seq1 = pF1KB0435.tfa, 1344 bp
seq2 = pF1KB0435/gi568815596r_108796910.tfa (gi568815596r:108796910_109031014), 234105 bp

>pF1KB0435 1344
>gi568815596r:108796910_109031014 (Chr2)

(complement)

1-51  (100001-100051)   100% ->
52-174  (100773-100895)   100% ->
175-356  (101636-101817)   100% ->
357-442  (107562-107647)   100% ->
443-529  (118251-118337)   100% ->
530-655  (119943-120068)   100% ->
656-730  (120165-120239)   100% ->
731-803  (120483-120555)   100% ->
804-963  (122996-123155)   100% ->
964-1024  (124647-124707)   100% ->
1025-1344  (133786-134105)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCCCATGTGGGGGACTGCACGCAGACGCCCTGGCTCCCCGTCCTGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCCCATGTGGGGGACTGCACGCAGACGCCCTGGCTCCCCGTCCTGGT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 G         GTGTCTCTGATGTGCTCAGCCCGAGCGGAATACTCAAACT
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GGTA...CAGGTGTCTCTGATGTGCTCAGCCCGAGCGGAATACTCAAACT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 GCGGTGAGAACGAGTACTACAACCAGACTACGGGGCTGTGCCAGGAGTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100813 GCGGTGAGAACGAGTACTACAACCAGACTACGGGGCTGTGCCAGGAGTGC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CCCCCGTGTGGGCCGGGAGAGGAGCCCTACCTG         TCCTGTGG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 100863 CCCCCGTGTGGGCCGGGAGAGGAGCCCTACCTGGTA...CAGTCCTGTGG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 CTACGGCACCAAAGACGAGGACTACGGCTGCGTCCCCTGCCCGGCGGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101644 CTACGGCACCAAAGACGAGGACTACGGCTGCGTCCCCTGCCCGGCGGAGA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 AGTTTTCCAAAGGAGGCTACCAGATATGCAGGCGTCACAAAGACTGTGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101694 AGTTTTCCAAAGGAGGCTACCAGATATGCAGGCGTCACAAAGACTGTGAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 GGCTTCTTCCGGGCCACCGTGCTGACACCAGGGGACATGGAGAATGACGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101744 GGCTTCTTCCGGGCCACCGTGCTGACACCAGGGGACATGGAGAATGACGC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 TGAGTGTGGCCCTTGCCTCCCTGG         CTACTACATGCTGGAGA
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 101794 TGAGTGTGGCCCTTGCCTCCCTGGGTA...TAGCTACTACATGCTGGAGA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 ACAGACCGAGGAACATCTATGGCATGGTCTGCTACTCCTGCCTCCTGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107579 ACAGACCGAGGAACATCTATGGCATGGTCTGCTACTCCTGCCTCCTGGCA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 CCCCCCAACACCAAGGAAT         GTGTGGGAGCCACTTCAGGAGC
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 107629 CCCCCCAACACCAAGGAATGTG...CAGGTGTGGGAGCCACTTCAGGAGC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 TTCTGCCAACTTCCCTGGCACCTCGGGCAGCAGCACCCTGTCTCCCTTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118273 TTCTGCCAACTTCCCTGGCACCTCGGGCAGCAGCACCCTGTCTCCCTTCC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 AGCACGCCCACAAAG         AACTCTCAGGCCAAGGACACCTGGCC
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 118323 AGCACGCCCACAAAGGTG...CAGAACTCTCAGGCCAAGGACACCTGGCC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 ACTGCCCTGATCATTGCAATGTCCACCATCTTCATCATGGCCATCGCCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119969 ACTGCCCTGATCATTGCAATGTCCACCATCTTCATCATGGCCATCGCCAT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 CGTCCTCATCATCATGTTCTACATCCTGAAGACAAAGCCCTCTGCCCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120019 CGTCCTCATCATCATGTTCTACATCCTGAAGACAAAGCCCTCTGCCCCAG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656          CCTGTTGCACCAGCCACCCGGGGAAGAGCGTGGAGGCCCAA
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120069 GTG...CAGCCTGTTGCACCAGCCACCCGGGGAAGAGCGTGGAGGCCCAA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 GTGAGCAAGGACGAGGAGAAGAAAGAGGCCCCAG         ACAACGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 120206 GTGAGCAAGGACGAGGAGAAGAAAGAGGCCCCAGGTC...CAGACAACGT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    738 GGTGATGTTCTCCGAGAAGGATGAATTTGAGAAGCTGACAGCAACTCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120490 GGTGATGTTCTCCGAGAAGGATGAATTTGAGAAGCTGACAGCAACTCCAG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 CAAAGCCCACCAAGAG         CGAGAACGATGCCTCATCCGAGAAT
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 120540 CAAAGCCCACCAAGAGGTA...CAGCGAGAACGATGCCTCATCCGAGAAT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    829 GAGCAGCTGCTGAGCCGGAGCGTCGACAGTGATGAGGAGCCCGCCCCTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123021 GAGCAGCTGCTGAGCCGGAGCGTCGACAGTGATGAGGAGCCCGCCCCTGA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    879 CAAGCAGGGCTCCCCGGAGCTGTGCCTGCTGTCGCTGGTTCACCTGGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123071 CAAGCAGGGCTCCCCGGAGCTGTGCCTGCTGTCGCTGGTTCACCTGGCCA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    929 GGGAGAAGTCTGCCACCAGCAACAAGTCAGCCGGG         ATTCAA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 123121 GGGAGAAGTCTGCCACCAGCAACAAGTCAGCCGGGGTG...CAGATTCAA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    970 AGCCGGAGGAAAAAGATCCTCGATGTGTATGCCAACGTGTGTGGAGTCGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124653 AGCCGGAGGAAAAAGATCCTCGATGTGTATGCCAACGTGTGTGGAGTCGT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1020 GGAAG         GTCTTAGCCCCACGGAGCTGCCATTTGATTGCCTCG
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124703 GGAAGGTA...TAGGTCTTAGCCCCACGGAGCTGCCATTTGATTGCCTCG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1061 AGAAGACTAGCCGAATGCTCAGCTCCACGTACAACTCTGAGAAGGCTGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133822 AGAAGACTAGCCGAATGCTCAGCTCCACGTACAACTCTGAGAAGGCTGTT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1111 GTGAAAACGTGGCGCCACCTCGCCGAGAGCTTCGGCCTGAAGAGGGATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133872 GTGAAAACGTGGCGCCACCTCGCCGAGAGCTTCGGCCTGAAGAGGGATGA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1161 GATTGGGGGCATGACAGACGGCATGCAACTCTTTGACCGCATCAGCACGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133922 GATTGGGGGCATGACAGACGGCATGCAACTCTTTGACCGCATCAGCACGG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1211 CAGGCTACAGCATCCCTGAGCTACTCACAAAACTGGTGCAGATTGAGCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133972 CAGGCTACAGCATCCCTGAGCTACTCACAAAACTGGTGCAGATTGAGCGG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1261 CTGGATGCTGTGGAGTCCTTGTGTGCAGACATACTGGAGTGGGCGGGGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134022 CTGGATGCTGTGGAGTCCTTGTGTGCAGACATACTGGAGTGGGCGGGGGT

   1400     .    :    .    :    .    :
   1311 TGTGCCACCTGCCTCCCAGCCACATGCTGCATCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134072 TGTGCCACCTGCCTCCCAGCCACATGCTGCATCC