seq1 = pF1KA2033.tfa, 2238 bp
seq2 = pF1KA2033/gi568815579f_52475891.tfa (gi568815579f:52475891_53556745), 1080855 bp

>pF1KA2033 2238
>gi568815579f:52475891_53556745 (Chr19)

9-142  (973616-973748)   99% ->
143-2238  (978760-980855)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      9 TTCTCAGGGTCTATTGACATTCAGGGATGTGGCCATAGAATTCTCTCAGG
        ||-|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 973616 TT TCAGGGTCTATTGACATTCAGGGATGTGGCCATAGAATTCTCTCAGG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     59 AGGAGTGGAAATGCCTGGACCCTGCTCAGAGGACTCTATACAGGGACGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 973665 AGGAGTGGAAATGCCTGGACCCTGCTCAGAGGACTCTATACAGGGACGTG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    109 ATGCTGGAGAATTATAGGAACCTGGTCTCCCTGG         ATATCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 973715 ATGCTGGAGAATTATAGGAACCTGGTCTCCCTGGGTG...TAGATATCTC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    150 TTCCAAATGCACGATGAAGGAGTTCTTGTCAACAGCGCAAGGCAACAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 978767 TTCCAAATGCACGATGAAGGAGTTCTTGTCAACAGCGCAAGGCAACAGAG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    200 AAGTGTTCCATGCAGGGACATTGCAAATACATGAAAGTCATCACAATGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 978817 AAGTGTTCCATGCAGGGACATTGCAAATACATGAAAGTCATCACAATGGA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    250 GATTTTTGCTACCAGGATGTTGATAAAGATATTCATGACTATGAATTTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 978867 GATTTTTGCTACCAGGATGTTGATAAAGATATTCATGACTATGAATTTCA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    300 ATGGCAAGAAGATGAAAGAAATGGCCATGAAGCACCCATGACAAAAATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 978917 ATGGCAAGAAGATGAAAGAAATGGCCATGAAGCACCCATGACAAAAATCA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    350 AAAAGTTGACAGGTAGTACAGAACGATATGATCAAAGTCATGCTAGAAAC
        ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
 978967 AAAAGTTGACAGGTATTACAGAACGATATGATCAAAGTCATGCTAGAAAC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    400 AAGCCTATTAAAGATCAGCTTGGATCAAGCTTTCATTCGCATCTGCCTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 979017 AAGCCTATTAAAGATCAGCTTGGATCAAGCTTTCATTCGCATCTGCCTGA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    450 AATGCACATATTTCAGACCGAAGAGAAAATTGATAATCAAGTTGTGAAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 979067 AATGCACATATTTCAGACCGAAGAGAAAATTGATAATCAAGTTGTGAAGT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    500 CTATCCACGATGCTTCCTTGGTTTCAACAGCCCAAAGAATTTCTTGTAGG
        || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 979117 CTGTCCACGATGCTTCCTTGGTTTCAACAGCCCAAAGAATTTCTTGTAGG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    550 CCCAAAACCCATATATCTAATAACCATGGGAATAATTTCTGGAATTCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 979167 CCCAAAACCCATATATCTAATAACCATGGGAATAATTTCTGGAATTCTTC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    600 ATTACTCACACAAAAACAGGAAGTACACATGAGAGAAAAATCTTTCCAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 979217 ATTACTCACACAAAAACAGGAAGTACACATGAGAGAAAAATCTTTCCAAT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    650 GTAATGAGAGTGGCAAAGCCTTTAATTACAGCTCACTCTTAAGGAAACAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 979267 GTAATGAGAGTGGCAAAGCCTTTAATTACAGCTCACTCTTAAGGAAACAT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    700 CAGATAATCCATTTAGCAGACAAATATAAATGTGATGTATGTGGCAAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 979317 CAGATAATCCATTTAGCAGACAAATATAAATGTGATGTATGTGGCAAGCT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    750 CTTTAATCAGAAGCGAAACCTAGCATGCCATCGTAGATGTCACACTGGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 979367 CTTTAATCAGAAGCGAAACCTAGCATGCCATCGTAGATGTCACACTGGTG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    800 AGAATCCTTACAAGTGTAATGAGTGTGGCAAGACCTTCAGTCAGACGTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 979417 AGAATCCTTACAAGTGTAATGAGTGTGGCAAGACCTTCAGTCAGACGTCA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    850 TCCCTTACATGCCATCGTAGACTTCATACTGGAGAGAAACCTTACAAATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 979467 TCCCTTACATGCCATCGTAGACTTCATACTGGAGAGAAACCTTACAAATG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    900 TGAAGAATGTGACAAAGCTTTCCATTTCAAATCAATACTTGAAAGACATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 979517 TGAAGAATGTGACAAAGCTTTCCATTTCAAATCAATACTTGAAAGACATA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    950 GGATAATTCATACTGAAGAGAAACCATATAAGTGTAATGAGTGTGGCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 979567 GGATAATTCATACTGAAGAGAAACCATATAAGTGTAATGAGTGTGGCAAG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1000 ACCTTTAGGCAGAAGTCAATCCTTACACGCCATCATCGACTTCATACTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 979617 ACCTTTAGGCAGAAGTCAATCCTTACACGCCATCATCGACTTCATACTGG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1050 AGAGAAACCTTACAAGTGTAATGAGTGTGGCAAGACCTTTAGTCACAAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 979667 AGAGAAACCTTACAAGTGTAATGAGTGTGGCAAGACCTTTAGTCACAAGT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1100 CATCCCTTACATGCCATCATAGACTTCATACTGGAGAGAAACCCTACAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 979717 CATCCCTTACATGCCATCATAGACTTCATACTGGAGAGAAACCCTACAAA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1150 TGTAATGAGTGTGGCAAGACCTTTAGTCACAAGTCATCCCTTACATGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 979767 TGTAATGAGTGTGGCAAGACCTTTAGTCACAAGTCATCCCTTACATGCCA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1200 TCGTAGACTTCATACTGGAGAGAAACCTTACAAATGTGAAGAATGTGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 979817 TCGTAGACTTCATACTGGAGAGAAACCTTACAAATGTGAAGAATGTGACA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1250 AAGCTTACAGTTTCAGATCAAATTTTGAAATACATCGGAAAATTCATACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 979867 AAGCTTACAGTTTCAGATCAAATTTTGAAATACATCGGAAAATTCATACT

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1300 GAAGACAATGCTTACAAGTGTAATGAGTGTGGAAAGACCTTTAGCCGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 979917 GAAGACAATGCTTACAAGTGTAATGAGTGTGGAAAGACCTTTAGCCGGAC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1350 ATCATCCCTTACATGCCATCGTAGACGTCATACTGGAGAGCAACCTTACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 979967 ATCATCCCTTACATGCCATCGTAGACGTCATACTGGAGAGCAACCTTACA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1400 AATGTGAAGAATGTGACAAAGCTTTCCGTTTCAAATCAAACCTTGAAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 980017 AATGTGAAGAATGTGACAAAGCTTTCCGTTTCAAATCAAACCTTGAAAGA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1450 CATAGGAGAATTCATACTGGAGAGAAACCATACAAGTGTAATGAGTGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 980067 CATAGGAGAATTCATACTGGAGAGAAACCATACAAGTGTAATGAGTGTGG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1500 CAAGACCTTTAGTCGGAAGTCATACCTCACATGCCATCATAGACTTCATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 980117 CAAGACCTTTAGTCGGAAGTCATACCTCACATGCCATCATAGACTTCATA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1550 CTGGAGAGAAAGCTTACAAGTGTAATGAGTGCAGCAAGACCTTTAGTTGG
        |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
 980167 CTGGAGAGAAAGCTTACAAGTGTAATGAGTGCGGCAAGACCTTTAGTTGG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1600 AAGTCATCCCTTACCTGCCATCGTAGACTTCATTCTGGAGAGAAACCTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 980217 AAGTCATCCCTTACCTGCCATCGTAGACTTCATTCTGGAGAGAAACCTTA

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1650 CAAGTGTAAGGAGTGTGGCAAGACCTTCAATCAGCAGTTAACCCTTAAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 980267 CAAGTGTAAGGAGTGTGGCAAGACCTTCAATCAGCAGTTAACCCTTAAAC

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1700 GCCATCGTAGACTTCATAGTGGAGAGAACCCTTACAAATGTGAAGATAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 980317 GCCATCGTAGACTTCATAGTGGAGAGAACCCTTACAAATGTGAAGATAGT

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1750 GACAAAGCTTACAGTTTCAAATCAAACCTTGAAATACATCAGAAAATTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 980367 GACAAAGCTTACAGTTTCAAATCAAACCTTGAAATACATCAGAAAATTCA

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1800 TACTGAACAGAATCCTTACAAGTGTAATGAGTGTGGCAAGACCTTCAGTC
        ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 980417 TACTGAAGAGAATCCTTACAAGTGTAATGAGTGTGGCAAGACCTTCAGTC

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1850 GGACGTCATCCCTTACATGCCATCGTAGACTTCATACCGGAGAGAAACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 980467 GGACGTCATCCCTTACATGCCATCGTAGACTTCATACCGGAGAGAAACCT

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1900 TACAAATGTGAAGAATGTGACAAAGCTTTCCGTGTGAAATCAAACCTTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 980517 TACAAATGTGAAGAATGTGACAAAGCTTTCCGTGTGAAATCAAACCTTGA

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1950 AGGACATAGGAGAATTCATACTGGAGAGAAACCTTACAAGTGTAATGAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 980567 AGGACATAGGAGAATTCATACTGGAGAGAAACCTTACAAGTGTAATGAGT

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2000 GTGGCAAGACCTTTAGTCGGAAGTCATATTTTGTATGCCATCATAGACTT
        |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
 980617 GTGGCAAGACCTTTAGTCGGAAGTCATATTTTATATGCCATCATAGACTT

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2050 CATACTGGAGAGAAACCTTATAAGTGTAATGAGTGTGGCAAGAACTTTAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 980667 CATACTGGAGAGAAACCTTATAAGTGTAATGAGTGTGGCAAGAACTTTAG

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2100 TCAGAAGTCATCCCTTATATGCCACCATAGACTTCATACTGGAGAGAAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 980717 TCAGAAGTCATCCCTTATATGCCACCATAGACTTCATACTGGAGAGAAAC

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2150 CTTACAAGTGTAATGAGTGTGGCAAGACCTTTAGTCAGAAGTCAAACCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 980767 CTTACAAGTGTAATGAGTGTGGCAAGACCTTTAGTCAGAAGTCAAACCTT

   2200     .    :    .    :    .    :    .
   2200 ACATGCCATCGTAGACTTCATACTGGAGAAAAACAAGTG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 980817 ACATGCCATCGTAGACTTCATACTGGAGAAAAACAAGTG