seq1 = pF1KB0968.tfa, 1293 bp
seq2 = pF1KB0968/gi568815586r_53228149.tfa (gi568815586r:53228149_53429422), 201274 bp

>pF1KB0968 1293
>gi568815586r:53228149_53429422 (Chr12)

(complement)

1-21  (93777-93797)   100% ->
22-1293  (100003-101274)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCGTCCTCCCTGCTTGAG         GAGGAAGTTCACTATGGCTC
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
  93777 ATGGCGTCCTCCCTGCTTGAGGTA...CAGGAGGAAGTTCACTATGGCTC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 CAGTCCCCTGGCCATGCTGACGGCAGCGTGCAGCAAATTTGGTGGCTCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100023 CAGTCCCCTGGCCATGCTGACGGCAGCGTGCAGCAAATTTGGTGGCTCTA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 GCCCTCTGCGGGACTCAACAACTCTGGGCAAAGCAGGCACAAAGAAGCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100073 GCCCTCTGCGGGACTCAACAACTCTGGGCAAAGCAGGCACAAAGAAGCCG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 TACTCTGTGGGCAGTGACCTTTCAGCCTCCAAAACCATGGGGGATGCTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100123 TACTCTGTGGGCAGTGACCTTTCAGCCTCCAAAACCATGGGGGATGCTTA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 TCCAGCCCCCTTTACAAGCACTAATGGGCTCCTTTCACCTGCAGGCAGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100173 TCCAGCCCCCTTTACAAGCACTAATGGGCTCCTTTCACCTGCAGGCAGTC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 CTCCAGCACCCACCTCAGGCTATGCTAATGATTACCCTCCCTTTTCCCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100223 CTCCAGCACCCACCTCAGGCTATGCTAATGATTACCCTCCCTTTTCCCAC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 TCATTCCCTGGGCCCACAGGCACCCAGGACCCTGGGCTACTAGTGCCCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100273 TCATTCCCTGGGCCCACAGGCACCCAGGACCCTGGGCTACTAGTGCCCAA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 GGGGCACAGCTCTTCTGACTGTCTGCCCAGTGTCTACACCTCTCTGGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100323 GGGGCACAGCTCTTCTGACTGTCTGCCCAGTGTCTACACCTCTCTGGACA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 TGACACACCCCTATGGCTCCTGGTACAAGGCAGGCATCCATGCAGGCATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100373 TGACACACCCCTATGGCTCCTGGTACAAGGCAGGCATCCATGCAGGCATT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 TCACCAGGCCCAGGCAACACTCCTACTCCATGGTGGGATATGCACCCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100423 TCACCAGGCCCAGGCAACACTCCTACTCCATGGTGGGATATGCACCCTGG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 AGGCAACTGGCTAGGTGGTGGGCAGGGCCAGGGTGATGGGCTGCAAGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100473 AGGCAACTGGCTAGGTGGTGGGCAGGGCCAGGGTGATGGGCTGCAAGGGA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    542 CACTGCCCACAGGTCCAGCTCAGCCTCCACTGAACCCCCAGCTGCCCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100523 CACTGCCCACAGGTCCAGCTCAGCCTCCACTGAACCCCCAGCTGCCCACC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    592 TACCCATCTGACTTTGCTCCCCTTAATCCAGCCCCCTACCCAGCTCCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100573 TACCCATCTGACTTTGCTCCCCTTAATCCAGCCCCCTACCCAGCTCCCCA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    642 CCTCTTGCAACCAGGGCCCCAGCATGTCTTGCCCCAAGATGTCTATAAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100623 CCTCTTGCAACCAGGGCCCCAGCATGTCTTGCCCCAAGATGTCTATAAAC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    692 CCAAGGCAGTGGGAAATAGTGGGCAGCTAGAAGGGAGTGGTGGAGCCAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100673 CCAAGGCAGTGGGAAATAGTGGGCAGCTAGAAGGGAGTGGTGGAGCCAAA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    742 CCCCCACGGGGTGCAAGCACTGGGGGTAGTGGTGGATATGGGGGCAGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100723 CCCCCACGGGGTGCAAGCACTGGGGGTAGTGGTGGATATGGGGGCAGTGG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    792 GGCAGGGCGCTCCTCCTGCGACTGCCCTAATTGCCAGGAGCTAGAGCGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100773 GGCAGGGCGCTCCTCCTGCGACTGCCCTAATTGCCAGGAGCTAGAGCGGC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    842 TGGGAGCAGCAGCGGCTGGGCTGCGGAAGAAGCCCATCCACAGCTGCCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100823 TGGGAGCAGCAGCGGCTGGGCTGCGGAAGAAGCCCATCCACAGCTGCCAC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    892 ATCCCTGGCTGCGGCAAGGTGTATGGCAAGGCTTCGCACCTGAAGGCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100873 ATCCCTGGCTGCGGCAAGGTGTATGGCAAGGCTTCGCACCTGAAGGCCCA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    942 CTTGCGCTGGCACACAGGCGAGAGGCCCTTCGTCTGCAACTGGCTCTTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100923 CTTGCGCTGGCACACAGGCGAGAGGCCCTTCGTCTGCAACTGGCTCTTCT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    992 GCGGCAAGAGGTTCACTCGTTCGGATGAGCTGGAGCGTCATGTGCGCACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100973 GCGGCAAGAGGTTCACTCGTTCGGATGAGCTGGAGCGTCATGTGCGCACT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1042 CACACCCGGGAGAAGAAGTTCACCTGCCTGCTCTGCTCCAAGCGCTTTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101023 CACACCCGGGAGAAGAAGTTCACCTGCCTGCTCTGCTCCAAGCGCTTTAC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1092 CCGAAGTGACCACCTGAGCAAACACCAGCGCACCCACGGAGAACCAGGCC
        |||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
 101073 CCGAAGCGACCACCTGAGCAAACACCAGCGCACCCATGGAGAACCAGGCC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1142 CGGGTCCCCCTCCCAGTGGCCCCAAGGAGCTGGGGGAGGGCCGCAGCACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101123 CGGGTCCCCCTCCCAGTGGCCCCAAGGAGCTGGGGGAGGGCCGCAGCACG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1192 GGGGAAGAGGAGGCCAGTCAGACGCCCCGACCTTCTGCCTCGCCAGCAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101173 GGGGAAGAGGAGGCCAGTCAGACGCCCCGACCTTCTGCCTCGCCAGCAAC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1242 CCCAGAGAAAGCCCCTGGAGGCAGCCCTGAGCAGAGCAACTTGCTGGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101223 CCCAGAGAAAGCCCCTGGAGGCAGCCCTGAGCAGAGCAACTTGCTGGAGA

   1300 
   1292 TC
        ||
 101273 TC