seq1 = pF1KB0934.tfa, 1143 bp
seq2 = pF1KB0934/gi568815595f_149746027.tfa (gi568815595f:149746027_150061101), 315075 bp

>pF1KB0934 1143
>gi568815595f:149746027_150061101 (Chr3)

1-114  (100001-100114)   100% ->
115-195  (106490-106570)   100% ->
196-321  (126003-126128)   100% ->
322-409  (149447-149534)   100% ->
410-500  (156046-156136)   100% ->
501-606  (165952-166057)   100% ->
607-700  (175108-175201)   100% ->
701-781  (214030-214110)   100% ->
782-1143  (214714-215075)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCTGCTCTCCATAGGGATGCTCATGCTGTCAGCCACACAAGTCTACAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCTGCTCTCCATAGGGATGCTCATGCTGTCAGCCACACAAGTCTACAC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CATCTTGACTGTCCAGCTCTTTGCATTCTTAAACCTACTGCCTGTAGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CATCTTGACTGTCCAGCTCTTTGCATTCTTAAACCTACTGCCTGTAGAAG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CAGACATTTTAGCA         TATAACTTTGAAAATGCATCTCAGACA
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 100101 CAGACATTTTAGCAGTA...TAGTATAACTTTGAAAATGCATCTCAGACA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 TTTGATGACCTCCCTGCAAGATTTGGTTATAGACTTCCAGCTGAAGGTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106517 TTTGATGACCTCCCTGCAAGATTTGGTTATAGACTTCCAGCTGAAGGTTT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 AAAG         GGTTTTTTGATTAACTCAAAACCAGAGAATGCCTGTG
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106567 AAAGGTA...CAGGGTTTTTTGATTAACTCAAAACCAGAGAATGCCTGTG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 AACCCATAGTGCCTCCACCAGTAAAAGACAATTCATCTGGCACTTTCATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126040 AACCCATAGTGCCTCCACCAGTAAAAGACAATTCATCTGGCACTTTCATC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 GTGTTAATTAGAAGACTTGATTGTAATTTTGATATAAAG         GT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 126090 GTGTTAATTAGAAGACTTGATTGTAATTTTGATATAAAGGTA...CAGGT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 TTTAAATGCACAGAGAGCAGGATACAAGGCAGCCATAGTTCACAATGTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 149449 TTTAAATGCACAGAGAGCAGGATACAAGGCAGCCATAGTTCACAATGTTG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 ATTCTGATGACCTCATTAGCATGGGATCCAACGACA         TTGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 149499 ATTCTGATGACCTCATTAGCATGGGATCCAACGACAGTA...CAGTTGAG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 GTACTAAAGAAAATTGACATTCCATCTGTCTTTATTGGTGAATCATCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 156051 GTACTAAAGAAAATTGACATTCCATCTGTCTTTATTGGTGAATCATCAGC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 TAATTCTCTGAAAGATGAATTCACATATGAAAAAGG         GGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 156101 TAATTCTCTGAAAGATGAATTCACATATGAAAAAGGGTA...TAGGGGCC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 ACCTTATCTTAGTTCCAGAATTTAGTCTTCCTTTGGAATACTACCTAATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 165957 ACCTTATCTTAGTTCCAGAATTTAGTCTTCCTTTGGAATACTACCTAATT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 CCCTTCCTTATCATAGTGGGCATCTGTCTCATCTTGATAGTCATTTTCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 166007 CCCTTCCTTATCATAGTGGGCATCTGTCTCATCTTGATAGTCATTTTCAT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 G         ATCACAAAATTTGTCCAGGATAGACATAGAGCTAGAAGAA
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 166057 GGTA...TAGATCACAAAATTTGTCCAGGATAGACATAGAGCTAGAAGAA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 ACAGACTTCGTAAAGATCAACTTAAGAAACTTCCTGTACATAAATTCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 175148 ACAGACTTCGTAAAGATCAACTTAAGAAACTTCCTGTACATAAATTCAAG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 AAAG         GAGATGAGTATGATGTATGTGCCATTTGTTTGGATGA
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 175198 AAAGGTA...CAGGAGATGAGTATGATGTATGTGCCATTTGTTTGGATGA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    738 GTATGAAGATGGAGACAAACTCAGAATCCTTCCCTGTTCCCATG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 214067 GTATGAAGATGGAGACAAACTCAGAATCCTTCCCTGTTCCCATGGTA...

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    782    CTTATCATTGCAAGTGTGTAGACCCTTGGCTAACTAAAACCAAAAAA
        >>>||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 214711 CAGCTTATCACTGCAAGTGTGTAGACCCTTGGCTAACTAAAACCAAAAAA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    829 ACCTGTCCAGTGTGCAAGCAAAAAGTTGTTCCTTCTCAAGGCGATTCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 214761 ACCTGTCCAGTGTGCAAGCAAAAAGTTGTTCCTTCTCAAGGCGATTCAGA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    879 CTCTGACACAGACAGTAGTCAAGAAGAAAATGAAGTGACAGAACATACCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 214811 CTCTGACACAGACAGTAGTCAAGAAGAAAATGAAGTGACAGAACATACCC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    929 CTTTACTGAGACCTTTAGCTTCTGTCAGTGCCCAGTCATTTGGGGCTTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 214861 CTTTACTGAGACCTTTAGCTTCTGTCAGTGCCCAGTCATTTGGGGCTTTA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    979 TCGGAATCCCGCTCACATCAGAACATGACAGAATCTTCAGACTATGAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 214911 TCGGAATCCCGCTCACATCAGAACATGACAGAATCTTCAGACTATGAGGA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1029 AGACGACAATGAAGATACTGACAGTAGTGATGCAGAAAATGAAATTAATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 214961 AGACGACAATGAAGATACTGACAGTAGTGATGCAGAAAATGAAATTAATG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1079 AACATGATGTCGTGGTCCAGTTGCAGCCTAATGGTGAACGGGATTACAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 215011 AACATGATGTCGTGGTCCAGTTGCAGCCTAATGGTGAACGGGATTACAAC

   1200     .    :    .
   1129 ATAGCAAATACTGTT
        |||||||||||||||
 215061 ATAGCAAATACTGTT