seq1 = pF1KB0100.tfa, 3063 bp
seq2 = pF1KB0100/gi568815591f_142763228.tfa (gi568815591f:142763228_142970901), 207674 bp

>pF1KB0100 3063
>gi568815591f:142763228_142970901 (Chr7)

1-100  (100001-100100)   100% ->
101-165  (100404-100468)   100% ->
166-946  (100739-101522)   99% ->
947-1102  (102248-102403)   99% ->
1103-1459  (102733-103089)   100% ->
1460-1584  (103254-103378)   100% ->
1585-1747  (103679-103841)   100% ->
1748-1862  (104381-104495)   99% ->
1863-1915  (104770-104822)   98% ->
1916-2035  (105014-105133)   100% ->
2036-2283  (105265-105512)   100% ->
2284-2457  (105747-105920)   100% ->
2458-2607  (106590-106739)   100% ->
2608-2801  (106987-107180)   100% ->
2802-2957  (107303-107458)   100% ->
2958-3063  (107569-107674)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCTACTGAAGGGGCTGCCCAGTTAGGGAACAGAGTGGCGGGCATGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCTACTGAAGGGGCTGCCCAGTTAGGGAACAGAGTGGCGGGCATGGT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GTGTAGCCTATGGGTGCTGCTCCTGGTGTCTTCAGTTCTGGCTCTGGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GTGTAGCCTATGGGTGCTGCTCCTGGTGTCTTCAGTTCTGGCTCTGGAAG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101          AGGTATTGCTGGACACCACCGGAGAGACATCTGAGATTGGC
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 GTA...CAGAGGTATTGCTGGACACCACCGGAGAGACATCTGAGATTGGC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 TGGCTCACCTACCCACCAGGGGGG         TGGGACGAGGTGAGTGT
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 100445 TGGCTCACCTACCCACCAGGGGGGGTG...CAGTGGGACGAGGTGAGTGT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 TCTGGACGACCAGCGACGCCTGACTCGGACCTTTGAGGCATGTCATGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100756 TCTGGACGACCAGCGACGCCTGACTCGGACCTTTGAGGCATGTCATGTGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 CAGGGGCCCCTCCAGGCACCGGGCAGGACAATTGGTTGCAGACACACTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100806 CAGGGGCCCCTCCAGGCACCGGGCAGGACAATTGGTTGCAGACACACTTT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 GTGGAGCGGCGCGGGGCCCAGAGGGCGCACATTCGACTCCACTTCTCTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100856 GTGGAGCGGCGCGGGGCCCAGAGGGCGCACATTCGACTCCACTTCTCTGT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 GCGGGCATGCTCCAGCCTGGGTGTGAGCGGCGGCACCTGCCGGGAGACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100906 GCGGGCATGCTCCAGCCTGGGTGTGAGCGGCGGCACCTGCCGGGAGACCT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 TCACCCTTTACTACCGTCAGGCTGAGGAGCCCGACAGCCCTGACAGCGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100956 TCACCCTTTACTACCGTCAGGCTGAGGAGCCCGACAGCCCTGACAGCGTT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 TCCTCCTGGCACCTCAAACGCTGGACCAAGGTGGACACAATTGCAGCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101006 TCCTCCTGGCACCTCAAACGCTGGACCAAGGTGGACACAATTGCAGCAGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 CGAGAGCTTT  C CCTCCTCCTCCTCCTCCTCCTCCTCTTCTTCCTCTG
        ||||||||||--|-||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101056 CGAGAGCTTTCCCTCCTCCTCCTCCTCCTCCTCCTCCTCTTCTTCCTCTG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    530 CAGCGTGGGCTGTGGGACCCCACGGGGCTGGGCAGCGGGCTGGACTGCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101106 CAGCGTGGGCTGTGGGACCCCACGGGGCTGGGCAGCGGGCTGGACTGCAA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    580 CTGAACGTCAAAGAGCGGAGCTTTGGGCCTCTCACCCAACGCGGCTTCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101156 CTGAACGTCAAAGAGCGGAGCTTTGGGCCTCTCACCCAACGCGGCTTCTA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    630 CGTGGCCTTCCAGGACACGGGGGCCTGCCTGGCCCTGGTCGCTGTCAGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101206 CGTGGCCTTCCAGGACACGGGGGCCTGCCTGGCCCTGGTCGCTGTCAGGC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    680 TCTTCTCCTACACCTGCCCTGCCGTGCTCCGATCCTTTGCTTCCTTTCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101256 TCTTCTCCTACACCTGCCCTGCCGTGCTCCGATCCTTTGCTTCCTTTCCA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    730 GAGACGCAGGCCAGTGGGGCTGGGGGGGCCTCCCTGGTGGCAGCTGTGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101306 GAGACGCAGGCCAGTGGGGCTGGGGGGGCCTCCCTGGTGGCAGCTGTGGG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    780 CACCTGTGTGGCTCATGCAGAGCCAGAGGAGGATGGAGTAGGGGGCCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101356 CACCTGTGTGGCTCATGCAGAGCCAGAGGAGGATGGAGTAGGGGGCCAGG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    830 CAGGAGGCAGCCCCCCCAGGCTGCACTGCAACGGGGAGGGCAAGTGGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101406 CAGGAGGCAGCCCCCCCAGGCTGCACTGCAACGGGGAGGGCAAGTGGATG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    880 GTAGCTGTCGGGGGCTGCCGCTGCCAGCCTGGATACCAACCAGCACGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101456 GTAGCTGTCGGGGGCTGCCGCTGCCAGCCTGGATACCAACCAGCACGAGG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    930 AGACAAGGCCTGCCAAG         CCTGCCCACGGGGGCTCTATAAGT
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||| 
 101506 AGACAAGGCCTGCCAAGGTG...CAGCCTGCCCACGGGGGCTCTATAAGG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    971 CTTCTGCTGGGAATGCTCCCTGCTCACCATGCCCTGCCCGCAGTCACGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102272 CTTCTGCTGGGAATGCTCCCTGCTCACCATGCCCTGCCCGCAGTCACGCT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1021 CCCAACCCAGCAGCCCCCGTTTGCCCCTGCCTGGAGGGCTTCTACCGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102322 CCCAACCCAGCAGCCCCCGTTTGCCCCTGCCTGGAGGGCTTCTACCGGGC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1071 CAGTTCCGACCCACCAGAGGCCCCCTGCACTG         GTCCTCCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 102372 CAGTTCCGACCCACCAGAGGCCCCCTGCACTGGTG...CAGGTCCTCCAT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1112 CGGCTCCCCAGGAGCTTTGGTTTGAGGTGCAAGGCTCAGCACTCATGCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102742 CGGCTCCCCAGGAGCTTTGGTTTGAGGTGCAAGGCTCAGCACTCATGCTA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1162 CACTGGCGCCTGCCTCGGGAGCTGGGGGGTCGAGGGGACCTGCTCTTCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102792 CACTGGCGCCTGCCTCGGGAGCTGGGGGGTCGAGGGGACCTGCTCTTCAA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1212 TGTCGTGTGCAAGGAGTGTGAAGGCCGCCAGGAACCTGCCAGCGGTGGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102842 TGTCGTGTGCAAGGAGTGTGAAGGCCGCCAGGAACCTGCCAGCGGTGGTG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1262 GGGGCACTTGTCACCGCTGCAGGGATGAGGTCCACTTCGACCCTCGCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102892 GGGGCACTTGTCACCGCTGCAGGGATGAGGTCCACTTCGACCCTCGCCAG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1312 AGAGGCCTGACTGAGAGCCGAGTGTTAGTGGGGGGACTCCGGGCACACGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102942 AGAGGCCTGACTGAGAGCCGAGTGTTAGTGGGGGGACTCCGGGCACACGT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1362 ACCCTACATCTTAGAGGTGCAGGCTGTTAATGGGGTGTCTGAGCTCAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102992 ACCCTACATCTTAGAGGTGCAGGCTGTTAATGGGGTGTCTGAGCTCAGCC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1412 CTGACCCTCCTCAGGCTGCAGCCATCAATGTCAGCACCAGCCATGAAG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 103042 CTGACCCTCCTCAGGCTGCAGCCATCAATGTCAGCACCAGCCATGAAGGT

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1460        TGCCCTCTGCTGTCCCTGTGGTGCACCAGGTGAGCCGGGCATC
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103092 G...TAGTGCCCTCTGCTGTCCCTGTGGTGCACCAGGTGAGCCGGGCATC

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1503 CAACAGCATCACGGTGTCCTGGCCGCAGCCCGACCAGACCAATGGGAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103297 CAACAGCATCACGGTGTCCTGGCCGCAGCCCGACCAGACCAATGGGAACA

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1553 TCCTGGACTATCAGCTCCGCTACTATGACCAG         GCAGAAGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 103347 TCCTGGACTATCAGCTCCGCTACTATGACCAGGTG...CAGGCAGAAGAC

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1594 GAATCCCACTCCTTCACCCTGACCAGCGAGACCAACACTGCCACCGTGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103688 GAATCCCACTCCTTCACCCTGACCAGCGAGACCAACACTGCCACCGTGAC

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1644 ACAGCTGAGCCCTGGCCACATCTATGGTTTCCAGGTGCGGGCCCGGACTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103738 ACAGCTGAGCCCTGGCCACATCTATGGTTTCCAGGTGCGGGCCCGGACTG

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1694 CTGCCGGCCACGGCCCCTACGGGGGCAAAGTCTATTTCCAGACACTTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103788 CTGCCGGCCACGGCCCCTACGGGGGCAAAGTCTATTTCCAGACACTTCCT

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1744 CAAG         GGGAGCTGTCTTCCCAGCTTCCGGAAAGACTCTCCTT
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
 103838 CAAGGTG...CAGGGGAGCTGTCTTCCCAGCTTCCAGAAAGACTCTCCTT

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1785 GGTGATCGGCTCCATCCTGGGGGCTTTGGCCTTCCTCCTGCTGGCAGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104418 GGTGATCGGCTCCATCCTGGGGGCTTTGGCCTTCCTCCTGCTGGCAGCCA

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1835 TCACCGTGCTGGCGGTCGTCTTCCAGCG         GAAGCGGCGTGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 104468 TCACCGTGCTGGCGGTCGTCTTCCAGCGGTG...CAGGAAGCGGCGTGGG

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1876 ACTGGCTACACGGAGCAGCTGCAGCAATACAGCAGCCCAG         G
        ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 104783 ACTGGCTACACAGAGCAGCTGCAGCAATACAGCAGCCCAGGTG...CAGG

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1917 ACTCGGGGTGAAGTATTACATCGACCCCTCCACCTACGAGGACCCCTGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105015 ACTCGGGGTGAAGTATTACATCGACCCCTCCACCTACGAGGACCCCTGTC

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1967 AGGCCATCCGAGAACTTGCCCGGGAAGTCGATCCTGCTTATATCAAGATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105065 AGGCCATCCGAGAACTTGCCCGGGAAGTCGATCCTGCTTATATCAAGATT

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2017 GAGGAGGTCATTGGGACAG         GCTCTTTTGGAGAAGTGCGCCA
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 105115 GAGGAGGTCATTGGGACAGGTA...CAGGCTCTTTTGGAGAAGTGCGCCA

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2058 GGGCCGCCTGCAGCCACGGGGACGGAGGGAGCAGACTGTGGCCATCCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105287 GGGCCGCCTGCAGCCACGGGGACGGAGGGAGCAGACTGTGGCCATCCAGG

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2108 CCCTGTGGGCCGGGGGCGCCGAAAGCCTGCAGATGACCTTCCTGGGCCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105337 CCCTGTGGGCCGGGGGCGCCGAAAGCCTGCAGATGACCTTCCTGGGCCGG

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2158 GCCGCAGTGCTGGGTCAGTTCCAGCACCCCAACATCCTGCGGCTGGAGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105387 GCCGCAGTGCTGGGTCAGTTCCAGCACCCCAACATCCTGCGGCTGGAGGG

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2208 CGTGGTCACCAAGAGCCGACCCCTCATGGTGCTGACGGAGTTCATGGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105437 CGTGGTCACCAAGAGCCGACCCCTCATGGTGCTGACGGAGTTCATGGAGC

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2258 TTGGCCCCCTGGACAGCTTCCTCAGG         CAGCGGGAGGGCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 105487 TTGGCCCCCTGGACAGCTTCCTCAGGGTC...CAGCAGCGGGAGGGCCAG

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2299 TTCAGCAGCCTGCAGCTGGTGGCCATGCAGCGGGGAGTGGCTGCTGCCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105762 TTCAGCAGCCTGCAGCTGGTGGCCATGCAGCGGGGAGTGGCTGCTGCCAT

   2450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2349 GCAGTACCTGTCCAGCTTTGCCTTCGTCCATCGCTCGCTGTCTGCCCACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105812 GCAGTACCTGTCCAGCTTTGCCTTCGTCCATCGCTCGCTGTCTGCCCACA

   2500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2399 GCGTGCTGGTGAATAGCCACTTGGTGTGCAAGGTGGCCCGTCTTGGCCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105862 GCGTGCTGGTGAATAGCCACTTGGTGTGCAAGGTGGCCCGTCTTGGCCAC

   2550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2449 AGTCCTCAG         GGCCCAAGTTGTTTGCTTCGCTGGGCAGCCCC
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 105912 AGTCCTCAGGTG...CAGGGCCCAAGTTGTTTGCTTCGCTGGGCAGCCCC

   2600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2490 AGAGGTCATTGCACATGGAAAGCATACAACATCCAGTGATGTCTGGAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106622 AGAGGTCATTGCACATGGAAAGCATACAACATCCAGTGATGTCTGGAGCT

   2650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2540 TTGGGATACTCATGTGGGAAGTGATGAGTTATGGAGAACGGCCTTACTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106672 TTGGGATACTCATGTGGGAAGTGATGAGTTATGGAGAACGGCCTTACTGG

   2700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2590 GACATGAGTGAGCAGGAG         GTACTAAATGCAATAGAGCAGGA
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 106722 GACATGAGTGAGCAGGAGGTG...CAGGTACTAAATGCAATAGAGCAGGA

   2750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2631 GTTCCGGCTGCCCCCGCCTCCAGGCTGTCCTCCTGGATTACATCTACTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107010 GTTCCGGCTGCCCCCGCCTCCAGGCTGTCCTCCTGGATTACATCTACTTA

   2800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2681 TGTTGGACACTTGGCAGAAGGACCGTGCCCGGCGGCCTCATTTTGACCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107060 TGTTGGACACTTGGCAGAAGGACCGTGCCCGGCGGCCTCATTTTGACCAG

   2850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2731 CTGGTGGCTGCATTTGACAAGATGATCCGCAAGCCAGATACCCTGCAGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107110 CTGGTGGCTGCATTTGACAAGATGATCCGCAAGCCAGATACCCTGCAGGC

   2900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2781 TGGCGGGGACCCAGGGGAAAG         GCCTTCCCAGGCCCTTCTGA
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 107160 TGGCGGGGACCCAGGGGAAAGGTC...TAGGCCTTCCCAGGCCCTTCTGA

   2950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2822 CCCCTGTGGCCCTGGACTTTCCTTGTCTGGACTCACCCCAGGCCTGGCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107323 CCCCTGTGGCCCTGGACTTTCCTTGTCTGGACTCACCCCAGGCCTGGCTT

   3000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2872 TCAGCCATTGGACTGGAGTGCTACCAGGACAACTTCTCCAAGTTTGGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107373 TCAGCCATTGGACTGGAGTGCTACCAGGACAACTTCTCCAAGTTTGGCCT

   3050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2922 CTGTACCTTCAGTGATGTGGCTCAGCTCAGCCTAGA         AGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 107423 CTGTACCTTCAGTGATGTGGCTCAGCTCAGCCTAGAGTA...CAGAGACC

   3100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2963 TGCCTGCCCTGGGCATCACCCTGGCTGGCCACCAGAAGAAGCTGCTGCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107574 TGCCTGCCCTGGGCATCACCCTGGCTGGCCACCAGAAGAAGCTGCTGCAC

   3150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   3013 CACATCCAGCTCCTTCAGCAACACCTGAGGCAGCAGGGCTCAGTGGAGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107624 CACATCCAGCTCCTTCAGCAACACCTGAGGCAGCAGGGCTCAGTGGAGGT

   3200 
   3063 C
        |
 107674 C