seq1 = pF1KB0098.tfa, 2997 bp
seq2 = pF1KB0098/gi568815596f_111798736.tfa (gi568815596f:111798736_112128861), 330126 bp

>pF1KB0098 2997
>gi568815596f:111798736_112128861 (Chr2)

1-61  (100001-100061)   100% ->
62-482  (130385-130805)   100% ->
483-583  (146225-146325)   100% ->
584-757  (148659-148832)   100% ->
758-844  (166456-166542)   100% ->
845-960  (169402-169517)   100% ->
961-1144  (176554-176737)   100% ->
1145-1296  (184107-184258)   100% ->
1297-1450  (195516-195669)   99% ->
1451-1604  (198588-198741)   99% ->
1605-1690  (202466-202551)   100% ->
1691-1786  (204357-204452)   100% ->
1787-1867  (205169-205249)   100% ->
1868-1960  (209648-209740)   98% ->
1961-2079  (211213-211331)   100% ->
2080-2189  (220678-220787)   100% ->
2190-2349  (222687-222846)   100% ->
2350-2486  (223523-223659)   100% ->
2487-2997  (229616-230126)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGGGCCGGCCCCGCTGCCGCTGCTGCTGGGCCTCTTCCTCCCCGCGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGGGCCGGCCCCGCTGCCGCTGCTGCTGGGCCTCTTCCTCCCCGCGCT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CTGGCGTAGAG         CTATCACTGAGGCAAGGGAAGAAGCCAAGC
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CTGGCGTAGAGGTG...CAGCTATCACTGAGGCAAGGGAAGAAGCCAAGC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 CTTACCCGCTATTCCCGGGACCTTTTCCAGGGAGCCTGCAAACTGACCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130415 CTTACCCGCTATTCCCGGGACCTTTTCCAGGGAGCCTGCAAACTGACCAC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 ACACCGCTGTTATCCCTTCCTCACGCCAGTGGGTACCAGCCTGCCTTGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130465 ACACCGCTGTTATCCCTTCCTCACGCCAGTGGGTACCAGCCTGCCTTGAT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GTTTTCACCAACCCAGCCTGGAAGACCACATACAGGAAACGTAGCCATTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130515 GTTTTCACCAACCCAGCCTGGAAGACCACATACAGGAAACGTAGCCATTC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 CCCAGGTGACCTCTGTCGAATCAAAGCCCCTACCGCCTCTTGCCTTCAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130565 CCCAGGTGACCTCTGTCGAATCAAAGCCCCTACCGCCTCTTGCCTTCAAA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 CACACAGTTGGACACATAATACTTTCTGAACATAAAGGTGTCAAATTTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130615 CACACAGTTGGACACATAATACTTTCTGAACATAAAGGTGTCAAATTTAA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 TTGCTCAATCAGTGTACCTAATATATACCAGGACACCACAATTTCTTGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130665 TTGCTCAATCAGTGTACCTAATATATACCAGGACACCACAATTTCTTGGT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 GGAAAGATGGGAAGGAATTGCTTGGGGCACATCATGCAATTACACAGTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130715 GGAAAGATGGGAAGGAATTGCTTGGGGCACATCATGCAATTACACAGTTT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 TATCCAGATGATGAAGTTACAGCAATAATCGCTTCCTTCAG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 130765 TATCCAGATGATGAAGTTACAGCAATAATCGCTTCCTTCAGGTA...CAG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 CATAACCAGTGTGCAGCGTTCAGACAATGGGTCGTATATCTGTAAGATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 146225 CATAACCAGTGTGCAGCGTTCAGACAATGGGTCGTATATCTGTAAGATGA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 AAATAAACAATGAAGAGATCGTGTCTGATCCCATCTACATCGAAGTACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 146275 AAATAAACAATGAAGAGATCGTGTCTGATCCCATCTACATCGAAGTACAA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    583 G         GACTTCCTCACTTTACTAAGCAGCCTGAGAGCATGAATGT
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 146325 GGTA...CAGGACTTCCTCACTTTACTAAGCAGCCTGAGAGCATGAATGT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 CACCAGAAACACAGCCTTCAACCTCACCTGTCAGGCTGTGGGCCCGCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 148699 CACCAGAAACACAGCCTTCAACCTCACCTGTCAGGCTGTGGGCCCGCCTG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    674 AGCCCGTCAACATTTTCTGGGTTCAAAACAGTAGCCGTGTTAACGAACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 148749 AGCCCGTCAACATTTTCTGGGTTCAAAACAGTAGCCGTGTTAACGAACAG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    724 CCTGAAAAATCCCCCTCCGTGCTAACTGTTCCAG         GCCTGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 148799 CCTGAAAAATCCCCCTCCGTGCTAACTGTTCCAGGTA...CAGGCCTGAC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    765 GGAGATGGCGGTCTTCAGTTGTGAGGCCCACAATGACAAAGGGCTGACCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 166463 GGAGATGGCGGTCTTCAGTTGTGAGGCCCACAATGACAAAGGGCTGACCG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    815 TGTCCAAGGGAGTGCAGATCAACATCAAAG         CAATTCCCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 166513 TGTCCAAGGGAGTGCAGATCAACATCAAAGGTA...CAGCAATTCCCTCC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    856 CCACCAACTGAAGTCAGCATCCGTAACAGCACTGCACACAGCATTCTGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 169413 CCACCAACTGAAGTCAGCATCCGTAACAGCACTGCACACAGCATTCTGAT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    906 CTCCTGGGTTCCTGGTTTTGATGGATACTCCCCGTTCAGGAATTGCAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 169463 CTCCTGGGTTCCTGGTTTTGATGGATACTCCCCGTTCAGGAATTGCAGCA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    956 TTCAG         GTCAAGGAAGCTGATCCGCTGAGTAATGGCTCAGTC
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 169513 TTCAGGTA...TAGGTCAAGGAAGCTGATCCGCTGAGTAATGGCTCAGTC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    997 ATGATTTTTAACACCTCTGCCTTACCACATCTGTACCAAATCAAGCAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 176590 ATGATTTTTAACACCTCTGCCTTACCACATCTGTACCAAATCAAGCAGCT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1047 GCAAGCCCTGGCTAATTACAGCATTGGTGTTTCCTGCATGAATGAAATAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 176640 GCAAGCCCTGGCTAATTACAGCATTGGTGTTTCCTGCATGAATGAAATAG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1097 GCTGGTCTGCAGTGAGCCCTTGGATTCTAGCCAGCACGACTGAAGGAG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 176690 GCTGGTCTGCAGTGAGCCCTTGGATTCTAGCCAGCACGACTGAAGGAGGT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1145        CCCCATCAGTAGCACCTTTAAATGTCACTGTGTTTCTGAATGA
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 176740 A...TAGCCCCATCAGTAGCACCTTTAAATGTCACTGTGTTTCTGAATGA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1188 ATCTAGTGATAATGTGGACATCAGATGGATGAAGCCTCCGACTAAGCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 184150 ATCTAGTGATAATGTGGACATCAGATGGATGAAGCCTCCGACTAAGCAGC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1238 AGGATGGAGAACTGGTGGGCTACCGGATATCCCACGTGTGGCAGAGTGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 184200 AGGATGGAGAACTGGTGGGCTACCGGATATCCCACGTGTGGCAGAGTGCA

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1288 GGGATTTCC         AAAGAGCTCTTGGAGGAAGTTGGCCAGAATGG
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 184250 GGGATTTCCGTA...CAGAAAGAGCTCTTGGAGGAAGTTGGCCAGAATGG

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1329 CAGCCGAGCTCGGATCTCTGTTCAAGTCCACAATGCTACGTGCACAGTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 195548 CAGCCGAGCTCGGATCTCTGTTCAAGTCCACAATGCTACGTGCACAGTGA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1379 GGATTGCAGCCGTCACCAAAGGGGGAGTTGGGCCCTTCAGTGATCCAGTG
        |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
 195598 GGATTGCAGCCGTCACCAGAGGGGGAGTTGGGCCCTTCAGTGATCCAGTG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1429 AAAATATTTATCCCTGCACACG         GTTGGGTAGATTATGCCCC
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 195648 AAAATATTTATCCCTGCACACGGTG...CAGGTTGGGTAGATTATGCCCC

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1470 CTCTTCAACTCCGGCGCCTGGCAACGCAGATCCTGTGCTCATCATCTTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 198607 CTCTTCAACTCCGGCGCCTGGCAACGCAGATCCTGTGCTCATCATCTTTG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1520 GCTGCTTTTGTGGATTTATTTTGATTGGGTTGGTTTTATACATCTCCTTG
        |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
 198657 GCTGCTTTTGTGGATTTATTTTGATTGGGTTGATTTTATACATCTCCTTG

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1570 GCCATCAGAAAAAGAGTCCAGGAGACAAAGTTTGG         GAATGC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 198707 GCCATCAGAAAAAGAGTCCAGGAGACAAAGTTTGGGTA...CAGGAATGC

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1611 ATTCACAGAGGAGGATTCTGAATTAGTGGTGAATTATATAGCAAAGAAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 202472 ATTCACAGAGGAGGATTCTGAATTAGTGGTGAATTATATAGCAAAGAAAT

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1661 CCTTCTGTCGGCGAGCCATTGAACTTACCT         TACATAGCTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 202522 CCTTCTGTCGGCGAGCCATTGAACTTACCTGTA...CAGTACATAGCTTG

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1702 GGAGTCAGTGAGGAACTACAAAATAAACTAGAAGATGTTGTGATTGACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 204368 GGAGTCAGTGAGGAACTACAAAATAAACTAGAAGATGTTGTGATTGACAG

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1752 GAATCTTCTAATTCTTGGAAAAATTCTGGGTGAAG         GAGAGT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 204418 GAATCTTCTAATTCTTGGAAAAATTCTGGGTGAAGGTA...CAGGAGAGT

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1793 TTGGGTCTGTAATGGAAGGAAATCTTAAGCAGGAAGATGGGACCTCTCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 205175 TTGGGTCTGTAATGGAAGGAAATCTTAAGCAGGAAGATGGGACCTCTCTG

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1843 AAAGTGGCAGTGAAGACCATGAAGT         TGGACAACTCTTCGCA
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||| ||
 205225 AAAGTGGCAGTGAAGACCATGAAGTGTG...TAGTGGACAACTCTTCACA

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1884 GCGGGAGATCGAGGAGTTTCTCAGTGAGGCAGCGTGCATGAAAGACTTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 209664 GCGGGAGATCGAGGAGTTTCTCAGTGAGGCAGCGTGCATGAAAGACTTCA

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1934 GCCACCCAAATGTCATTCGACTTCTAG         GTGTGTGTATAGAA
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 209714 GCCACCCAAATGTCATTCGACTTCTAGGTA...CAGGTGTGTGTATAGAA

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1975 ATGAGCTCTCAAGGCATCCCAAAGCCCATGGTAATTTTACCCTTCATGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 211227 ATGAGCTCTCAAGGCATCCCAAAGCCCATGGTAATTTTACCCTTCATGAA

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2025 ATACGGGGACCTGCATACTTACTTACTTTATTCCCGATTGGAGACAGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 211277 ATACGGGGACCTGCATACTTACTTACTTTATTCCCGATTGGAGACAGGAC

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2075 CAAAG         CATATTCCTCTGCAGACACTATTGAAGTTCATGGTG
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 211327 CAAAGGTA...TAGCATATTCCTCTGCAGACACTATTGAAGTTCATGGTG

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2116 GATATTGCCCTGGGAATGGAGTATCTGAGCAACAGGAATTTTCTTCATCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 220714 GATATTGCCCTGGGAATGGAGTATCTGAGCAACAGGAATTTTCTTCATCG

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2166 AGATTTAGCTGCTCGAAACTGCAT         GTTGCGAGATGACATGA
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 220764 AGATTTAGCTGCTCGAAACTGCATGTA...TAGGTTGCGAGATGACATGA

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2207 CTGTCTGTGTTGCGGACTTCGGCCTCTCTAAGAAGATTTACAGTGGCGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 222704 CTGTCTGTGTTGCGGACTTCGGCCTCTCTAAGAAGATTTACAGTGGCGAT

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2257 TATTACCGCCAAGGCCGCATTGCTAAGATGCCTGTTAAATGGATCGCCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 222754 TATTACCGCCAAGGCCGCATTGCTAAGATGCCTGTTAAATGGATCGCCAT

   2450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2307 AGAAAGTCTTGCAGACCGAGTCTACACAAGTAAAAGTGATGTG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 222804 AGAAAGTCTTGCAGACCGAGTCTACACAAGTAAAAGTGATGTGGTA...C

   2500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2350   TGGGCATTTGGCGTGACCATGTGGGAAATAGCTACGCGGGGAATGACT
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 223521 AGTGGGCATTTGGCGTGACCATGTGGGAAATAGCTACGCGGGGAATGACT

   2550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2398 CCCTATCCTGGGGTCCAGAACCATGAGATGTATGACTATCTTCTCCATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 223571 CCCTATCCTGGGGTCCAGAACCATGAGATGTATGACTATCTTCTCCATGG

   2600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2448 CCACAGGTTGAAGCAGCCCGAAGACTGCCTGGATGAACT         GT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 223621 CCACAGGTTGAAGCAGCCCGAAGACTGCCTGGATGAACTGTG...CAGGT

   2650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2489 ATGAAATAATGTACTCTTGCTGGAGAACCGATCCCTTAGACCGCCCCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 229618 ATGAAATAATGTACTCTTGCTGGAGAACCGATCCCTTAGACCGCCCCACC

   2700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2539 TTTTCAGTATTGAGGCTGCAGCTAGAAAAACTCTTAGAAAGTTTGCCTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 229668 TTTTCAGTATTGAGGCTGCAGCTAGAAAAACTCTTAGAAAGTTTGCCTGA

   2750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2589 CGTTCGGAACCAAGCAGACGTTATTTACGTCAATACACAGTTGCTGGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 229718 CGTTCGGAACCAAGCAGACGTTATTTACGTCAATACACAGTTGCTGGAGA

   2800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2639 GCTCTGAGGGCCTGGCCCAGGGCTCCACCCTTGCTCCACTGGACTTGAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 229768 GCTCTGAGGGCCTGGCCCAGGGCTCCACCCTTGCTCCACTGGACTTGAAC

   2850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2689 ATCGACCCTGACTCTATAATTGCCTCCTGCACTCCCCGCGCTGCCATCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 229818 ATCGACCCTGACTCTATAATTGCCTCCTGCACTCCCCGCGCTGCCATCAG

   2900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2739 TGTGGTCACAGCAGAAGTTCATGACAGCAAACCTCATGAAGGACGGTACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 229868 TGTGGTCACAGCAGAAGTTCATGACAGCAAACCTCATGAAGGACGGTACA

   2950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2789 TCCTGAATGGGGGCAGTGAGGAATGGGAAGATCTGACTTCTGCCCCCTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 229918 TCCTGAATGGGGGCAGTGAGGAATGGGAAGATCTGACTTCTGCCCCCTCT

   3000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2839 GCTGCAGTCACAGCTGAAAAGAACAGTGTTTTACCGGGGGAGAGACTTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 229968 GCTGCAGTCACAGCTGAAAAGAACAGTGTTTTACCGGGGGAGAGACTTGT

   3050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2889 TAGGAATGGGGTCTCCTGGTCCCATTCGAGCATGCTGCCCTTGGGAAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 230018 TAGGAATGGGGTCTCCTGGTCCCATTCGAGCATGCTGCCCTTGGGAAGCT

   3100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2939 CATTGCCCGATGAACTTTTGTTTGCTGACGACTCCTCAGAAGGCTCAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 230068 CATTGCCCGATGAACTTTTGTTTGCTGACGACTCCTCAGAAGGCTCAGAA

   3150     .
   2989 GTCCTGATG
        |||||||||
 230118 GTCCTGATG