seq1 = pF1KB0980.tfa, 1350 bp
seq2 = pF1KB0980/gi568815596r_113118536.tfa (gi568815596r:113118536_113346920), 228385 bp

>pF1KB0980 1350
>gi568815596r:113118536_113346920 (Chr2)

(complement)

1-25  (68527-68551)   100% ->
26-191  (100002-100167)   100% ->
192-389  (102297-102494)   100% ->
390-478  (104143-104231)   100% ->
479-601  (104791-104913)   100% ->
602-777  (105195-105370)   100% ->
778-898  (110200-110320)   100% ->
899-1087  (111339-111527)   100% ->
1088-1189  (119665-119766)   100% ->
1190-1276  (126743-126829)   100% ->
1277-1350  (128312-128385)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCCTCACAACTCCATCAGATCTG         GCCATGGAGGGCTGAA
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
  68527 ATGCCTCACAACTCCATCAGATCTGGTA...TAGGCCATGGAGGGCTGAA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 CCAGCTGGGAGGGGCCTTTGTGAATGGCAGACCTCTGCCGGAAGTGGTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100018 CCAGCTGGGAGGGGCCTTTGTGAATGGCAGACCTCTGCCGGAAGTGGTCC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 GCCAGCGCATCGTAGACCTGGCCCACCAGGGTGTAAGGCCCTGCGACATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100068 GCCAGCGCATCGTAGACCTGGCCCACCAGGGTGTAAGGCCCTGCGACATC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 TCTCGCCAGCTCCGCGTCAGCCATGGCTGCGTCAGCAAGATCCTTGGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100118 TCTCGCCAGCTCCGCGTCAGCCATGGCTGCGTCAGCAAGATCCTTGGCAG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192          GTACTACGAGACTGGCAGCATCCGGCCTGGAGTGATAGGGG
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100168 GTA...TAGGTACTACGAGACTGGCAGCATCCGGCCTGGAGTGATAGGGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 GCTCCAAGCCCAAGGTGGCCACCCCCAAGGTGGTGGAGAAGATTGGGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102338 GCTCCAAGCCCAAGGTGGCCACCCCCAAGGTGGTGGAGAAGATTGGGGAC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 TACAAACGCCAGAACCCTACCATGTTTGCCTGGGAGATCCGAGACCGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102388 TACAAACGCCAGAACCCTACCATGTTTGCCTGGGAGATCCGAGACCGGCT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 CCTGGCTGAGGGCGTCTGTGACAATGACACTGTGCCCAGTGTCAGCTCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102438 CCTGGCTGAGGGCGTCTGTGACAATGACACTGTGCCCAGTGTCAGCTCCA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 TTAATAG         AATCATCCGGACCAAAGTGCAGCAACCATTCAAC
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102488 TTAATAGGTA...CAGAATCATCCGGACCAAAGTGCAGCAACCATTCAAC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 CTCCCTATGGACAGCTGCGTGGCCACCAAGTCCCTGAGTCCCGGACACAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104177 CTCCCTATGGACAGCTGCGTGGCCACCAAGTCCCTGAGTCCCGGACACAC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 GCTGA         TCCCCAGCTCAGCTGTAACTCCCCCGGAGTCACCCC
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104227 GCTGAGTG...CAGTCCCCAGCTCAGCTGTAACTCCCCCGGAGTCACCCC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 AGTCGGATTCCCTGGGCTCCACCTACTCCATCAATGGGCTCCTGGGCATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104827 AGTCGGATTCCCTGGGCTCCACCTACTCCATCAATGGGCTCCTGGGCATC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 GCTCAGCCTGGCAGCGACAAGAGGAAAATGGATGACA         GTGA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 104877 GCTCAGCCTGGCAGCGACAAGAGGAAAATGGATGACAGTG...CAGGTGA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 TCAGGATAGCTGCCGACTAAGCATTGACTCACAGAGCAGCAGCAGCGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105199 TCAGGATAGCTGCCGACTAAGCATTGACTCACAGAGCAGCAGCAGCGGAC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 CCCGAAAGCACCTTCGCACGGATGCCTTCAGCCAGCACCACCTCGAGCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105249 CCCGAAAGCACCTTCGCACGGATGCCTTCAGCCAGCACCACCTCGAGCCG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 CTCGAGTGCCCATTTGAGCGGCAGCACTACCCAGAGGCCTATGCCTCCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105299 CTCGAGTGCCCATTTGAGCGGCAGCACTACCCAGAGGCCTATGCCTCCCC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 CAGCCACACCAAAGGCGAGCAG         GGCCTCTACCCGCTGCCCT
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 105349 CAGCCACACCAAAGGCGAGCAGGTG...CAGGGCCTCTACCCGCTGCCCT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 TGCTCAACAGCACCCTGGACGACGGGAAGGCCACCCTGACCCCTTCCAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110219 TGCTCAACAGCACCCTGGACGACGGGAAGGCCACCCTGACCCCTTCCAAC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 ACGCCACTGGGGCGCAACCTCTCGACTCACCAGACCTACCCCGTGGTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110269 ACGCCACTGGGGCGCAACCTCTCGACTCACCAGACCTACCCCGTGGTGGC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 AG         ATCCTCACTCACCCTTCGCCATAAAGCAGGAAACCCCCG
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110319 AGGTA...CAGATCCTCACTCACCCTTCGCCATAAAGCAGGAAACCCCCG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 AGGTGTCCAGTTCTAGCTCCACCCCTTCCTCTTTATCTAGCTCCGCCTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111378 AGGTGTCCAGTTCTAGCTCCACCCCTTCCTCTTTATCTAGCTCCGCCTTT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 TTGGATCTGCAGCAAGTCGGCTCCGGGGTCCCGCCCTTCAATGCCTTTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111428 TTGGATCTGCAGCAAGTCGGCTCCGGGGTCCCGCCCTTCAATGCCTTTCC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1038 CCATGCTGCCTCCGTGTACGGGCAGTTCACGGGCCAGGCCCTCCTCTCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111478 CCATGCTGCCTCCGTGTACGGGCAGTTCACGGGCCAGGCCCTCCTCTCAG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1088          GGCGAGAGATGGTGGGGCCCACGCTGCCCGGATACCCACCC
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111528 GTA...CAGGGCGAGAGATGGTGGGGCCCACGCTGCCCGGATACCCACCC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1129 CACATCCCCACCAGCGGACAGGGCAGCTATGCCTCCTCTGCCATCGCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119706 CACATCCCCACCAGCGGACAGGGCAGCTATGCCTCCTCTGCCATCGCAGG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1179 CATGGTGGCAG         GAAGTGAATACTCTGGCAATGCCTATGGCC
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 119756 CATGGTGGCAGGTA...CAGGAAGTGAATACTCTGGCAATGCCTATGGCC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1220 ACACCCCCTACTCCTCCTACAGCGAGGCCTGGCGCTTCCCCAACTCCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126773 ACACCCCCTACTCCTCCTACAGCGAGGCCTGGCGCTTCCCCAACTCCAGC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1270 TTGCTGA         GTTCCCCATATTATTACAGTTCCACATCAAGGCC
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126823 TTGCTGAGTA...CAGGTTCCCCATATTATTACAGTTCCACATCAAGGCC

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :
   1311 GAGTGCACCGCCCACCACTGCCACGGCCTTTGACCATCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128346 GAGTGCACCGCCCACCACTGCCACGGCCTTTGACCATCTG