seq1 = pF1KB0405.tfa, 1395 bp
seq2 = pF1KB0405/gi568815597r_202048609.tfa (gi568815597r:202048609_202260807), 212199 bp

>pF1KB0405 1395
>gi568815597r:202048609_202260807 (Chr1)

(complement)

1-263  (100001-100263)   99% ->
264-437  (101354-101527)   100% ->
438-621  (102507-102690)   100% ->
622-706  (102985-103069)   100% ->
707-783  (105199-105275)   100% ->
784-921  (106485-106622)   100% ->
922-1032  (106973-107083)   100% ->
1033-1190  (108109-108266)   100% ->
1191-1304  (110384-110497)   100% ->
1305-1395  (112109-112199)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGTCGGGAAGGCCTGGCCCCTCACCCATTCCCAGGGAATGGGGCCTTG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
 100001 ATGGTCGGGAAGGCCTGGCCCCTCACCCATTCCCAGGGAACGGGGCCTTG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGCCCCAGAAGGGCACAGGCGGGAGGCAGCCGACCCCTGGTGGCAGCGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GGCCCCAGAAGGGCACAGGCGGGAGGCAGCCGACCCCTGGTGGCAGCGGC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 AGCAGGCACGGGAGGGCAGAATGCAGCTGGGGTGTGCGTGGGTGGCAGCA
        ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 AGCAGGCACAGGAGGGCAGAATGCAGCTGGGGTGTGCGTGGGTGGCAGCA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 AGGAGGGGCGGAGGGAGGAAGCTGGCTTCCTGGAGCCTTCTCAGCCCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 AGGAGGGGCGGAGGGAGGAAGCTGGCTTCCTGGAGCCTTCTCAGCCCTCA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 AAGACAGACCGACAGACAGACAGACAGCTGGCAAGAGGCAGCCTGGGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 AAGACAGACCGACAGACAGACAGACAGCTGGCAAGAGGCAGCCTGGGGGC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 CACAGCTGCTTCA         GCAGACCTCATGGCTGAGTGAGCCTCCC
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 100251 CACAGCTGCTTCAGTA...CAGGCAGACCTCATGGCTGAGTGAGCCTCCC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 CTGGGCCCAGCACCCCACCTCAGCATGGTCCAAGCCCATGGGGGGCGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101382 CTGGGCCCAGCACCCCACCTCAGCATGGTCCAAGCCCATGGGGGGCGCTC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 CAGAGCACAGCCGTTGACCTTGTCTTTGGGGGCAGCCATGACCCAGCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101432 CAGAGCACAGCCGTTGACCTTGTCTTTGGGGGCAGCCATGACCCAGCCTC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 CGCCTGAAAAAACGCCAGCCAAGAAGCATGTGCGACTGCAGGAGAG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 101482 CGCCTGAAAAAACGCCAGCCAAGAAGCATGTGCGACTGCAGGAGAGGTG.

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    438      GCGGGGCTCCAATGTGGCTCTGATGCTGGACGTTCGGTCCCTGGG
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101532 ..CAGGCGGGGCTCCAATGTGGCTCTGATGCTGGACGTTCGGTCCCTGGG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 GGCCGTAGAACCCATCTGCTCTGTGAACACACCCCGGGAGGTCACCCTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102552 GGCCGTAGAACCCATCTGCTCTGTGAACACACCCCGGGAGGTCACCCTAC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 ACTTTCTGCGCACTGCTGGACACCCCCTTACCCGCTGGGCCCTTCAGCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102602 ACTTTCTGCGCACTGCTGGACACCCCCTTACCCGCTGGGCCCTTCAGCGC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    583 CAGCCACCCAGCCCCAAGCAACTGGAAGAAGAATTCTTG         AA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 102652 CAGCCACCCAGCCCCAAGCAACTGGAAGAAGAATTCTTGGTA...CAGAA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 GATCCCTTCAAACTTTGTCAGCCCCGAAGACCTGGACATCCCTGGCCACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102987 GATCCCTTCAAACTTTGTCAGCCCCGAAGACCTGGACATCCCTGGCCACG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    674 CCTCCAAGGACCGATACAAGACCATCTTGCCAA         ATCCCCAG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 103037 CCTCCAAGGACCGATACAAGACCATCTTGCCAAGTA...TAGATCCCCAG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 AGCCGTGTCTGTCTAGGCCGGGCACAGAGCCAGGAGGACGGAGATTACAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105207 AGCCGTGTCTGTCTAGGCCGGGCACAGAGCCAGGAGGACGGAGATTACAT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    765 CAATGCCAACTACATCCGA         GGCTATGACGGGAAGGAGAAGG
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 105257 CAATGCCAACTACATCCGAGTG...CAGGGCTATGACGGGAAGGAGAAGG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 TCTACATTGCCACCCAGGGCCCCATGCCCAACACTGTGTCGGACTTCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106507 TCTACATTGCCACCCAGGGCCCCATGCCCAACACTGTGTCGGACTTCTGG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    856 GAGATGGTGTGGCAAGAGGAAGTGTCCCTCATTGTCATGCTCACTCAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106557 GAGATGGTGTGGCAAGAGGAAGTGTCCCTCATTGTCATGCTCACTCAGCT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    906 CCGAGAGGGCAAGGAG         AAATGTGTCCACTACTGGCCCACAG
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 106607 CCGAGAGGGCAAGGAGGTA...TAGAAATGTGTCCACTACTGGCCCACAG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    947 AAGAGGAAACCTATGGACCCTTCCAGATCCGCATCCAGGACATGAAAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106998 AAGAGGAAACCTATGGACCCTTCCAGATCCGCATCCAGGACATGAAAGAG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    997 TGCCCAGAATACACTGTGCGGCAGCTCACCATCCAG         TACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 107048 TGCCCAGAATACACTGTGCGGCAGCTCACCATCCAGGTA...CAGTACCA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1038 GGAAGAGCGCCGGTCAGTAAAGCACATCCTCTTTTCGGCCTGGCCAGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108114 GGAAGAGCGCCGGTCAGTAAAGCACATCCTCTTTTCGGCCTGGCCAGACC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1088 ATCAGACACCAGAATCAGCTGGGCCCCTGCTGCGCCTAGTGGCAGAGGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108164 ATCAGACACCAGAATCAGCTGGGCCCCTGCTGCGCCTAGTGGCAGAGGTG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1138 GAGGAGAGCCCGGAGACAGCCGCCCACCCCGGGCCTATCGTAGTCCACTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108214 GAGGAGAGCCCGGAGACAGCCGCCCACCCCGGGCCTATCGTAGTCCACTG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1188 CAG         TGCAGGGATTGGCCGGACGGGCTGCTTCATCGCCACGC
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108264 CAGGTG...CAGTGCAGGGATTGGCCGGACGGGCTGCTTCATCGCCACGC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1229 GAATTGGCTGTCAACAGCTGAAAGCCCGAGGAGAAGTGGACATTCTGGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110422 GAATTGGCTGTCAACAGCTGAAAGCCCGAGGAGAAGTGGACATTCTGGGT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1279 ATTGTGTGCCAACTGCGGCTAGACAG         AGGGGGGATGATCCA
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 110472 ATTGTGTGCCAACTGCGGCTAGACAGGTG...CAGAGGGGGGATGATCCA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1320 GACGGCAGAGCAGTACCAGTTCCTGCACCACACTTTGGCCCTGTATGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112124 GACGGCAGAGCAGTACCAGTTCCTGCACCACACTTTGGCCCTGTATGCAG

   1450     .    :    .    :    .
   1370 GCCAGCTGCCTGAGGAACCCAGCCCC
        ||||||||||||||||||||||||||
 112174 GCCAGCTGCCTGAGGAACCCAGCCCC