seq1 = pF1KB0411.tfa, 1401 bp
seq2 = pF1KB0411/gi568815588f_30338939.tfa (gi568815588f:30338939_30560833), 221895 bp

>pF1KB0411 1401
>gi568815588f:30338939_30560833 (Chr10)

1-336  (100001-100336)   99% ->
337-504  (108844-109011)   99% ->
505-766  (111320-111581)   100% ->
767-873  (112700-112806)   100% ->
874-1026  (119146-119298)   100% ->
1027-1273  (120317-120563)   100% ->
1274-1401  (121768-121895)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGAGTACATGAGCACTGGAAGTGACAATAAAGAAGAGATTGATTTATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGAGTACATGAGCACTGGAAGTGACAATAAAGAAGAGATTGATTTATT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 AATTAAACATTTAAATGTGTCTGATGTAATAGACATTATGGAAAATCTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 AATTAAACATTTAAATGTGTCTGATGTAATAGACATTATGGAAAATCTTT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 ATGCAAGTGAAGAGCCAGCAGTTTATGAACCCAGTCTAATGACCATGTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 ATGCAAGTGAAGAGCCAGCAGTTTATGAACCCAGTCTAATGACCATGTGT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CAAGACAGTAATCAAAACGATGAGCGTTCTAAGTCTCTGCTGCTTAGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 CAAGACAGTAATCAAAACGATGAGCGTTCTAAGTCTCTGCTGCTTAGTGG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CCAAGAGGTACCATGGTTGTCATCAGTCAGATACGGAACTGTGGAGGATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
 100201 CCAAGAGGTACCATGGTTGTCATCAGTCAGATATGGAACTGTGGAGGATT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 TGCTTGCTTTTGCAAACCATATATCCAACACTGCAAAGCATTTTTATGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 TGCTTGCTTTTGCAAACCATATATCCAACACTGCAAAGCATTTTTATGGA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 CAACGACCACAGGAATCTGGAATTTTATTAAACATG         GTCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 100301 CAACGACCACAGGAATCTGGAATTTTATTAAACATGGTA...TAGGTCAT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 CACTCCCCAAAATGGACGTTACCAAATAGATTCCGATGTTCTCCTGATCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108849 CACTCCCCAAAATGGACGTTACCAAATAGATTCCGATGTTCTCCTGATCC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 CCTGGAAGCTGACTTATAGGAATATTGGTTCTGATTTTATTCCTCGGGGC
        |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
 108899 CCTGGAAGCTGACTTACAGGAATATTGGTTCTGATTTTATTCCTCGGGGC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 GCCTTTGGAAAGGTATACTTGGCACAAGATATAAAGACGAAGAAAAGAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108949 GCCTTTGGAAAGGTATACTTGGCACAAGATATAAAGACGAAGAAAAGAAT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 GGCGTGTAAACTG         ATCCCAGTAGATCAATTTAAGCCATCTG
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 108999 GGCGTGTAAACTGGTA...TAGATCCCAGTAGATCAATTTAAGCCATCTG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 ATGTGGAAATCCAGGCTTGCTTCCGGCACGAGAACATCGCAGAGCTGTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111348 ATGTGGAAATCCAGGCTTGCTTCCGGCACGAGAACATCGCAGAGCTGTAT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    583 GGCGCAGTCCTGTGGGGTGAAACTGTCCATCTCTTTATGGAAGCAGGCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111398 GGCGCAGTCCTGTGGGGTGAAACTGTCCATCTCTTTATGGAAGCAGGCGA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    633 GGGAGGGTCTGTTCTGGAGAAACTGGAGAGCTGTGGACCAATGAGAGAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111448 GGGAGGGTCTGTTCTGGAGAAACTGGAGAGCTGTGGACCAATGAGAGAAT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    683 TTGAAATTATTTGGGTGACAAAGCATGTTCTCAAGGGACTTGATTTTCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111498 TTGAAATTATTTGGGTGACAAAGCATGTTCTCAAGGGACTTGATTTTCTA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    733 CACTCAAAGAAAGTGATCCATCATGATATTAAAC         CTAGCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 111548 CACTCAAAGAAAGTGATCCATCATGATATTAAACGTA...TAGCTAGCAA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    774 CATTGTTTTCATGTCCACAAAAGCTGTTTTGGTGGATTTTGGCCTAAGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112707 CATTGTTTTCATGTCCACAAAAGCTGTTTTGGTGGATTTTGGCCTAAGTG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    824 TTCAAATGACCGAAGATGTCTATTTTCCTAAGGACCTCCGAGGAACAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112757 TTCAAATGACCGAAGATGTCTATTTTCCTAAGGACCTCCGAGGAACAGAG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    874          ATTTACATGAGCCCAGAGGTCATCCTGTGCAGGGGCCATTC
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112807 GTA...CAGATTTACATGAGCCCAGAGGTCATCCTGTGCAGGGGCCATTC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    915 AACCAAAGCAGACATCTACAGCCTGGGGGCCACGCTCATCCACATGCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119187 AACCAAAGCAGACATCTACAGCCTGGGGGCCACGCTCATCCACATGCAGA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    965 CGGGCACCCCACCCTGGGTGAAGCGCTACCCTCGCTCAGCCTATCCCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119237 CGGGCACCCCACCCTGGGTGAAGCGCTACCCTCGCTCAGCCTATCCCTCC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1015 TACCTGTACATA         ATCCACAAGCAAGCACCTCCACTGGAAGA
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 119287 TACCTGTACATAGTA...TAGATCCACAAGCAAGCACCTCCACTGGAAGA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1056 CATTGCAGATGACTGCAGTCCAGGGATGAGAGAGCTGATAGAAGCTTCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120346 CATTGCAGATGACTGCAGTCCAGGGATGAGAGAGCTGATAGAAGCTTCCC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1106 TGGAGAGAAACCCCAATCACCGCCCAAGAGCCGCAGACCTACTAAAACAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120396 TGGAGAGAAACCCCAATCACCGCCCAAGAGCCGCAGACCTACTAAAACAT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1156 GAGGCCCTGAACCCGCCCAGAGAGGATCAGCCACGCTGTCAGAGTCTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120446 GAGGCCCTGAACCCGCCCAGAGAGGATCAGCCACGCTGTCAGAGTCTGGA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1206 CTCTGCCCTCTTGGAGCGCAAGAGGCTGCTGAGTAGGAAGGAGCTGGAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120496 CTCTGCCCTCTTGGAGCGCAAGAGGCTGCTGAGTAGGAAGGAGCTGGAAC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1256 TTCCTGAGAACATTGCTG         ATTCTTCGTGCACAGGAAGCACC
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 120546 TTCCTGAGAACATTGCTGGTA...CAGATTCTTCGTGCACAGGAAGCACC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1297 GAGGAATCTGAGATGCTCAAGAGGCAACGCTCTCTCTACATCGACCTCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121791 GAGGAATCTGAGATGCTCAAGAGGCAACGCTCTCTCTACATCGACCTCGG

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1347 CGCTCTGGCTGGCTACTTCAATCTTGTTCGGGGACCACCAACGCTTGAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121841 CGCTCTGGCTGGCTACTTCAATCTTGTTCGGGGACCACCAACGCTTGAAT

   1450     .
   1397 ATGGC
        |||||
 121891 ATGGC