seq1 = pF1KB0911.tfa, 444 bp
seq2 = pF1KB0911/gi568815586f_53343390.tfa (gi568815586f:53343390_53546056), 202667 bp

>pF1KB0911 444
>gi568815586f:53343390_53546056 (Chr12)

1-19  (99326-99344)   100% ->
20-402  (100002-100384)   100% ->
403-444  (102626-102667)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTGGAATCCCAATGCCG         GGCAGCCAGGGCCAAATCCATA
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
  99326 ATGTGGAATCCCAATGCCGGTA...CAGGGCAGCCAGGGCCAAATCCATA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 TCCCCCCAATATTGGGTGCCCTGGAGGTTCCAATCCTGCCCACCCACCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100024 TCCCCCCAATATTGGGTGCCCTGGAGGTTCCAATCCTGCCCACCCACCAC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 CTATTAATCCACCCTTTCCCCCAGGCCCCTGTCCTCCTCCCCCAGGAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100074 CTATTAATCCACCCTTTCCCCCAGGCCCCTGTCCTCCTCCCCCAGGAGCT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CCCCATGGCAATCCAGCTTTCCCCCCAGGTGGGCCCCCTCATCCTGTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100124 CCCCATGGCAATCCAGCTTTCCCCCCAGGTGGGCCCCCTCATCCTGTGCC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 ACAGCCAGGGTATCCAGGATGCCAACCGTTGGGTCCCTACCCTCCTCCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100174 ACAGCCAGGGTATCCAGGATGCCAACCGTTGGGTCCCTACCCTCCTCCAT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 ACCCACCGCCTGCCCCTGGAATCCCTCCTGTGAATCCCTTGGCTCCTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100224 ACCCACCGCCTGCCCCTGGAATCCCTCCTGTGAATCCCTTGGCTCCTGGC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 ATGGTTGGACCAGCAGTGATAGTAGACAAGAAGATGCAGAAGAAAATGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100274 ATGGTTGGACCAGCAGTGATAGTAGACAAGAAGATGCAGAAGAAAATGAA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 GAAAGCTCATAAAAAGATGCACAAGCACCAAAAGCACCACAAGTACCACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100324 GAAAGCTCATAAAAAGATGCACAAGCACCAAAAGCACCACAAGTACCACA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 AGCATGGCAAG         CATTCCTCCTCTTCCTCCTCCTCTTCCAGC
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 100374 AGCATGGCAAGGTC...CAGCATTCCTCCTCTTCCTCCTCCTCTTCCAGC

    450     .    :
    433 AGTGATTCTGAC
        ||||||||||||
 102656 AGTGATTCTGAC