seq1 = pF1KB0460.tfa, 2898 bp
seq2 = pF1KB0460/gi568815595f_185328582.tfa (gi568815595f:185328582_185582453), 253872 bp

>pF1KB0460 2898
>gi568815595f:185328582_185582453 (Chr3)

1-475  (100001-100475)   100% ->
476-659  (108866-109049)   100% ->
660-851  (114864-115055)   100% ->
852-1010  (119208-119366)   100% ->
1011-1169  (121319-121477)   100% ->
1170-1278  (122706-122814)   100% ->
1279-1388  (134969-135078)   100% ->
1389-1505  (137166-137282)   100% ->
1506-1643  (138245-138382)   100% ->
1644-2430  (144394-145180)   100% ->
2431-2501  (148745-148815)   100% ->
2502-2799  (151651-151948)   100% ->
2800-2898  (153774-153872)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCCAACTTTCAGGAGCACCTGAGCTGCTCCTCTTCTCCACACTTACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCCAACTTTCAGGAGCACCTGAGCTGCTCCTCTTCTCCACACTTACC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CTTCAGTGAAAGCAAAACCTTCAATGGACTACAAGATGAGCTCACAGCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CTTCAGTGAAAGCAAAACCTTCAATGGACTACAAGATGAGCTCACAGCTA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TGGGGAACCACCCTTCTCCCAAGCTGCTCGAGGACCAGCAGGAAAAGGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TGGGGAACCACCCTTCTCCCAAGCTGCTCGAGGACCAGCAGGAAAAGGGG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 ATGGTACGAACAGAGCTAATCGAGAGCGTGCACAGCCCCGTCACCACAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 ATGGTACGAACAGAGCTAATCGAGAGCGTGCACAGCCCCGTCACCACAAC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 AGTGTTGACGAGCGTAAGTGAGGATTCCAGGGACCAGTTTGAGAACAGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 AGTGTTGACGAGCGTAAGTGAGGATTCCAGGGACCAGTTTGAGAACAGCG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 TTCTTCAGCTAAGGGAACACGATGAATCAGAGACGGCGGTGTCTCAGGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 TTCTTCAGCTAAGGGAACACGATGAATCAGAGACGGCGGTGTCTCAGGGG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 AACAGCAACACGGTGGACGGAGAGAGCACAAGCGGAACTGAAGACATAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 AACAGCAACACGGTGGACGGAGAGAGCACAAGCGGAACTGAAGACATAAA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 GATTCAGTTCAGCAGGTCAGGCAGTGGCAGTGGTGGGTTTCTTGAAGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 GATTCAGTTCAGCAGGTCAGGCAGTGGCAGTGGTGGGTTTCTTGAAGGAC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 TATTTGGATGCTTAAGGCCTGTATGGAATATCATTGGGAAGGCATATTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 TATTTGGATGCTTAAGGCCTGTATGGAATATCATTGGGAAGGCATATTCC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 ACTGATTACAAATTGCAGCAGCAAG         ATACTTGGGAAGTGCC
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 100451 ACTGATTACAAATTGCAGCAGCAAGGTA...TAGATACTTGGGAAGTGCC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 ATTTGAGGAGATCTCAGAGCTGCAGTGGCTGGGTAGTGGAGCCCAAGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108882 ATTTGAGGAGATCTCAGAGCTGCAGTGGCTGGGTAGTGGAGCCCAAGGAG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    542 CGGTCTTCTTGGGCAAGTTCCGGGCGGAAGAGGTGGCCATCAAGAAAGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108932 CGGTCTTCTTGGGCAAGTTCCGGGCGGAAGAGGTGGCCATCAAGAAAGTG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    592 AGAGAACAGAATGAGACGGATATCAAGCATTTGAGGAAGTTGAAGCACCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108982 AGAGAACAGAATGAGACGGATATCAAGCATTTGAGGAAGTTGAAGCACCC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    642 TAACATCATCGCATTCAA         GGGTGTTTGTACTCAGGCCCCAT
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 109032 TAACATCATCGCATTCAAGTA...AAGGGGTGTTTGTACTCAGGCCCCAT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    683 GTTATTGTATTATCATGGAATACTGTGCCCATGGACAACTCTACGAGGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114887 GTTATTGTATTATCATGGAATACTGTGCCCATGGACAACTCTACGAGGTC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    733 TTACGAGCTGGCAGGAAGATCACACCTCGATTGCTAGTAGACTGGTCCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114937 TTACGAGCTGGCAGGAAGATCACACCTCGATTGCTAGTAGACTGGTCCAC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    783 AGGAATTGCAAGTGGAATGAATTATTTGCACCTCCATAAAATTATTCATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114987 AGGAATTGCAAGTGGAATGAATTATTTGCACCTCCATAAAATTATTCATC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    833 GTGATCTCAAATCACCTAA         TGTTTTAGTGACCCACACAGAT
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 115037 GTGATCTCAAATCACCTAAGTG...AAGTGTTTTAGTGACCCACACAGAT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    874 GCGGTAAAAATTTCAGATTTTGGTACATCTAAGGAACTCAGTGACAAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119230 GCGGTAAAAATTTCAGATTTTGGTACATCTAAGGAACTCAGTGACAAAAG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    924 TACCAAGATGTCATTTGCTGGCACGGTCGCATGGATGGCGCCAGAGGTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119280 TACCAAGATGTCATTTGCTGGCACGGTCGCATGGATGGCGCCAGAGGTGA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    974 TACGGAATGAACCTGTCTCTGAAAAAGTTGATATATG         GTCT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 119330 TACGGAATGAACCTGTCTCTGAAAAAGTTGATATATGGTG...TAGGTCT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1015 TTTGGAGTGGTGCTTTGGGAGCTGCTGACAGGAGAGATCCCTTACAAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121323 TTTGGAGTGGTGCTTTGGGAGCTGCTGACAGGAGAGATCCCTTACAAAGA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1065 TGTAGATTCTTCAGCCATTATCTGGGGTGTTGGAAGCAACAGCCTCCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121373 TGTAGATTCTTCAGCCATTATCTGGGGTGTTGGAAGCAACAGCCTCCACC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1115 TTCCAGTTCCTTCCACTTGCCCTGATGGATTCAAAATCCTTATGAAACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121423 TTCCAGTTCCTTCCACTTGCCCTGATGGATTCAAAATCCTTATGAAACAG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1165 ACGTG         GCAGAGTAAACCTCGAAACCGACCTTCTTTTCGGCA
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121473 ACGTGGTA...TAGGCAGAGTAAACCTCGAAACCGACCTTCTTTTCGGCA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1206 GACACTCATGCATTTAGACATTGCCTCTGCAGATGTACTTGCCACCCCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122742 GACACTCATGCATTTAGACATTGCCTCTGCAGATGTACTTGCCACCCCAC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1256 AAGAAACTTACTTCAAGTCTCAG         GCTGAATGGAGAGAAGAA
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 122792 AAGAAACTTACTTCAAGTCTCAGGTA...CAGGCTGAATGGAGAGAAGAA

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1297 GTGAAAAAACATTTTGAGAAGATCAAAAGTGAAGGAACTTGTATACACCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134987 GTGAAAAAACATTTTGAGAAGATCAAAAGTGAAGGAACTTGTATACACCG

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1347 GTTAGATGAAGAACTGATTCGAAGGCGCAGAGAAGAGCTCAG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 135037 GTTAGATGAAGAACTGATTCGAAGGCGCAGAGAAGAGCTCAGGTC...CA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1389  GCATGCGCTGGATATTCGTGAACACTATGAGCGGAAGCTTGAGCGGGCG
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137165 GGCATGCGCTGGATATTCGTGAACACTATGAGCGGAAGCTTGAGCGGGCG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1438 AATAATTTATACATGGAATTGAGTGCCATCATGCTGCAGCTAGAAATGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137215 AATAATTTATACATGGAATTGAGTGCCATCATGCTGCAGCTAGAAATGCG

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1488 GGAGAAGGAGCTCATTAA         GCGTGAGCAAGCAGTGGAAAAGA
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 137265 GGAGAAGGAGCTCATTAAGTA...CAGGCGTGAGCAAGCAGTGGAAAAGA

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1529 AGTATCCTGGGACCTACAAACGACACCCTGTTCGTCCTATCATCCATCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138268 AGTATCCTGGGACCTACAAACGACACCCTGTTCGTCCTATCATCCATCCC

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1579 AATGCCATGGAGAAACTCATGAAAAGGAAAGGAGTGCCTCACAAATCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138318 AATGCCATGGAGAAACTCATGAAAAGGAAAGGAGTGCCTCACAAATCTGG

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1629 GATGCAGACCAAACG         GCCAGACTTGTTGAGATCAGAAGGGA
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 138368 GATGCAGACCAAACGGTG...CAGGCCAGACTTGTTGAGATCAGAAGGGA

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1670 TCCCCACCACAGAAGTGGCTCCCACTGCATCCCCTTTGTCCGGAAGTCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 144420 TCCCCACCACAGAAGTGGCTCCCACTGCATCCCCTTTGTCCGGAAGTCCC

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1720 AAAATGTCCACTTCTAGCAGCAAGAGCCGATATCGAAGCAAACCACGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 144470 AAAATGTCCACTTCTAGCAGCAAGAGCCGATATCGAAGCAAACCACGCCA

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1770 CCGCCGAGGGAATAGCAGAGGCAGCCATAGTGACTTTGCCGCAATCTTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 144520 CCGCCGAGGGAATAGCAGAGGCAGCCATAGTGACTTTGCCGCAATCTTGA

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1820 AAAACCAGCCAGCCCAGGAAAATTCACCCCATCCCACTTACCTGCACCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 144570 AAAACCAGCCAGCCCAGGAAAATTCACCCCATCCCACTTACCTGCACCAA

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1870 GCTCAATCCCAATACCCTTCTCTTCATCACCATAATTCTCTGCAGCAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 144620 GCTCAATCCCAATACCCTTCTCTTCATCACCATAATTCTCTGCAGCAGCA

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1920 ATACCAGCAGCCCCCTCCTGCCATGTCCCAGAGTCACCATCCCAGACTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 144670 ATACCAGCAGCCCCCTCCTGCCATGTCCCAGAGTCACCATCCCAGACTCA

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1970 ATATGCACGGACAGGACATAGCAACCTGCGCCAACAACCTGAGGTATTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 144720 ATATGCACGGACAGGACATAGCAACCTGCGCCAACAACCTGAGGTATTTC

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2020 GGCCCAGCAGCAGCCCTGCGGAGCCCACTCAGCAACCATGCTCAGAGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 144770 GGCCCAGCAGCAGCCCTGCGGAGCCCACTCAGCAACCATGCTCAGAGACA

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2070 GCTGCCCGGCTCGAGCCCTGACCTCATCTCCACAGCCATGGCTGCAGACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 144820 GCTGCCCGGCTCGAGCCCTGACCTCATCTCCACAGCCATGGCTGCAGACT

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2120 GCTGGAGAAGTTCTGAGCCTGACAAGGGCCAAGCTGGTCCCTGGGGCTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 144870 GCTGGAGAAGTTCTGAGCCTGACAAGGGCCAAGCTGGTCCCTGGGGCTGT

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2170 TGCCAGGCTGACGCTTATGACCCCTGCCTTCAGTGCAGGCCAGAACAGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 144920 TGCCAGGCTGACGCTTATGACCCCTGCCTTCAGTGCAGGCCAGAACAGTA

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2220 TGGGTCCTTAGACATACCCTCTGCTGAGCCAGTGGGGAGGAGCCCTGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 144970 TGGGTCCTTAGACATACCCTCTGCTGAGCCAGTGGGGAGGAGCCCTGACC

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2270 TTTCCAAGTCACCAGCACATAATCCTCTCTTGGAAAACGCCCAGAGTTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 145020 TTTCCAAGTCACCAGCACATAATCCTCTCTTGGAAAACGCCCAGAGTTCT

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2320 GAGAAAACGGAAGAAAATGAATTCAGCGGCTGTAGGTCTGAGTCATCCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 145070 GAGAAAACGGAAGAAAATGAATTCAGCGGCTGTAGGTCTGAGTCATCCCT

   2450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2370 CGGCACCTCTCATCTCGGCACCCCTCCAGCGCTACCTCGAAAAACAAGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 145120 CGGCACCTCTCATCTCGGCACCCCTCCAGCGCTACCTCGAAAAACAAGGC

   2500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2420 CTCTGCAGAAG         AGTGGAGATGACTCCTCAGAAGAGGAAGAA
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 145170 CTCTGCAGAAGGTA...CAGAGTGGAGATGACTCCTCAGAAGAGGAAGAA

   2550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2461 GGGGAAGTAGATAGTGAAGTTGAATTTCCACGAAGACAGAG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 148775 GGGGAAGTAGATAGTGAAGTTGAATTTCCACGAAGACAGAGGTA...TAG

   2600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2502 GCCCCATCGCTGTATCAGCAGCTGCCAGTCATATTCAACCTTTAGCTCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 151651 GCCCCATCGCTGTATCAGCAGCTGCCAGTCATATTCAACCTTTAGCTCTG

   2650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2552 AGAATTTCTCTGTGTCTGATGGAGAAGAGGGAAATACCAGTGACCACTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 151701 AGAATTTCTCTGTGTCTGATGGAGAAGAGGGAAATACCAGTGACCACTCA

   2700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2602 AACAGTCCTGATGAGTTAGCTGATAAACTTGAAGACCGCTTGGCAGAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 151751 AACAGTCCTGATGAGTTAGCTGATAAACTTGAAGACCGCTTGGCAGAGAA

   2750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2652 GCTAGACGACCTGCTGTCCCAGACGCCAGAGATTCCCATTGACATATCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 151801 GCTAGACGACCTGCTGTCCCAGACGCCAGAGATTCCCATTGACATATCCT

   2800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2702 CACACTCGGATGGGCTCTCTGACAAGGAGTGTGCCGTGCGCCGTGTGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 151851 CACACTCGGATGGGCTCTCTGACAAGGAGTGTGCCGTGCGCCGTGTGAAG

   2850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2752 ACTCAGATGTCTCTGGGCAAGCTGTGTGTGGAGGAACGTGGCTATGAG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 151901 ACTCAGATGTCTCTGGGCAAGCTGTGTGTGGAGGAACGTGGCTATGAGGT

   2900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2800        AACCCCATGCAGTTTGAAGAATCGGACTGTGACTCTTCAGATG
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 151951 G...CAGAACCCCATGCAGTTTGAAGAATCGGACTGTGACTCTTCAGATG

   2950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2843 GGGAGTGTTCTGATGCCACAGTTAGGACCAATAAACACTACAGCTCTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 153817 GGGAGTGTTCTGATGCCACAGTTAGGACCAATAAACACTACAGCTCTGCT

   3000     .
   2893 ACCTGG
        ||||||
 153867 ACCTGG