seq1 = pF1KB0455.tfa, 1515 bp
seq2 = pF1KB0455/gi568815590f_11443225.tfa (gi568815590f:11443225_11664105), 220881 bp

>pF1KB0455 1515
>gi568815590f:11443225_11664105 (Chr8)

1-123  (100001-100123)   100% ->
124-175  (102828-102879)   100% ->
176-269  (104808-104901)   100% ->
270-368  (105800-105898)   100% ->
369-472  (106935-107038)   100% ->
473-619  (111519-111665)   100% ->
620-772  (112108-112260)   100% ->
773-952  (113434-113613)   99% ->
953-1029  (114738-114814)   100% ->
1030-1180  (118078-118228)   100% ->
1181-1312  (119755-119886)   100% ->
1313-1515  (120679-120881)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGGGCTGGTAAGTAGCAAAAAGCCGGACAAGGAAAAGCCGATCAAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGGGCTGGTAAGTAGCAAAAAGCCGGACAAGGAAAAGCCGATCAAAGA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GAAGGACAAGGGCCAATGGAGCCCCCTGAAGGTCAGCGCCCAAGACAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GAAGGACAAGGGCCAATGGAGCCCCCTGAAGGTCAGCGCCCAAGACAAGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 ACGCCCCGCCACTGCCGCCCCTG         GTTGTCTTCAACCACCTT
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 100101 ACGCCCCGCCACTGCCGCCCCTGGTG...AAGGTTGTCTTCAACCACCTT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 ACTCCTCCACCGCCCGATGAACACCTGGATGAAG         ACAAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 102846 ACTCCTCCACCGCCCGATGAACACCTGGATGAAGGTA...TAGACAAGCA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 TTTCGTGGTGGCTCTGTATGACTACACCGCTATGAATGATCGGGACCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104815 TTTCGTGGTGGCTCTGTATGACTACACCGCTATGAATGATCGGGACCTGC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 AGATGCTGAAGGGGGAGAAGCTACAGGTCCTGAAGGG         AACT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 104865 AGATGCTGAAGGGGGAGAAGCTACAGGTCCTGAAGGGGTG...TAGAACT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 GGAGACTGGTGGCTGGCCAGGTCACTCGTCACAGGAAGAGAAGGCTATGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105804 GGAGACTGGTGGCTGGCCAGGTCACTCGTCACAGGAAGAGAAGGCTATGT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 GCCCAGTAACTTTGTGGCCCGAGTGGAGAGCCTGGAAATGGAAAG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 105854 GCCCAGTAACTTTGTGGCCCGAGTGGAGAGCCTGGAAATGGAAAGGTA..

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    369     GTGGTTCTTTAGATCACAGGGTCGGAAGGAGGCTGAGAGGCAGCTT
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105904 .CAGGTGGTTCTTTAGATCACAGGGTCGGAAGGAGGCTGAGAGGCAGCTT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 CTTGCTCCAATCAACAAGGCCGGCTCCTTTCTTATCAGAGAGAGTGAAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106981 CTTGCTCCAATCAACAAGGCCGGCTCCTTTCTTATCAGAGAGAGTGAAAC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 CAACAAAG         GTGCCTTCTCCCTGTCTGTGAAGGATGTCACCA
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 107031 CAACAAAGGTA...CAGGTGCCTTCTCCCTGTCTGTGAAGGATGTCACCA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 CCCAGGGGGAGCTGATCAAGCACTATAAGATCCGCTGCCTGGATGAAGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111552 CCCAGGGGGAGCTGATCAAGCACTATAAGATCCGCTGCCTGGATGAAGGG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 GGCTACTACATCTCCCCCCGGATCACCTTCCCCTCGCTCCAGGCCCTGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111602 GGCTACTACATCTCCCCCCGGATCACCTTCCCCTCGCTCCAGGCCCTGGT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 GCAGCACTATTCTA         AGAAGGGGGATGGTCTATGCCAGAGGC
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 111652 GCAGCACTATTCTAGTA...CAGAGAAGGGGGATGGTCTATGCCAGAGGC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 TGACCCTGCCCTGTGTGCGCCCGGCCCCGCAGAATCCCTGGGCCCAGGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112135 TGACCCTGCCCTGTGTGCGCCCGGCCCCGCAGAATCCCTGGGCCCAGGAT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 GAATGGGAGATCCCCCGGCAGTCTCTCAGGCTGGTCAGGAAACTCGGGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112185 GAATGGGAGATCCCCCGGCAGTCTCTCAGGCTGGTCAGGAAACTCGGGTC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 TGGACAATTCGGCGAAGTCTGGATGG         GTTACTACAAAAACA
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 112235 TGGACAATTCGGCGAAGTCTGGATGGGTG...CAGGTTACTACAAAAACA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 ACATGAAGGTGGCCATTAAGACGCTGAAGGAGGGAACCATGTCTCCAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113449 ACATGAAGGTGGCCATTAAGACGCTGAAGGAGGGAACCATGTCTCCAGAA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 GCCTTCCTGGGTGAGGCCAACGTGATGAAGGCTCTGCAGCACGAGCGGCT
        ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113499 GCCTTTCTGGGTGAGGCCAACGTGATGAAGGCTCTGCAGCACGAGCGGCT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 GGTCCGACTCTACGCAGTGGTCACCAAGGAGCCCATCTACATTGTCACCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113549 GGTCCGACTCTACGCAGTGGTCACCAAGGAGCCCATCTACATTGTCACCG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 AGTACATGGCCAGAG         GATGCCTGCTGGATTTCCTGAAGACA
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 113599 AGTACATGGCCAGAGGTG...TAGGATGCCTGCTGGATTTCCTGAAGACA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    979 GATGAAGGGAGCAGATTGTCACTCCCAAGGCTGATTGACATGTCGGCGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114764 GATGAAGGGAGCAGATTGTCACTCCCAAGGCTGATTGACATGTCGGCGCA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1029 G         ATTGCTGAAGGGATGGCATACATTGAGCGCATGAATTCCA
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114814 GGTT...CAGATTGCTGAAGGGATGGCATACATTGAGCGCATGAATTCCA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1070 TCCACCGCGACCTGCGGGCGGCCAACATCCTGGTGTCTGAGGCCTTGTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118118 TCCACCGCGACCTGCGGGCGGCCAACATCCTGGTGTCTGAGGCCTTGTGC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1120 TGCAAAATTGCTGATTTTGGCTTGGCTCGAATCATCGACAGTGAATACAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118168 TGCAAAATTGCTGATTTTGGCTTGGCTCGAATCATCGACAGTGAATACAC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1170 GGCCCAAGAGG         GGGCCAAGTTCCCCATCAAGTGGACAGCCC
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 118218 GGCCCAAGAGGGTA...CAGGGGCCAAGTTCCCCATCAAGTGGACAGCCC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1211 CGGAAGCCATCCACTTCGGGGTCTTCACCATCAAAGCAGACGTGTGGTCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119785 CGGAAGCCATCCACTTCGGGGTCTTCACCATCAAAGCAGACGTGTGGTCG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1261 TTTGGAGTCCTCCTGATGGAAGTTGTCACTTATGGGCGGGTGCCATACCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119835 TTTGGAGTCCTCCTGATGGAAGTTGTCACTTATGGGCGGGTGCCATACCC

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1311 AG         GGATGAGCAACCCCGAGGTCATCCGCAACCTGGAGCGCG
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119885 AGGTA...CAGGGATGAGCAACCCCGAGGTCATCCGCAACCTGGAGCGCG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1352 GCTACCGCATGCCGCGCCCCGACACCTGCCCGCCCGAGCTGTACCGCGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120718 GCTACCGCATGCCGCGCCCCGACACCTGCCCGCCCGAGCTGTACCGCGGC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1402 GTCATCGCCGAGTGCTGGCGCAGCCGGCCCGAGGAGCGGCCCACCTTCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120768 GTCATCGCCGAGTGCTGGCGCAGCCGGCCCGAGGAGCGGCCCACCTTCGA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1452 GTTCCTGCAGTCGGTGCTGGAGGACTTCTACACGGCCACCGAGCGGCAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120818 GTTCCTGCAGTCGGTGCTGGAGGACTTCTACACGGCCACCGAGCGGCAGT

   1600     .    :
   1502 ACGAGCTGCAGCCC
        ||||||||||||||
 120868 ACGAGCTGCAGCCC