCAATAGGCATGCCGCCTCCGGGAATGAGAC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 CCCCTCCACCAGGCATTAGAG         GTCCACCTCCCCCAGGAATG
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 102942 CCCCTCCACCAGGCATTAGAGGTG...CAGGTCCACCTCCCCCAGGAATG

    750     .    :    .
    706 CGTCCACCAAGACCT
        |||||||||||||||
 103071 CGTCCACCAAGACCT