seq1 = pF1KB0402.tfa, 1932 bp
seq2 = pF1KB0402/gi568815595f_186617543.tfa (gi568815595f:186617543_186842328), 224786 bp

>pF1KB0402 1932
>gi568815595f:186617543_186842328 (Chr3)

1-195  (100001-100195)   100% ->
196-306  (102563-102673)   100% ->
307-391  (104895-104979)   100% ->
392-564  (107546-107718)   100% ->
565-672  (109695-109802)   100% ->
673-757  (114003-114087)   100% ->
758-930  (114960-115132)   100% ->
931-1038  (121557-121664)   100% ->
1039-1125  (121786-121872)   100% ->
1126-1932  (123980-124786)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAAACTAATTACCATCCTTTTCCTCTGCTCCAGGCTGCTACTAAGTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGAAACTAATTACCATCCTTTTCCTCTGCTCCAGGCTGCTACTAAGTTT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 AACCCAGGAATCACAGTCCGAGGAAATTGACTGCAATGACAAGGATTTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 AACCCAGGAATCACAGTCCGAGGAAATTGACTGCAATGACAAGGATTTAT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TTAAAGCTGTGGATGCTGCTCTGAAGAAATATAACAGTCAAAACCAAAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TTAAAGCTGTGGATGCTGCTCTGAAGAAATATAACAGTCAAAACCAAAGT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 AACAACCAGTTTGTATTGTACCGCATAACTGAAGCCACTAAGACG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 100151 AACAACCAGTTTGTATTGTACCGCATAACTGAAGCCACTAAGACGGTG..

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    196     GTTGGCTCTGACACGTTTTATTCCTTCAAGTACGAAATCAAGGAGG
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 .CAGGTTGGCTCTGACACGTTTTATTCCTTCAAGTACGAAATCAAGGAGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 GGGATTGTCCTGTTCAAAGTGGCAAAACCTGGCAGGACTGTGAGTACAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102609 GGGATTGTCCTGTTCAAAGTGGCAAAACCTGGCAGGACTGTGAGTACAAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 GATGCTGCAAAAGCA         GCCACTGGAGAATGCACGGCAACCGT
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 102659 GATGCTGCAAAAGCAGTA...TAGGCCACTGGAGAATGCACGGCAACCGT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 GGGGAAGAGGAGCAGTACGAAATTCTCCGTGGCTACCCAGACCTGCCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104921 GGGGAAGAGGAGCAGTACGAAATTCTCCGTGGCTACCCAGACCTGCCAGA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 TTACTCCAG         CCGAGGGCCCTGTGGTGACAGCCCAGTACGAC
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 104971 TTACTCCAGGTG...AAGCCGAGGGCCCTGTGGTGACAGCCCAGTACGAC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 TGCCTCGGCTGTGTGCATCCTATATCAACGCAGAGCCCAGACCTGGAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107578 TGCCTCGGCTGTGTGCATCCTATATCAACGCAGAGCCCAGACCTGGAGCC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 CATTCTGAGACACGGCATTCAGTACTTTAACAACAACACTCAACATTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107628 CATTCTGAGACACGGCATTCAGTACTTTAACAACAACACTCAACATTCCT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 CCCTCTTCATGCTTAATGAAGTAAAACGGGCCCAAAGACAG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 107678 CCCTCTTCATGCTTAATGAAGTAAAACGGGCCCAAAGACAGGTT...CAG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 GTGGTGGCTGGATTGAACTTTCGAATTACCTACTCAATTGTGCAAACGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109695 GTGGTGGCTGGATTGAACTTTCGAATTACCTACTCAATTGTGCAAACGAA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 TTGTTCCAAAGAGAATTTTCTGTTCTTAACTCCAGACTGCAAGTCCCTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109745 TTGTTCCAAAGAGAATTTTCTGTTCTTAACTCCAGACTGCAAGTCCCTTT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 GGAATGGT         GATACCGGTGAATGTACAGATAATGCATACATC
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 109795 GGAATGGTGTA...CAGGATACCGGTGAATGTACAGATAATGCATACATC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 GATATTCAGCTACGAATTGCTTCCTTCTCACAGAACTGTGACATTTATCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114036 GATATTCAGCTACGAATTGCTTCCTTCTCACAGAACTGTGACATTTATCC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 AG         GGAAGGATTTTGTACAACCACCTACCAAGATTTGCGTGG
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114086 AGGTA...CAGGGAAGGATTTTGTACAACCACCTACCAAGATTTGCGTGG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 GCTGCCCCAGAGATATACCCACCAACAGCCCAGAGCTGGAGGAGACACTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114999 GCTGCCCCAGAGATATACCCACCAACAGCCCAGAGCTGGAGGAGACACTG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 ACTCACACCATCACAAAGCTTAATGCAGAGAATAACGCAACTTTCTATTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115049 ACTCACACCATCACAAAGCTTAATGCAGAGAATAACGCAACTTTCTATTT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 CAAGATTGACAATGTGAAAAAAGCAAGAGTACAG         GTGGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 115099 CAAGATTGACAATGTGAAAAAAGCAAGAGTACAGGTG...CAGGTGGTGG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 CTGGCAAGAAATATTTTATTGACTTCGTGGCCAGGGAAACCACATGTTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121564 CTGGCAAGAAATATTTTATTGACTTCGTGGCCAGGGAAACCACATGTTCC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 AAGGAAAGTAATGAAGAGTTGACCGAAAGCTGTGAGACCAAAAAACTTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121614 AAGGAAAGTAATGAAGAGTTGACCGAAAGCTGTGAGACCAAAAAACTTGG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1038 C         CAAAGCCTAGATTGCAACGCTGAAGTTTATGTGGTACCCT
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121664 CGTG...TAGCAAAGCCTAGATTGCAACGCTGAAGTTTATGTGGTACCCT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1079 GGGAGAAAAAAATTTACCCTACTGTCAACTGTCAACCACTGGGAATG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 121826 GGGAGAAAAAAATTTACCCTACTGTCAACTGTCAACCACTGGGAATGGTA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1126       ATCTCACTGATGAAAAGGCCTCCAGGTTTTTCACCTTTCCGATC
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121876 ...TAGATCTCACTGATGAAAAGGCCTCCAGGTTTTTCACCTTTCCGATC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1170 ATCACGAATAGGGGAAATAAAAGAAGAAACAACTGTAAGTCCACCCCACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124024 ATCACGAATAGGGGAAATAAAAGAAGAAACAACTGTAAGTCCACCCCACA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1220 CTTCCATGGCACCTGCACAAGATGAAGAGCGGGATTCAGGAAAAGAACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124074 CTTCCATGGCACCTGCACAAGATGAAGAGCGGGATTCAGGAAAAGAACAA

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1270 GGGCATACTCGTAGACATGACTGGGGCCATGAAAAACAAAGAAAACATAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124124 GGGCATACTCGTAGACATGACTGGGGCCATGAAAAACAAAGAAAACATAA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1320 TCTTGGCCATGGCCATAAACATGAACGTGACCAAGGGCATGGGCACCAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124174 TCTTGGCCATGGCCATAAACATGAACGTGACCAAGGGCATGGGCACCAAA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1370 GAGGACATGGCCTTGGCCATGGACACGAACAACAGCATGGTCTTGGTCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124224 GAGGACATGGCCTTGGCCATGGACACGAACAACAGCATGGTCTTGGTCAT

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1420 GGACATAAGTTCAAACTTGATGATGATCTTGAACACCAAGGGGGCCATGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124274 GGACATAAGTTCAAACTTGATGATGATCTTGAACACCAAGGGGGCCATGT

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1470 CCTTGACCATGGACATAAGCATAAGCATGGTCATGGCCACGGAAAACATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124324 CCTTGACCATGGACATAAGCATAAGCATGGTCATGGCCACGGAAAACATA

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1520 AAAATAAAGGCAAAAAGAATGGAAAGCACAATGGTTGGAAAACAGAGCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124374 AAAATAAAGGCAAAAAGAATGGAAAGCACAATGGTTGGAAAACAGAGCAT

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1570 TTGGCAAGCTCTTCTGAAGACAGTACTACACCTTCTGCACAGACACAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124424 TTGGCAAGCTCTTCTGAAGACAGTACTACACCTTCTGCACAGACACAAGA

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1620 GAAGACAGAAGGGCCAACACCCATCCCTTCCCTAGCCAAGCCAGGTGTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124474 GAAGACAGAAGGGCCAACACCCATCCCTTCCCTAGCCAAGCCAGGTGTAA

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1670 CAGTTACCTTTTCTGACTTTCAGGACTCTGATCTCATTGCAACTATGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124524 CAGTTACCTTTTCTGACTTTCAGGACTCTGATCTCATTGCAACTATGATG

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1720 CCTCCTATATCACCAGCTCCCATACAGAGTGATGACGATTGGATCCCTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124574 CCTCCTATATCACCAGCTCCCATACAGAGTGATGACGATTGGATCCCTGA

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1770 TATCCAGATAGACCCAAATGGCCTTTCATTTAACCCAATATCAGATTTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124624 TATCCAGATAGACCCAAATGGCCTTTCATTTAACCCAATATCAGATTTTC

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1820 CAGACACGACCTCCCCAAAATGTCCTGGACGCCCCTGGAAGTCAGTTAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124674 CAGACACGACCTCCCCAAAATGTCCTGGACGCCCCTGGAAGTCAGTTAGT

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1870 GAAATTAATCCAACCACACAAATGAAAGAATCTTATTATTTCGATCTCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124724 GAAATTAATCCAACCACACAAATGAAAGAATCTTATTATTTCGATCTCAC

   2000     .    :
   1920 TGATGGCCTTTCT
        |||||||||||||
 124774 TGATGGCCTTTCT