seq1 = pF1KB0413.tfa, 1401 bp
seq2 = pF1KB0413/gi568815597f_31477149.tfa (gi568815597f:31477149_31686976), 209828 bp

>pF1KB0413 1401
>gi568815597f:31477149_31686976 (Chr1)

1-310  (100001-100310)   100% ->
311-374  (102056-102119)   100% ->
375-467  (106001-106093)   100% ->
468-582  (106313-106427)   100% ->
583-706  (107530-107653)   100% ->
707-857  (107738-107888)   100% ->
858-1047  (108003-108192)   100% ->
1048-1093  (108292-108337)   100% ->
1094-1217  (108605-108728)   100% ->
1218-1263  (109562-109607)   100% ->
1264-1401  (109691-109828)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTGGCGATGTCCACTGGGGCTACTGCTGTTGCTGCCGCTGGCTGGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGTGGCGATGTCCACTGGGGCTACTGCTGTTGCTGCCGCTGGCTGGCCA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CTTGGCTCTGGGTGCCCAGCAGGGTCGTGGGCGCCGGGAGCTAGCACCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CTTGGCTCTGGGTGCCCAGCAGGGTCGTGGGCGCCGGGAGCTAGCACCGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GTCTGCACCTGCGGGGCATCCGGGACGCGGGAGGCCGGTACTGCCAGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 GTCTGCACCTGCGGGGCATCCGGGACGCGGGAGGCCGGTACTGCCAGGAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CAGGACCTGTGCTGCCGCGGCCGTGCCGACGACTGTGCCCTGCCCTACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 CAGGACCTGTGCTGCCGCGGCCGTGCCGACGACTGTGCCCTGCCCTACCT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 GGGCGCCATCTGTTACTGTGACCTCTTCTGCAACCGCACGGTCTCCGACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 GGGCGCCATCTGTTACTGTGACCTCTTCTGCAACCGCACGGTCTCCGACT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 GCTGCCCTGACTTCTGGGACTTCTGCCTCGGCGTGCCACCCCCTTTTCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 GCTGCCCTGACTTCTGGGACTTCTGCCTCGGCGTGCCACCCCCTTTTCCC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 CCGATCCAAG         GATGTATGCATGGAGGTCGTATCTATCCAGT
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 CCGATCCAAGGTG...CAGGATGTATGCATGGAGGTCGTATCTATCCAGT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 CTTGGGAACGTACTGGGACAACTGTAACCGTTG         CACCTGCC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 102087 CTTGGGAACGTACTGGGACAACTGTAACCGTTGGTG...CAGCACCTGCC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 AGGAGAACAGGCAGTGGCAGTGTGACCAAGAACCATGCCTGGTGGATCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106009 AGGAGAACAGGCAGTGGCAGTGTGACCAAGAACCATGCCTGGTGGATCCA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 GACATGATCAAAGCCATCAACCAGGGCAACTATGG         CTGGCA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 106059 GACATGATCAAAGCCATCAACCAGGGCAACTATGGGTG...CAGCTGGCA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 GGCTGGGAACCACAGCGCCTTCTGGGGCATGACCCTGGATGAGGGCATTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106319 GGCTGGGAACCACAGCGCCTTCTGGGGCATGACCCTGGATGAGGGCATTC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 GCTACCGCCTGGGCACCATCCGCCCATCTTCCTCGGTCATGAACATGCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106369 GCTACCGCCTGGGCACCATCCGCCCATCTTCCTCGGTCATGAACATGCAT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 GAAATTTAT         ACAGTGCTGAACCCAGGGGAGGTGCTTCCCAC
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 106419 GAAATTTATGTA...CAGACAGTGCTGAACCCAGGGGAGGTGCTTCCCAC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 AGCCTTCGAGGCCTCTGAGAAGTGGCCCAACCTGATTCATGAGCCTCTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107562 AGCCTTCGAGGCCTCTGAGAAGTGGCCCAACCTGATTCATGAGCCTCTTG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 ACCAAGGCAACTGTGCAGGCTCCTGGGCCTTCTCCACAGCAG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 107612 ACCAAGGCAACTGTGCAGGCTCCTGGGCCTTCTCCACAGCAGGTA...CA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    707  CTGTGGCATCCGATCGTGTCTCAATCCATTCTCTGGGACACATGACGCC
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107737 GCTGTGGCATCCGATCGTGTCTCAATCCATTCTCTGGGACACATGACGCC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 TGTCCTGTCGCCCCAGAACCTGCTGTCTTGTGACACCCACCAGCAGCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107787 TGTCCTGTCGCCCCAGAACCTGCTGTCTTGTGACACCCACCAGCAGCAGG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 GCTGCCGCGGTGGGCGTCTCGATGGTGCCTGGTGGTTCCTGCGTCGCCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107837 GCTGCCGCGGTGGGCGTCTCGATGGTGCCTGGTGGTTCCTGCGTCGCCGA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    856 GG         GGTGGTGTCTGACCACTGCTACCCCTTCTCGGGCCGTGA
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107887 GGGTA...CAGGGTGGTGTCTGACCACTGCTACCCCTTCTCGGGCCGTGA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 ACGAGACGAGGCTGGCCCTGCGCCCCCCTGTATGATGCACAGCCGAGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108042 ACGAGACGAGGCTGGCCCTGCGCCCCCCTGTATGATGCACAGCCGAGCCA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    947 TGGGTCGGGGCAAGCGCCAGGCCACTGCCCACTGCCCCAACAGCTATGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108092 TGGGTCGGGGCAAGCGCCAGGCCACTGCCCACTGCCCCAACAGCTATGTT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    997 AATAACAATGACATCTACCAGGTCACTCCTGTCTACCGCCTCGGCTCCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108142 AATAACAATGACATCTACCAGGTCACTCCTGTCTACCGCCTCGGCTCCAA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1047 C         GACAAGGAGATCATGAAGGAGCTGATGGAGAATGGCCCTG
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108192 CGTA...CAGGACAAGGAGATCATGAAGGAGCTGATGGAGAATGGCCCTG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1088 TCCAAG         CCCTCATGGAGGTGCATGAGGACTTCTTCCTATAC
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108332 TCCAAGGTA...CAGCCCTCATGGAGGTGCATGAGGACTTCTTCCTATAC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1129 AAGGGAGGCATCTACAGCCACACGCCAGTGAGCCTTGGGAGGCCAGAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108640 AAGGGAGGCATCTACAGCCACACGCCAGTGAGCCTTGGGAGGCCAGAGAG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1179 ATACCGCCGGCATGGGACCCACTCAGTCAAGATCACAGG         AT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 108690 ATACCGCCGGCATGGGACCCACTCAGTCAAGATCACAGGGTG...CAGAT

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1220 GGGGAGAGGAGACGCTGCCAGATGGAAGGACGCTCAAATACTGG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 109564 GGGGAGAGGAGACGCTGCCAGATGGAAGGACGCTCAAATACTGGGTG...

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1264    ACTGCGGCCAACTCCTGGGGCCCAGCCTGGGGCGAGAGGGGCCACTT
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109688 CAGACTGCGGCCAACTCCTGGGGCCCAGCCTGGGGCGAGAGGGGCCACTT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1311 CCGCATCGTGCGCGGCGTCAATGAGTGCGACATCGAGAGCTTCGTGCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109738 CCGCATCGTGCGCGGCGTCAATGAGTGCGACATCGAGAGCTTCGTGCTGG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :
   1361 GCGTCTGGGGCCGCGTGGGCATGGAGGACATGGGTCATCAC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109788 GCGTCTGGGGCCGCGTGGGCATGGAGGACATGGGTCATCAC