seq1 = pF1KB0974.tfa, 1311 bp
seq2 = pF1KB0974/gi568815579f_43253715.tfa (gi568815579f:43253715_43462317), 208603 bp

>pF1KB0974 1311
>gi568815579f:43253715_43462317 (Chr19)

1-52  (100001-100052)   100% ->
53-193  (100139-100279)   100% ->
194-379  (100493-100678)   100% ->
380-502  (101947-102069)   100% ->
503-619  (102278-102394)   97% ->
620-760  (106551-106691)   99% ->
761-946  (107429-107614)   100% ->
947-1081  (107731-107865)   100% ->
1082-1311  (108374-108603)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAGCGCGGTATTACTGCTGGCCCTCCTGGGGTTCATCCTCCCACTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGAGCGCGGTATTACTGCTGGCCCTCCTGGGGTTCATCCTCCCACTGCC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 AG         GAGTGCAGGCGCTGCTCTGCCAGTTTGGGACAGTTCAGC
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 AGGTG...CAGGAGTGCAGGCGCTGCTCTGCCAGTTTGGGACAGTTCAGC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 ATGTGTGGAAGGTGTCCGACCTGCCCCGGCAATGGACCCCTAAGAACACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100178 ATGTGTGGAAGGTGTCCGACCTGCCCCGGCAATGGACCCCTAAGAACACC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 AGCTGCGACAGCGGCTTGGGGTGCCAGGACACGTTGATGCTCATTGAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100228 AGCTGCGACAGCGGCTTGGGGTGCCAGGACACGTTGATGCTCATTGAGAG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CG         GACCCCAAGTGAGCCTGGTGCTCTCCAAGGGCTGCACGG
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100278 CGGTG...CAGGACCCCAAGTGAGCCTGGTGCTCTCCAAGGGCTGCACGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 AGGCCAAGGACCAGGAGCCCCGCGTCACTGAGCACCGGATGGGCCCCGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100532 AGGCCAAGGACCAGGAGCCCCGCGTCACTGAGCACCGGATGGGCCCCGGC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 CTCTCCCTGATCTCCTACACCTTCGTGTGCCGCCAGGAGGACTTCTGCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100582 CTCTCCCTGATCTCCTACACCTTCGTGTGCCGCCAGGAGGACTTCTGCAA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 CAACCTCGTTAACTCCCTCCCGCTTTGGGCCCCACAGCCCCCAGCAG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 100632 CAACCTCGTTAACTCCCTCCCGCTTTGGGCCCCACAGCCCCCAGCAGGTG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    380       ACCCAGGATCCTTGAGGTGCCCAGTCTGCTTGTCTATGGAAGGC
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100682 ...TAGACCCAGGATCCTTGAGGTGCCCAGTCTGCTTGTCTATGGAAGGC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 TGTCTGGAGGGGACAACAGAAGAGATCTGCCCCAAGGGGACCACACACTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101991 TGTCTGGAGGGGACAACAGAAGAGATCTGCCCCAAGGGGACCACACACTG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 TTATGATGGCCTCCTCAGGCTCAGGGGAG         GAGGCATCTTCT
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 102041 TTATGATGGCCTCCTCAGGCTCAGGGGAGGTA...CAGGAGGCATCTTCT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 CCAATCTGAGAGTCCAGGGATGCATGCCCCAGCCAGGTTGCAACCTGCTC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
 102290 CCAATCTGAGAGTCCAGGGATGCATGCCCCAGCCAGTTTGCAACCTGCTC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 AATGGGACACAGGAAATTGGGCCCGTGGGTATGACTGAGAACTGCAATAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| 
 102340 AATGGGACACAGGAAATTGGGCCCGTGGGTATGACTGAGAACTGCGATAT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 GAAAG         ATTTTCTGACCTGTCATCGGGGGACCACCATTATGA
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102390 GAAAGGTG...CAGATTTTCTGACCTGTCATCGGGGGACCACCATTATGA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 CACACGGAAACTTGGCTCAAGAACCCACTGATTGGACCACATCGAATACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106587 CACACGGAAACTTGGCTCAAGAACCCACTGATTGGACCACATCGAATACC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 GAGATGTGCGAGGTGGGGCAGGTGTGTCAGGAGACGCTGCTGCTCATAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
 106637 GAGATGTGCGAGGTGGGGCAGGTGTGTCAGGAGACGCTGCTGCTCCTAGA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 TGTAG         GACTCACATCAACCCTGGTGGGGACAAAAGGCTGCA
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106687 TGTAGGTA...CAGGACTCACATCAACCCTGGTGGGGACAAAAGGCTGCA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 GCACTGTTGGGGCTCAAAATTCCCAGAAGACCACCATCCACTCAGCCCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107465 GCACTGTTGGGGCTCAAAATTCCCAGAAGACCACCATCCACTCAGCCCCT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 CCTGGGGTGCTTGTGGCCTCCTATACCCACTTCTGCTCCTCGGACCTGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107515 CCTGGGGTGCTTGTGGCCTCCTATACCCACTTCTGCTCCTCGGACCTGTG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 CAATAGTGCCAGCAGCAGCAGCGTTCTGCTGAACTCCCTCCCTCCTCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107565 CAATAGTGCCAGCAGCAGCAGCGTTCTGCTGAACTCCCTCCCTCCTCAAG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    947          CTGCCCCTGTCCCAGGAGACCGGCAGTGTCCTACCTGTGTG
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107615 GTA...CAGCTGCCCCTGTCCCAGGAGACCGGCAGTGTCCTACCTGTGTG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 CAGCCCCTTGGAACCTGTTCAAGTGGCTCCCCCCGAATGACCTGCCCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107772 CAGCCCCTTGGAACCTGTTCAAGTGGCTCCCCCCGAATGACCTGCCCCAG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1038 GGGCGCCACTCATTGTTATGATGGGTACATTCATCTCTCAGGAG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 107822 GGGCGCCACTCATTGTTATGATGGGTACATTCATCTCTCAGGAGGTG...

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1082    GTGGGCTGTCCACCAAAATGAGCATTCAGGGCTGCGTGGCCCAACCT
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108371 TAGGTGGGCTGTCCACCAAAATGAGCATTCAGGGCTGCGTGGCCCAACCT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1129 TCCAGCTTCTTGTTGAACCACACCAGACAAATCGGGATCTTCTCTGCGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108421 TCCAGCTTCTTGTTGAACCACACCAGACAAATCGGGATCTTCTCTGCGCG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1179 TGAGAAGCGTGATGTGCAGCCTCCTGCCTCTCAGCATGAGGGAGGTGGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108471 TGAGAAGCGTGATGTGCAGCCTCCTGCCTCTCAGCATGAGGGAGGTGGGG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1229 CTGAGGGCCTGGAGTCTCTCACTTGGGGGGTGGGGCTGGCACTGGCCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108521 CTGAGGGCCTGGAGTCTCTCACTTGGGGGGTGGGGCTGGCACTGGCCCCA

   1350     .    :    .    :    .    :
   1279 GCGCTGTGGTGGGGAGTGGTTTGCCCTTCCTGC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||
 108571 GCGCTGTGGTGGGGAGTGGTTTGCCCTTCCTGC