seq1 = pF1KB0449.tfa, 1422 bp
seq2 = pF1KB0449/gi568815597f_205423168.tfa (gi568815597f:205423168_205630706), 207539 bp

>pF1KB0449 1422
>gi568815597f:205423168_205630706 (Chr1)

1-130  (100001-100130)   100% ->
131-273  (100316-100458)   100% ->
274-399  (101065-101190)   100% ->
400-456  (101972-102028)   100% ->
457-571  (102898-103012)   100% ->
572-666  (103200-103294)   100% ->
667-729  (103608-103670)   100% ->
730-853  (104627-104750)   100% ->
854-974  (104881-105001)   100% ->
975-1072  (105832-105929)   100% ->
1073-1178  (106157-106262)   100% ->
1179-1221  (106354-106396)   100% ->
1222-1312  (107092-107182)   100% ->
1313-1390  (107461-107538)   100% ->
1391-1422  (108177-108208)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGATCATGAACAAGATGAAGAACTTTAAGCGCCGTTTCTCCCTGTCAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGATCATGAACAAGATGAAGAACTTTAAGCGCCGTTTCTCCCTGTCAGT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GCCCCGCACTGAGACCATTGAAGAATCCTTGGCTGAATTCACGGAGCAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GCCCCGCACTGAGACCATTGAAGAATCCTTGGCTGAATTCACGGAGCAAT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TCAACCAGCTCCACAACCGGCGGAATGAGA         ACTTGCAGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 100101 TCAACCAGCTCCACAACCGGCGGAATGAGAGTG...TAGACTTGCAGCTC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GGTCCTCTTGGCAGAGACCCCCCGCAGGAGTGCAGCACCTTCTCCCCAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100327 GGTCCTCTTGGCAGAGACCCCCCGCAGGAGTGCAGCACCTTCTCCCCAAC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 AGACAGCGGGGAGGAGCCGGGGCAGCTCTCCCCTGGCGTGCAGTTCCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100377 AGACAGCGGGGAGGAGCCGGGGCAGCTCTCCCCTGGCGTGCAGTTCCAGC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 GGCGGCAGAACCAGCGCCGCTTCTCCATGGAG         GACGTCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 100427 GGCGGCAGAACCAGCGCCGCTTCTCCATGGAGGTA...CAGGACGTCAGC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 AAGAGGCTCTCTCTGCCCATGGATATCCGCCTGCCCCAGGAATTCCTACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101074 AAGAGGCTCTCTCTGCCCATGGATATCCGCCTGCCCCAGGAATTCCTACA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 GAAGCTACAGATGGAGAGCCCAGATCTGCCCAAGCCGCTCAGCCGCATGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101124 GAAGCTACAGATGGAGAGCCCAGATCTGCCCAAGCCGCTCAGCCGCATGT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 CCCGCCGGGCCTCCCTG         TCAGACATTGGCTTTGGGAAACTG
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 101174 CCCGCCGGGCCTCCCTGGTG...CAGTCAGACATTGGCTTTGGGAAACTG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 GAAACATACGTGAAACTGGACAAACTGGGAGAG         GGCACCTA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 101996 GAAACATACGTGAAACTGGACAAACTGGGAGAGGTA...CAGGGCACCTA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 TGCCACAGTCTTCAAAGGGCGCAGCAAACTGACGGAGAACCTTGTGGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102906 TGCCACAGTCTTCAAAGGGCGCAGCAAACTGACGGAGAACCTTGTGGCCC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 TGAAAGAGATCCGGCTGGAGCACGAGGAGGGAGCGCCCTGCACTGCCATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102956 TGAAAGAGATCCGGCTGGAGCACGAGGAGGGAGCGCCCTGCACTGCCATC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 CGAGAGG         TGTCTCTGCTGAAGAACCTGAAGCACGCCAATAT
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103006 CGAGAGGGTA...CAGTGTCTCTGCTGAAGAACCTGAAGCACGCCAATAT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 TGTGACCCTGCATGACCTCATCCACACAGATCGGTCCCTCACCCTGGTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103234 TGTGACCCTGCATGACCTCATCCACACAGATCGGTCCCTCACCCTGGTGT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 TTGAGTACCTG         GACAGTGACCTGAAGCAGTATCTGGACCAC
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 103284 TTGAGTACCTGGTG...CAGGACAGTGACCTGAAGCAGTATCTGGACCAC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 TGTGGGAACCTCATGAGCATGCACAACGTCAAG         ATTTTCAT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 103638 TGTGGGAACCTCATGAGCATGCACAACGTCAAGGTG...CAGATTTTCAT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    738 GTTCCAGCTGCTCCGGGGCCTCGCCTACTGTCACCACCGCAAGATCCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104635 GTTCCAGCTGCTCCGGGGCCTCGCCTACTGTCACCACCGCAAGATCCTGC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 ACCGGGACCTGAAGCCCCAGAACCTGCTCATCAACGAGAGGGGGGAGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104685 ACCGGGACCTGAAGCCCCAGAACCTGCTCATCAACGAGAGGGGGGAGCTG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 AAGCTGGCCGACTTTG         GACTGGCCAGGGCCAAGTCAGTGCC
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 104735 AAGCTGGCCGACTTTGGTG...CAGGACTGGCCAGGGCCAAGTCAGTGCC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    879 CACAAAGACTTACTCCAATGAGGTGGTGACCCTGTGGTACAGGCCCCCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104906 CACAAAGACTTACTCCAATGAGGTGGTGACCCTGTGGTACAGGCCCCCCG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    929 ATGTGCTGCTGGGATCCACAGAGTACTCCACCCCCATTGATATGTG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 104956 ATGTGCTGCTGGGATCCACAGAGTACTCCACCCCCATTGATATGTGGTG.

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    975      GGGCGTGGGCTGCATCCACTACGAGATGGCCACAGGGAGGCCCCT
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105006 ..CAGGGGCGTGGGCTGCATCCACTACGAGATGGCCACAGGGAGGCCCCT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1020 CTTCCCGGGCTCCACAGTCAAGGAGGAGCTGCACCTCATCTTTCGCCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105877 CTTCCCGGGCTCCACAGTCAAGGAGGAGCTGCACCTCATCTTTCGCCTCC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1070 TCG         GGACCCCCACAGAAGAGACGTGGCCCGGCGTGACCGCC
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105927 TCGGTC...CAGGGACCCCCACAGAAGAGACGTGGCCCGGCGTGACCGCC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1111 TTCTCTGAGTTCCGCACCTACAGCTTCCCCTGCTACCTCCCGCAGCCGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106195 TTCTCTGAGTTCCGCACCTACAGCTTCCCCTGCTACCTCCCGCAGCCGCT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1161 CATCAACCACGCGCCCAG         GTTGGATACGGATGGCATCCACC
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 106245 CATCAACCACGCGCCCAGGTA...CAGGTTGGATACGGATGGCATCCACC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1202 TCCTGAGCAGCCTGCTCCTG         TATGAATCCAAGAGTCGCATG
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 106377 TCCTGAGCAGCCTGCTCCTGGTG...CAGTATGAATCCAAGAGTCGCATG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1243 TCAGCAGAGGCTGCCCTGAGTCACTCCTACTTCCGGTCTCTGGGAGAGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107113 TCAGCAGAGGCTGCCCTGAGTCACTCCTACTTCCGGTCTCTGGGAGAGCG

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1293 TGTGCACCAGCTTGAAGACA         CTGCCTCCATCTTCTCCCTGA
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 107163 TGTGCACCAGCTTGAAGACAGTG...CAGCTGCCTCCATCTTCTCCCTGA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1334 AGGAGATCCAGCTCCAGAAGGACCCAGGCTACCGAGGCTTGGCCTTCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107482 AGGAGATCCAGCTCCAGAAGGACCCAGGCTACCGAGGCTTGGCCTTCCAG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .
   1384 CAGCCAG         GACGAGGGAAGAACAGGCGGCAGAGCATCTTC
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 107532 CAGCCAGGTA...CAGGACGAGGGAAGAACAGGCGGCAGAGCATCTTC