seq1 = pF1KB0452.tfa, 2757 bp
seq2 = pF1KB0452/gi568815575f_67445147.tfa (gi568815575f:67445147_67823838), 378692 bp

>pF1KB0452 2757
>gi568815575f:67445147_67823838 (ChrX)

1-1613  (100001-101616)   99% ->
1614-1765  (198110-198261)   100% ->
1766-1882  (240864-240980)   100% ->
1883-2170  (266256-266543)   100% ->
2171-2315  (272332-272476)   100% ->
2316-2446  (276687-276817)   100% ->
2447-2604  (277681-277838)   100% ->
2605-2757  (278540-278692)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGAAGTGCAGTTAGGGCTGGGAAGGGTCTACCCTCGGCCGCCGTCCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGAAGTGCAGTTAGGGCTGGGAAGGGTCTACCCTCGGCCGCCGTCCAA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GACCTACCGAGGAGCTTTCCAGAATCTGTTCCAGAGCGTGCGCGAAGTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GACCTACCGAGGAGCTTTCCAGAATCTGTTCCAGAGCGTGCGCGAAGTGA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TCCAGAACCCGGGCCCCAGGCACCCAGAGGCCGCGAGCGCAGCACCTCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TCCAGAACCCGGGCCCCAGGCACCCAGAGGCCGCGAGCGCAGCACCTCCC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GGCGCCAGTTTGCTGCTGCT      GCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCA
        ||||||||||||||||||||------||||||||||||||||||||||||
 100151 GGCGCCAGTTTGCTGCTGCTGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    195 GCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAAGAGACTAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 GCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAAGAGACTAGCC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    245 CCAGGCAGCAGCAGCAGCAGCAGGGTGAGGATGGTTCTCCCCAAGCCCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 CCAGGCAGCAGCAGCAGCAGCAGGGTGAGGATGGTTCTCCCCAAGCCCAT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    295 CGTAGAGGCCCCACAGGCTACCTGGTCCTGGATGAGGAACAGCAACCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 CGTAGAGGCCCCACAGGCTACCTGGTCCTGGATGAGGAACAGCAACCTTC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    345 ACAGCCGCAGTCGGCCCTGGAGTGCCACCCCGAGAGAGGTTGCGTCCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 ACAGCCGCAGTCGGCCCTGGAGTGCCACCCCGAGAGAGGTTGCGTCCCAG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    395 AGCCTGGAGCCGCCGTGGCCGCCAGCAAGGGGCTGCCGCAGCAGCTGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 AGCCTGGAGCCGCCGTGGCCGCCAGCAAGGGGCTGCCGCAGCAGCTGCCA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    445 GCACCTCCGGACGAGGATGACTCAGCTGCCCCATCCACGTTGTCCCTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 GCACCTCCGGACGAGGATGACTCAGCTGCCCCATCCACGTTGTCCCTGCT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    495 GGGCCCCACTTTCCCCGGCTTAAGCAGCTGCTCCGCTGACCTTAAAGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 GGGCCCCACTTTCCCCGGCTTAAGCAGCTGCTCCGCTGACCTTAAAGACA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    545 TCCTGAGCGAGGCCAGCACCATGCAACTCCTTCAGCAACAGCAGCAGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 TCCTGAGCGAGGCCAGCACCATGCAACTCCTTCAGCAACAGCAGCAGGAA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    595 GCAGTATCCGAAGGCAGCAGCAGCGGGAGAGCGAGGGAAGCCTCGGGGGC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
 100601 GCAGTATCCGAAGGCAGCAGCAGCGGGAGAGCGAGGGAGGCCTCGGGGGC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    645 TCCCACTTCCTCCAAGGACAATTACTTAGGGGGCACTTCGACCATTTCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 TCCCACTTCCTCCAAGGACAATTACTTAGGGGGCACTTCGACCATTTCTG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    695 ACAACGCCAAGGAGTTGTGTAAGGCAGTGTCGGTGTCCATGGGCCTGGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100701 ACAACGCCAAGGAGTTGTGTAAGGCAGTGTCGGTGTCCATGGGCCTGGGT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    745 GTGGAGGCGTTGGAGCATCTGAGTCCAGGGGAACAGCTTCGGGGGGATTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100751 GTGGAGGCGTTGGAGCATCTGAGTCCAGGGGAACAGCTTCGGGGGGATTG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    795 CATGTACGCCCCACTTTTGGGAGTTCCACCCGCTGTGCGTCCCACTCCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100801 CATGTACGCCCCACTTTTGGGAGTTCCACCCGCTGTGCGTCCCACTCCTT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    845 GTGCCCCATTGGCCGAATGCAAAGGTTCTCTGCTAGACGACAGCGCAGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100851 GTGCCCCATTGGCCGAATGCAAAGGTTCTCTGCTAGACGACAGCGCAGGC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    895 AAGAGCACTGAAGATACTGCTGAGTATTCCCCTTTCAAGGGAGGTTACAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100901 AAGAGCACTGAAGATACTGCTGAGTATTCCCCTTTCAAGGGAGGTTACAC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    945 CAAAGGGCTAGAAGGCGAGAGCCTAGGCTGCTCTGGCAGCGCTGCAGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100951 CAAAGGGCTAGAAGGCGAGAGCCTAGGCTGCTCTGGCAGCGCTGCAGCAG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    995 GGAGCTCCGGGACACTTGAACTGCCGTCTACCCTGTCTCTCTACAAGTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101001 GGAGCTCCGGGACACTTGAACTGCCGTCTACCCTGTCTCTCTACAAGTCC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1045 GGAGCACTGGACGAGGCAGCTGCGTACCAGAGTCGCGACTACTACAACTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101051 GGAGCACTGGACGAGGCAGCTGCGTACCAGAGTCGCGACTACTACAACTT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1095 TCCACTGGCTCTGGCCGGACCGCCGCCCCCTCCGCCGCCTCCCCATCCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101101 TCCACTGGCTCTGGCCGGACCGCCGCCCCCTCCGCCGCCTCCCCATCCCC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1145 ACGCTCGCATCAAGCTGGAGAACCCGCTGGACTACGGCAGCGCCTGGGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101151 ACGCTCGCATCAAGCTGGAGAACCCGCTGGACTACGGCAGCGCCTGGGCG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1195 GCTGCGGCGGCGCAGTGCCGCTATGGGGACCTGGCGAGCCTGCATGGCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101201 GCTGCGGCGGCGCAGTGCCGCTATGGGGACCTGGCGAGCCTGCATGGCGC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1245 GGGTGCAGCGGGACCCGGTTCTGGGTCACCCTCAGCCGCCGCTTCCTCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101251 GGGTGCAGCGGGACCCGGTTCTGGGTCACCCTCAGCCGCCGCTTCCTCAT

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1295 CCTGGCACACTCTCTTCACAGCCGAAGAAGGCCAGTTGTATGGACCGTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101301 CCTGGCACACTCTCTTCACAGCCGAAGAAGGCCAGTTGTATGGACCGTGT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1345 GGTGGTGGTGGGGGTGGTGGCGGCGGCGGCGGCGGCGGCGGCGGCGGCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101351 GGTGGTGGTGGGGGTGGTGGCGGCGGCGGCGGCGGCGGCGGCGGCGGCGG

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1395 CGGCGGCGGCGGCGGCGGCGGCGAGGCGGGAGCTGTAGCCCCCTACGGCT
        ||||||||||||||||||||---|||||||||||||||||||||||||||
 101401 CGGCGGCGGCGGCGGCGGCG   AGGCGGGAGCTGTAGCCCCCTACGGCT

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1445 ACACTCGGCCCCCTCAGGGGCTGGCGGGCCAGGAAAGCGACTTCACCGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101448 ACACTCGGCCCCCTCAGGGGCTGGCGGGCCAGGAAAGCGACTTCACCGCA

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1495 CCTGATGTGTGGTACCCTGGCGGCATGGTGAGCAGAGTGCCCTATCCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101498 CCTGATGTGTGGTACCCTGGCGGCATGGTGAGCAGAGTGCCCTATCCCAG

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1545 TCCCACTTGTGTCAAAAGCGAAATGGGCCCCTGGATGGATAGCTACTCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101548 TCCCACTTGTGTCAAAAGCGAAATGGGCCCCTGGATGGATAGCTACTCCG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1595 GACCTTACGGGGACATGCG         TTTGGAGACTGCCAGGGACCAT
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 101598 GACCTTACGGGGACATGCGGTA...CAGTTTGGAGACTGCCAGGGACCAT

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1636 GTTTTGCCCATTGACTATTACTTTCCACCCCAGAAGACCTGCCTGATCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 198132 GTTTTGCCCATTGACTATTACTTTCCACCCCAGAAGACCTGCCTGATCTG

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1686 TGGAGATGAAGCTTCTGGGTGTCACTATGGAGCTCTCACATGTGGAAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 198182 TGGAGATGAAGCTTCTGGGTGTCACTATGGAGCTCTCACATGTGGAAGCT

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1736 GCAAGGTCTTCTTCAAAAGAGCCGCTGAAG         GGAAACAGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 198232 GCAAGGTCTTCTTCAAAAGAGCCGCTGAAGGTA...CAGGGAAACAGAAG

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1777 TACCTGTGCGCCAGCAGAAATGATTGCACTATTGATAAATTCCGAAGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 240875 TACCTGTGCGCCAGCAGAAATGATTGCACTATTGATAAATTCCGAAGGAA

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1827 AAATTGTCCATCTTGTCGTCTTCGGAAATGTTATGAAGCAGGGATGACTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 240925 AAATTGTCCATCTTGTCGTCTTCGGAAATGTTATGAAGCAGGGATGACTC

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1877 TGGGAG         CCCGGAAGCTGAAGAAACTTGGTAATCTGAAACTA
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 240975 TGGGAGGTA...TAGCCCGGAAGCTGAAGAAACTTGGTAATCTGAAACTA

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1918 CAGGAGGAAGGAGAGGCTTCCAGCACCACCAGCCCCACTGAGGAGACAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 266291 CAGGAGGAAGGAGAGGCTTCCAGCACCACCAGCCCCACTGAGGAGACAAC

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1968 CCAGAAGCTGACAGTGTCACACATTGAAGGCTATGAATGTCAGCCCATCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 266341 CCAGAAGCTGACAGTGTCACACATTGAAGGCTATGAATGTCAGCCCATCT

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2018 TTCTGAATGTCCTGGAAGCCATTGAGCCAGGTGTAGTGTGTGCTGGACAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 266391 TTCTGAATGTCCTGGAAGCCATTGAGCCAGGTGTAGTGTGTGCTGGACAC

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2068 GACAACAACCAGCCCGACTCCTTTGCAGCCTTGCTCTCTAGCCTCAATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 266441 GACAACAACCAGCCCGACTCCTTTGCAGCCTTGCTCTCTAGCCTCAATGA

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2118 ACTGGGAGAGAGACAGCTTGTACACGTGGTCAAGTGGGCCAAGGCCTTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 266491 ACTGGGAGAGAGACAGCTTGTACACGTGGTCAAGTGGGCCAAGGCCTTGC

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2168 CTG         GCTTCCGCAACTTACACGTGGACGACCAGATGGCTGTC
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 266541 CTGGTA...CAGGCTTCCGCAACTTACACGTGGACGACCAGATGGCTGTC

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2209 ATTCAGTACTCCTGGATGGGGCTCATGGTGTTTGCCATGGGCTGGCGATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 272370 ATTCAGTACTCCTGGATGGGGCTCATGGTGTTTGCCATGGGCTGGCGATC

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2259 CTTCACCAATGTCAACTCCAGGATGCTCTACTTCGCCCCTGATCTGGTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 272420 CTTCACCAATGTCAACTCCAGGATGCTCTACTTCGCCCCTGATCTGGTTT

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2309 TCAATGA         GTACCGCATGCACAAGTCCCGGATGTACAGCCAG
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 272470 TCAATGAGTA...CAGGTACCGCATGCACAAGTCCCGGATGTACAGCCAG

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2350 TGTGTCCGAATGAGGCACCTCTCTCAAGAGTTTGGATGGCTCCAAATCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 276721 TGTGTCCGAATGAGGCACCTCTCTCAAGAGTTTGGATGGCTCCAAATCAC

   2450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2400 CCCCCAGGAATTCCTGTGCATGAAAGCACTGCTACTCTTCAGCATTA   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 276771 CCCCCAGGAATTCCTGTGCATGAAAGCACTGCTACTCTTCAGCATTAGTA

   2500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2447       TTCCAGTGGATGGGCTGAAAAATCAAAAATTCTTTGATGAACTT
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 276821 ...CAGTTCCAGTGGATGGGCTGAAAAATCAAAAATTCTTTGATGAACTT

   2550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2491 CGAATGAACTACATCAAGGAACTCGATCGTATCATTGCATGCAAAAGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 277725 CGAATGAACTACATCAAGGAACTCGATCGTATCATTGCATGCAAAAGAAA

   2600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2541 AAATCCCACATCCTGCTCAAGACGCTTCTACCAGCTCACCAAGCTCCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 277775 AAATCCCACATCCTGCTCAAGACGCTTCTACCAGCTCACCAAGCTCCTGG

   2650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2591 ACTCCGTGCAGCCT         ATTGCGAGAGAGCTGCATCAGTTCACT
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 277825 ACTCCGTGCAGCCTGTA...CAGATTGCGAGAGAGCTGCATCAGTTCACT

   2700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2632 TTTGACCTGCTAATCAAGTCACACATGGTGAGCGTGGACTTTCCGGAAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 278567 TTTGACCTGCTAATCAAGTCACACATGGTGAGCGTGGACTTTCCGGAAAT

   2750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2682 GATGGCAGAGATCATCTCTGTGCAAGTGCCCAAGATCCTTTCTGGGAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 278617 GATGGCAGAGATCATCTCTGTGCAAGTGCCCAAGATCCTTTCTGGGAAAG

   2800     .    :    .    :    .
   2732 TCAAGCCCATCTATTTCCACACCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||
 278667 TCAAGCCCATCTATTTCCACACCCAG