seq1 = pF1KB0464.tfa, 2958 bp
seq2 = pF1KB0464/gi568815581f_12566189.tfa (gi568815581f:12566189_12863641), 297453 bp

>pF1KB0464 2958
>gi568815581f:12566189_12863641 (Chr17)

1-55  (100001-100055)   100% ->
56-121  (138940-139005)   100% ->
122-177  (149331-149386)   100% ->
178-253  (151158-151233)   100% ->
254-415  (156659-156820)   100% ->
416-591  (169973-170148)   100% ->
592-717  (173015-173140)   100% ->
718-971  (177995-178248)   99% ->
972-1125  (179731-179884)   100% ->
1126-2058  (186226-187158)   100% ->
2059-2202  (190226-190369)   100% ->
2203-2331  (191897-192025)   100% ->
2332-2389  (194462-194519)   100% ->
2390-2958  (196885-197453)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGACACTCCTGGGGTCTGAGCATTCCTTGCTGATTAGGAGCAAGTTCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGACACTCCTGGGGTCTGAGCATTCCTTGCTGATTAGGAGCAAGTTCAG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 ATCAG         TTTTACAGTTAAGACTTCAACAAAGAAGGACCCAGG
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 ATCAGGTA...AAGTTTTACAGTTAAGACTTCAACAAAGAAGGACCCAGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 AACAACTGGCTAACCAAGGCATAATACCAC         CACTGAAACGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 138976 AACAACTGGCTAACCAAGGCATAATACCACGTG...CAGCACTGAAACGT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    133 CCAGCTGAATTCCATGAGCAAAGAAAACATTTGGATAGTGACAAG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 149342 CCAGCTGAATTCCATGAGCAAAGAAAACATTTGGATAGTGACAAGGTA..

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    178     GCTAAAAATTCCCTGAAGCGCAAAGCCAGAAACAGGTGCAACAGTG
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 149392 .CAGGCTAAAAATTCCCTGAAGCGCAAAGCCAGAAACAGGTGCAACAGTG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    224 CCGACTTGGTTAATATGCACATACTCCAAG         CTTCCACTGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 151204 CCGACTTGGTTAATATGCACATACTCCAAGGTA...TAGCTTCCACTGCA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    265 GAGAGGTCCATTCCAACTGCTCAGATGAAGCTGAAAAGAGCCCGACTCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 156670 GAGAGGTCCATTCCAACTGCTCAGATGAAGCTGAAAAGAGCCCGACTCGC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    315 CGATGATCTCAATGAAAAAATTGCTCTACGACCAGGGCCACTGGAGCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 156720 CGATGATCTCAATGAAAAAATTGCTCTACGACCAGGGCCACTGGAGCTGG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    365 TGGAAAAAAACATTCTTCCTGTGGATTCTGCTGTGAAAGAGGCCATAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 156770 TGGAAAAAAACATTCTTCCTGTGGATTCTGCTGTGAAAGAGGCCATAAAA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 G         GTAACCAGGTGAGTTTCTCCAAATCCACGGATGCTTTTGC
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 156820 GGTA...CAGGTAACCAGGTGAGTTTCTCCAAATCCACGGATGCTTTTGC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    456 CTTTGAAGAGGACAGCAGCAGCGATGGGCTTTCTCCGGATCAGACTCGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 170013 CTTTGAAGAGGACAGCAGCAGCGATGGGCTTTCTCCGGATCAGACTCGAA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 GTGAAGACCCCCAAAACTCAGCGGGATCCCCGCCAGACGCTAAAGCCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 170063 GTGAAGACCCCCAAAACTCAGCGGGATCCCCGCCAGACGCTAAAGCCTCA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 GATACCCCTTCGACAGGTTCTCTGGGGACAAACCAG         GATCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 170113 GATACCCCTTCGACAGGTTCTCTGGGGACAAACCAGGTA...CAGGATCT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    597 TGCTTCTGGCTCAGAAAATGACAGAAATGACTCAGCCTCACAGCCCAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 173020 TGCTTCTGGCTCAGAAAATGACAGAAATGACTCAGCCTCACAGCCCAGCC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 ACCAGTCAGATGCGGGGAAGCAGGGGCTTGGCCCCCCCAGCACCCCCATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 173070 ACCAGTCAGATGCGGGGAAGCAGGGGCTTGGCCCCCCCAGCACCCCCATA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 GCCGTGCATGCTGCTGTAAAG         TCCAAATCCTTGGGTGACAG
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 173120 GCCGTGCATGCTGCTGTAAAGGTA...CAGTCCAAATCCTTGGGTGACAG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    738 TAAGAACCGCCACAAAAAGCCCAAGGACCCCAAGCCAAAGGTGAAGAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 178015 TAAGAACCGCCACAAAAAGCCCAAGGACCCCAAGCCAAAGGTGAAGAAGC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 TTAAATATCACCAGTACATTCCCCCAGACCAGAAGGCAGAGAAGTCCCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 178065 TTAAATATCACCAGTACATTCCCCCAGACCAGAAGGCAGAGAAGTCCCCT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 CCACCTATGGACTCAGCCTACGCTCGGCTGCTCCAGCAACAGCAGCTGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 178115 CCACCTATGGACTCAGCCTACGCTCGGCTGCTCCAGCAACAGCAGCTGTT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 CCTGCAGCTCCAAATCCTCAGCCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAACACCGGT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
 178165 CCTGCAGCTCCAAATCCTCAGCCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAACACCGAT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 TCAGCTACCTAGGGATGCACCAAGCTCAGCTTAA         GGAACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 178215 TCAGCTACCTAGGGATGCACCAAGCTCAGCTTAAGTA...TAGGGAACCA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    979 AATGAACAGATGGTCAGAAATCCAAACTCTTCTTCAACGCCACTGAGCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 179738 AATGAACAGATGGTCAGAAATCCAAACTCTTCTTCAACGCCACTGAGCAA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1029 TACCCCCTTGTCTCCTGTCAAAAACAGTTTTTCTGGACAAACTGGTGTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 179788 TACCCCCTTGTCTCCTGTCAAAAACAGTTTTTCTGGACAAACTGGTGTCT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1079 CTTCTTTCAAACCAGGCCCACTCCCACCTAACCTGGATGATCTGAAG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 179838 CTTCTTTCAAACCAGGCCCACTCCCACCTAACCTGGATGATCTGAAGGTA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1126       GTCTCTGAATTAAGACAACAGCTTCGAATTCGGGGCTTGCCTGT
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 179888 ...TAGGTCTCTGAATTAAGACAACAGCTTCGAATTCGGGGCTTGCCTGT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1170 GTCAGGCACCAAAACGGCTCTCATGGACCGGCTTCGACCCTTCCAGGACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 186270 GTCAGGCACCAAAACGGCTCTCATGGACCGGCTTCGACCCTTCCAGGACT

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1220 GCTCTGGCAACCCAGTGCCGAACTTTGGGGATATAACGACTGTCACTTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 186320 GCTCTGGCAACCCAGTGCCGAACTTTGGGGATATAACGACTGTCACTTTT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1270 CCTGTCACACCCAACACGCTGCCCAATTACCAGTCTTCCTCTTCTACCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 186370 CCTGTCACACCCAACACGCTGCCCAATTACCAGTCTTCCTCTTCTACCAG

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1320 TGCCCTGTCCAACGGCTTCTACCACTTTGGCAGCACCAGCTCCAGCCCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 186420 TGCCCTGTCCAACGGCTTCTACCACTTTGGCAGCACCAGCTCCAGCCCCC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1370 CGATCTCCCCAGCCTCCTCTGACCTGTCAGTCGCTGGGTCCCTGCCGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 186470 CGATCTCCCCAGCCTCCTCTGACCTGTCAGTCGCTGGGTCCCTGCCGGAC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1420 ACCTTCAATGATGCCTCCCCCTCCTTCGGCCTGCACCCGTCCCCAGTCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 186520 ACCTTCAATGATGCCTCCCCCTCCTTCGGCCTGCACCCGTCCCCAGTCCA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1470 CGTGTGCACGGAGGAAAGTCTCATGAGCAGCCTGAATGGGGGCTCTGTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 186570 CGTGTGCACGGAGGAAAGTCTCATGAGCAGCCTGAATGGGGGCTCTGTTC

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1520 CTTCTGAGCTGGATGGGCTGGACTCCGAGAAGGACAAGATGCTGGTGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 186620 CTTCTGAGCTGGATGGGCTGGACTCCGAGAAGGACAAGATGCTGGTGGAG

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1570 AAGCAGAAGGTGATCAATGAACTCACCTGGAAACTCCAGCAAGAGCAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 186670 AAGCAGAAGGTGATCAATGAACTCACCTGGAAACTCCAGCAAGAGCAGAG

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1620 GCAGGTGGAGGAGCTGAGGATGCAGCTTCAGAAGCAGAAAAGGAATAACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 186720 GCAGGTGGAGGAGCTGAGGATGCAGCTTCAGAAGCAGAAAAGGAATAACT

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1670 GTTCAGAGAAGAAGCCGCTGCCTTTCCTGGCTGCCTCCATCAAGCAGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 186770 GTTCAGAGAAGAAGCCGCTGCCTTTCCTGGCTGCCTCCATCAAGCAGGAA

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1720 GAGGCTGTCTCCAGCTGTCCTTTTGCATCCCAAGTACCTGTGAAAAGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 186820 GAGGCTGTCTCCAGCTGTCCTTTTGCATCCCAAGTACCTGTGAAAAGACA

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1770 AAGCAGCAGCTCAGAGTGTCACCCACCGGCTTGTGAAGCTGCTCAACTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 186870 AAGCAGCAGCTCAGAGTGTCACCCACCGGCTTGTGAAGCTGCTCAACTCC

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1820 AGCCTCTTGGAAATGCTCATTGTGTGGAGTCCTCAGATCAAACCAATGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 186920 AGCCTCTTGGAAATGCTCATTGTGTGGAGTCCTCAGATCAAACCAATGTA

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1870 CTTTCTTCCACATTTCTCAGCCCCCAGTGTTCCCCTCAGCATTCACCGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 186970 CTTTCTTCCACATTTCTCAGCCCCCAGTGTTCCCCTCAGCATTCACCGCT

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1920 GGGGGCTGTGAAAAGCCCACAGCACATCAGTTTGCCCCCATCACCCAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 187020 GGGGGCTGTGAAAAGCCCACAGCACATCAGTTTGCCCCCATCACCCAACA

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1970 ACCCTCACTTTCTGCCCTCATCCTCCGGGGCCCAGGGAGAAGGGCACAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 187070 ACCCTCACTTTCTGCCCTCATCCTCCGGGGCCCAGGGAGAAGGGCACAGG

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2020 GTCTCCTCGCCCATCAGCAGCCAGGTGTGCACTGCACAG         AA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 187120 GTCTCCTCGCCCATCAGCAGCCAGGTGTGCACTGCACAGGTA...CAGAA

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2061 CTCAGGAGCACACGATGGCCATCCTCCAAGCTTCTCTCCCCATTCTTCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 190228 CTCAGGAGCACACGATGGCCATCCTCCAAGCTTCTCTCCCCATTCTTCCA

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2111 GCCTCCACCCGCCCTTCTCTGGAGCCCAAGCAGACAGCAGTCATGGTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 190278 GCCTCCACCCGCCCTTCTCTGGAGCCCAAGCAGACAGCAGTCATGGTGCC

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2161 GGGGGAAACCCTTGTCCCAAAAGCCCATGTGTACAGCAAAAG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 190328 GGGGGAAACCCTTGTCCCAAAAGCCCATGTGTACAGCAAAAGGTA...CA

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2203  ATGGCTGGTTTACACTCTTCTGATAAGGTGGGGCCAAAGTTTTCAATTC
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 191896 GATGGCTGGTTTACACTCTTCTGATAAGGTGGGGCCAAAGTTTTCAATTC

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2252 CATCCCCAACTTTTTCTAAGTCAAGTTCAGCAATTTCAGAGGTAACACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 191946 CATCCCCAACTTTTTCTAAGTCAAGTTCAGCAATTTCAGAGGTAACACAG

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2302 CCTCCATCCTATGAAGATGCCGTAAAGCAG         CAAATGACCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 191996 CCTCCATCCTATGAAGATGCCGTAAAGCAGGTA...TAGCAAATGACCCG

   2450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2343 GAGTCAGCAGATGGATGAACTCCTGGACGTGCTTATTGAAAGCGGAG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 194473 GAGTCAGCAGATGGATGAACTCCTGGACGTGCTTATTGAAAGCGGAGGTA

   2500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2390       AAATGCCAGCAGACGCTAGAGAGGATCACTCATGTCTTCAAAAA
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 194523 ...CAGAAATGCCAGCAGACGCTAGAGAGGATCACTCATGTCTTCAAAAA

   2550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2434 GTCCCAAAGATACCCAGATCTTCCCGAAGTCCAACTGCTGTCCTCACCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 196929 GTCCCAAAGATACCCAGATCTTCCCGAAGTCCAACTGCTGTCCTCACCAA

   2600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2484 GCCCTCGGCTTCCTTTGAACAAGCCTCTTCAGGCAGCCAGATCCCCTTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 196979 GCCCTCGGCTTCCTTTGAACAAGCCTCTTCAGGCAGCCAGATCCCCTTTG

   2650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2534 ATCCCTATGCCACCGACAGTGATGAGCATCTTGAAGTCTTATTAAATTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 197029 ATCCCTATGCCACCGACAGTGATGAGCATCTTGAAGTCTTATTAAATTCC

   2700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2584 CAGAGCCCCCTAGGAAAGATGAGTGATGTCACCCTTCTAAAAATTGGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 197079 CAGAGCCCCCTAGGAAAGATGAGTGATGTCACCCTTCTAAAAATTGGGAG

   2750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2634 CGAAGAGCCTCACTTTGATGGGATAATGGATGGATTCTCTGGGAAGGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 197129 CGAAGAGCCTCACTTTGATGGGATAATGGATGGATTCTCTGGGAAGGCTG

   2800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2684 CAGAAGACCTCTTCAATGCACATGAGATCTTGCCAGGCCCCCTCTCTCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 197179 CAGAAGACCTCTTCAATGCACATGAGATCTTGCCAGGCCCCCTCTCTCCA

   2850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2734 ATGCAGACACAGTTTTCACCCTCTTCTGTGGACAGCAATGGGCTGCAGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 197229 ATGCAGACACAGTTTTCACCCTCTTCTGTGGACAGCAATGGGCTGCAGTT

   2900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2784 AAGCTTCACTGAATCTCCCTGGGAAACCATGGAGTGGCTGGACCTCACTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 197279 AAGCTTCACTGAATCTCCCTGGGAAACCATGGAGTGGCTGGACCTCACTC

   2950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2834 CGCCAAATTCCACACCAGGCTTTAGCGCCCTCACCACCAGCAGCCCCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 197329 CGCCAAATTCCACACCAGGCTTTAGCGCCCTCACCACCAGCAGCCCCAGC

   3000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2884 ATCTTCAACATCGATTTCCTGGATGTCACTGATCTCAATTTGAATTCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 197379 ATCTTCAACATCGATTTCCTGGATGTCACTGATCTCAATTTGAATTCTTC

   3050     .    :    .    :    .
   2934 CATGGACCTTCACTTGCAGCAGTGG
        |||||||||||||||||||||||||
 197429 CATGGACCTTCACTTGCAGCAGTGG