seq1 = pF1KA1996.tfa, 1248 bp
seq2 = pF1KA1996/gi568815588r_27104440.tfa (gi568815588r:27104440_27331795), 227356 bp

>pF1KA1996 1248
>gi568815588r:27104440_27331795 (Chr10)

(complement)

1-48  (100001-100048)   100% ->
49-163  (108344-108458)   100% ->
164-298  (111939-112073)   100% ->
299-502  (113613-113816)   99% ->
503-609  (116155-116261)   100% ->
610-877  (120715-120982)   99% ->
878-1077  (123351-123550)   100% ->
1078-1128  (126548-126598)   100% ->
1129-1246  (127247-127362)   96%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGACCAAAGAGGAAGCCATGATTGCATATGTTGAAGAAATGAAAAAG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 100001 ATGACCAAAGAGGAAGCCATGATTGCATATGTTGAAGAAATGAAAAAGGT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     49        ATTATTGAAACTATGCCAATGACTGAGAAAGTTGAAGAATTGC
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 A...CAGATTATTGAAACTATGCCAATGACTGAGAAAGTTGAAGAATTGC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 TGCGTGTCATAGGTCCATTTTATGAAATTGTCGAGGACAAAAAGAGTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108387 TGCGTGTCATAGGTCCATTTTATGAAATTGTCGAGGACAAAAAGAGTGGC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 AGGAGTTCTGATATAACCTCAG         ATCTTGGTAATGTTCTCAC
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 108437 AGGAGTTCTGATATAACCTCAGGTT...TAGATCTTGGTAATGTTCTCAC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 TTCTACTCCAAACGCCAAAACCGTTAATGGTAAAGCTGAAAGCAGTGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111958 TTCTACTCCAAACGCCAAAACCGTTAATGGTAAAGCTGAAAGCAGTGACA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 GTGGAGCCGAGTCTGAGGAAGAAGAGGCCCAAGAAGAAGTGAAAGGAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112008 GTGGAGCCGAGTCTGAGGAAGAAGAGGCCCAAGAAGAAGTGAAAGGAGCA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 GAACAAAGTGATAATG         ATAAGAAAATGATGAAGAAGTCAGC
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 112058 GAACAAAGTGATAATGGTA...AAGATAAGAAAATGATGAAGAAGTCAGC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 AGACCATAAGAATTTGGAAGTCATTGTCACTAATGGCTATGATAAAGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113638 AGACCATAAGAATTTGGAAGTCATTGTCACTAATGGCTATGATAAAGATG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 GCTTTGTTCAGGATATACAGAATGACATTCATGCCAGTTCTTCCCTGAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113688 GCTTTGTTCAGGATATACAGAATGACATTCATGCCAGTTCTTCCCTGAAT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 GGCAGAAGCACTGAAGAAGTAAAGCCTATTGATGAAAACTTGGGGCAAAC
        |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
 113738 GGCAGAAGCACTGAAGAAGTAAAGCCCATTGATGAAAACTTGGGGCAAAC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 TGGAAAATCTGCTGTTTGCATTCACCAAG         ATATAAATGATG
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 113788 TGGAAAATCTGCTGTTTGCATTCACCAAGGTA...TAGATATAAATGATG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 ATCATGTTGAAGATGTTACAGGAATTCAGCATTTGACAAGCGATTCAGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116167 ATCATGTTGAAGATGTTACAGGAATTCAGCATTTGACAAGCGATTCAGAC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 AGTGAAGTTTACTGTGATTCTATGGAACAATTTGGACAAGAAGAG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 116217 AGTGAAGTTTACTGTGATTCTATGGAACAATTTGGACAAGAAGAGGTA..

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    610     TCTTTAGACAGCTTTACGTCCAACAATGGACCATTTCAGTATTACT
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116267 .TAGTCTTTAGACAGCTTTACGTCCAACAATGGACCATTTCAGTATTACT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 TGGGTGGTCATTCCAGTCAACCCATGGAAAATTCTGGATTTCGTGAAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120761 TGGGTGGTCATTCCAGTCAACCCATGGAAAATTCTGGATTTCGTGAAGAT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 ATTCAAGTACCTCCTGGAAATGGCAACATTGGGAATATGCAGGTGGTTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120811 ATTCAAGTACCTCCTGGAAATGGCAACATTGGGAATATGCAGGTGGTTGC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 AGTTGAAGGAAAAGGTGAAGTCAAGCATGGAGGAGAAGATGGCAGGAATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120861 AGTTGAAGGAAAAGGTGAAGTCAAGCATGGAGGAGAAGATGGCAGGAATA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 ACAGCGGAGCGCCACACCGGGAGAAGCGAGGCGGAGAAACTGATGAATTC
        |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
 120911 ACAGCGGAGCACCACACCGGGAGAAGCGAGGCGGAGAAACTGACGAATTC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    856 TCTAATGTTAGAAGAGGAAGAG         GACATAGGATGCAACACTT
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 120961 TCTAATGTTAGAAGAGGAAGAGGTG...TAGGACATAGGATGCAACACTT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 GAGCGAAGGAACCAAGGGCCGGCAGGTGGGAAGTGGAGGTGATGGGGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123370 GAGCGAAGGAACCAAGGGCCGGCAGGTGGGAAGTGGAGGTGATGGGGAGC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    947 GCTGGGGCTCCGACAGAGGGTCCCGAGGCAGCCTCAATGAGCAGATCGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123420 GCTGGGGCTCCGACAGAGGGTCCCGAGGCAGCCTCAATGAGCAGATCGCC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    997 CTCGTGCTGATGAGACTGCAGGAGGACATGCAGAATGTCCTTCAGAGACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123470 CTCGTGCTGATGAGACTGCAGGAGGACATGCAGAATGTCCTTCAGAGACT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1047 GCAGAAACTGGAAACGCTGACTGCTTTGCAG         GCAAAATCAT
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 123520 GCAGAAACTGGAAACGCTGACTGCTTTGCAGGTA...CAGGCAAAATCAT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1088 CAACATCAACATTGCAGACTGCTCCTCAGCCCACCTCACAG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 126558 CAACATCAACATTGCAGACTGCTCCTCAGCCCACCTCACAGGTA...CAG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1129 AGACCATCTTGGTGGCCCTTCGAGATGTCTCCTGGTGTGCTAACGTTTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127247 AGACCATCTTGGTGGCCCTTCGAGATGTCTCCTGGTGTGCTAACGTTTGC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1179 CATCATATGGCCTTTTATTGCACAGTGGTTGGTGTATTTATACTATCAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127297 CATCATATGGCCTTTTATTGCACAGTGGTTGGTGTATTTATACTATCAAA

   1300     .    :    .
   1229 GAAGGAGAAGAAAACTGA
        ||||||||||  ||--||
 127347 GAAGGAGAAGGTAA  GA