seq1 = pF1KA1975.tfa, 1650 bp
seq2 = pF1KA1975/gi568815588f_86907653.tfa (gi568815588f:86907653_87109902), 202250 bp

>pF1KA1975 1650
>gi568815588f:86907653_87109902 (Chr10)

1-14  (94071-94084)   100% ->
15-50  (96673-96708)   100% ->
51-102  (100003-100054)   100% ->
103-1650  (100703-102250)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGACAATAATATC         TGTGACCTTGGAGATACATCATCATAT
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
  94071 ATGACAATAATATCGTG...CAGTGTGACCTTGGAGATACATCATCATAT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 CACGGAAAG         AGATGCAGATAGATCTTTGACCATACTTGATG
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
  96700 CACGGAAAGGTG...TAGAGATGCAGATAGATCTTTGACCATACTTGATG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     83 AACAGTTATACTCATTTGCG         TTTTCCACCGTGCACATTACG
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 100035 AACAGTTATACTCATTTGCGGTA...CAGTTTTCCACCGTGCACATTACG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    124 AAGAAAAGAAATGGAGGTGGGAGTTTAAATAACTATTCCTCCTCCATTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100724 AAGAAAAGAAATGGAGGTGGGAGTTTAAATAACTATTCCTCCTCCATTCC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    174 ATTGACTCCCAGCACCAGCCAGGAGGACCTTTATTTCAGTGTTCCTCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100774 ATTGACTCCCAGCACCAGCCAGGAGGACCTTTATTTCAGTGTTCCTCCCA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    224 CTGCCAACACACCCACGCCCGTTTGCAAGCAGTCCATGGGCTGGTCCAAC
        |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
 100824 CTGCCAACACACCCACGCCCATTTGCAAGCAGTCCATGGGCTGGTCCAAC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 CTGTTTACATCTGAGAAAGGGAGTGACCCAGACAAAGGGAGGAAAGCCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100874 CTGTTTACATCTGAGAAAGGGAGTGACCCAGACAAAGGGAGGAAAGCCCT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 GGAGAGTCACGCTGACACCATCGGGAGCGGCAGAGCCATCCCCATTAAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100924 GGAGAGTCACGCTGACACCATCGGGAGCGGCAGAGCCATCCCCATTAAAC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 AGGGCATGCTCTTAAAGCGAAGTGGGAAATGGCTGAAGACATGGAAAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100974 AGGGCATGCTCTTAAAGCGAAGTGGGAAATGGCTGAAGACATGGAAAAAG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 AAATATGTCACCCTGTGTTCCAATGGCGTGCTCACCTATTATTCAAGCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101024 AAATATGTCACCCTGTGTTCCAATGGCGTGCTCACCTATTATTCAAGCTT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 AGGTGATTATATGAAGAATATTCATAAAAAAGAGATTGACCTTCGGACAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101074 AGGTGATTATATGAAGAATATTCATAAAAAAGAGATTGACCTTCGGACAT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 CTACCATCAAAGTCCCAGGAAAGTGGCCATCCCTAGCCACATCGGCCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101124 CTACCATCAAAGTCCCAGGAAAGTGGCCATCCCTAGCCACATCGGCCTGC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 GCACCCATCTCCAGCTCTAAAAGCAATGGCCTATCCAAGGACATGGAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101174 GCACCCATCTCCAGCTCTAAAAGCAATGGCCTATCCAAGGACATGGAAGC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 TCTGCATATGTCAGCCAATTCAGATATCGGGCTGGGTGACTCCATATGCT
        |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
 101224 TCTGCATATGTCAGCCAATTCAGACATCGGGCTGGGTGACTCCATATGCT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    674 TCAGCCCCAGTATCTCCAGCACCACCAGCCCCAAGCTCAACCTGCCCCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101274 TCAGCCCCAGTATCTCCAGCACCACCAGCCCCAAGCTCAACCTGCCCCCC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    724 TCCCCTCATGCCAATAAAAAGAAACACCTAAAGAAGAAAAGCACCAACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101324 TCCCCTCATGCCAATAAAAAGAAACACCTAAAGAAGAAAAGCACCAACAA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    774 CTTAAAAGATGATGGCCTGTCCAGCACTGCTGAGGAAGAAGAAGAAAAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101374 CTTAAAAGATGATGGCCTGTCCAGCACTGCTGAGGAAGAAGAAGAAAAGT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    824 TTATGATTGTGTCCGTCACTGGCCAAACGTGCCACTTTAAAGCCACGACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101424 TTATGATTGTGTCCGTCACTGGCCAAACGTGCCACTTTAAAGCCACGACG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    874 TATGAGGAGCGGGATGCCTGGGTCCAAGCCATCCAGAGCCAGATCCTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101474 TATGAGGAGCGGGATGCCTGGGTCCAAGCCATCCAGAGCCAGATCCTGGC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    924 CAGCCTGCAGTCATGCGAGAGCAGTAAAAGCAAGTCCCAGCTGACCAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101524 CAGCCTGCAGTCATGCGAGAGCAGTAAAAGCAAGTCCCAGCTGACCAGCC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    974 AGAGTGAGGCCATGGCCCTGCAGTCGATCCAAAACATGCGTGGGAACTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101574 AGAGTGAGGCCATGGCCCTGCAGTCGATCCAAAACATGCGTGGGAACTCC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1024 CACTGCGTGGACTGTGAGACCCAGAATCCTAAGTGGGCCAGTTTGAACTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101624 CACTGCGTGGACTGTGAGACCCAGAATCCTAAGTGGGCCAGTTTGAACTT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1074 GGGAGTCCTCATGTGTATTGAATGTTCAGGAATCCACCGCAGTCTTGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101674 GGGAGTCCTCATGTGTATTGAATGTTCAGGAATCCACCGCAGTCTTGGCA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1124 CCCGCCTTTCCCGTGTGCGATCTCTGGAGCTGGATGACTGGCCAGTTGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101724 CCCGCCTTTCCCGTGTGCGATCTCTGGAGCTGGATGACTGGCCAGTTGAG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1174 CTCAGGAAGGTTATGTCATCTATTGGCAATGACCTAGCCAACAGCATCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101774 CTCAGGAAGGTTATGTCATCTATTGGCAATGACCTAGCCAACAGCATCTG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1224 GGAAGGGAGCAGCCAGGGGCAGACGAAACCCTCAATAGAGTCAACGAGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101824 GGAAGGGAGCAGCCAGGGGCAGACGAAACCCTCAATAGAGTCAACGAGGG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1274 AAGAGAAGGAACGGTGGATCCGTTCCAAATATGAGCATAAGCTCTTTCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101874 AAGAGAAGGAACGGTGGATCCGTTCCAAATATGAGCATAAGCTCTTTCTG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1324 GCCCCACTACCCTGCACTGAGCTGTCCCTGGGCCAGCACCTGCTGCGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101924 GCCCCACTACCCTGCACTGAGCTGTCCCTGGGCCAGCACCTGCTGCGGGC

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1374 CACCGCTGATGAGGACCTGCGGACAGCCATCCTGCTGCTGGCACATGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101974 CACCGCTGATGAGGACCTGCGGACAGCCATCCTGCTGCTGGCACATGGCT

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1424 CCCGTGAGGAGGTGAACGAGACCTGTGGGGAGGGAGACGGCTGCACGGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102024 CCCGTGAGGAGGTGAACGAGACCTGTGGGGAGGGAGACGGCTGCACGGCG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1474 CTCCATCTGGCCTGCCGCAAGGGGAATGTGGTCCTGGCGCAGCTCCTGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102074 CTCCATCTGGCCTGCCGCAAGGGGAATGTGGTCCTGGCGCAGCTCCTGAT

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1524 CTGGTACGGGGTGGACGTCATGGCCCGAGATGCCCACGGGAACACAGCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102124 CTGGTACGGGGTGGACGTCATGGCCCGAGATGCCCACGGGAACACAGCGC

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1574 TGACCTACGCCCGGCAGGCCTCCAGCCAGGAGTGCATCAACGTGCTTCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102174 TGACCTACGCCCGGCAGGCCTCCAGCCAGGAGTGCATCAACGTGCTTCTG

   1650     .    :    .    :    .
   1624 CAGTACGGCTGCCCCGACGAGTGCGTG
        |||||||||||||||||||||||||||
 102224 CAGTACGGCTGCCCCGACGAGTGCGTG