seq1 = pF1KB0441.tfa, 1332 bp
seq2 = pF1KB0441/gi568815581r_18228753.tfa (gi568815581r:18228753_18455981), 227229 bp

>pF1KB0441 1332
>gi568815581r:18228753_18455981 (Chr17)

(complement)

1-96  (100001-100096)   100% ->
97-242  (102165-102310)   100% ->
243-358  (107542-107657)   100% ->
359-519  (108326-108486)   100% ->
520-601  (115169-115250)   100% ->
602-814  (115727-115939)   100% ->
815-937  (122694-122816)   100% ->
938-1054  (125311-125427)   100% ->
1055-1165  (126594-126704)   100% ->
1166-1332  (127063-127229)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGACGATGCCAGTCAACGGGGCCCACAAGGATGCTGACCTGTGGTCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGACGATGCCAGTCAACGGGGCCCACAAGGATGCTGACCTGTGGTCCTC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 ACATGACAAGATGCTGGCACAACCCCTCAAAGACAGTGATGTTGAG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 100051 ACATGACAAGATGCTGGCACAACCCCTCAAAGACAGTGATGTTGAGGTG.

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     97      GTTTACAACATCATTAAGAAGGAGAGTAACCGGCAGAGGGTTGGA
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 ..AAGGTTTACAACATCATTAAGAAGGAGAGTAACCGGCAGAGGGTTGGA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 TTGGAGCTGATTGCCTCGGAGAATTTCGCCAGCCGAGCAGTTTTGGAGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102210 TTGGAGCTGATTGCCTCGGAGAATTTCGCCAGCCGAGCAGTTTTGGAGGC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CCTAGGCTCTTGCTTAAATAACAAATACTCTGAGGGGTACCCGGGCCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102260 CCTAGGCTCTTGCTTAAATAACAAATACTCTGAGGGGTACCCGGGCCAGA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 G         ATACTATGGCGGGACTGAGTTTATTGATGAACTGGAGACC
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102310 GGTA...CAGATACTATGGCGGGACTGAGTTTATTGATGAACTGGAGACC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 CTCTGTCAGAAGCGAGCCCTGCAGGCCTATAAGCTGGACCCACAGTGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107582 CTCTGTCAGAAGCGAGCCCTGCAGGCCTATAAGCTGGACCCACAGTGCTG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 GGGGGTCAACGTCCAGCCCTACTCAG         GCTCCCCTGCAAACT
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 107632 GGGGGTCAACGTCCAGCCCTACTCAGGTG...CAGGCTCCCCTGCAAACT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 TTGCTGTGTACACTGCCCTGGTGGAACCCCATGGGCGCATCATGGGCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108341 TTGCTGTGTACACTGCCCTGGTGGAACCCCATGGGCGCATCATGGGCCTG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 GACCTTCCGGATGGGGGCCACCTGACCCATGGGTTCATGACAGACAAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108391 GACCTTCCGGATGGGGGCCACCTGACCCATGGGTTCATGACAGACAAGAA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 GAAAATCTCTGCCACGTCCATCTTCTTTGAATCTATGCCCTACAAG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 108441 GAAAATCTCTGCCACGTCCATCTTCTTTGAATCTATGCCCTACAAGGTA.

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    520      GTGAACCCAGATACTGGCTACATCAACTATGACCAGCTGGAGGAG
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108491 ..CAGGTGAACCCAGATACTGGCTACATCAACTATGACCAGCTGGAGGAG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 AACGCACGCCTCTTCCACCCGAAGCTGATCATCGCAG         GAAC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 115214 AACGCACGCCTCTTCCACCCGAAGCTGATCATCGCAGGTG...CAGGAAC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 CAGCTGCTACTCCCGAAACCTGGAATATGCCCGGCTACGGAAGATTGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115731 CAGCTGCTACTCCCGAAACCTGGAATATGCCCGGCTACGGAAGATTGCAG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 ATGAGAACGGGGCGTATCTCATGGCGGACATGGCTCACATCAGCGGGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115781 ATGAGAACGGGGCGTATCTCATGGCGGACATGGCTCACATCAGCGGGCTG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 GTGGCGGCTGGCGTGGTGCCCTCCCCATTTGAACACTGCCATGTGGTGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115831 GTGGCGGCTGGCGTGGTGCCCTCCCCATTTGAACACTGCCATGTGGTGAC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 CACCACCACTCACAAGACCCTGCGAGGCTGCCGAGCTGGCATGATCTTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115881 CACCACCACTCACAAGACCCTGCGAGGCTGCCGAGCTGGCATGATCTTCT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 ACAGGAAAG         GGGTTGCTGTGGCACTGAAGCAAGCTATGACT
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 115931 ACAGGAAAGGTG...CAGGGGTTGCTGTGGCACTGAAGCAAGCTATGACT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 CTGGAATTTAAAGTTTATCAACACCAGGTGGTGGCCAACTGCAGGGCTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122726 CTGGAATTTAAAGTTTATCAACACCAGGTGGTGGCCAACTGCAGGGCTCT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 GTCTGAGGCCCTGACGGAGCTGGGCTACAAAATAGTCACAG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 122776 GTCTGAGGCCCTGACGGAGCTGGGCTACAAAATAGTCACAGGTA...CAG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 GTGGTTCTGACAACCATTTGATCCTTGTGGATCTCCGTTCCAAAGGCACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125311 GTGGTTCTGACAACCATTTGATCCTTGTGGATCTCCGTTCCAAAGGCACA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 GATGGTGGAAGGGCTGAGAAGGTGCTAGAAGCCTGTTCTATTGCCTGCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125361 GATGGTGGAAGGGCTGAGAAGGTGCTAGAAGCCTGTTCTATTGCCTGCAA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1038 CAAGAACACCTGTCCAG         GTGACAGAAGCGCTCTGCGGCCCA
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 125411 CAAGAACACCTGTCCAGGTG...TAGGTGACAGAAGCGCTCTGCGGCCCA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1079 GTGGACTGCGGCTGGGGACCCCAGCACTGACGTCCCGTGGACTTTTGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126618 GTGGACTGCGGCTGGGGACCCCAGCACTGACGTCCCGTGGACTTTTGGAA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1129 AAAGACTTCCAAAAAGTAGCCCACTTTATTCACAGAG         GGAT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 126668 AAAGACTTCCAAAAAGTAGCCCACTTTATTCACAGAGGTA...CAGGGAT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1170 AGAGCTGACCCTGCAGATCCAGAGCGACACTGGTGTCAGAGCCACCCTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127067 AGAGCTGACCCTGCAGATCCAGAGCGACACTGGTGTCAGAGCCACCCTGA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1220 AAGAGTTCAAGGAGAGACTGGCAGGGGATAAGTACCAGGCGGCCGTGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127117 AAGAGTTCAAGGAGAGACTGGCAGGGGATAAGTACCAGGCGGCCGTGCAG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1270 GCTCTCCGGGAGGAGGTTGAGAGCTTCGCCTCTCTCTTCCCTCTGCCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127167 GCTCTCCGGGAGGAGGTTGAGAGCTTCGCCTCTCTCTTCCCTCTGCCTGG

   1400     .    :
   1320 CCTGCCTGACTTC
        |||||||||||||
 127217 CCTGCCTGACTTC