seq1 = pF1KB0928.tfa, 1092 bp
seq2 = pF1KB0928/gi568815587f_66539712.tfa (gi568815587f:66539712_66744129), 204418 bp

>pF1KB0928 1092
>gi568815587f:66539712_66744129 (Chr11)

1-412  (100001-100412)   100% ->
413-1092  (103739-104418)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGTGAAGCTGTTCATCGGAAACCTGCCCCGGGAGGCTACAGAGCAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGTGAAGCTGTTCATCGGAAACCTGCCCCGGGAGGCTACAGAGCAGGA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GATTCGCTCACTCTTCGAGCAGTATGGGAAGGTGCTGGAATGTGACATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GATTCGCTCACTCTTCGAGCAGTATGGGAAGGTGCTGGAATGTGACATCA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TTAAGAATTACGGCTTTGTGCACATAGAAGACAAGACGGCAGCTGAGGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TTAAGAATTACGGCTTTGTGCACATAGAAGACAAGACGGCAGCTGAGGAT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GCCATACGCAACCTGCACCATTACAAGCTTCATGGGGTGAACATCAACGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GCCATACGCAACCTGCACCATTACAAGCTTCATGGGGTGAACATCAACGT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 GGAAGCCAGCAAGAATAAGAGCAAAACCTCAACAAAGTTGCATGTGGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 GGAAGCCAGCAAGAATAAGAGCAAAACCTCAACAAAGTTGCATGTGGGCA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 ACATCAGTCCCACCTGCACCAATAAGGAGCTTCGAGCCAAGTTTGAGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 ACATCAGTCCCACCTGCACCAATAAGGAGCTTCGAGCCAAGTTTGAGGAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 TATGGTCCGGTCATCGAATGTGACATCGTGAAAGATTATGCCTTCGTACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 TATGGTCCGGTCATCGAATGTGACATCGTGAAAGATTATGCCTTCGTACA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 CATGGAGCGGGCAGAGGATGCAGTGGAGGCCATCAGGGGCCTTGATAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 CATGGAGCGGGCAGAGGATGCAGTGGAGGCCATCAGGGGCCTTGATAACA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 CAGAGTTTCAAG         GCAAACGAATGCACGTGCAGTTGTCCACC
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 100401 CAGAGTTTCAAGGTG...AAGGCAAACGAATGCACGTGCAGTTGTCCACC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 AGCCGGCTTAGGACTGCGCCCGGGATGGGAGACCAGAGCGGCTGCTATCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103768 AGCCGGCTTAGGACTGCGCCCGGGATGGGAGACCAGAGCGGCTGCTATCG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 GTGCGGGAAAGAGGGGCACTGGTCCAAAGAGTGTCCGATAGATCGTTCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103818 GTGCGGGAAAGAGGGGCACTGGTCCAAAGAGTGTCCGATAGATCGTTCAG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    542 GCCGCGTGGCAGACTTGACCGAGCAATATAATGAGCAATACGGAGCAGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103868 GCCGCGTGGCAGACTTGACCGAGCAATATAATGAGCAATACGGAGCAGTG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    592 CGTACGCCTTACACCATGAGCTATGGGGATTCATTGTATTACAACAACGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103918 CGTACGCCTTACACCATGAGCTATGGGGATTCATTGTATTACAACAACGC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    642 GTACGGAGCGCTCGATGCCTACTACAAGCGCTGCCGTGCTGCCCGGTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103968 GTACGGAGCGCTCGATGCCTACTACAAGCGCTGCCGTGCTGCCCGGTCCT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    692 ATGAGGCAGTGGCAGCTGCAGCTGCCTCCGTGTATAATTACGCAGAGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104018 ATGAGGCAGTGGCAGCTGCAGCTGCCTCCGTGTATAATTACGCAGAGCAG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    742 ACCCTGTCCCAGCTGCCACAAGTCCAGAATACAGCCATGGCCAGTCACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104068 ACCCTGTCCCAGCTGCCACAAGTCCAGAATACAGCCATGGCCAGTCACCT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    792 CACCTCCACCTCTCTCGATCCCTACGATAGACACCTGTTGCCGACCTCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104118 CACCTCCACCTCTCTCGATCCCTACGATAGACACCTGTTGCCGACCTCAG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    842 GAGCTGCTGCCACAGCTGCTGCTGCAGCAGCAGCCGCTGCTGCTGTTACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104168 GAGCTGCTGCCACAGCTGCTGCTGCAGCAGCAGCCGCTGCTGCTGTTACT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    892 GCAGCTTCCACTTCATATTACGGGCGGGATCGGAGCCCCCTGCGTCGCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104218 GCAGCTTCCACTTCATATTACGGGCGGGATCGGAGCCCCCTGCGTCGCGC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    942 TACAGCCCCAGTCCCCACTGTTGGAGAGGGCTACGGTTACGGGCATGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104268 TACAGCCCCAGTCCCCACTGTTGGAGAGGGCTACGGTTACGGGCATGAGA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    992 GTGAGTTGTCCCAAGCTTCAGCAGCCGCGCGGAATTCTCTGTACGACATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104318 GTGAGTTGTCCCAAGCTTCAGCAGCCGCGCGGAATTCTCTGTACGACATG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1042 GCCCGGTATGAGCGGGAGCAGTATGCCGATCGGGCGCGGTACTCAGCCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104368 GCCCGGTATGAGCGGGAGCAGTATGCCGATCGGGCGCGGTACTCAGCCTT

   1100 
   1092 T
        |
 104418 T