seq1 = pF1KB0466.tfa, 2964 bp
seq2 = pF1KB0466/gi568815593f_79136651.tfa (gi568815593f:79136651_79416304), 279654 bp

>pF1KB0466 2964
>gi568815593f:79136651_79416304 (Chr5)

1-1032  (100001-101032)   100% ->
1033-1206  (141260-141433)   99% ->
1207-1357  (153471-153621)   100% ->
1358-1527  (154480-154649)   100% ->
1528-1693  (163503-163668)   100% ->
1694-1881  (164026-164213)   100% ->
1882-1968  (169725-169811)   100% ->
1969-2064  (175753-175848)   100% ->
2065-2659  (177607-178201)   100% ->
2660-2964  (179350-179654)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTCGTTCGCGCTGGAGGAGACGCTCGAGTCGGACTGGGTGGCTGTGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGTCGTTCGCGCTGGAGGAGACGCTCGAGTCGGACTGGGTGGCTGTGCG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GCCCCATGTGTTCGACGAGCGCGAGAAACACAAATTCGTCTTTATTGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GCCCCATGTGTTCGACGAGCGCGAGAAACACAAATTCGTCTTTATTGTGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CCTGGAACGAGATTGAGGGCAAGTTTGCCATAACCTGCCACAACCGGACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CCTGGAACGAGATTGAGGGCAAGTTTGCCATAACCTGCCACAACCGGACG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GCCCAGAGGCAGAGGAGCGGCTCCCGGGAGCAAGCGGGGGCGCGAGGGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GCCCAGAGGCAGAGGAGCGGCTCCCGGGAGCAAGCGGGGGCGCGAGGGGG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CGCCGAGGCCGGCGGAGCTGCGTCCGACGGGAGCCGCGGGCCCGGCAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 CGCCGAGGCCGGCGGAGCTGCGTCCGACGGGAGCCGCGGGCCCGGCAGCC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 CGGCGGGCAGGGGTCGGCCCGAGGCCACTGCCTCTGCAACTCTGGTTAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 CGGCGGGCAGGGGTCGGCCCGAGGCCACTGCCTCTGCAACTCTGGTTAGG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 AGCCCCGGGCCCCGGCGGAGCTCGGCCTGGGCGGAGGGCGGCTCTCCTCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 AGCCCCGGGCCCCGGCGGAGCTCGGCCTGGGCGGAGGGCGGCTCTCCTCG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 GAGCACTCGCAGCCTTCTGGGGGACCCGCGGCTGCGGAGTCCTGGCAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 GAGCACTCGCAGCCTTCTGGGGGACCCGCGGCTGCGGAGTCCTGGCAGCA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 AAGGGGCGGAGAGTCGTCTTAGGAGCCCAGTGCGGGCCAAACCCATCCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 AAGGGGCGGAGAGTCGTCTTAGGAGCCCAGTGCGGGCCAAACCCATCCCG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 GGTCAGAAAACATCTGAAGCCGACGATGCGGCGGGGGCAGCCGCTGCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 GGTCAGAAAACATCTGAAGCCGACGATGCGGCGGGGGCAGCCGCTGCAGC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 AGCCCGGCCGGCGCCCAGAGAGGCCCAGGTGTCCTCTGTACGGATAGTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 AGCCCGGCCGGCGCCCAGAGAGGCCCAGGTGTCCTCTGTACGGATAGTGA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 GCGCCTCTGGGACGGTCTCCGAGGAGATAGAGGTGCTGGAAATGGTGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 GCGCCTCTGGGACGGTCTCCGAGGAGATAGAGGTGCTGGAAATGGTGAAG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 GAGGACGAGGCACCTCTGGCGCTCTCGGACGCGGAGCAGCCGCCGCCCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 GAGGACGAGGCACCTCTGGCGCTCTCGGACGCGGAGCAGCCGCCGCCCGC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 CACCGAGCTGGAGTCTCCGGCCGAAGAGTGCAGCTGGGCCGGACTGTTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 CACCGAGCTGGAGTCTCCGGCCGAAGAGTGCAGCTGGGCCGGACTGTTTT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 CTTTCCAGGACCTGCGCGCCGTGCACCAGCAGCTGTGCTCGGTGAACTCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100701 CTTTCCAGGACCTGCGCGCCGTGCACCAGCAGCTGTGCTCGGTGAACTCG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 CAGTTGGAGCCGTGCCTGCCGGTGTTCCCCGAGGAACCTTCGGGCATGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100751 CAGTTGGAGCCGTGCCTGCCGGTGTTCCCCGAGGAACCTTCGGGCATGTG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    801 GACTGTGCTGTTTGGGGGCGCCCCCGAGATGACCGAGCAGGAAATCGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100801 GACTGTGCTGTTTGGGGGCGCCCCCGAGATGACCGAGCAGGAAATCGACA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    851 CTCTGTGTTACCAGCTCCAGGTCTACCTGGGCCACGGCCTGGACACCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100851 CTCTGTGTTACCAGCTCCAGGTCTACCTGGGCCACGGCCTGGACACCTGC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    901 GGCTGGAAGATCCTCTCCCAGGTGCTCTTCACCGAGACCGATGATCCCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100901 GGCTGGAAGATCCTCTCCCAGGTGCTCTTCACCGAGACCGATGATCCCGA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    951 GGAGTATTACGAAAGCCTCAGCGAGCTGCGGCAGAAGGGCTACGAAGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100951 GGAGTATTACGAAAGCCTCAGCGAGCTGCGGCAGAAGGGCTACGAAGAAG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1001 TGCTTCAGCGGGCCAGGAAGCGCATCCAGGAG         CTCTTGGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 101001 TGCTTCAGCGGGCCAGGAAGCGCATCCAGGAGGTG...CAGCTCTTGGAT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1042 AAGCACAAGAATACAGAGAGCATGGTGGAGCTTCTGGACTTGTATCAGTT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
 141269 AAGCACAAGAATACAGAGAGCATGGTGGAGCTTCTGGACTTGTATCAGAT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1092 GGAGGATGAAGCCTACAGCAGCCTTGCAGAAGCTACAACCGAACTCTATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141319 GGAGGATGAAGCCTACAGCAGCCTTGCAGAAGCTACAACCGAACTCTATC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1142 AGTATTTACTACAGCCATTCCGAGACATGAGAGAACTTGCCATGCTACGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141369 AGTATTTACTACAGCCATTCCGAGACATGAGAGAACTTGCCATGCTACGA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1192 AGACAGCAGATCAAG         ATTTCCATGGAGAATGATTATCTGGG
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 141419 AGACAGCAGATCAAGGTA...AAGATTTCCATGGAGAATGATTATCTGGG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1233 ACCTCGAAGAATTGAGAGTCTACAAAAAGAAGATGCTGATTGGCAGCGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 153497 ACCTCGAAGAATTGAGAGTCTACAAAAAGAAGATGCTGATTGGCAGCGGA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1283 AAGCTCACATGGCTGTACTGTCTATTCAAGATCTTACTGTCAAGTACTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 153547 AAGCTCACATGGCTGTACTGTCTATTCAAGATCTTACTGTCAAGTACTTT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1333 GAAATAACAGCTAAAGCTCAAAAAG         CTGTGTATGATCGAAT
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 153597 GAAATAACAGCTAAAGCTCAAAAAGGTA...TAGCTGTGTATGATCGAAT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1374 GCGAGCTGATCAGAAGAAATTTGGTAAAGCATCATGGGCAGCGGCTGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 154496 GCGAGCTGATCAGAAGAAATTTGGTAAAGCATCATGGGCAGCGGCTGCTG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1424 AACGGATGGAAAAACTCCAGTATGCAGTTTCTAAGGAAACTTTGCAGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 154546 AACGGATGGAAAAACTCCAGTATGCAGTTTCTAAGGAAACTTTGCAGATG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1474 ATGAGAGCTAAAGAGATATGCTTGGAACAGCGGAAACATGCACTAAAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 154596 ATGAGAGCTAAAGAGATATGCTTGGAACAGCGGAAACATGCACTAAAGGA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1524 AGAG         ATGCAGAGTTTGCGGGGTGGTACAGAAGCGATAGCAC
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 154646 AGAGGTA...CAGATGCAGAGTTTGCGGGGTGGTACAGAAGCGATAGCAC

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1565 GATTGGATCAGTTAGAAGCTGATTATTATGATCTGCAACTTCAGTTGTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 163540 GATTGGATCAGTTAGAAGCTGATTATTATGATCTGCAACTTCAGTTGTAT

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1615 GAAGTACAGTTTGAAATCTTGAAGTGTGAAGAGTTACTATTGACAGCGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 163590 GAAGTACAGTTTGAAATCTTGAAGTGTGAAGAGTTACTATTGACAGCGCA

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1665 ACTAGAAAGCATCAAAAGACTTATATCAG         AAAAAAGAGATG
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 163640 ACTAGAAAGCATCAAAAGACTTATATCAGGTA...CAGAAAAAAGAGATG

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1706 AAGTGGTATACTATGACACTTACGAAAGCATGGAGGCCATGCTGGAGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 164038 AAGTGGTATACTATGACACTTACGAAAGCATGGAGGCCATGCTGGAGAAG

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1756 GAAGAGATGGCAGCATCTGCGTACTTACAGAGAGAAGAGCTGCAGAAACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 164088 GAAGAGATGGCAGCATCTGCGTACTTACAGAGAGAAGAGCTGCAGAAACT

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1806 TCAGCAGAAAGCACGCCAGCTGGAAGCAAGACGTGGACGGGTTTCTGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 164138 TCAGCAGAAAGCACGCCAGCTGGAAGCAAGACGTGGACGGGTTTCTGCCA

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1856 AGAAATCCTACCTCAGAAATAAAAAG         GAAATATGTATTGCA
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 164188 AGAAATCCTACCTCAGAAATAAAAAGGTA...CAGGAAATATGTATTGCA

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1897 AAACACAATGAAAAAATCCAACAGCGCACTCGGATTGAAGATGAATATAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 169740 AAACACAATGAAAAAATCCAACAGCGCACTCGGATTGAAGATGAATATAG

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1947 AACCCATCACACAGTACAACTA         AAGAGAGAAAAATTACATG
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 169790 AACCCATCACACAGTACAACTAGTA...CAGAAGAGAGAAAAATTACATG

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1988 ATGAAGAAGAAAGAAAAAGTGCCTGGGTTAGCCAAGAGAGACAGAGAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 175772 ATGAAGAAGAAAGAAAAAGTGCCTGGGTTAGCCAAGAGAGACAGAGAACA

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2038 CTGGATAGACTTCGAACATTTAAACAG         AGGTATCCTGGGCA
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 175822 CTGGATAGACTTCGAACATTTAAACAGGTA...TAGAGGTATCCTGGGCA

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2079 AGTCATACTTAAATCAACCAGATTACGACTAGCTCATGCAAGAAGAAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 177621 AGTCATACTTAAATCAACCAGATTACGACTAGCTCATGCAAGAAGAAAAG

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2129 GTGCAGCAAGTCCTGTTCTCCAAGAGGATCATTGTGACTCTTTACCAAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 177671 GTGCAGCAAGTCCTGTTCTCCAAGAGGATCATTGTGACTCTTTACCAAGT

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2179 GTGTTACAGGTAGAAGAGAAAACTGAAGAGGTGGGAGAAGGAAGAGTCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 177721 GTGTTACAGGTAGAAGAGAAAACTGAAGAGGTGGGAGAAGGAAGAGTCAA

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2229 GCGTGGGCCATCACAGACAACAGAACCCCAGAGCCTTGTGCAACTTGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 177771 GCGTGGGCCATCACAGACAACAGAACCCCAGAGCCTTGTGCAACTTGAAG

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2279 ATACTTCATTAACACAACTTGAAGCCACCTCATTACCTCTCAGTGGTGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 177821 ATACTTCATTAACACAACTTGAAGCCACCTCATTACCTCTCAGTGGTGTT

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2329 ACCTCTGAACTGCCTCCCACTATATCTCTTCCACTTTTGAATAACAACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 177871 ACCTCTGAACTGCCTCCCACTATATCTCTTCCACTTTTGAATAACAACCT

   2450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2379 CGAACCATGTTCTGTTACCATAAATCCACTCCCATCCCCTCTTCCTCCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 177921 CGAACCATGTTCTGTTACCATAAATCCACTCCCATCCCCTCTTCCTCCAA

   2500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2429 CACCACCACCTCCCCCACCTCCTCCCCCTCCCCCACCACCACCACCTCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 177971 CACCACCACCTCCCCCACCTCCTCCCCCTCCCCCACCACCACCACCTCTG

   2550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2479 CCTGTTGCTAAGGACAGTGGCCCAGAGACACTGGAGAAAGATCTGCCTAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 178021 CCTGTTGCTAAGGACAGTGGCCCAGAGACACTGGAGAAAGATCTGCCTAG

   2600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2529 AAAGGAGGGGAATGAGAAGAGGATCCCAAAGTCAGCCAGTGCCCCCTCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 178071 AAAGGAGGGGAATGAGAAGAGGATCCCAAAGTCAGCCAGTGCCCCCTCAG

   2650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2579 CACACCTCTTTGACAGCAGCCAGCTGGTCAGTGCACGGAAGAAGCTCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 178121 CACACCTCTTTGACAGCAGCCAGCTGGTCAGTGCACGGAAGAAGCTCAGA

   2700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2629 AAGACTGCTGAAGGTTTGCAGAGGAGGAGAG         TGAGCTCACC
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 178171 AAGACTGCTGAAGGTTTGCAGAGGAGGAGAGGTA...AAGTGAGCTCACC

   2750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2670 CATGGATGAGGTGCTAGCCTCCTTGAAGCGTGGTAGTTTTCATCTGAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 179360 CATGGATGAGGTGCTAGCCTCCTTGAAGCGTGGTAGTTTTCATCTGAAAA

   2800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2720 AGGTTGAACAGCGAACTCTGCCTCCTTTTCCTGATGAAGATGATAGTAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 179410 AGGTTGAACAGCGAACTCTGCCTCCTTTTCCTGATGAAGATGATAGTAAT

   2850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2770 AATATCTTGGCACAAATAAGGAAAGGGGTAAAATTGAAGAAGGTACAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 179460 AATATCTTGGCACAAATAAGGAAAGGGGTAAAATTGAAGAAGGTACAGAA

   2900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2820 GGATGTTTTGAGAGAATCCTTCACACTTCTACCCGATACAGACCCTCTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 179510 GGATGTTTTGAGAGAATCCTTCACACTTCTACCCGATACAGACCCTCTAA

   2950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2870 CACGGAGCATCCATGAAGCTCTTAGAAGAATTAAAGAAGCATCCCCAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 179560 CACGGAGCATCCATGAAGCTCTTAGAAGAATTAAAGAAGCATCCCCAGAG

   3000     .    :    .    :    .    :    .    :    .
   2920 TCAGAGGACGAAGAGGAGGCTTTACCTTGCACAGACTGGGAGAAC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 179610 TCAGAGGACGAAGAGGAGGCTTTACCTTGCACAGACTGGGAGAAC