seq1 = pF1KB0403.tfa, 1395 bp
seq2 = pF1KB0403/gi568815579r_1939616.tfa (gi568815579r:1939616_2150851), 211236 bp

>pF1KB0403 1395
>gi568815579r:1939616_2150851 (Chr19)

(complement)

1-51  (100001-100051)   100% ->
52-139  (104161-104248)   100% ->
140-241  (104384-104485)   100% ->
242-339  (104569-104666)   100% ->
340-419  (107270-107349)   100% ->
420-493  (107655-107728)   100% ->
494-598  (107982-108086)   100% ->
599-654  (108190-108245)   100% ->
655-750  (108330-108425)   100% ->
751-945  (108818-109012)   100% ->
946-1110  (109648-109812)   100% ->
1111-1154  (110675-110718)   100% ->
1155-1395  (110996-111236)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGTGCAGAAGAAACCAGCCGAACTTCAGGGTTTCCACCGTTCGTTCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGTGCAGAAGAAACCAGCCGAACTTCAGGGTTTCCACCGTTCGTTCAA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 G         GGGCAGAACCCCTTCGAGCTGGCCTTCTCCCTAGACCAGC
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GGTG...CAGGGGCAGAACCCCTTCGAGCTGGCCTTCTCCCTAGACCAGC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 CCGACCACGGAGACTCTGACTTTGGCCTGCAGTGCTCAGCCCGCCCTG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 104201 CCGACCACGGAGACTCTGACTTTGGCCTGCAGTGCTCAGCCCGCCCTGGT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    140        ACATGCCCGCCAGCCAGCCCATTGACATCCCGGACGCCAAGAA
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104251 G...CAGACATGCCCGCCAGCCAGCCCATTGACATCCCGGACGCCAAGAA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 GAGGGGCAAGAAGAAGAAGCGCGGCCGGGCCACCGACAGCTTCTCGGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104427 GAGGGGCAAGAAGAAGAAGCGCGGCCGGGCCACCGACAGCTTCTCGGGCA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 GGTTTGAAG         ACGTCTACCAGCTGCAGGAAGATGTGCTGGGG
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 104477 GGTTTGAAGGTG...CAGACGTCTACCAGCTGCAGGAAGATGTGCTGGGG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 GAGGGCGCTCATGCCCGAGTGCAGACCTGCATCAACCTGATCACCAGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104601 GAGGGCGCTCATGCCCGAGTGCAGACCTGCATCAACCTGATCACCAGCCA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 GGAGTACGCCGTCAAG         ATCATTGAGAAGCAGCCAGGCCACA
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 104651 GGAGTACGCCGTCAAGGTG...CAGATCATTGAGAAGCAGCCAGGCCACA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    365 TTCGGAGCAGGGTTTTCAGGGAGGTGGAGATGCTGTACCAGTGCCAGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107295 TTCGGAGCAGGGTTTTCAGGGAGGTGGAGATGCTGTACCAGTGCCAGGGA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 CACAG         GAACGTCCTAGAGCTGATTGAGTTCTTCGAGGAGGA
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107345 CACAGGTA...CAGGAACGTCCTAGAGCTGATTGAGTTCTTCGAGGAGGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    456 GGACCGCTTCTACCTGGTGTTTGAGAAGATGCGGGGAG         GCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 107691 GGACCGCTTCTACCTGGTGTTTGAGAAGATGCGGGGAGGTA...CAGGCT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    497 CCATCCTGAGCCACATCCACAAGCGCCGGCACTTCAACGAGCTGGAGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107985 CCATCCTGAGCCACATCCACAAGCGCCGGCACTTCAACGAGCTGGAGGCC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    547 AGCGTGGTGGTGCAGGACGTGGCCAGCGCCTTGGACTTTCTGCATAACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108035 AGCGTGGTGGTGCAGGACGTGGCCAGCGCCTTGGACTTTCTGCATAACAA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    597 AG         GCATCGCCCACAGGGACCTAAAGCCGGAAAACATCCTCT
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108085 AGGTA...CAGGCATCGCCCACAGGGACCTAAAGCCGGAAAACATCCTCT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    638 GTGAGCACCCCAACCAG         GTCTCCCCCGTGAAGATCTGTGAC
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 108229 GTGAGCACCCCAACCAGGTA...CAGGTCTCCCCCGTGAAGATCTGTGAC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    679 TTCGACCTGGGCAGCGGCATCAAACTCAACGGGGACTGCTCCCCTATCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108354 TTCGACCTGGGCAGCGGCATCAAACTCAACGGGGACTGCTCCCCTATCTC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    729 CACCCCGGAGCTGCTCACTCCG         TGCGGCTCGGCGGAGTACA
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 108404 CACCCCGGAGCTGCTCACTCCGGTG...CAGTGCGGCTCGGCGGAGTACA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    770 TGGCCCCGGAGGTAGTGGAGGCCTTCAGCGAGGAGGCTAGCATCTACGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108837 TGGCCCCGGAGGTAGTGGAGGCCTTCAGCGAGGAGGCTAGCATCTACGAC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    820 AAGCGCTGCGACCTGTGGAGCCTGGGCGTCATCTTGTATATCCTACTCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108887 AAGCGCTGCGACCTGTGGAGCCTGGGCGTCATCTTGTATATCCTACTCAG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    870 CGGCTACCCGCCCTTCGTGGGCCGCTGTGGCAGCGACTGCGGCTGGGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108937 CGGCTACCCGCCCTTCGTGGGCCGCTGTGGCAGCGACTGCGGCTGGGACC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    920 GCGGCGAGGCCTGCCCTGCCTGCCAG         AACATGCTGTTTGAG
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 108987 GCGGCGAGGCCTGCCCTGCCTGCCAGGTG...CAGAACATGCTGTTTGAG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    961 AGCATCCAGGAGGGCAAGTACGAGTTCCCCGACAAGGACTGGGCCCACAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109663 AGCATCCAGGAGGGCAAGTACGAGTTCCCCGACAAGGACTGGGCCCACAT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1011 CTCCTGCGCTGCCAAAGACCTCATCTCCAAGCTGCTGGTCCGTGACGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109713 CTCCTGCGCTGCCAAAGACCTCATCTCCAAGCTGCTGGTCCGTGACGCCA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1061 AGCAGAGGCTGAGTGCCGCCCAAGTCCTGCAGCACCCCTGGGTTCAGGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109763 AGCAGAGGCTGAGTGCCGCCCAAGTCCTGCAGCACCCCTGGGTTCAGGGG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1111          TGCGCCCCGGAGAACACCTTGCCCACTCCCATGGTCCTGCA
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109813 GTG...CAGTGCGCCCCGGAGAACACCTTGCCCACTCCCATGGTCCTGCA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1152 GAG         GAACAGCTGTGCCAAAGACCTCACGTCCTTCGCGGCTG
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110716 GAGGTA...CAGGAACAGCTGTGCCAAAGACCTCACGTCCTTCGCGGCTG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1193 AGGCCATTGCCATGAACCGGCAGCTGGCCCAGCACGACGAGGACCTGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111034 AGGCCATTGCCATGAACCGGCAGCTGGCCCAGCACGACGAGGACCTGGCT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1243 GAGGAGGAGGCCGCGGGGCAGGGCCAGCCCGTCCTGGTCCGAGCTACCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111084 GAGGAGGAGGCCGCGGGGCAGGGCCAGCCCGTCCTGGTCCGAGCTACCTC

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1293 ACGCTGCCTGCAGCTGTCTCCACCCTCCCAGTCCAAGCTGGCGCAGCGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111134 ACGCTGCCTGCAGCTGTCTCCACCCTCCCAGTCCAAGCTGGCGCAGCGGC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1343 GGCAAAGGGCCAGTCTGTCCTCGGCCCCAGTGGTCCTGGTGGGAGACCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111184 GGCAAAGGGCCAGTCTGTCCTCGGCCCCAGTGGTCCTGGTGGGAGACCAC

   1500 
   1393 GCC
        |||
 111234 GCC