seq1 = pF1KB0166.tfa, 3468 bp
seq2 = pF1KB0166/gi568815597r_229341907.tfa (gi568815597r:229341907_229608249), 266343 bp

>pF1KB0166 3468
>gi568815597r:229341907_229608249 (Chr1)

(complement)

1-182  (100001-100182)   100% ->
183-301  (102092-102210)   100% ->
302-405  (106148-106251)   100% ->
406-513  (107387-107494)   100% ->
514-648  (108432-108566)   100% ->
649-819  (109944-110114)   100% ->
820-975  (112203-112358)   100% ->
976-1046  (112685-112755)   100% ->
1047-1194  (118148-118295)   100% ->
1195-1342  (120637-120784)   100% ->
1343-1500  (121722-121879)   100% ->
1501-1592  (124105-124196)   100% ->
1593-1756  (130490-130653)   100% ->
1757-1851  (132518-132612)   100% ->
1852-2076  (137446-137670)   100% ->
2077-2199  (141494-141616)   100% ->
2200-2299  (142731-142830)   99% ->
2300-2551  (143375-143626)   100% ->
2552-2685  (144574-144707)   100% ->
2686-2844  (147481-147639)   100% ->
2845-2980  (149954-150089)   100% ->
2981-3099  (155607-155725)   100% ->
3100-3180  (157645-157725)   100% ->
3181-3245  (159060-159124)   100% ->
3246-3334  (163248-163336)   100% ->
3335-3468  (166210-166343)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTTCCCAGCCGCCCCTTCTCCGCGGACCCCGGGTACCGGGTCCCGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGTTCCCAGCCGCCCCTTCTCCGCGGACCCCGGGTACCGGGTCCCGAAG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGGCCCGCTGGCCGGACTCGGGCCCGGCTCCACGCCCCGGACGGCTAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GGGCCCGCTGGCCGGACTCGGGCCCGGCTCCACGCCCCGGACGGCTAGCA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GGAAGGGTCTGCCCCTGGGGTCTGCAGTCAGCTCCCCAGTGCTCTTCTCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 GGAAGGGTCTGCCCCTGGGGTCTGCAGTCAGCTCCCCAGTGCTCTTCTCG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CCGGTCGGCCGGCGTAGCTCGCTAAGCTCGCG         GGGAACACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 100151 CCGGTCGGCCGGCGTAGCTCGCTAAGCTCGCGGTA...TAGGGGAACACC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 AACACGAATGTTCCCACACCACTCCATAACTGAGTCTGTGAACTATGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102101 AACACGAATGTTCCCACACCACTCCATAACTGAGTCTGTGAACTATGATG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 TGAAAACGTTTGGATCTTCTCTTCCTGTTAAAGTCATGGAAGCCCTAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102151 TGAAAACGTTTGGATCTTCTCTTCCTGTTAAAGTCATGGAAGCCCTAACA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 TTGGCTGAAG         TCGATGACCAGCTGACCATTAACATAGATGA
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 102201 TTGGCTGAAGGTA...TAGTCGATGACCAGCTGACCATTAACATAGATGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 AGGTGGATGGGCTTGTCTGGTGTGCAAAGAGAAGCTCATTATTTGGAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106179 AGGTGGATGGGCTTGTCTGGTGTGCAAAGAGAAGCTCATTATTTGGAAGA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 TTGCTCTGTCACCTATTACTAAG         TTATCCGTTTGCAAAGAA
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 106229 TTGCTCTGTCACCTATTACTAAGGTA...CAGTTATCCGTTTGCAAAGAA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 CTTCAGCTGCCACCTAGTGATTTCCACTGGAGTGCCGACTTAGTGGCTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107405 CTTCAGCTGCCACCTAGTGATTTCCACTGGAGTGCCGACTTAGTGGCTCT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 TTCTTACTCTTCTCCCTCAGGTGAAGCACATTCTACTCAG         G
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 107455 TTCTTACTCTTCTCCCTCAGGTGAAGCACATTCTACTCAGGTA...GAGG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 CTGTTGCTGTCATGGTTGCCACCAGAGAAGGATCTATCCGCTATTGGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108433 CTGTTGCTGTCATGGTTGCCACCAGAGAAGGATCTATCCGCTATTGGCCA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 AGCCTTGCTGGTGAAGATACCTACACAGAGGCTTTTGTAGATTCGGGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108483 AGCCTTGCTGGTGAAGATACCTACACAGAGGCTTTTGTAGATTCGGGAGG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 TGATAAGACTTACAGTTTCCTAACAGCAGTGCAG         GGAGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 108533 TGATAAGACTTACAGTTTCCTAACAGCAGTGCAGGTA...CAGGGAGGAA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 GTTTTATTTTGTCTTCATCAGGAAGCCAACTAATTCGGTTGATACCTGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109951 GTTTTATTTTGTCTTCATCAGGAAGCCAACTAATTCGGTTGATACCTGAG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 AGCTCAGGAAAGATTCATCAGCATATCCTGCCTCAGGGGCAAGGCATGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110001 AGCTCAGGAAAGATTCATCAGCATATCCTGCCTCAGGGGCAAGGCATGCT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 TTCAGGAATTGGTCGAAAAGTTTCTTCTCTTTTTGGAATTTTATCTCCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110051 TTCAGGAATTGGTCGAAAAGTTTCTTCTCTTTTTGGAATTTTATCTCCTA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 GTAGTGATCTCACA         CTTTCAAGTGTTCTCTGGGATAGAGAG
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 110101 GTAGTGATCTCACAGTA...TAGCTTTCAAGTGTTCTCTGGGATAGAGAG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 AGATCAAGCTTTTATAGCCTGACGAGTTCAAACATCAGTAAATGGGAATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112230 AGATCAAGCTTTTATAGCCTGACGAGTTCAAACATCAGTAAATGGGAATT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 AGATGATTCTTCAGAAAAGCATGCATACAGTTGGGATATAAATAGAGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112280 AGATGATTCTTCAGAAAAGCATGCATACAGTTGGGATATAAATAGAGCCC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    947 TGAAGGAAAACATTACCGATGCTATTTGG         GGATCTGAAAGT
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 112330 TGAAGGAAAACATTACCGATGCTATTTGGGTA...TAGGGATCTGAAAGT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 AACTATGAAGCTATTAAAGAAGGAGTCAACATTCGATATTTGGACTTGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112697 AACTATGAAGCTATTAAAGAAGGAGTCAACATTCGATATTTGGACTTGAA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1038 GCAAAACTG         TGATGGGCTGGTGATTTTGGCAGCAGCATGGC
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 112747 GCAAAACTGGTA...TAGTGATGGGCTGGTGATTTTGGCAGCAGCATGGC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1079 ACTCAGCAGACAATCCATGTCTCATCTATTACTCTCTGATAACAATAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118180 ACTCAGCAGACAATCCATGTCTCATCTATTACTCTCTGATAACAATAGAA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1129 GATAATGGTTGCCAAATGTCAGATGCAGTTACTGTAGAAGTCACTCAATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118230 GATAATGGTTGCCAAATGTCAGATGCAGTTACTGTAGAAGTCACTCAATA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1179 TAATCCACCTTTTCAG         TCTGAAGACCTGATTTTGTGTCAGT
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 118280 TAATCCACCTTTTCAGGTA...CAGTCTGAAGACCTGATTTTGTGTCAGT

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1220 TGACGGTCCCAAACTTTTCAAACCAGACTGCCTATCTGTATAACGAAAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120662 TGACGGTCCCAAACTTTTCAAACCAGACTGCCTATCTGTATAACGAAAGT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1270 GCTGTCTATGTGTGCTCCACAGGAACTGGGAAATTTTCTCTTCCCCAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120712 GCTGTCTATGTGTGCTCCACAGGAACTGGGAAATTTTCTCTTCCCCAGGA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1320 GAAAATTGTCTTTAATGCACAAG         GAGATAGTGTTTTAGGTG
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 120762 GAAAATTGTCTTTAATGCACAAGGTA...TAGGAGATAGTGTTTTAGGTG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1361 CTGGTGCCTGTGGTGGTGTTCCTATCATTTTTTCTAGAAACAGTGGACTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121740 CTGGTGCCTGTGGTGGTGTTCCTATCATTTTTTCTAGAAACAGTGGACTG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1411 GTGTCTATTACTTCAAGGGAAAATGTGTCTATATTGGCAGAAGACTTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121790 GTGTCTATTACTTCAAGGGAAAATGTGTCTATATTGGCAGAAGACTTGGA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1461 AGGGTCTTTAGCATCTTCAGTTGCTGGACCAAACAGTGAG         A
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 121840 AGGGTCTTTAGCATCTTCAGTTGCTGGACCAAACAGTGAGGTA...CAGA

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1502 GTATGATTTTTGAGACCACTACAAAGAATGAAACTATAGCCCAGGAAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124106 GTATGATTTTTGAGACCACTACAAAGAATGAAACTATAGCCCAGGAAGAT

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1552 AAAATCAAGTTGCTGAAAGCTGCCTTTCTGCAATACTGCAG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 124156 AAAATCAAGTTGCTGAAAGCTGCCTTTCTGCAATACTGCAGGTA...CAG

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1593 AAAAGATTTAGGTCATGCTCAAATGGTGGTTGATGAGCTCTTTTCCTCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130490 AAAAGATTTAGGTCATGCTCAAATGGTGGTTGATGAGCTCTTTTCCTCTC

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1643 ACTCTGATTTGGATTCTGATTCTGAACTAGACAGGGCAGTTACCCAAATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130540 ACTCTGATTTGGATTCTGATTCTGAACTAGACAGGGCAGTTACCCAAATC

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1693 AGTGTAGACCTGATGGATGACTACCCAGCATCTGACCCACGGTGGGCTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130590 AGTGTAGACCTGATGGATGACTACCCAGCATCTGACCCACGGTGGGCTGA

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1743 GTCTGTCCCTGAGG         AAGCACCTGGGTTCAGCAATACGTCAC
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 130640 GTCTGTCCCTGAGGGTA...CAGAAGCACCTGGGTTCAGCAATACGTCAC

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1784 TGATTATCCTTCACCAGCTAGAAGACAAGATGAAAGCTCACTCTTTTCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132545 TGATTATCCTTCACCAGCTAGAAGACAAGATGAAAGCTCACTCTTTTCTT

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1834 ATGGACTTTATTCATCAA         GTTGGCTTATTTGGACGTCTAGG
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 132595 ATGGACTTTATTCATCAAGTA...AAGGTTGGCTTATTTGGACGTCTAGG

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1875 CAGTTTTCCAGTTAGAGGGACACCGATGGCCACTCGACTGTTGCTCTGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137469 CAGTTTTCCAGTTAGAGGGACACCGATGGCCACTCGACTGTTGCTCTGTG

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1925 AGCATGCCGAAAAGCTGTCAGCCGCCATTGTTCTCAAGAACCACCACTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137519 AGCATGCCGAAAAGCTGTCAGCCGCCATTGTTCTCAAGAACCACCACTCC

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1975 CGGCTTTCTGACCTTGTCAACACAGCCATATTGATTGCTTTGAACAAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137569 CGGCTTTCTGACCTTGTCAACACAGCCATATTGATTGCTTTGAACAAGAG

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2025 GGAGTATGAAATCCCATCCAACCTGACTCCTGCAGATGTCTTTTTCAGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137619 GGAGTATGAAATCCCATCCAACCTGACTCCTGCAGATGTCTTTTTCAGGG

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2075 AG         GTATCCCAAGTAGATACCATCTGTGAGTGCTTACTGGAG
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137669 AGGTA...CAGGTATCCCAAGTAGATACCATCTGTGAGTGCTTACTGGAG

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2116 CATGAGGAGCAAGTCTTGAGGGATGCACCTATGGATTCCATTGAATGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141533 CATGAGGAGCAAGTCTTGAGGGATGCACCTATGGATTCCATTGAATGGGC

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2166 TGAAGTGGTGATCAATGTGAACAATATTCTCAAG         GATATGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 141583 TGAAGTGGTGATCAATGTGAACAATATTCTCAAGGTA...CAGGATATGC

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2207 TGCAGGCTGCTAGTCATTATCGCCAAAATAGAAACTCTTTGTATAGAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142738 TGCAGGCTGCTAGTCATTATCGCCAAAATAGAAACTCTTTGTATAGAAGA

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2257 GAAGAATCATTAGAAAAAGAACCTGAATATGTTCCATGGACGG       
        ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 142788 GAAGAATCACTAGAAAAAGAACCTGAATATGTTCCATGGACGGGTA...C

   2450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2300   CAACAAGTGGTCCTGGTGGCATCCGAACGGTAATAATACGCCAGCATG
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 143373 AGCAACAAGTGGTCCTGGTGGCATCCGAACGGTAATAATACGCCAGCATG

   2500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2348 AGATTGTCCTGAAGGTGGCTTATCCACAGGCAGACAGCAACCTCCGAAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 143423 AGATTGTCCTGAAGGTGGCTTATCCACAGGCAGACAGCAACCTCCGAAAC

   2550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2398 ATCGTGACCGAGCAGCTGGTAGCCCTGATCGATTGCTTCCTGGATGGTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 143473 ATCGTGACCGAGCAGCTGGTAGCCCTGATCGATTGCTTCCTGGATGGTTA

   2600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2448 TGTTTCTCAGCTTAAGTCTGTGGATAAATCCAGTAATCGGGAAAGATATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 143523 TGTTTCTCAGCTTAAGTCTGTGGATAAATCCAGTAATCGGGAAAGATATG

   2650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2498 ACAATCTGGAGATGGAATACCTACAGAAAAGATCAGATCTCTTATCTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 143573 ACAATCTGGAGATGGAATACCTACAGAAAAGATCAGATCTCTTATCTCCT

   2700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2548 CTTC         TTTCACTAGGCCAGTACCTGTGGGCTGCTTCTCTAGC
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 143623 CTTCGTA...CAGTTTCACTAGGCCAGTACCTGTGGGCTGCTTCTCTAGC

   2750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2589 AGAGAAATACTGTGACTTTGATATATTGGTACAAATGTGTGAGCAGACTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 144611 AGAGAAATACTGTGACTTTGATATATTGGTACAAATGTGTGAGCAGACTG

   2800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2639 ACAACCAGAGCCGACTCCAGCGCTACATGACCCAGTTTGCTGATCAG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 144661 ACAACCAGAGCCGACTCCAGCGCTACATGACCCAGTTTGCTGATCAGGTG

   2850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2686       AATTTTTCAGACTTTCTCTTCCGTTGGTATCTGGAGAAAGGAAA
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 144711 ...TAGAATTTTTCAGACTTTCTCTTCCGTTGGTATCTGGAGAAAGGAAA

   2900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2730 GCGAGGCAAATTATTATCTCAGCCCATTTCTCAGCATGGACAGTTGGCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 147525 GCGAGGCAAATTATTATCTCAGCCCATTTCTCAGCATGGACAGTTGGCAA

   2950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2780 ATTTTTTGCAAGCTCATGAACATCTCAGCTGGTTACATGAAATTAATAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 147575 ATTTTTTGCAAGCTCATGAACATCTCAGCTGGTTACATGAAATTAATAGC

   3000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2830 CAAGAATTAGAAAAG         GCTCATGCAACACTTCTGGGTTTGGC
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 147625 CAAGAATTAGAAAAGGTA...TAGGCTCATGCAACACTTCTGGGTTTGGC

   3050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2871 AAATATGGAAACTCGTTACTTTGCAAAGAAGAAAACCCTTCTTGGCTTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 149980 AAATATGGAAACTCGTTACTTTGCAAAGAAGAAAACCCTTCTTGGCTTGA

   3100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2921 GTAAATTGGCTGCATTAGCTTCAGACTTTTCAGAGGATATGCTACAAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 150030 GTAAATTGGCTGCATTAGCTTCAGACTTTTCAGAGGATATGCTACAAGAA

   3150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2971 AAAATTGAAG         AAATGGCTGAGCAGGAGCGCTTTCTACTGCA
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 150080 AAAATTGAAGGTG...TAGAAATGGCTGAGCAGGAGCGCTTTCTACTGCA

   3200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   3012 TCAGGAGACCCTACCTGAACAGCTGCTGGCGGAGAAACAGCTAAATCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 155638 TCAGGAGACCCTACCTGAACAGCTGCTGGCGGAGAAACAGCTAAATCTCA

   3250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   3062 GTGCGATGCCAGTATTGACTGCACCACAACTCATTGGT         CTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 155688 GTGCGATGCCAGTATTGACTGCACCACAACTCATTGGTGTA...TAGCTA

   3300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   3103 TATATCTGTGAAGAAAATAGAAGAGCTAATGAATATGATTTCAAGAAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 157648 TATATCTGTGAAGAAAATAGAAGAGCTAATGAATATGATTTCAAGAAAGC

   3350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   3153 TTTGGACTTGTTGGAATATATTGATGAG         GAAGAAGATATAA
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 157698 TTTGGACTTGTTGGAATATATTGATGAGGTA...AAGGAAGAAGATATAA

   3400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   3194 ATATAAATGATCTAAAACTGGAAATCCTTTGCAAAGCTCTTCAGAGAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 159073 ATATAAATGATCTAAAACTGGAAATCCTTTGCAAAGCTCTTCAGAGAGAT

   3450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   3244 AA         CTGGTCCAGTTCTGATGGCAAAGATGATCCAATTGAAGT
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 159123 AAGTA...TAGCTGGTCCAGTTCTGATGGCAAAGATGATCCAATTGAAGT

   3500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   3285 ATCTAAAGACAGTATATTTGTGAAGATCTTACAGAAACTTTTAAAAGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 163287 ATCTAAAGACAGTATATTTGTGAAGATCTTACAGAAACTTTTAAAAGATG

   3550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   3335          GCATTCAGCTCAGTGAGTACTTACCGGAGGTGAAAGACCTG
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 163337 GTA...TAGGCATTCAGCTCAGTGAGTACTTACCGGAGGTGAAAGACCTG

   3600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   3376 CTACAAGCGGATCAGCTTGGAAGCTTAAAGTCCAATCCTTACTTCGAGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 166251 CTACAAGCGGATCAGCTTGGAAGCTTAAAGTCCAATCCTTACTTCGAGTT

   3650     .    :    .    :    .    :    .    :
   3426 TGTTTTGAAAGCAAATTATGAATATTATGTTCAGGGACAAATA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 166301 TGTTTTGAAAGCAAATTATGAATATTATGTTCAGGGACAAATA