seq1 = pF1KB0918.tfa, 993 bp
seq2 = pF1KB0918/gi568815585f_49396002.tfa (gi568815585f:49396002_49628662), 232661 bp

>pF1KB0918 993
>gi568815585f:49396002_49628662 (Chr13)

1-94  (100001-100094)   100% ->
95-216  (110634-110755)   100% ->
217-324  (117058-117165)   100% ->
325-458  (122017-122150)   100% ->
459-505  (124893-124939)   100% ->
506-570  (126042-126106)   100% ->
571-637  (127174-127240)   100% ->
638-769  (128084-128215)   100% ->
770-841  (130386-130457)   100% ->
842-993  (132510-132661)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCCCAGGCGTCGCCGCCCCGGCCCGAGAGGGTGCTCGGCGCCAGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCCCAGGCGTCGCCGCCCCGGCCCGAGAGGGTGCTCGGCGCCAGCAG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CCCGGAGGCCCGGCCCGCGCAGGAGGCGCTCCTCCTTCCCACCG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 100051 CCCGGAGGCCCGGCCCGCGCAGGAGGCGCTCCTCCTTCCCACCGGTG...

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     95    GTGTCTTTCAGGTTGCAGAAAAGATGGAAAAAAGGACATGTGCACTC
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110631 TAGGTGTCTTTCAGGTTGCAGAAAAGATGGAAAAAAGGACATGTGCACTC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 TGCCCCAAAGATGTCGAATATAATGTCCTATACTTTGCACAATCAGAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110681 TGCCCCAAAGATGTCGAATATAATGTCCTATACTTTGCACAATCAGAGAA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 TATAGCTGCTCATGAGAATTGTTTG         CTGTATTCTTCAGGAC
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 110731 TATAGCTGCTCATGAGAATTGTTTGGTA...CAGCTGTATTCTTCAGGAC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 TTGTGGAATGTGAGGATCAGGATCCACTTAATCCTGATAGAAGTTTTGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117074 TTGTGGAATGTGAGGATCAGGATCCACTTAATCCTGATAGAAGTTTTGAT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 GTGGAATCAGTAAAGAAAGAAATCCAGAGAGGAAGGAAGTTG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 117124 GTGGAATCAGTAAAGAAAGAAATCCAGAGAGGAAGGAAGTTGGTA...TA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    325  AAATGCAAATTTTGTCATAAAAGAGGAGCCACCGTGGGATGTGATTTAA
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122016 GAAATGCAAATTTTGTCATAAAAGAGGAGCCACCGTGGGATGTGATTTAA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 AAAACTGTAACAAGAATTACCACTTTTTCTGTGCCAAGAAGGACGACGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122066 AAAACTGTAACAAGAATTACCACTTTTTCTGTGCCAAGAAGGACGACGCA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 GTTCCACAGTCTGATGGAGTTCGAGGAATTTATAA         ACTGCT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 122116 GTTCCACAGTCTGATGGAGTTCGAGGAATTTATAAGTA...CAGACTGCT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 TTGCCAGCAACATGCTCAATTCCCGATCATCGCTCAAAGTG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 124899 TTGCCAGCAACATGCTCAATTCCCGATCATCGCTCAAAGTGGTA...TAG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 CTAAATTTTCAGGAGTGAAAAGAAAAAGAGGAAGGAAGAAACCCCTCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126042 CTAAATTTTCAGGAGTGAAAAGAAAAAGAGGAAGGAAGAAACCCCTCTCA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 GGCAATCATGTACAG         CCACCCGAAACAATGAAATGTAATAC
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 126092 GGCAATCATGTACAGGTA...TAGCCACCCGAAACAATGAAATGTAATAC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    597 ATTCATAAGACAAGTGAAAGAAGAGCATGGCAGACACACAG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 127200 ATTCATAAGACAAGTGAAAGAAGAGCATGGCAGACACACAGGTT...TAG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    638 ATGCAACTGTGAAAGTTCCTTTTCTTAAGAAATGCAAGGAAGCAGGACTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128084 ATGCAACTGTGAAAGTTCCTTTTCTTAAGAAATGCAAGGAAGCAGGACTT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    688 CTTAATTACTTACTTGAAGAAATATTAGACAAAGTTCATTCAATTCCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128134 CTTAATTACTTACTTGAAGAAATATTAGACAAAGTTCATTCAATTCCAGA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    738 AAAACTCATGGATGAGACTACTTCAGAATCAG         ACTATGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 128184 AAAACTCATGGATGAGACTACTTCAGAATCAGGTA...CAGACTATGAAG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    779 AAATCGGGAGTGCACTTTTTGACTGTAGATTGTTCGAAGACACATTTGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130395 AAATCGGGAGTGCACTTTTTGACTGTAGATTGTTCGAAGACACATTTGTA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    829 AATTTTCAAGCAG         CAATAGAGAAAAAAATTCATGCATCTCA
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 130445 AATTTTCAAGCAGGTA...TAGCAATAGAGAAAAAAATTCATGCATCTCA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    870 ACAAAGGTGGCAGCAGTTGAAGGAAGAGATTGAGCTACTTCAGGACTTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132538 ACAAAGGTGGCAGCAGTTGAAGGAAGAGATTGAGCTACTTCAGGACTTAA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    920 AACAAACCTTGTGCTCTTTTCAAGAAAATAGAGATCTTATGTCAAGTTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132588 AACAAACCTTGTGCTCTTTTCAAGAAAATAGAGATCTTATGTCAAGTTCT

   1050     .    :    .    :
    970 ACATCAATATCATCCCTGTCTTAT
        ||||||||||||||||||||||||
 132638 ACATCAATATCATCCCTGTCTTAT