seq1 = pF1KB0453.tfa, 1515 bp
seq2 = pF1KB0453/gi568815597f_206954718.tfa (gi568815597f:206954718_207172368), 217651 bp

>pF1KB0453 1515
>gi568815597f:206954718_207172368 (Chr1)

1-85  (100001-100085)   100% ->
86-211  (107236-107361)   100% ->
212-308  (107903-107999)   100% ->
309-375  (108426-108492)   100% ->
376-450  (108630-108704)   100% ->
451-507  (109056-109112)   100% ->
508-632  (110319-110443)   100% ->
633-840  (112782-112989)   100% ->
841-987  (113446-113592)   100% ->
988-1092  (114707-114811)   100% ->
1093-1222  (115563-115692)   100% ->
1223-1285  (116471-116533)   100% ->
1286-1350  (116792-116856)   100% ->
1351-1515  (117487-117651)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTCTGGGGCATCTTCCTCAGAACAGAACAACAACAGCTATGAAACCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGTCTGGGGCATCTTCCTCAGAACAGAACAACAACAGCTATGAAACCAA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 AACCCCAAATCTTCGAATGTCAGAGAAGAAATGTT         CATGGG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 100051 AACCCCAAATCTTCGAATGTCAGAGAAGAAATGTTGTG...TAGCATGGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 CCTCCTACATGACCAACTCCCCGACTCTGATCGTTATGATTGGTTTGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107242 CCTCCTACATGACCAACTCCCCGACTCTGATCGTTATGATTGGTTTGCCA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GCCCGGGGTAAAACCTACGTGTCCAAGAAACTAACACGCTACCTCAACTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107292 GCCCGGGGTAAAACCTACGTGTCCAAGAAACTAACACGCTACCTCAACTG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GATTGGAGTCCCCACCAAAG         TGTTTAATCTTGGGGTGTATC
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 107342 GATTGGAGTCCCCACCAAAGGTA...CAGTGTTTAATCTTGGGGTGTATC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 GGCGTGAAGCAGTCAAGTCCTATAAGTCCTACGACTTCTTTCGGCATGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107924 GGCGTGAAGCAGTCAAGTCCTATAAGTCCTACGACTTCTTTCGGCATGAC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 AATGAGGAGGCCATGAAGATCCGCAA         ACAGTGTGCTCTGGT
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 107974 AATGAGGAGGCCATGAAGATCCGCAAGTG...CAGACAGTGTGCTCTGGT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 GGCGCTGGAAGATGTTAAGGCGTATCTCACTGAGGAGAATGGTCAGATTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108441 GGCGCTGGAAGATGTTAAGGCGTATCTCACTGAGGAGAATGGTCAGATTG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 CG         GTGTTTGATGCCACCAATACAACCCGGGAGAGGAGGGAC
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108491 CGGTA...CAGGTGTTTGATGCCACCAATACAACCCGGGAGAGGAGGGAC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 ATGATTTTGAACTTTGCTGAACAGAATTCCTTCAAG         GTATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 108669 ATGATTTTGAACTTTGCTGAACAGAATTCCTTCAAGGTA...CAGGTATT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    456 CTTTGTGGAATCCGTCTGTGATGATCCTGATGTCATTGCTGCCAATATTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109061 CTTTGTGGAATCCGTCTGTGATGATCCTGATGTCATTGCTGCCAATATTC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 TG         GAGGTTAAGGTATCAAGCCCTGACTATCCTGAAAGGAAC
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109111 TGGTT...CAGGAGGTTAAGGTATCAAGCCCTGACTATCCTGAAAGGAAC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    547 AGAGAGAACGTGATGGAGGACTTCCTGAAGAGAATTGAATGCTACAAAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110358 AGAGAGAACGTGATGGAGGACTTCCTGAAGAGAATTGAATGCTACAAAGT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    597 TACCTACCGACCTCTTGACCCAGACAACTATGACAA         GGATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 110408 TACCTACCGACCTCTTGACCCAGACAACTATGACAAGTA...CAGGGATC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    638 TTTCTTTCATCAAGGTGATAAACGTGGGCCAGCGATTTTTAGTCAACAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112787 TTTCTTTCATCAAGGTGATAAACGTGGGCCAGCGATTTTTAGTCAACAGA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    688 GTCCAGGACTACATCCAGAGCAAGATAGTCTACTACCTCATGAATATCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112837 GTCCAGGACTACATCCAGAGCAAGATAGTCTACTACCTCATGAATATCCA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    738 CGTCCAGCCTCGCACCATTTACCTTTGCCGGCATGGAGAAAGCGAGTTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112887 CGTCCAGCCTCGCACCATTTACCTTTGCCGGCATGGAGAAAGCGAGTTCA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 ATCTCTTGGGGAAGATTGGGGGTGACTCTGGCCTCTCGGTGCGGGGAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112937 ATCTCTTGGGGAAGATTGGGGGTGACTCTGGCCTCTCGGTGCGGGGAAAG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 CAG         TTTGCCCAAGCTCTAAGGAAATTTCTGGAGGAACAGGA
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112987 CAGGTG...CAGTTTGCCCAAGCTCTAAGGAAATTTCTGGAGGAACAGGA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    879 AATAACAGACCTCAAAGTGTGGACAAGCCAGTTGAAGAGGACCATACAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113484 AATAACAGACCTCAAAGTGTGGACAAGCCAGTTGAAGAGGACCATACAGA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    929 CTGCTGAATCTCTCGGGGTGCCCTATGAGCAGTGGAAGATTCTGAATGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113534 CTGCTGAATCTCTCGGGGTGCCCTATGAGCAGTGGAAGATTCTGAATGAG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    979 ATTGATGCT         GGTGTGTGTGAAGAGATGACCTATGCAGAGAT
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 113584 ATTGATGCTGTG...CAGGGTGTGTGTGAAGAGATGACCTATGCAGAGAT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1020 TGAGAAACGGTACCCAGAAGAGTTTGCACTTCGAGATCAAGAGAAGTATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114739 TGAGAAACGGTACCCAGAAGAGTTTGCACTTCGAGATCAAGAGAAGTATC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1070 TGTATCGATATCCTGGTGGGGAG         TCATACCAGGACCTGGTG
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 114789 TGTATCGATATCCTGGTGGGGAGGTA...CAGTCATACCAGGACCTGGTG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1111 CAGCGGCTGGAGCCTGTCATCATGGAGCTGGAACGTCAGGGCAATGTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115581 CAGCGGCTGGAGCCTGTCATCATGGAGCTGGAACGTCAGGGCAATGTCCT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1161 CGTCATCTCCCACCAGGCTGTCATGCGCTGCCTCCTGGCCTACTTCTTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115631 CGTCATCTCCCACCAGGCTGTCATGCGCTGCCTCCTGGCCTACTTCTTGG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1211 ATAAGGGCGCAG         ATGAGCTACCATACTTGAGATGCCCTCTC
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 115681 ATAAGGGCGCAGGTG...CAGATGAGCTACCATACTTGAGATGCCCTCTC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1252 CATACCATCTTCAAACTTACTCCTGTGGCCTATG         GGTGCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 116500 CATACCATCTTCAAACTTACTCCTGTGGCCTATGGTA...CAGGGTGCAA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1293 AGTGGAAACAATTAAACTTAACGTGGAGGCTGTGAACACGCACCGTGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116799 AGTGGAAACAATTAAACTTAACGTGGAGGCTGTGAACACGCACCGTGACA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1343 AGCCAACT         AACAACTTCCCCAAGAACCAAACCCCTGTAAGG
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 116849 AGCCAACTGTA...CAGAACAACTTCCCCAAGAACCAAACCCCTGTAAGG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1384 ATGAGAAGGAACAGCTTTACGCCTCTGTCCAGTTCGAATACAATAAGGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117520 ATGAGAAGGAACAGCTTTACGCCTCTGTCCAGTTCGAATACAATAAGGCG

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1434 TCCAAGAAATTACAGTGTTGGGAGCCGGCCCCTCAAGCCCCTCAGCCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117570 TCCAAGAAATTACAGTGTTGGGAGCCGGCCCCTCAAGCCCCTCAGCCCTC

   1600     .    :    .    :    .    :
   1484 TCCGTGCCCAGGACATGCAAGAAGGGGCCGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||
 117620 TCCGTGCCCAGGACATGCAAGAAGGGGCCGAC