seq1 = pF1KB0942.tfa, 1176 bp
seq2 = pF1KB0942/gi568815592f_10594986.tfa (gi568815592f:10594986_10809383), 214398 bp

>pF1KB0942 1176
>gi568815592f:10594986_10809383 (Chr6)

1-84  (100001-100084)   100% ->
85-247  (102339-102501)   100% ->
248-368  (107384-107504)   100% ->
369-443  (107580-107654)   100% ->
444-496  (108420-108472)   100% ->
497-642  (109522-109667)   100% ->
643-740  (109762-109859)   100% ->
741-840  (112430-112529)   100% ->
841-964  (113968-114091)   100% ->
965-1176  (114253-114464)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGAGCTGGTCGCTGGTTGCTACGAGCAGGTCCTCTTTGGGTTCGCTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGAGCTGGTCGCTGGTTGCTACGAGCAGGTCCTCTTTGGGTTCGCTGT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 ACACCCGGAGCCCGAGGCTTGCGGCGACCACGAG         CAATGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 100051 ACACCCGGAGCCCGAGGCTTGCGGCGACCACGAGGTG...CAGCAATGGA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 CTCTTGTGGCTGACTTCACTCACCATGCTCACACTGCCTCCTTGTCAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102346 CTCTTGTGGCTGACTTCACTCACCATGCTCACACTGCCTCCTTGTCAGCA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GTAGCTGTAAATAGTCGTTTTGTGGTCACTGGGAGCAAAGATGAAACAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102396 GTAGCTGTAAATAGTCGTTTTGTGGTCACTGGGAGCAAAGATGAAACAAT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 TCACATTTATGACATGAAAAAGAAGATTGAGCATGGGGCTCTAGTGCATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102446 TCACATTTATGACATGAAAAAGAAGATTGAGCATGGGGCTCTAGTGCATC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 ACAGTG         GTACAATAACTTGCCTGAAATTCTATGGCAACAGG
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102496 ACAGTGGTA...TAGGTACAATAACTTGCCTGAAATTCTATGGCAACAGG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 CATTTAATCAGTGGAGCGGAAGATGGACTCATCTGTATCTGGGATGCAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107419 CATTTAATCAGTGGAGCGGAAGATGGACTCATCTGTATCTGGGATGCAAA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 GAAATGGGAATGCCTGAAGTCAATTAAAGCTCACAA         AGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 107469 GAAATGGGAATGCCTGAAGTCAATTAAAGCTCACAAGTG...TAGAGGAC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 AGGTGACCTTCCTTTCTATTCACCCATCTGGCAAGTTGGCCCTGTCGGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107585 AGGTGACCTTCCTTTCTATTCACCCATCTGGCAAGTTGGCCCTGTCGGTT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 GGTACAGATAAAACTTTAAG         AACGTGGAATCTTGTAGAAGG
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 107635 GGTACAGATAAAACTTTAAGGTA...CAGAACGTGGAATCTTGTAGAAGG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 AAGATCAGCATTCATAAAAAATATAAAACAAA         ATGCTCACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 108441 AAGATCAGCATTCATAAAAAATATAAAACAAAGTG...CAGATGCTCACA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 TAGTAGAATGGTCCCCAAGAGGAGAGCAGTATGTAGTTATCATACAGAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109531 TAGTAGAATGGTCCCCAAGAGGAGAGCAGTATGTAGTTATCATACAGAAT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 AAAATAGACATCTATCAGCTTGACACTGCATCCATTAGTGGCACCATCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109581 AAAATAGACATCTATCAGCTTGACACTGCATCCATTAGTGGCACCATCAC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 AAATGAAAAGAGAATTTCCTCTGTTAAATTTCTTTCA         GAGT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 109631 AAATGAAAAGAGAATTTCCTCTGTTAAATTTCTTTCAGTA...TAGGAGT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 CTGTCCTTGCAGTGGCTGGAGATGAAGAAGTTATAAGGTTTTTTGACTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109766 CTGTCCTTGCAGTGGCTGGAGATGAAGAAGTTATAAGGTTTTTTGACTGT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 GATTCACTAGTGTGCCTCTGCGAATTTAAAGCTCATGAAAACAG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 109816 GATTCACTAGTGTGCCTCTGCGAATTTAAAGCTCATGAAAACAGGTA...

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    741    GGTAAAGGACATGTTCAGTTTTGAAATTCCAGAGCATCATGTTATTG
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112427 TAGGGTAAAGGACATGTTCAGTTTTGAAATTCCAGAGCATCATGTTATTG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 TTTCAGCATCGAGTGATGGTTTCATCAAAATGTGGAAGCTTAAGCAGGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112477 TTTCAGCATCGAGTGATGGTTTCATCAAAATGTGGAAGCTTAAGCAGGAT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 AAG         AAAGTTCCCCCATCTTTACTCTGTGAAATAAACACTAA
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112527 AAGGTC...TAGAAAGTTCCCCCATCTTTACTCTGTGAAATAAACACTAA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    879 TGCCAGGCTGACGTGTCTTGGAGTGTGGCTAGACAAAGTGGCAGACATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114006 TGCCAGGCTGACGTGTCTTGGAGTGTGGCTAGACAAAGTGGCAGACATGA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    929 AAGAAAGCCTTCCTCCAGCTGCAGAGCCTTCTCCTG         TAAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 114056 AAGAAAGCCTTCCTCCAGCTGCAGAGCCTTCTCCTGGTA...TAGTAAGT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    970 AAAGAACAGTCCAAAATTGGCAAAAAGGAGCCTGGTGACACAGTGCACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114258 AAAGAACAGTCCAAAATTGGCAAAAAGGAGCCTGGTGACACAGTGCACAA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1020 AGAAGAAAAGCGGTCAAAACCTAACACAAAGAAACGCGGTTTAACAGGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114308 AGAAGAAAAGCGGTCAAAACCTAACACAAAGAAACGCGGTTTAACAGGTG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1070 ACAGTAAGAAAGCAACAAAAGAAAGTGGCCTGATATCAACCAAGAAGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114358 ACAGTAAGAAAGCAACAAAAGAAAGTGGCCTGATATCAACCAAGAAGAGG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1120 AAAATGGTAGAAATGTTGGAAAAGAAGAGGAAAAAGAAGAAAATAAAAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114408 AAAATGGTAGAAATGTTGGAAAAGAAGAGGAAAAAGAAGAAAATAAAAAC

   1250     .
   1170 AATGCAG
        |||||||
 114458 AATGCAG