seq1 = pF1KB0437.tfa, 1443 bp
seq2 = pF1KB0437/gi568815589f_37386441.tfa (gi568815589f:37386441_37603199), 216759 bp

>pF1KB0437 1443
>gi568815589f:37386441_37603199 (Chr9)

1-366  (100001-100366)   99% ->
367-443  (101423-101499)   100% ->
444-529  (102875-102960)   100% ->
530-588  (106217-106275)   98% ->
589-733  (107119-107263)   99% ->
734-841  (108729-108836)   100% ->
842-938  (109450-109546)   100% ->
939-1072  (111651-111784)   100% ->
1073-1154  (114400-114481)   98% ->
1155-1286  (115273-115404)   100% ->
1287-1443  (116603-116759)   98%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTACCAGGCCTCTGCTGTCAGCCTCCTTCCGCGAGACATTCCCTCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGTACCAGGCCTCTGCTGTCAGCCTCCTTCCGCGAGACATTCCCTCCTG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TCACAGCCCCTCCCCAGGGTTCTCCCACCTCCCTACCTCCTCTTCTCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TCACAGCCCCTCCCCAGGGTTCTCCCACCTCCCTACCTCCTCTTCTCAGC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TGGCCCCGGATCTCCTCCAGTTCCCTTTGGGTCAGGACCCGAGCTTCCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TGGCCCCGGATCTCCTCCAGTTCCCTTTGGGTCAGGACCCGAGCTTCCTT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GCCATCCCCATTCTGGCACTCCCTCCCAGTGACAGTCTAGTCCCACCGTA
        ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GCCATCCCCATTCTGACACTCCCTCCCAGTGACAGTCTAGTCCCACCGTA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CATTGTGTGGTACATTGTGTGGCCTTCTGCTCTCATCTCATTCTTGGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 CATTGTGTGGTACATTGTGTGGCCTTCTGCTCTCATCTCATTCTTGGGCT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 GCACTCTTACAGTCCAGTTCTCCAACGGGAAGCTACAGAGTCCAGGCAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 GCACTCTTACAGTCCAGTTCTCCAACGGGAAGCTACAGAGTCCAGGCAAC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 ATGCGCTTTACCTTGTATGAGAACAAAGATTCCACCAACCCCAGGAAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 ATGCGCTTTACCTTGTATGAGAACAAAGATTCCACCAACCCCAGGAAGAG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 GAATCAACGGATCCTG         GCAGCTGAAACAGATAGGCTCTCCT
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 100351 GAATCAACGGATCCTGGTA...TAGGCAGCTGAAACAGATAGGCTCTCCT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 ATGTGGGAAACAATTTTGGGACTGGAGCCCTCAAATGCAACACTTTGTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101448 ATGTGGGAAACAATTTTGGGACTGGAGCCCTCAAATGCAACACTTTGTGC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 AG         GCACTTTGTGGGAATTTTGAACAAGACCTCTGGCCAAAT
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101498 AGGTA...CAGGCACTTTGTGGGAATTTTGAACAAGACCTCTGGCCAAAT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 GGAAGTATATGATGCTGAATTGTTCAACATGCAGCCACTATTTTCAG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 102914 GGAAGTATATGATGCTGAATTGTTCAACATGCAGCCACTATTTTCAGGTA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    530       ATGTATCAGTTGAGAGTGAACTGGCTCTAGAGAGTCAGACCAAA
        ...>>>||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
 102964 ...TAGATGTATCAGTTGAGAGTGAACTGGCGCTAGAGAGTCAGACCAAA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 ACTTACAGAGAAAAG         ATGGATTCTTGTATTGAAGCCTTTGG
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 106261 ACTTACAGAGAAAAGGTG...CAGATGGATTCTTGTATTGAAGCCTTTGG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 TACCACTAAACAGAAGCGAGCTCTGAACACCAGGAGAATGAACAGAGTTG
        |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107145 TACCACCAAACAGAAGCGAGCTCTGAACACCAGGAGAATGAACAGAGTTG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 GCAATGAATCTTTGAATCGTGCAGTGGCTAAAGCTGCAGAGACTATCATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107195 GCAATGAATCTTTGAATCGTGCAGTGGCTAAAGCTGCAGAGACTATCATT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 GATACGAAGGGTGTGACTG         CTCTGGTCAGCGATGCTATCCA
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 107245 GATACGAAGGGTGTGACTGGTA...AAGCTCTGGTCAGCGATGCTATCCA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 CAATGACTTGCAAGATGACTCCCTCTACCTTCCTCCCTGCTATGATGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108751 CAATGACTTGCAAGATGACTCCCTCTACCTTCCTCCCTGCTATGATGATG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 CAGCCAAGCCTGAAGACGTGTATAAATTTGAAGATC         TTCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 108801 CAGCCAAGCCTGAAGACGTGTATAAATTTGAAGATCGTA...TAGTTCTT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 TCCCCTGCGGAGTATGAAGCTCTTCAGAGCCCATCTGAAGCTTTCAGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109455 TCCCCTGCGGAGTATGAAGCTCTTCAGAGCCCATCTGAAGCTTTCAGGAA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 CGTCACGTCAGAAGAAATACTGAAGATGATTGAGGAGAACAG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 109505 CGTCACGTCAGAAGAAATACTGAAGATGATTGAGGAGAACAGGTA...TA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    939  CCATTGCACCTTTGTCATAGAAGCGTTGAAGTCTTTGCCATCAGATGTG
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111650 GCCATTGCACCTTTGTCATAGAAGCGTTGAAGTCTTTGCCATCAGATGTG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 GAGAGCCGAGACCGCCAGGCCCGATGCATATGGTTTCTGGATACCCTCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111700 GAGAGCCGAGACCGCCAGGCCCGATGCATATGGTTTCTGGATACCCTCAT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1038 CAAATTTCGAGCTCATAGGGTAGTTAAGCGGAAAA         GTGCTC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 111750 CAAATTTCGAGCTCATAGGGTAGTTAAGCGGAAAAGTA...TAGGTGCTC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1079 TGGGACCTGGAGTTCCCCACATCATCAACACCAAACTGCTGAAGCACTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114406 TGGGACCTGGAGTTCCCCACATCATCAACACCAAACTGCTGAAGCACTTT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1129 ACCTGCTTGACCTACAACAATGGCAG         ATTACGGAACTTAAT
        || |||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 114456 ACTTGCTTGACCTACAACAATGGCAGGTC...TAGATTACGGAACTTAAT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1170 TTCGGATTCTATGAAGGCGAAGATTACTGCATATGTGATCATACTTGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115288 TTCGGATTCTATGAAGGCGAAGATTACTGCATATGTGATCATACTTGCCT

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1220 TGCACATACATGACTTCCAAATTGACCTGACAGTGTTACAGAGGGACTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115338 TGCACATACATGACTTCCAAATTGACCTGACAGTGTTACAGAGGGACTTG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1270 AAGCTCAGTGAGAAAAG         GATGATGGAGATAGCCAAAGCCAT
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 115388 AAGCTCAGTGAGAAAAGGTG...TAGGATGATGGAGATAGCCAAAGCCAT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1311 GAGGCTGAAGATCTCCAAAAGAAAGGTGTCTGTGGCCGCCGGCAGTGAAG
        ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
 116627 GAGGCTGAAGATCTCCAAAAGAAGGGTGTCTGTGGCCGCCGGCAGTGAAG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1361 AAGATCACAAACTGGGCACCCTGTCCCTCCCGCTGCCTCCAGCCCAGACC
        |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116677 AAGATCACAAGCTGGGCACCCTGTCCCTCCCGCTGCCTCCAGCCCAGACC

   1500     .    :    .    :    .    :
   1411 TCAGACCGCCTGGCAAAGCGGAGGAAGATTACC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||
 116727 TCAGACCGCCTGGCAAAGCGGAGGAAGATTACC