seq1 = pF1KB0906.tfa, 915 bp
seq2 = pF1KB0906/gi568815576f_17978377.tfa (gi568815576f:17978377_18188072), 209696 bp

>pF1KB0906 915
>gi568815576f:17978377_18188072 (Chr22)

1-230  (100001-100230)   100% ->
231-371  (101498-101638)   100% ->
372-667  (105061-105356)   100% ->
668-814  (106736-106882)   100% ->
815-915  (109596-109696)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAAGAGCGATTCTTCGACCTCTGCAGCCCCCCTCAGGGGGCTCGGGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGAAGAGCGATTCTTCGACCTCTGCAGCCCCCCTCAGGGGGCTCGGGGG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 ACCCCTGCGCAGCAGCGAGCCGGTGCGCGCGGTCCCGGCCCGGGCGCCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 ACCCCTGCGCAGCAGCGAGCCGGTGCGCGCGGTCCCGGCCCGGGCGCCGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CCGTGGACCTTCTGGAGGAGGCGGCCGACCTCCTGGTGGTGCACCTGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CCGTGGACCTTCTGGAGGAGGCGGCCGACCTCCTGGTGGTGCACCTGGAC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 TTCCGGGCGGCGCTGGAGACCTGCGAGCGGGCCTGGCAGAGTCTGGCCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 TTCCGGGCGGCGCTGGAGACCTGCGAGCGGGCCTGGCAGAGTCTGGCCAA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CCACGCCGTGGCAGAGGAACCCGCGGGCAC         CTCATTGGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 100201 CCACGCCGTGGCAGAGGAACCCGCGGGCACGTA...CAGCTCATTGGAGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 TGAAGTGCTCCCTGTGTGTTGTGGGGATCCAGGCCCTGGCAGAAATGGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101509 TGAAGTGCTCCCTGTGTGTTGTGGGGATCCAGGCCCTGGCAGAAATGGAT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 CGGTGGCAAGAAGTCCTCTCCTGGGTCCTTCAGTATTACCAGGTCCCTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101559 CGGTGGCAAGAAGTCCTCTCCTGGGTCCTTCAGTATTACCAGGTCCCTGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 AAAGCTACCCCCCAAAGTCCTGGAGCTGTG         CATTCTTTTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 101609 AAAGCTACCCCCCAAAGTCCTGGAGCTGTGGTA...CAGCATTCTTTTAT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 ACAGCAAAATGCAAGAGCCTGGAGCTGTGCTGGATGTGGTGGGTGCCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105072 ACAGCAAAATGCAAGAGCCTGGAGCTGTGCTGGATGTGGTGGGTGCCTGG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 CTCCAAGACCCAGCCAATCAAAACCTTCCAGAATATGGAGCCTTGGCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105122 CTCCAAGACCCAGCCAATCAAAACCTTCCAGAATATGGAGCCTTGGCAGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 ATTTCACGTGCAGCGGGTGCTGCTGCCTCTGGGCTGCTTATCGGAGGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105172 ATTTCACGTGCAGCGGGTGCTGCTGCCTCTGGGCTGCTTATCGGAGGCTG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 AGGAGCTAGTGGTGGGCTCTGCAGCCTTTGGTGAGGAGCGGCGACTGGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105222 AGGAGCTAGTGGTGGGCTCTGCAGCCTTTGGTGAGGAGCGGCGACTGGAT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    583 GTACTTCAGGCCATTCACACAGCGAGGCAGCAGCAGAAACAGGAACACTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105272 GTACTTCAGGCCATTCACACAGCGAGGCAGCAGCAGAAACAGGAACACTC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    633 AGGCTCTGAGGAGGCCCAGAAGCCAAACCTGGAAG         GCTCTG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 105322 AGGCTCTGAGGAGGCCCAGAAGCCAAACCTGGAAGGTA...CAGGCTCTG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    674 TCTCCCACAAGTTCCTGTCACTACCGATGTTGGTTCGCCAGCTTTGGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106742 TCTCCCACAAGTTCCTGTCACTACCGATGTTGGTTCGCCAGCTTTGGGAC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    724 TCTGCGGTGAGCCACTTCTTTTCTCTGCCCTTCAAAAAGAGTCTCCTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106792 TCTGCGGTGAGCCACTTCTTTTCTCTGCCCTTCAAAAAGAGTCTCCTGGC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    774 TGCCTTGATCCTCTGTCTCCTGGTGGTGAGATTTGATCCAG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 106842 TGCCTTGATCCTCTGTCTCCTGGTGGTGAGATTTGATCCAGGTA...CAG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    815 CTTCCCCTTCCTCCCTGCACTTCCTCTACAAGCTGGCCCAGCTCTTCCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109596 CTTCCCCTTCCTCCCTGCACTTCCTCTACAAGCTGGCCCAGCTCTTCCGC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    865 TGGATCCGGAAGGCTGCATTTTCTCGCCTCTACCAGCTCCGCATCCGTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109646 TGGATCCGGAAGGCTGCATTTTCTCGCCTCTACCAGCTCCGCATCCGTGA

    950 
    915 C
        |
 109696 C