seq1 = pF1KB0946.tfa, 1197 bp
seq2 = pF1KB0946/gi568815579f_34582773.tfa (gi568815579f:34582773_34785234), 202462 bp

>pF1KB0946 1197
>gi568815579f:34582773_34785234 (Chr19)

1-130  (99998-100125)   98% ->
131-214  (100383-100466)   100% ->
215-1197  (101480-102462)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTCTCAGGTGACATTTAGTGATGTGGCTATAGACTTCTCTCATGAAGA
        ||-|-|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  99998 AT T TCAGGTGACATTTAGTGATGTGGCTATAGACTTCTCTCATGAAGA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GTGGGCATGCCTAGATTCTGCTCAGAGGGACTTATACAAGGATGTGATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100046 GTGGGCATGCCTAGATTCTGCTCAGAGGGACTTATACAAGGATGTGATGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TCCAGAATTATGAGAACCTGGTCTCTGTAG         GTCTTTCCGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 100096 TCCAGAATTATGAGAACCTGGTCTCTGTAGGTA...CAGGTCTTTCCGTA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 ACTAAGCCATATGTGATCATGTTATTGGAGGATGGAAAAGAGCCCTGGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100394 ACTAAGCCATATGTGATCATGTTATTGGAGGATGGAAAAGAGCCCTGGAT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GATGGAGAAAAAACTGTCAAAAG         ATTGGGAATCAAGATGGG
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 100444 GATGGAGAAAAAACTGTCAAAAGGTA...CAGATTGGGAATCAAGATGGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 AAAACAAGGAATTATCAACAAAGAAGGATATTTATGATGAAGATTCACCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101498 AAAACAAGGAATTATCAACAAAGAAGGATATTTATGATGAAGATTCACCC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 CAACCAGTAACAATGGAAAAAGTTGTAAAACAAAGTTATGAATTTTCAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101548 CAACCAGTAACAATGGAAAAAGTTGTAAAACAAAGTTATGAATTTTCAAA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 TTCTAATAAGAATTTGGAATATACAGAATGCGACACATTTAGAAGCACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101598 TTCTAATAAGAATTTGGAATATACAGAATGCGACACATTTAGAAGCACCT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 TTCATTCAAAGTCTACTCTTTCTGAACCACAAAACAATTCTGCTGAAGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101648 TTCATTCAAAGTCTACTCTTTCTGAACCACAAAACAATTCTGCTGAAGGG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 AATTCACACAAATATGATATATTAAAGAAGAATTTATCAAAAAAGTCAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101698 AATTCACACAAATATGATATATTAAAGAAGAATTTATCAAAAAAGTCAGT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 TATAAAAAGTGAGAGAATAAATGGTGGAAAGAAACTTTTAAATTCTAATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101748 TATAAAAAGTGAGAGAATAAATGGTGGAAAGAAACTTTTAAATTCTAATA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 AAAGTGGGGCAGCCTTCAACCAGAGCAAATCTCTTACCCTTCCCCAGACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101798 AAAGTGGGGCAGCCTTCAACCAGAGCAAATCTCTTACCCTTCCCCAGACT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    583 TGTAATAGAGAGAAAATCTATACATGCAGTGAATGTGGGAAAGCCTTTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101848 TGTAATAGAGAGAAAATCTATACATGCAGTGAATGTGGGAAAGCCTTTGG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    633 CAAACAGTCAATCCTCAATCGCCACTGGAGAATTCATACAGGAGAGAAGC
        ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
 101898 CAAACAGTCAATCCTCAGTCGCCACTGGAGAATTCATACAGGAGAGAAGC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    683 CCTATGAATGTCGTGAATGTGGGAAGACTTTTAGCCATGGTTCATCCCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101948 CCTATGAATGTCGTGAATGTGGGAAGACTTTTAGCCATGGTTCATCCCTT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    733 ACACGACATCAGATAAGCCATAGTGGAGAGAAACCTTACAAATGCATTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101998 ACACGACATCAGATAAGCCATAGTGGAGAGAAACCTTACAAATGCATTGA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    783 ATGTGGGAAGGCCTTTAGCCATGGGTCATCACTTACTAACCATCAGAGCA
        |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
 102048 ATGTGGGAAGGCCTTTAGCCATGGCTCATCACTTACTAACCATCAGAGCA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    833 CTCACACGGGAGAGAAACCGTATGAATGTATGAACTGTGGAAAGTCTTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102098 CTCACACGGGAGAGAAACCGTATGAATGTATGAACTGTGGAAAGTCTTTT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    883 AGTCGTGTGTCCCTTCTCATTCAGCATCTAAGAATTCATACGCAAGAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102148 AGTCGTGTGTCCCTTCTCATTCAGCATCTAAGAATTCATACGCAAGAAAA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    933 ACGCTATGAGTGTCGTATATGTGGAAAGGCCTTCATTCATAGTTCGTCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102198 ACGCTATGAGTGTCGTATATGTGGAAAGGCCTTCATTCATAGTTCGTCTC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    983 TCATTCACCATCAGAAAAGCCATACTGGAGAGAAGCCTTATGAATGTAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102248 TCATTCACCATCAGAAAAGCCATACTGGAGAGAAGCCTTATGAATGTAGA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1033 GAATGTGGGAAAGCTTTCTGCTGTAGCTCACACCTTACTCAACATCAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102298 GAATGTGGGAAAGCTTTCTGCTGTAGCTCACACCTTACTCAACATCAAAG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1083 AATTCACAGTATGAAGAAAAAATATGAATGCAACAAATGTCTCAAGGTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102348 AATTCACAGTATGAAGAAAAAATATGAATGCAACAAATGTCTCAAGGTCT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1133 TTAGTAGCTTCTCATTTCTTGTTCAACATCAGAGTATTCATACTGAAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102398 TTAGTAGCTTCTCATTTCTTGTTCAACATCAGAGTATTCATACTGAAGAA

   1200     .    :    .
   1183 AAACCGTTTGAAGTT
        |||||||||||||||
 102448 AAACCGTTTGAAGTT