seq1 = pF1KB0487.tfa, 1587 bp
seq2 = pF1KB0487/gi568815596f_202165942.tfa (gi568815596f:202165942_202403057), 237116 bp

>pF1KB0487 1587
>gi568815596f:202165942_202403057 (Chr2)

1-45  (100001-100045)   100% ->
46-122  (109172-109248)   100% ->
123-175  (112009-112061)   100% ->
176-297  (116410-116531)   100% ->
298-434  (118404-118540)   100% ->
435-499  (121719-121783)   100% ->
500-634  (124382-124516)   100% ->
635-780  (125184-125329)   100% ->
781-907  (126836-126962)   100% ->
908-1071  (129733-129896)   100% ->
1072-1206  (131438-131572)   100% ->
1207-1268  (131904-131965)   100% ->
1269-1402  (134293-134426)   100% ->
1403-1539  (136980-137116)   100% ->
1540-1587  (137445-137492)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTTGGTGCTGTTTGAAACGTCTGTGGGTTACGCCATCTTTAAG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 100001 ATGTTGGTGCTGTTTGAAACGTCTGTGGGTTACGCCATCTTTAAGGTA..

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     46     GTTCTAAATGAGAAGAAACTTCAAGAGGTTGATAGTTTATGGAAAG
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 .CAGGTTCTAAATGAGAAGAAACTTCAAGAGGTTGATAGTTTATGGAAAG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 AATTTGAAACTCCAGAGAAAGCAAACAAAAT         AGTAAAGCTA
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 109218 AATTTGAAACTCCAGAGAAAGCAAACAAAATGTA...TAGAGTAAAGCTA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    133 AAACATTTTGAGAAATTTCAGGATACAGCAGAAGCATTAGCAG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 112019 AAACATTTTGAGAAATTTCAGGATACAGCAGAAGCATTAGCAGGTA...A

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    176   CATTCACAGCTCTGATGGAGGGCAAAATCAATAAGCAGCTGAAAAAAG
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116408 AGCATTCACAGCTCTGATGGAGGGCAAAATCAATAAGCAGCTGAAAAAAG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    224 TTCTGAAGAAAATAGTAAAAGAAGCCCATGAACCGCTGGCAGTAGCTGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116458 TTCTGAAGAAAATAGTAAAAGAAGCCCATGAACCGCTGGCAGTAGCTGAT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 GCTAAACTAGGAGGGGTCATAAAG         GAAAAGCTGAATCTCAG
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 116508 GCTAAACTAGGAGGGGTCATAAAGGTA...TAGGAAAAGCTGAATCTCAG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    315 TTGTATCCATAGTCCTGTTGTTAATGAACTTATGAGAGGAATTCGTTCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118421 TTGTATCCATAGTCCTGTTGTTAATGAACTTATGAGAGGAATTCGTTCAC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    365 AAATGGATGGATTAATCCCTGGGGTAGAACCACGTGAAATGGCAGCTATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118471 AAATGGATGGATTAATCCCTGGGGTAGAACCACGTGAAATGGCAGCTATG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 TGTCTTGGATTGGCTCACAG         CCTGTCTCGATATAGATTGAA
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 118521 TGTCTTGGATTGGCTCACAGGTG...CAGCCTGTCTCGATATAGATTGAA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    456 GTTTAGCGCTGATAAAGTAGACACAATGATTGTTCAGGCAATTT      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 121740 GTTTAGCGCTGATAAAGTAGACACAATGATTGTTCAGGCAATTTGTA...

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    500    CCTTGTTAGATGACTTGGATAAAGAACTAAACAACTACATTATGCGA
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124379 CAGCCTTGTTAGATGACTTGGATAAAGAACTAAACAACTACATTATGCGA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    547 TGTAGAGAATGGTATGGCTGGCATTTCCCTGAATTAGGAAAAATTATTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124429 TGTAGAGAATGGTATGGCTGGCATTTCCCTGAATTAGGAAAAATTATTTC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    597 AGATAATTTAACATACTGCAAGTGTTTACAGAAAGTTG         GCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 124479 AGATAATTTAACATACTGCAAGTGTTTACAGAAAGTTGGTG...TAGGCG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    638 ATAGGAAGAACTATGCCTCTGCCAAGCTTTCTGAGTTGCTGCCAGAAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125187 ATAGGAAGAACTATGCCTCTGCCAAGCTTTCTGAGTTGCTGCCAGAAGAA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    688 GTTGAAGCAGAAGTGAAAGCAGCTGCAGAGATATCAATGGGAACAGAGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125237 GTTGAAGCAGAAGTGAAAGCAGCTGCAGAGATATCAATGGGAACAGAGGT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    738 TTCAGAAGAAGATATTTGCAATATTCTGCATCTTTGCACCCAG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 125287 TTCAGAAGAAGATATTTGCAATATTCTGCATCTTTGCACCCAGGTA...T

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    781   GTGATTGAAATCTCTGAATATCGAACCCAGCTCTATGAATATCTACAA
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126834 AGGTGATTGAAATCTCTGAATATCGAACCCAGCTCTATGAATATCTACAA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    829 AATCGAATGATGGCCATTGCACCCAATGTTACAGTCATGGTTGGGGAATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126884 AATCGAATGATGGCCATTGCACCCAATGTTACAGTCATGGTTGGGGAATT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    879 AGTTGGAGCACGGCTTATTGCTCATGCAG         GTTCTCTTTTAA
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 126934 AGTTGGAGCACGGCTTATTGCTCATGCAGGTG...TAGGTTCTCTTTTAA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    920 ATTTGGCCAAGCATGCAGCTTCTACCGTTCAGATTCTTGGAGCTGAAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129745 ATTTGGCCAAGCATGCAGCTTCTACCGTTCAGATTCTTGGAGCTGAAAAG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    970 GCACTTTTCAGAGCCCTCAAATCTAGACGGGATACCCCTAAGTATGGTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129795 GCACTTTTCAGAGCCCTCAAATCTAGACGGGATACCCCTAAGTATGGTCT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1020 CATTTATCATGCTTCACTCGTGGGCCAGACAAGTCCCAAACACAAAGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129845 CATTTATCATGCTTCACTCGTGGGCCAGACAAGTCCCAAACACAAAGGAA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1070 AG         ATTTCTCGAATGCTGGCAGCCAAAACCGTTTTGGCTATC
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129895 AGGTG...TAGATTTCTCGAATGCTGGCAGCCAAAACCGTTTTGGCTATC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1111 CGTTATGATGCTTTTGGTGAGGATTCAAGTTCTGCAATGGGAGTTGAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131477 CGTTATGATGCTTTTGGTGAGGATTCAAGTTCTGCAATGGGAGTTGAGAA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1161 CAGAGCCAAATTAGAGGCCAGGTTGAGAACTTTGGAAGACAGAGGG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 131527 CAGAGCCAAATTAGAGGCCAGGTTGAGAACTTTGGAAGACAGAGGGGTA.

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1207      ATAAGAAAAATAAGTGGAACAGGAAAAGCATTAGCAAAAACAGAA
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131577 ..TAGATAAGAAAAATAAGTGGAACAGGAAAAGCATTAGCAAAAACAGAA

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1252 AAATATGAACACAAAAG         TGAAGTGAAGACTTACGATCCTTC
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 131949 AAATATGAACACAAAAGGTG...CAGTGAAGTGAAGACTTACGATCCTTC

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1293 TGGTGACTCCACACTTCCAACCTGTTCTAAAAAACGCAAAATAGAACAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134317 TGGTGACTCCACACTTCCAACCTGTTCTAAAAAACGCAAAATAGAACAGG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1343 TAGATAAAGAGGATGAAATTACTGAAAAGAAAGCCAAAAAAGCCAAGATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134367 TAGATAAAGAGGATGAAATTACTGAAAAGAAAGCCAAAAAAGCCAAGATT

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1393 AAAGTTAAAG         TTGAAGAAGAGGAAGAAGAAAAAGTGGCAGA
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 134417 AAAGTTAAAGGTT...CAGTTGAAGAAGAGGAAGAAGAAAAAGTGGCAGA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1434 AGAAGAAGAAACATCTGTGAAGAAGAAGAAGAAAAGGGGTAAAAAGAAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137011 AGAAGAAGAAACATCTGTGAAGAAGAAGAAGAAAAGGGGTAAAAAGAAAC

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1484 ACATTAAGGAAGAACCACTTTCTGAGGAAGAACCATGTACCAGCACAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137061 ACATTAAGGAAGAACCACTTTCTGAGGAAGAACCATGTACCAGCACAGCA

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1534 ATTGCT         AGTCCAGAGAAAAAGAAGAAAAAGAAAAAAAAGAG
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137111 ATTGCTGTA...CAGAGTCCAGAGAAAAAGAAGAAAAAGAAAAAAAAGAG

   1700     .    :
   1575 AGAGAACGAGGAT
        |||||||||||||
 137480 AGAGAACGAGGAT