seq1 = pF1KB0443.tfa, 1116 bp
seq2 = pF1KB0443/gi568815589f_127686149.tfa (gi568815589f:127686149_127889540), 203392 bp

>pF1KB0443 1116
>gi568815589f:127686149_127889540 (Chr9)

1-92  (100001-100092)   98% ->
93-174  (100553-100634)   100% ->
175-265  (101370-101460)   100% ->
266-432  (101799-101965)   100% ->
433-604  (102066-102237)   100% ->
605-753  (102396-102544)   100% ->
754-1116  (103030-103392)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCGAAGCAGTACGACTCGGTGGAGTGCCCTTTTTGTGATGAAGTTTC
        ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCAAAGCAGTACGACTCGGTGGAGTGCCCTTTTTGTGATGAAGTTTC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CAAATACGAGAAGCTCGCCAAGATCGGCCAAGGCACCTTCGG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 100051 CAAATACGAGAAGCTCGCCAAGATCGGCCAAGGCACCTTCGGGTA...CA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     93  GGAGGTGTTCAAGGCCAGGCACCGCAAGACCGGCCAGAAGGTGGCTCTG
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100552 GGGAGGTGTTCAAGGCCAGGCACCGCAAGACCGGCCAGAAGGTGGCTCTG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 AAGAAGGTGCTGATGGAAAACGAGAAGGAGGGG         TTCCCCAT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 100602 AAGAAGGTGCTGATGGAAAACGAGAAGGAGGGGGTG...CAGTTCCCCAT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 TACAGCCTTGCGGGAGATCAAGATCCTTCAGCTTCTAAAACACGAGAATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101378 TACAGCCTTGCGGGAGATCAAGATCCTTCAGCTTCTAAAACACGAGAATG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 TGGTCAACTTGATTGAGATTTGTCGAACCAAAG         CTTCCCCC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 101428 TGGTCAACTTGATTGAGATTTGTCGAACCAAAGGTA...CAGCTTCCCCC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 TATAACCGCTGCAAGGGTAGTATATACCTGGTGTTCGACTTCTGCGAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101807 TATAACCGCTGCAAGGGTAGTATATACCTGGTGTTCGACTTCTGCGAGCA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 TGACCTTGCTGGGCTGTTGAGCAATGTTTTGGTCAAGTTCACGCTGTCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101857 TGACCTTGCTGGGCTGTTGAGCAATGTTTTGGTCAAGTTCACGCTGTCTG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 AGATCAAGAGGGTGATGCAGATGCTGCTTAACGGCCTCTACTACATCCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101907 AGATCAAGAGGGTGATGCAGATGCTGCTTAACGGCCTCTACTACATCCAC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 AGAAACAAG         ATCCTGCATAGGGACATGAAGGCTGCTAATGT
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 101957 AGAAACAAGGTG...CAGATCCTGCATAGGGACATGAAGGCTGCTAATGT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 GCTTATCACTCGTGATGGGGTCCTGAAGCTGGCAGACTTTGGGCTGGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102098 GCTTATCACTCGTGATGGGGTCCTGAAGCTGGCAGACTTTGGGCTGGCCC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 GGGCCTTCAGCCTGGCCAAGAACAGCCAGCCCAACCGCTACACCAACCGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102148 GGGCCTTCAGCCTGGCCAAGAACAGCCAGCCCAACCGCTACACCAACCGT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 GTGGTGACACTCTGGTACCGGCCCCCGGAGCTGTTGCTCG         G
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 102198 GTGGTGACACTCTGGTACCGGCCCCCGGAGCTGTTGCTCGGTG...CAGG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 GGAGCGGGACTACGGCCCCCCCATTGACCTGTGGGGTGCTGGGTGCATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102397 GGAGCGGGACTACGGCCCCCCCATTGACCTGTGGGGTGCTGGGTGCATCA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 TGGCAGAGATGTGGACCCGCAGCCCCATCATGCAGGGCAACACGGAGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102447 TGGCAGAGATGTGGACCCGCAGCCCCATCATGCAGGGCAACACGGAGCAG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 CACCAACTCGCCCTCATCAGTCAGCTCTGCGGCTCCATCACCCCTGAG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 102497 CACCAACTCGCCCTCATCAGTCAGCTCTGCGGCTCCATCACCCCTGAGGT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    754        GTGTGGCCAAACGTGGACAACTATGAGCTGTACGAAAAGCTGG
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102547 A...CAGGTGTGGCCAAACGTGGACAACTATGAGCTGTACGAAAAGCTGG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 AGCTGGTCAAGGGCCAGAAGCGGAAGGTGAAGGACAGGCTGAAGGCCTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103073 AGCTGGTCAAGGGCCAGAAGCGGAAGGTGAAGGACAGGCTGAAGGCCTAT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 GTGCGTGACCCATACGCACTGGACCTCATCGACAAGCTGCTGGTGCTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103123 GTGCGTGACCCATACGCACTGGACCTCATCGACAAGCTGCTGGTGCTGGA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 CCCTGCCCAGCGCATCGACAGCGATGACGCCCTCAACCACGACTTCTTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103173 CCCTGCCCAGCGCATCGACAGCGATGACGCCCTCAACCACGACTTCTTCT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    947 GGTCCGACCCCATGCCCTCCGACCTCAAGGGCATGCTCTCCACCCACCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103223 GGTCCGACCCCATGCCCTCCGACCTCAAGGGCATGCTCTCCACCCACCTG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    997 ACGTCCATGTTCGAGTACTTGGCACCACCGCGCCGGAAGGGCAGCCAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103273 ACGTCCATGTTCGAGTACTTGGCACCACCGCGCCGGAAGGGCAGCCAGAT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1047 CACCCAGCAGTCCACCAACCAGAGTCGCAATCCCGCCACCACCAACCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103323 CACCCAGCAGTCCACCAACCAGAGTCGCAATCCCGCCACCACCAACCAGA

   1150     .    :    .    :
   1097 CGGAGTTTGAGCGCGTCTTC
        ||||||||||||||||||||
 103373 CGGAGTTTGAGCGCGTCTTC