seq1 = pF1KB0971.tfa, 627 bp
seq2 = pF1KB0971/gi568815597f_26311383.tfa (gi568815597f:26311383_26526455), 215073 bp

>pF1KB0971 627
>gi568815597f:26311383_26526455 (Chr1)

1-31  (99510-99540)   100% ->
32-228  (100004-100200)   100% ->
229-413  (113921-114105)   100% ->
414-627  (114860-115073)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGGCTCCGTGTCCAACCAGCAGTTTGCAG         GTGGCTGCGC
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
  99510 ATGGGCTCCGTGTCCAACCAGCAGTTTGCAGGTT...CAGGTGGCTGCGC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 CAAGGCGGCAGAAGAGGCGCCCGAGGAGGCGCCGGAGGACGCGGCCCGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100014 CAAGGCGGCAGAAGAGGCGCCCGAGGAGGCGCCGGAGGACGCGGCCCGGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 CGGCGGACGAGCCTCAGCTGCTGCACGGTGCGGGCATCTGTAAGTGGTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100064 CGGCGGACGAGCCTCAGCTGCTGCACGGTGCGGGCATCTGTAAGTGGTTC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 AACGTGCGCATGGGGTTCGGCTTCCTGTCCATGACCGCCCGCGCCGGGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100114 AACGTGCGCATGGGGTTCGGCTTCCTGTCCATGACCGCCCGCGCCGGGGT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CGCGCTCGACCCCCCAGTGGATGTCTTTGTGCACCAG         AGTA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 100164 CGCGCTCGACCCCCCAGTGGATGTCTTTGTGCACCAGGTG...CAGAGTA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 AGCTGCACATGGAAGGGTTCCGGAGCTTGAAGGAGGGTGAGGCAGTGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113925 AGCTGCACATGGAAGGGTTCCGGAGCTTGAAGGAGGGTGAGGCAGTGGAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 TTCACCTTTAAGAAGTCAGCCAAGGGTCTGGAATCCATCCGTGTCACCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113975 TTCACCTTTAAGAAGTCAGCCAAGGGTCTGGAATCCATCCGTGTCACCGG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 ACCTGGTGGAGTATTCTGTATTGGGAGTGAGAGGCGGCCAAAAGGAAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114025 ACCTGGTGGAGTATTCTGTATTGGGAGTGAGAGGCGGCCAAAAGGAAAGA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 GCATGCAGAAGCGCAGATCAAAAGGAGACAG         GTGCTACAAC
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 114075 GCATGCAGAAGCGCAGATCAAAAGGAGACAGGTA...TAGGTGCTACAAC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 TGTGGAGGTCTAGATCATCATGCCAAGGAATGCAAGCTGCCACCCCAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114870 TGTGGAGGTCTAGATCATCATGCCAAGGAATGCAAGCTGCCACCCCAGCC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 CAAGAAGTGCCACTTCTGCCAGAGCATCAGCCATATGGTAGCCTCATGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114920 CAAGAAGTGCCACTTCTGCCAGAGCATCAGCCATATGGTAGCCTCATGTC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 CGCTGAAGGCCCAGCAGGGCCCTAGTGCACAGGGAAAGCCAACCTACTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114970 CGCTGAAGGCCCAGCAGGGCCCTAGTGCACAGGGAAAGCCAACCTACTTT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 CGAGAGGAAGAAGAAGAAATCCACAGCCCTACCCTGCTCCCGGAGGCACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115020 CGAGAGGAAGAAGAAGAAATCCACAGCCCTACCCTGCTCCCGGAGGCACA

    650 
    624 GAAT
        ||||
 115070 GAAT