seq1 = pF1KB0936.tfa, 1158 bp
seq2 = pF1KB0936/gi568815586r_24718011.tfa (gi568815586r:24718011_25001888), 283878 bp

>pF1KB0936 1158
>gi568815586r:24718011_25001888 (Chr12)

(complement)

1-78  (99998-100075)   97% ->
79-279  (107414-107614)   100% ->
280-390  (120478-120588)   100% ->
391-510  (123240-123359)   100% ->
511-674  (151940-152103)   100% ->
675-817  (159665-159807)   100% ->
818-903  (165293-165378)   100% ->
904-1044  (169026-169166)   100% ->
1045-1119  (171992-172066)   100% ->
1120-1158  (183840-183878)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAAGGATTGCAGTAACGGATGCTCCGCAGAGTGTACCGGAGAAGGAGG
         | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  99998 TTTAAGGATTGCAGTAACGGATGCTCCGCAGAGTGTACCGGAGAAGGAGG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 ATCAAAAGAGGTGGTGGGGACTTTTAAG         GCTAAAGACCTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 100048 ATCAAAAGAGGTGGTGGGGACTTTTAAGGTA...CAGGCTAAAGACCTAA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 TAGTCACACCAGCTACCATTTTAAAGGAAAAACCAGACCCCAATAATCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107427 TAGTCACACCAGCTACCATTTTAAAGGAAAAACCAGACCCCAATAATCTG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GTTTTTGGAACTGTGTTCACGGATCATATGCTGACGGTGGAGTGGTCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107477 GTTTTTGGAACTGTGTTCACGGATCATATGCTGACGGTGGAGTGGTCCTC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 AGAGTTTGGATGGGAGAAACCTCATATCAAGCCTCTTCAGAACCTGTCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107527 AGAGTTTGGATGGGAGAAACCTCATATCAAGCCTCTTCAGAACCTGTCAT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 TGCACCCTGGCTCATCAGCTTTGCACTATGCAGTGGAA         TTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 107577 TGCACCCTGGCTCATCAGCTTTGCACTATGCAGTGGAAGTA...CAGTTA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 TTTGAAGGATTGAAGGCATTTCGAGGAGTAGATAATAAAATTCGACTGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120481 TTTGAAGGATTGAAGGCATTTCGAGGAGTAGATAATAAAATTCGACTGTT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 TCAGCCAAACCTCAACATGGATAGAATGTATCGCTCTGCTGTGAGGGCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120531 TCAGCCAAACCTCAACATGGATAGAATGTATCGCTCTGCTGTGAGGGCAA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 CTCTGCCG         GTATTTGACAAAGAAGAGCTCTTAGAGTGTATT
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 120581 CTCTGCCGGTA...CAGGTATTTGACAAAGAAGAGCTCTTAGAGTGTATT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 CAACAGCTTGTGAAATTGGATCAAGAATGGGTCCCATATTCAACATCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123273 CAACAGCTTGTGAAATTGGATCAAGAATGGGTCCCATATTCAACATCTGC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 TAGTCTGTATATTCGTCCTACATTCATTGGAACTGAG         CCTT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 123323 TAGTCTGTATATTCGTCCTACATTCATTGGAACTGAGGTG...CAGCCTT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 CTCTTGGAGTCAAGAAGCCTACCAAAGCCCTGCTCTTTGTACTCTTGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 151944 CTCTTGGAGTCAAGAAGCCTACCAAAGCCCTGCTCTTTGTACTCTTGAGC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 CCAGTGGGACCTTATTTTTCAAGTGGAACCTTTAATCCAGTGTCCCTGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 151994 CCAGTGGGACCTTATTTTTCAAGTGGAACCTTTAATCCAGTGTCCCTGTG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 GGCCAATCCCAAGTATGTAAGAGCCTGGAAAGGTGGAACTGGGGACTGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 152044 GGCCAATCCCAAGTATGTAAGAGCCTGGAAAGGTGGAACTGGGGACTGCA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 AGATGGGAGG         GAATTACGGCTCATCTCTTTTTGCCCAATGT
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 152094 AGATGGGAGGGTA...AAGGAATTACGGCTCATCTCTTTTTGCCCAATGT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 GAAGCAGTAGATAATGGGTGTCAGCAGGTCCTGTGGCTCTATGGAGAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 159696 GAAGCAGTAGATAATGGGTGTCAGCAGGTCCTGTGGCTCTATGGAGAGGA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 CCATCAGATCACTGAAGTGGGAACTATGAATCTTTTTCTTTACTGGATAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 159746 CCATCAGATCACTGAAGTGGGAACTATGAATCTTTTTCTTTACTGGATAA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 ATGAAGATGGAG         AAGAAGAACTGGCAACTCCTCCACTAGAT
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 159796 ATGAAGATGGAGGTA...CAGAAGAAGAACTGGCAACTCCTCCACTAGAT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 GGCATCATTCTTCCAGGAGTGACAAGGCGGTGCATTCTGGACCTGGCACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 165322 GGCATCATTCTTCCAGGAGTGACAAGGCGGTGCATTCTGGACCTGGCACA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 TCAGTGG         GGTGAATTTAAGGTGTCAGAGAGATACCTCACCA
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 165372 TCAGTGGGTG...CAGGGTGAATTTAAGGTGTCAGAGAGATACCTCACCA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 TGGATGACTTGACAACAGCCCTGGAGGGGAACAGAGTGAGAGAGATGTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 169060 TGGATGACTTGACAACAGCCCTGGAGGGGAACAGAGTGAGAGAGATGTTT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 GGCTCTGGTACAGCCTGTGTTGTTTGCCCAGTTTCTGATATACTGTACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 169110 GGCTCTGGTACAGCCTGTGTTGTTTGCCCAGTTTCTGATATACTGTACAA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1038 AGGCGAG         ACAATACACATTCCAACTATGGAGAATGGTCCTA
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 169160 AGGCGAGGTA...TAGACAATACACATTCCAACTATGGAGAATGGTCCTA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1079 AGCTGGCAAGCCGCATCTTGAGCAAATTAACTGATATCCAG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 172026 AGCTGGCAAGCCGCATCTTGAGCAAATTAACTGATATCCAGGTA...CAG

   1200     .    :    .    :    .    :    .
   1120 TATGGAAGAGAAGAGAGCGACTGGACAATTGTGCTATCC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 183840 TATGGAAGAGAAGAGAGCGACTGGACAATTGTGCTATCC