seq1 = pF1KA1983.tfa, 1218 bp
seq2 = pF1KA1983/gi568815580r_59335911.tfa (gi568815580r:59335911_59797342), 461432 bp

>pF1KA1983 1218
>gi568815580r:59335911_59797342 (Chr18)

(complement)

1-131  (100001-100131)   100% ->
132-212  (100634-100714)   100% ->
213-265  (317105-317157)   100% ->
266-400  (327736-327870)   100% ->
401-553  (330452-330604)   100% ->
554-654  (342392-342492)   100% ->
655-775  (349240-349360)   100% ->
776-915  (357527-357666)   100% ->
916-951  (357765-357800)   100% ->
952-987  (359197-359232)   100% ->
988-1218  (361202-361432)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGTGCCGCCGCCTCCGAGCCGGGGAGGAGCTGCCAGGGGCCAGCTGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGTGCCGCCGCCTCCGAGCCGGGGAGGAGCTGCCAGGGGCCAGCTGGG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CAGGAGCCTGGGTCCGCTGCTGCTGCTCCTGGCGTTGGGACACACGTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CAGGAGCCTGGGTCCGCTGCTGCTGCTCCTGGCGTTGGGACACACGTGGA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CCTACAGAGAGGAGCCGGAGGACGGCGACAG         AGAAATCTGC
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 100101 CCTACAGAGAGGAGCCGGAGGACGGCGACAGGTA...TAGAGAAATCTGC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 TCAGAGAGCAAAATCGCGACGACTAAATACCCGTGTCTGAAGTCTTCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100644 TCAGAGAGCAAAATCGCGACGACTAAATACCCGTGTCTGAAGTCTTCAGG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CGAGCTCACCACATGCTACAG         GAAAAAGTGCTGCAAAGGAT
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 100694 CGAGCTCACCACATGCTACAGGTA...TAGGAAAAAGTGCTGCAAAGGAT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 ATAAATTTGTTCTTGGACAATGCATCCCAGAAG         ATTACGAC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 317125 ATAAATTTGTTCTTGGACAATGCATCCCAGAAGGTA...CAGATTACGAC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 GTTTGTGCCGAGGCTCCCTGTGAACAGCAGTGCACGGACAACTTTGGCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 327744 GTTTGTGCCGAGGCTCCCTGTGAACAGCAGTGCACGGACAACTTTGGCCG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 AGTGCTGTGTACTTGTTATCCGGGATACCGATATGACCGGGAGAGACACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 327794 AGTGCTGTGTACTTGTTATCCGGGATACCGATATGACCGGGAGAGACACC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 GGAAGCGGGAGAAGCCATACTGTCTGG         ATATTGATGAGTGT
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 327844 GGAAGCGGGAGAAGCCATACTGTCTGGGTG...CAGATATTGATGAGTGT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 GCCAGCAGCAATGGGACGCTGTGTGCCCACATCTGCATCAATACCTTGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 330466 GCCAGCAGCAATGGGACGCTGTGTGCCCACATCTGCATCAATACCTTGGG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 CAGCTACCGCTGCGAGTGCCGGGAAGGCTACATCCGGGAAGATGATGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 330516 CAGCTACCGCTGCGAGTGCCGGGAAGGCTACATCCGGGAAGATGATGGGA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 AGACATGTACCAGGGGAGACAAATATCCCAATGACACTG         GC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 330566 AGACATGTACCAGGGGAGACAAATATCCCAATGACACTGGTA...CAGGC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 CATGAGAAGTCTGAGAACATGGTGAAAGCCGGAACTTGCTGTGCCACATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 342394 CATGAGAAGTCTGAGAACATGGTGAAAGCCGGAACTTGCTGTGCCACATG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 CAAGGAGTTCTACCAGATGAAGCAGACCGTGCTGCAGCTGAAGCAAAAG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 342444 CAAGGAGTTCTACCAGATGAAGCAGACCGTGCTGCAGCTGAAGCAAAAGG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    655         ATTGCTCTGCTCCCCAACAATGCAGCTGACCTGGGCAAGTAT
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 342494 TA...CAGATTGCTCTGCTCCCCAACAATGCAGCTGACCTGGGCAAGTAT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 ATCACTGGTGACAAGGTGCTGGCCTCAAACACCTACCTTCCAGGACCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 349282 ATCACTGGTGACAAGGTGCTGGCCTCAAACACCTACCTTCCAGGACCTCC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 TGGCCTGCCTGGGGGCCAGGGCCCTCCCG         GCTCACCAGGAC
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 349332 TGGCCTGCCTGGGGGCCAGGGCCCTCCCGGTG...CAGGCTCACCAGGAC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 CAAAGGGAAGCCCAGGCTTCCCCGGTATGCCAGGCCCTCCTGGGCAGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 357539 CAAAGGGAAGCCCAGGCTTCCCCGGTATGCCAGGCCCTCCTGGGCAGCCC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 GGCCCACGGGGCTCAATGGGACCCATGGGACCATCTCCTGATCTGTCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 357589 GGCCCACGGGGCTCAATGGGACCCATGGGACCATCTCCTGATCTGTCCCA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 CATTAAGCAAGGCCGGAGGGGCCCTGTG         GGTCCACCAGGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 357639 CATTAAGCAAGGCCGGAGGGGCCCTGTGGTC...CAGGGTCCACCAGGGG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    929 CACCAGGAAGAGATGGTTCTAAG         GGGGAGAGAGGAGCGCCT
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 357778 CACCAGGAAGAGATGGTTCTAAGGTA...TAGGGGGAGAGAGGAGCGCCT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    970 GGGCCCAGAGGGTCTCCA         GGACCCCCTGGTTCTTTCGACTT
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 359215 GGGCCCAGAGGGTCTCCAGTA...CAGGGACCCCCTGGTTCTTTCGACTT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1011 CCTGCTACTTATGCTGGCTGACATCCGCAATGACATCACTGAGCTGCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 361225 CCTGCTACTTATGCTGGCTGACATCCGCAATGACATCACTGAGCTGCAGG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1061 AAAAGGTGTTCGGGCACCGGACTCACTCTTCAGCAGAGGAGTTCCCTTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 361275 AAAAGGTGTTCGGGCACCGGACTCACTCTTCAGCAGAGGAGTTCCCTTTA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1111 CCTCAGGAATTTCCCAGCTACCCAGAAGCCATGGACCTGGGCTCTGGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 361325 CCTCAGGAATTTCCCAGCTACCCAGAAGCCATGGACCTGGGCTCTGGAGA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1161 TGACCATCCAAGAAGAACTGAGACAAGAGACTTGAGAGCCCCCAGAGACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 361375 TGACCATCCAAGAAGAACTGAGACAAGAGACTTGAGAGCCCCCAGAGACT

   1300     .
   1211 TCTACCCA
        ||||||||
 361425 TCTACCCA