seq1 = pF1KB0407.tfa, 1395 bp
seq2 = pF1KB0407/gi568815592r_161250102.tfa (gi568815592r:161250102_162543475), 1293374 bp

>pF1KB0407 1395
>gi568815592r:161250102_162543475 (Chr6)

(complement)

1-171  (99995-100166)   98% ->
172-412  (280711-280951)   100% ->
413-535  (342224-342346)   100% ==
871-933  (974059-974121)   100% ->
934-1083  (994473-994622)   100% ->
1084-1167  (1156599-1156682)   100% ->
1168-1285  (1183271-1183388)   100% ->
1286-1395  (1193265-1193374)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAT AGTGTTTGTCAGGTTCAACTCCAGCCATGGTTTCCCAGTGGAGG
         || |-||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  99995 TTGGTCAGTGTTTGTCAGGTTCAACTCCAGCCATGGTTTCCCAGTGGAGG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     50 TCGATTCTGACACCAGCATCTTCCAGCTCAAGGAGGTGGTTGCTAAGCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100045 TCGATTCTGACACCAGCATCTTCCAGCTCAAGGAGGTGGTTGCTAAGCGA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    100 CAGGGGGTTCCGGCTGACCAGTTGCGTGTGATTTTCGCAGGGAAGGAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100095 CAGGGGGTTCCGGCTGACCAGTTGCGTGTGATTTTCGCAGGGAAGGAGCT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    150 GAGGAATGACTGGACTGTGCAG         AATTGTGACCTGGATCAGC
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 100145 GAGGAATGACTGGACTGTGCAGGTG...CAGAATTGTGACCTGGATCAGC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    191 AGAGCATTGTTCACATTGTGCAGAGACCGTGGAGAAAAGGTCAAGAAATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 280730 AGAGCATTGTTCACATTGTGCAGAGACCGTGGAGAAAAGGTCAAGAAATG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    241 AATGCAACTGGAGGCGACGACCCCAGAAACGCGGCGGGAGGCTGTGAGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 280780 AATGCAACTGGAGGCGACGACCCCAGAAACGCGGCGGGAGGCTGTGAGCG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    291 GGAGCCCCAGAGCTTGACTCGGGTGGACCTCAGCAGCTCAGTCCTCCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 280830 GGAGCCCCAGAGCTTGACTCGGGTGGACCTCAGCAGCTCAGTCCTCCCAG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    341 GAGACTCTGTGGGGCTGGCTGTCATTCTGCACACTGACAGCAGGAAGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 280880 GAGACTCTGTGGGGCTGGCTGTCATTCTGCACACTGACAGCAGGAAGGAC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    391 TCACCACCAGCTGGAAGTCCAG         CAGGTAGATCAATCTACAA
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 280930 TCACCACCAGCTGGAAGTCCAGGTA...CAGCAGGTAGATCAATCTACAA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    432 CAGCTTTTATGTGTATTGCAAAGGCCCCTGTCAAAGAGTGCAGCCGGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 342243 CAGCTTTTATGTGTATTGCAAAGGCCCCTGTCAAAGAGTGCAGCCGGGAA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    482 AACTCAGGGTACAGTGCAGCACCTGCAGGCAGGCAACGCTCACCTTGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 342293 AACTCAGGGTACAGTGCAGCACCTGCAGGCAGGCAACGCTCACCTTGACC

    550 
    532 CAGG
        ||||
 342343 CAGG

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    871 GCTGGCTGTCCCAACTCCTTGATTAAAGAGCTCCATCACTTCAGGATTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 974059 GCTGGCTGTCCCAACTCCTTGATTAAAGAGCTCCATCACTTCAGGATTCT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    921 GGGAGAAGAGCAG         TACAACCGGTACCAGCAGTATGGTGCAG
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 974109 GGGAGAAGAGCAGGTG...CAGTACAACCGGTACCAGCAGTATGGTGCAG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    962 AGGAGTGTGTCCTGCAGATGGGGGGCGTGTTATGCCCCCGCCCTGGCTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 994501 AGGAGTGTGTCCTGCAGATGGGGGGCGTGTTATGCCCCCGCCCTGGCTGT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1012 GGAGCGGGGCTGCTGCCGGAGCCTGACCAGAGGAAAGTCACCTGCGAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 994551 GGAGCGGGGCTGCTGCCGGAGCCTGACCAGAGGAAAGTCACCTGCGAAGG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1062 GGGCAATGGCCTGGGCTGTGGG         TTTGCCTTCTGCCGGGAAT
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 994601 GGGCAATGGCCTGGGCTGTGGGGTG...CAGTTTGCCTTCTGCCGGGAAT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1103 GTAAAGAAGCGTACCATGAAGGGGAGTGCAGTGCCGTATTTGAAGCCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
1156618 GTAAAGAAGCGTACCATGAAGGGGAGTGCAGTGCCGTATTTGAAGCCTCA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1153 GGAACAACTACTCAG         GCCTACAGAGTCGATGAAAGAGCCGC
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
1156668 GGAACAACTACTCAGGTA...CAGGCCTACAGAGTCGATGAAAGAGCCGC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1194 CGAGCAGGCTCGTTGGGAAGCAGCCTCCAAAGAAACCATCAAGAAAACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
1183297 CGAGCAGGCTCGTTGGGAAGCAGCCTCCAAAGAAACCATCAAGAAAACCA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1244 CCAAGCCCTGTCCCCGCTGCCATGTACCAGTGGAAAAAAATG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
1183347 CCAAGCCCTGTCCCCGCTGCCATGTACCAGTGGAAAAAAATGGTG...CA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1286  GAGGCTGCATGCACATGAAGTGTCCGCAGCCCCAGTGCAGGCTCGAGTG
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
1193264 GGAGGCTGCATGCACATGAAGTGTCCGCAGCCCCAGTGCAGGCTCGAGTG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1335 GTGCTGGAACTGTGGCTGCGAGTGGAACCGCGTCTGCATGGGGGACCACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
1193314 GTGCTGGAACTGTGGCTGCGAGTGGAACCGCGTCTGCATGGGGGACCACT

    550     .    :
   1385 GGTTCGACGTG
        |||||||||||
1193364 GGTTCGACGTG