seq1 = pF1KB0960.tfa, 1275 bp
seq2 = pF1KB0960/gi568815581r_38702095.tfa (gi568815581r:38702095_38921074), 218980 bp

>pF1KB0960 1275
>gi568815581r:38702095_38921074 (Chr17)

(complement)

1-18  (95892-95909)   100% ->
19-191  (100002-100174)   100% ->
192-428  (105978-106214)   100% ->
429-498  (108211-108280)   100% ->
499-626  (110480-110607)   100% ->
627-690  (111310-111373)   100% ->
691-902  (114099-114310)   99% ->
903-1001  (114680-114778)   100% ->
1002-1163  (118214-118375)   100% ->
1164-1275  (118869-118980)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGGGGGCGGAGACCTG         AATCTGAAGAAGAGCTGGCACCC
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
  95892 ATGGGGGGCGGAGACCTGGTG...CAGAATCTGAAGAAGAGCTGGCACCC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 GCAGACCCTCAGGAATGTGGAGAAAGTGTGGAAGGCCGAGCAGAAGCATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100025 GCAGACCCTCAGGAATGTGGAGAAAGTGTGGAAGGCCGAGCAGAAGCATG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 AGGCTGAGCGGAAGAAGATTGAGGAGCTTCAGCGGGAGCTGCGAGAAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100075 AGGCTGAGCGGAAGAAGATTGAGGAGCTTCAGCGGGAGCTGCGAGAAGAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 AGAGCCCGGGAAGAGATGCAGCGCTATGCGGAGGATGTTGGGGCCGTCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100125 AGAGCCCGGGAAGAGATGCAGCGCTATGCGGAGGATGTTGGGGCCGTCAA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192          GAAAAAAGAAGAAAAGTTGGACTGGATGTACCAGGGTCCTG
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100175 GTA...CAGGAAAAAAGAAGAAAAGTTGGACTGGATGTACCAGGGTCCTG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 GTGGGATGGTGAACCGTGACGAGTACCTGCTGGGGCGCCCCATTGACAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106019 GTGGGATGGTGAACCGTGACGAGTACCTGCTGGGGCGCCCCATTGACAAA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 TATGTTTTTGAGAAGATGGAGGAGAAGGAGGCAGGCTGCTCTTCTGAAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106069 TATGTTTTTGAGAAGATGGAGGAGAAGGAGGCAGGCTGCTCTTCTGAAAC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 AGGACTTCTCCCAGGCTCTATCTTTGCCCCATCAGGTGCCAATTCCCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106119 AGGACTTCTCCCAGGCTCTATCTTTGCCCCATCAGGTGCCAATTCCCTTC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 TTGACATGGCCAGCAAGATCCGGGAGGACCCACTCTTCATCATCAG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 106169 TTGACATGGCCAGCAAGATCCGGGAGGACCCACTCTTCATCATCAGGTA.

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    429      GAAGAAGGAGGAGGAGAAAAAACGAGAGGTATTAAATAATCCAGT
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106219 ..TAGGAAGAAGGAGGAGGAGAAAAAACGAGAGGTATTAAATAATCCAGT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 GAAAATGAAGAAAATCAAAGAATTG         TTGCAAATGAGTCTGG
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 108256 GAAAATGAAGAAAATCAAAGAATTGGTA...CAGTTGCAAATGAGTCTGG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 AAAAAAAGGAGAAGAAGAAAAAGAAGGAGAAGAAAAAGAAGCACAAGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110496 AAAAAAAGGAGAAGAAGAAAAAGAAGGAGAAGAAAAAGAAGCACAAGAAA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 CATAAGCACAGAAGCTCGAGTAGTGATCGTTCCAGCAGCGAGGATGAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110546 CATAAGCACAGAAGCTCGAGTAGTGATCGTTCCAGCAGCGAGGATGAGCA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 CAGTGCAGGGAG         ATCACAGAAGAAGATGGCAAATTCCTCCC
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 110596 CAGTGCAGGGAGGTG...TAGATCACAGAAGAAGATGGCAAATTCCTCCC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 CTGTTTTGTCCAAAGTCCCTGGATATGGCTTACAG         GTCAGG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||| ||
 111339 CTGTTTTGTCCAAAGTCCCTGGATATGGCTTACAGGTA...TAGGTCCGG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 AACTCTGACCGTAACCAGGGTCTTCAGGGTCCTCTGACAGCAGAGCAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114105 AACTCTGACCGTAACCAGGGTCTTCAGGGTCCTCTGACAGCAGAGCAAAA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 GAGAGGGCATGGGATGAAGAACCATTCCAGATCCAGAAGCTCCTCCCACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114155 GAGAGGGCATGGGATGAAGAACCATTCCAGATCCAGAAGCTCCTCCCACT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 CACCCCCAAGACATGCCAGCAAGAAGAGCACCAGGGAAGCAGGGTCCCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114205 CACCCCCAAGACATGCCAGCAAGAAGAGCACCAGGGAAGCAGGGTCCCGG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 GACAGGAGGTCTCGATCCCTGGGCAGAAGGTCACGGTCCCCAAGACCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114255 GACAGGAGGTCTCGATCCCTGGGCAGAAGGTCACGGTCCCCAAGACCCAG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 CAAACT         GCACAACTCTAAGGTGAACAGGAGAGAGACAGGCC
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114305 CAAACTGTG...CAGGCACAACTCTAAGGTGAACAGGAGAGAGACAGGCC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 AAACTAGGAGCCCATCACCTAAAAAAGAGGTCTACCAAAGGCGACATGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114715 AAACTAGGAGCCCATCACCTAAAAAAGAGGTCTACCAAAGGCGACATGCT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 CCCGGATACACCAG         AAAACTCTCTGCAGAGGAATTAGAGCG
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 114765 CCCGGATACACCAGGTG...CAGAAAACTCTCTGCAGAGGAATTAGAGCG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1029 AAAACGGCAAGAGATGATGGAAAACGCCAAATGGAGGGAGGAGGAGAGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118241 AAAACGGCAAGAGATGATGGAAAACGCCAAATGGAGGGAGGAGGAGAGAC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1079 TGAACATCCTCAAGAGGCATGCTAAGGATGAGGAACGGGAGCAGAGGCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118291 TGAACATCCTCAAGAGGCATGCTAAGGATGAGGAACGGGAGCAGAGGCTA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1129 GAGAAGCTGGACTCCCGGGATGGGAAGTTCATCCA         CCGCAT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 118341 GAGAAGCTGGACTCCCGGGATGGGAAGTTCATCCAGTG...TAGCCGCAT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1170 GAAGCTGGAGAGTGCATCTACTTCCTCCCTGGAGGATCGGGTGAAGCGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118875 GAAGCTGGAGAGTGCATCTACTTCCTCCCTGGAGGATCGGGTGAAGCGGA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1220 ATATCTACTCTTTACAGAGAACTTCGGTAGCTCTGGAGAAGAACTTTATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118925 ATATCTACTCTTTACAGAGAACTTCGGTAGCTCTGGAGAAGAACTTTATG

   1350     .
   1270 AAAAGA
        ||||||
 118975 AAAAGA