seq1 = pF1KA2009.tfa, 1707 bp
seq2 = pF1KA2009/gi568815583r_81943163.tfa (gi568815583r:81943163_82145705), 202543 bp

>pF1KA2009 1707
>gi568815583r:81943163_82145705 (Chr15)

(complement)

1-256  (100001-100256)   100% ->
257-1707  (101093-102543)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCCCAGCTCGCTGTTCGCAGACCTGGAGCGCAACGGCAGCGGCGGCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCCCAGCTCGCTGTTCGCAGACCTGGAGCGCAACGGCAGCGGCGGCGG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CGGCGGCGGCAGCAGCGGAGGGGGAGAGACCCTGGATGACCAAAGAGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CGGCGGCGGCAGCAGCGGAGGGGGAGAGACCCTGGATGACCAAAGAGCCC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TGCAGCTCGCGCTCGACCAGCTCTCCCTGCTGGGGCTGGACAGTGACGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TGCAGCTCGCGCTCGACCAGCTCTCCCTGCTGGGGCTGGACAGTGACGAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GGCGCCTCTCTGTACGACAGCGAGCCGCGCAAGAAGAGCGTGAACATGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GGCGCCTCTCTGTACGACAGCGAGCCGCGCAAGAAGAGCGTGAACATGAC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CGAGTGCGTGCCAGTACCCAGTTCTGAGCATGTCGCCGAGATCGTGGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 CGAGTGCGTGCCAGTACCCAGTTCTGAGCATGTCGCCGAGATCGTGGGGC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 GGCAAG         GTTGTAAAATCAAAGCGCTGCGGGCGAAGACCAAT
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 GGCAAGGTA...TAGGTTGTAAAATCAAAGCGCTGCGGGCGAAGACCAAT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 ACTTACATCAAGACCCCAGTTCGCGGGGAGGAGCCTGTCTTTGTTGTGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101128 ACTTACATCAAGACCCCAGTTCGCGGGGAGGAGCCTGTCTTTGTTGTGAC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 GGGCAGGAAGGAGGATGTGGCCATGGCTCGGAGGGAGATCATCTCTGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101178 GGGCAGGAAGGAGGATGTGGCCATGGCTCGGAGGGAGATCATCTCTGCTG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 CCGAGCACTTCTCCATGATCCGCGCCTCCCGGAATAAGAACACGGCACTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101228 CCGAGCACTTCTCCATGATCCGCGCCTCCCGGAATAAGAACACGGCACTC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 AACGGCGCGGTGCCTGGGCCGCCCAACCTGCCCGGGCAGACCACCATCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101278 AACGGCGCGGTGCCTGGGCCGCCCAACCTGCCCGGGCAGACCACCATCCA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 AGTGCGGGTACCCTACCGCGTGGTGGGGCTCGTGGTGGGGCCCAAAGGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101328 AGTGCGGGTACCCTACCGCGTGGTGGGGCTCGTGGTGGGGCCCAAAGGCG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    542 CCACAATCAAGCGCATCCAGCAGCAGACGCACACGTACATCGTGACGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101378 CCACAATCAAGCGCATCCAGCAGCAGACGCACACGTACATCGTGACGCCC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    592 AGCCGGGATAAGGAGCCGGTGTTCGAGGTGACCGGCATGCCAGAGAACGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101428 AGCCGGGATAAGGAGCCGGTGTTCGAGGTGACCGGCATGCCAGAGAACGT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    642 GGATCGCGCTCGAGAGGAGATTGAGGCGCACATTGCTCTGCGTACCGGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101478 GGATCGCGCTCGAGAGGAGATTGAGGCGCACATTGCTCTGCGTACCGGCG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    692 GCATCATTGAGCTCACAGACGAGAACGACTTCCACGCCAACGGCACCGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101528 GCATCATTGAGCTCACAGACGAGAACGACTTCCACGCCAACGGCACCGAT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    742 GTGGGCTTCGATCTGCATCATGGGTCCGGCGGGTCCGGCCCAGGCAGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101578 GTGGGCTTCGATCTGCATCATGGGTCCGGCGGGTCCGGCCCAGGCAGCCT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    792 CTGGAGCAAGCCCACCCCCAGCATCACGCCCACCCCCGGCCGCAAGCCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101628 CTGGAGCAAGCCCACCCCCAGCATCACGCCCACCCCCGGCCGCAAGCCTT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    842 TCTCTAGCTACCGCAACGACAGCTCCAGCTCGCTTGGCAGTGCTTCCACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101678 TCTCTAGCTACCGCAACGACAGCTCCAGCTCGCTTGGCAGTGCTTCCACA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    892 GACTCTTATTTCGGCGGCGGGACCAGCAGCAGCGCAGCGGCTACCCAGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101728 GACTCTTATTTCGGCGGCGGGACCAGCAGCAGCGCAGCGGCTACCCAGCG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    942 CCTGGCGGACTACAGCCCCCCTAGCCCCGCCCTGAGCTTTGCGCACAACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101778 CCTGGCGGACTACAGCCCCCCTAGCCCCGCCCTGAGCTTTGCGCACAACG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    992 GAAACAATAACAATAACGGCAATGGGTACACCTACACAGCGGGGGGAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101828 GAAACAATAACAATAACGGCAATGGGTACACCTACACAGCGGGGGGAGAA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1042 GCCTCAGTGCCATCCCCCGACGGCTGCCCCGAGCTGCAGCCCACTTTTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101878 GCCTCAGTGCCATCCCCCGACGGCTGCCCCGAGCTGCAGCCCACTTTTGA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1092 CCCGGCTCCCGCTCCCCCACCTGGGGCACCACTTATCTGGGCCCAGTTCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101928 CCCGGCTCCCGCTCCCCCACCTGGGGCACCACTTATCTGGGCCCAGTTCG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1142 AGCGGTCCCCGGGAGGCGGACCTGCAGCTCCGGTATCTTCTTCCTGCTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101978 AGCGGTCCCCGGGAGGCGGACCTGCAGCTCCGGTATCTTCTTCCTGCTCT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1192 TCTTCTGCATCTTCGTCTGCTTCTTCCTCCTCCGTGGTCTTCCCCGGGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102028 TCTTCTGCATCTTCGTCTGCTTCTTCCTCCTCCGTGGTCTTCCCCGGGGG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1242 TGGCGCCAGTGCGCCCTCCAACGCCAACCTGGGGCTATTGGTGCACCGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102078 TGGCGCCAGTGCGCCCTCCAACGCCAACCTGGGGCTATTGGTGCACCGCC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1292 GGCTGCACCCTGGCACCAGCTGCCCGCGCCTGTCTCCACCCTTGCACATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102128 GGCTGCACCCTGGCACCAGCTGCCCGCGCCTGTCTCCACCCTTGCACATG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1342 GCCCCGGGGGCGGGAGAGCACCACCTGGCTCGCCGGGTGCGCAGCGACCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102178 GCCCCGGGGGCGGGAGAGCACCACCTGGCTCGCCGGGTGCGCAGCGACCC

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1392 GGGTGGAGGAGGCCTGGCCTACGCCGCTTATGCCAACGGGCTGGGGGCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102228 GGGTGGAGGAGGCCTGGCCTACGCCGCTTATGCCAACGGGCTGGGGGCAC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1442 AGCTGCCTGGCTTGCAGCCGTCGGACACGTCGGGCTCCTCCTCTTCGTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102278 AGCTGCCTGGCTTGCAGCCGTCGGACACGTCGGGCTCCTCCTCTTCGTCC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1492 AGCTCCTCCTCCAGCTCTTCATCCTCTTCCTCCGGGCTTCGGCGTAAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102328 AGCTCCTCCTCCAGCTCTTCATCCTCTTCCTCCGGGCTTCGGCGTAAAGG

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1542 CAGCCGCGACTGCTCCGTGTGCTTCGAGAGCGAAGTGATTGCCGCGCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102378 CAGCCGCGACTGCTCCGTGTGCTTCGAGAGCGAAGTGATTGCCGCGCTGG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1592 TGCCCTGTGGCCACAACCTCTTCTGCATGGAGTGCGCCAATCGCATCTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102428 TGCCCTGTGGCCACAACCTCTTCTGCATGGAGTGCGCCAATCGCATCTGT

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1642 GAGAAGAGCGAGCCCGAGTGCCCGGTCTGCCACACCGCGGTCACTCAGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102478 GAGAAGAGCGAGCCCGAGTGCCCGGTCTGCCACACCGCGGTCACTCAGGC

   1700     .    :    .
   1692 CATCCGCATCTTTTCT
        ||||||||||||||||
 102528 CATCCGCATCTTTTCT