seq1 = pF1KB0498.tfa, 1254 bp
seq2 = pF1KB0498/gi568815586r_813394.tfa (gi568815586r:813394_1033058), 219665 bp

>pF1KB0498 1254
>gi568815586r:813394_1033058 (Chr12)

(complement)

1-84  (100001-100084)   100% ->
85-186  (101738-101839)   100% ->
187-280  (102915-103008)   100% ->
281-348  (103173-103240)   100% ->
349-467  (105796-105914)   100% ->
468-543  (107534-107609)   100% ->
544-725  (116239-116420)   100% ->
726-865  (116576-116715)   100% ->
866-967  (118527-118628)   100% ->
968-1195  (118938-119165)   100% ->
1196-1254  (119607-119665)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTCTGGGACTGAGGAAGCAATTCTTGGAGGACGTGACAGCCATCCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGTCTGGGACTGAGGAAGCAATTCTTGGAGGACGTGACAGCCATCCTGC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TGCTGGCGGCGGCTCAGTGTTATGCTTTGGACAG         TGCCAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 100051 TGCTGGCGGCGGCTCAGTGTTATGCTTTGGACAGGTA...CAGTGCCAGT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 ACACAGCAGAAGAGTACCAGGCCATCCAGAAGGCCCTGAGGCAGAGGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101745 ACACAGCAGAAGAGTACCAGGCCATCCAGAAGGCCCTGAGGCAGAGGCTG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GGCCCAGAATACATAAGTAGCCGCATGGCTGGCGGAGGCCAGAAG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 101795 GGCCCAGAATACATAAGTAGCCGCATGGCTGGCGGAGGCCAGAAGGTA..

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    187     GTGTGCTACATTGAGGGTCATCGGGTAATTAATCTGGCCAATGAGA
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101845 .TAGGTGTGCTACATTGAGGGTCATCGGGTAATTAATCTGGCCAATGAGA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 TGTTTGGTTACAATGGCTGGGCACACTCCATCACGCAGCAGAATGTGG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 102961 TGTTTGGTTACAATGGCTGGGCACACTCCATCACGCAGCAGAATGTGGGT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    281        ATTTTGTTGACCTCAACAATGGCAAGTTCTACGTGGGAGTCTG
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103011 G...TAGATTTTGTTGACCTCAACAATGGCAAGTTCTACGTGGGAGTCTG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 TGCATTTGTGAGGGTCCAGCTGAAG         GATGGTTCATATCATG
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 103216 TGCATTTGTGAGGGTCCAGCTGAAGGTG...CAGGATGGTTCATATCATG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    365 AAGATGTTGGTTATGGTGTTAGTGAGGGCCTCAAGTCCAAGGCTTTATCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105812 AAGATGTTGGTTATGGTGTTAGTGAGGGCCTCAAGTCCAAGGCTTTATCT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 TTGGAGAAGGCAAGGAAGGAGGCGGTGACAGACGGGCTGAAGCGAGCCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105862 TTGGAGAAGGCAAGGAAGGAGGCGGTGACAGACGGGCTGAAGCGAGCCCT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 CAG         GAGTTTTGGGAATGCACTTGGAAACTGTATTCTGGACA
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105912 CAGGTG...TAGGAGTTTTGGGAATGCACTTGGAAACTGTATTCTGGACA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 AAGACTACCTGAGATCACTAAATAAGCTTCCACGCCAG         TTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 107572 AAGACTACCTGAGATCACTAAATAAGCTTCCACGCCAGGTA...TAGTTG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    547 CCTCTTGAAGTGGATTTAACTAAAGCGAAGAGACAAGATCTTGAACCGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116242 CCTCTTGAAGTGGATTTAACTAAAGCGAAGAGACAAGATCTTGAACCGTC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    597 TGTGGAGGAGGCAAGATACAACAGCTGCCGACCGAACATGGCCCTGGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116292 TGTGGAGGAGGCAAGATACAACAGCTGCCGACCGAACATGGCCCTGGGAC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 ACCCACAGCTGCAGCAGGTGACCTCCCCTTCCAGACCCAGCCATGCTGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116342 ACCCACAGCTGCAGCAGGTGACCTCCCCTTCCAGACCCAGCCATGCTGTG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 ATACCGGCGGACCAGGACTGCAGCTCCCG         AAGCCTGAGCTC
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 116392 ATACCGGCGGACCAGGACTGCAGCTCCCGGTA...CAGAAGCCTGAGCTC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    738 ATCCGCCGTGGAGAGCGAGGCCACGCACCAGCGGAAGCTCCGGCAGAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116588 ATCCGCCGTGGAGAGCGAGGCCACGCACCAGCGGAAGCTCCGGCAGAAGC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 AGCTGCAGCAGCAGTTCCGGGAGCGGATGGAGAAGCAGCAGGTTCGAGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116638 AGCTGCAGCAGCAGTTCCGGGAGCGGATGGAGAAGCAGCAGGTTCGAGTC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 TCCACGCCGTCAGCTGAGAAGAGTGAGG         CAGCGCCTCCGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 116688 TCCACGCCGTCAGCTGAGAAGAGTGAGGGTG...TAGCAGCGCCTCCGGC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    879 CCCTCCTGTGACGCACAGCACTCCTGTAACTGTCTCAGAACCACTCCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118540 CCCTCCTGTGACGCACAGCACTCCTGTAACTGTCTCAGAACCACTCCTGG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    929 AGAAAGACTTCCTTGCAGGAGTGACTCAAGAATTAATCA         AG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 118590 AGAAAGACTTCCTTGCAGGAGTGACTCAAGAATTAATCAGTA...TAGAG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    970 ACTCTTGAAGACAACTCTGAAAAGTGGGCTGTGACTCCCGATGCAGGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118940 ACTCTTGAAGACAACTCTGAAAAGTGGGCTGTGACTCCCGATGCAGGGGA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1020 TGGTGTGGTCAAGCCCTCGTCTAGAGCAGACCCAGCCCAGACCTCTGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118990 TGGTGTGGTCAAGCCCTCGTCTAGAGCAGACCCAGCCCAGACCTCTGACA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1070 CATTAGCCTTGAACAACCAGATGGTGACCCAGAACAGGACTCCACACAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119040 CATTAGCCTTGAACAACCAGATGGTGACCCAGAACAGGACTCCACACAGC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1120 GTTTGCCACCAGAAACCACAAGCAAAATCTGGATCTTGGGACCTCCAAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119090 GTTTGCCACCAGAAACCACAAGCAAAATCTGGATCTTGGGACCTCCAAAC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1170 TTATAGCGCTGACCAACGCACAACAG         GAAACTGGGAATCTC
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 119140 TTATAGCGCTGACCAACGCACAACAGGTA...TAGGAAACTGGGAATCTC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :
   1211 ATAGGAAGAGCCAGGACATGAAGAAAAGGAAATATGATCCATCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119622 ATAGGAAGAGCCAGGACATGAAGAAAAGGAAATATGATCCATCT