seq1 = pF1KA1964.tfa, 2367 bp
seq2 = pF1KA1964/gi568815581r_45012619.tfa (gi568815581r:45012619_45232410), 219792 bp

>pF1KA1964 2367
>gi568815581r:45012619_45232410 (Chr17)

(complement)

1-163  (100001-100163)   100% ->
164-325  (111039-111200)   100% ->
326-554  (111281-111509)   100% ->
555-684  (111957-112086)   100% ->
685-913  (113368-113596)   100% ->
914-1115  (113919-114120)   100% ->
1116-1260  (114273-114417)   100% ->
1261-1413  (115627-115779)   100% ->
1414-1560  (116921-117067)   99% ->
1561-1711  (117167-117317)   100% ->
1712-1828  (118045-118161)   100% ->
1829-1995  (118806-118972)   100% ->
1996-2131  (119154-119289)   100% ->
2132-2281  (119399-119548)   100% ->
2282-2367  (119707-119792)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCTGTGCGGCCGCTGGAGGCGTTGCCGCCGCCCGCCCGAGGAGCCCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCTGTGCGGCCGCTGGAGGCGTTGCCGCCGCCCGCCCGAGGAGCCCCC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGTGGCCGCCCAGGTCGCAGCCCAAGTCGCGGCGCCGGTCGCTCTCCCGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GGTGGCCGCCCAGGTCGCAGCCCAAGTCGCGGCGCCGGTCGCTCTCCCGT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CCCCGCCGACTCCCTCCGATGGCGGCACCAAGAGGCCCGGGCTGCGGGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CCCCGCCGACTCCCTCCGATGGCGGCACCAAGAGGCCCGGGCTGCGGGCG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CTGAAGAAGATGG         GCCTGACGGAGGACGAGGACGTGCGCGC
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 100151 CTGAAGAAGATGGGTC...CAGGCCTGACGGAGGACGAGGACGTGCGCGC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CATGCTGCGGGGCTCCCGGCTCCGCAAGATCCGCTCGCGCACGTGGCACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111067 CATGCTGCGGGGCTCCCGGCTCCGCAAGATCCGCTCGCGCACGTGGCACA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 AGGAGCGGCTGTACCGGCTGCAGGAGGACGGCCTGAGCGTGTGGTTCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111117 AGGAGCGGCTGTACCGGCTGCAGGAGGACGGCCTGAGCGTGTGGTTCCAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 CGGCGCATCCCGCGTGCGCCATCGCAGCACATCT         TCTTCGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 111167 CGGCGCATCCCGCGTGCGCCATCGCAGCACATCTGTG...CAGTCTTCGT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 GCAGCACATCGAGGCGGTCCGCGAGGGCCACCAGTCCGAGGGCCTGCGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111288 GCAGCACATCGAGGCGGTCCGCGAGGGCCACCAGTCCGAGGGCCTGCGGC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 GCTTCGGGGGTGCCTTCGCGCCAGCGCGCTGCCTCACCATCGCCTTCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111338 GCTTCGGGGGTGCCTTCGCGCCAGCGCGCTGCCTCACCATCGCCTTCAAG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 GGCCGCCGCAAGAACCTGGACCTGGCGGCGCCCACGGCTGAGGAAGCGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111388 GGCCGCCGCAAGAACCTGGACCTGGCGGCGCCCACGGCTGAGGAAGCGCA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 GCGCTGGGTGCGCGGTCTGACCAAGCTCCGCGCGCGCCTGGACGCCATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111438 GCGCTGGGTGCGCGGTCTGACCAAGCTCCGCGCGCGCCTGGACGCCATGA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 GCCAGCGCGAGCGGCTAGACCA         CTGGATCCACTCCTATCTG
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 111488 GCCAGCGCGAGCGGCTAGACCAATA...CACCTGGATCCACTCCTATCTG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 CACCGGGCTGACTCCAACCAGGACAGCAAGATGAGCTTCAAGGAGATCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111976 CACCGGGCTGACTCCAACCAGGACAGCAAGATGAGCTTCAAGGAGATCAA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 GAGCCTGCTGAGAATGGTCAACGTGGACATGAACGACATGTACGCCTACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112026 GAGCCTGCTGAGAATGGTCAACGTGGACATGAACGACATGTACGCCTACC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    674 TCCTCTTCAAG         GAGTGTGACCACTCCAACAACGACCGTCTA
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 112076 TCCTCTTCAAGGTG...CAGGAGTGTGACCACTCCAACAACGACCGTCTA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 GAGGGGGCTGAGATCGAGGAGTTCCTGCGGCGGCTGCTGAAGCGGCCGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113398 GAGGGGGCTGAGATCGAGGAGTTCCTGCGGCGGCTGCTGAAGCGGCCGGA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    765 GCTGGAGGAGATCTTCCATCAGTACTCGGGCGAGGACCGCGTGCTGAGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113448 GCTGGAGGAGATCTTCCATCAGTACTCGGGCGAGGACCGCGTGCTGAGTG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    815 CCCCTGAGCTGCTGGAGTTCCTGGAGGACCAGGGCGAGGAGGGCGCCACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113498 CCCCTGAGCTGCTGGAGTTCCTGGAGGACCAGGGCGAGGAGGGCGCCACA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    865 CTGGCCCGCGCCCAGCAGCTCATTCAGACCTATGAGCTCAACGAGACAG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 113548 CTGGCCCGCGCCCAGCAGCTCATTCAGACCTATGAGCTCAACGAGACAGG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    914         CCAAGCAGCATGAGCTGATGACACTGGATGGCTTCATGATGT
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113598 TG...CAGCCAAGCAGCATGAGCTGATGACACTGGATGGCTTCATGATGT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    956 ACCTGTTGTCGCCGGAGGGGGCTGCCTTGGACAACACCCACACGTGTGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113961 ACCTGTTGTCGCCGGAGGGGGCTGCCTTGGACAACACCCACACGTGTGTG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1006 TTCCAGGACATGAACCAGCCCCTTGCCCACTACTTCATCTCTTCCTCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114011 TTCCAGGACATGAACCAGCCCCTTGCCCACTACTTCATCTCTTCCTCCCA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1056 CAACACCTATCTGACTGACTCCCAGATCGGGGGGCCCAGCAGCACCGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114061 CAACACCTATCTGACTGACTCCCAGATCGGGGGGCCCAGCAGCACCGAGG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1106 CCTATGTTAG         GGCCTTTGCCCAGGGATGCCGCTGCGTGGAG
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 114111 CCTATGTTAGGTA...CAGGGCCTTTGCCCAGGGATGCCGCTGCGTGGAG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1147 CTGGACTGCTGGGAGGGGCCAGGAGGGGAGCCCGTCATCTATCATGGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114304 CTGGACTGCTGGGAGGGGCCAGGAGGGGAGCCCGTCATCTATCATGGCCA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1197 TACCCTCACCTCCAAGATTCTCTTCCGGGACGTGGTCCAAGCCGTGCGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114354 TACCCTCACCTCCAAGATTCTCTTCCGGGACGTGGTCCAAGCCGTGCGCG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1247 ACCATGCCTTCACG         CTGTCCCCTTACCCTGTCATCCTATCC
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 114404 ACCATGCCTTCACGGTG...CAGCTGTCCCCTTACCCTGTCATCCTATCC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1288 CTGGAGAACCACTGCGGGCTGGAGCAGCAGGCTGCCATGGCCCGCCACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115654 CTGGAGAACCACTGCGGGCTGGAGCAGCAGGCTGCCATGGCCCGCCACCT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1338 CTGCACCATCCTGGGGGACATGCTGGTGACACAGGCGCTGGACTCCCCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115704 CTGCACCATCCTGGGGGACATGCTGGTGACACAGGCGCTGGACTCCCCAA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1388 ATCCCGAGGAGCTGCCATCCCCAGAG         CAGCTGAAGGGCCGG
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 115754 ATCCCGAGGAGCTGCCATCCCCAGAGGTG...CAGCAGCTGAAGGGCCGG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1429 GTCCTGGTGAAGGGAAAGAAGCTGCCCGCTGCTCGGAGCGAGGATGGCCG
        ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
 116936 GTCCTGGTGAAGGGAAAGAAGTTGCCCGCTGCTCGGAGCGAGGATGGCCG

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1479 GGCTCTGTCGGATCGGGAGGAGGAGGAGGAGGATGACGAGGAGGAAGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116986 GGCTCTGTCGGATCGGGAGGAGGAGGAGGAGGATGACGAGGAGGAAGAAG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1529 AGGAGGTGGAGGCTGCAGCGCAGAGGCGGCTG         GCCAAGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 117036 AGGAGGTGGAGGCTGCAGCGCAGAGGCGGCTGGTG...TAGGCCAAGCAG

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1570 ATCTCCCCGGAGCTGTCGGCCCTGGCTGTGTACTGCCACGCCACCCGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117176 ATCTCCCCGGAGCTGTCGGCCCTGGCTGTGTACTGCCACGCCACCCGCCT

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1620 GCGGACCCTGCACCCTGCCCCCAACGCCCCACAACCCTGCCAGGTCAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117226 GCGGACCCTGCACCCTGCCCCCAACGCCCCACAACCCTGCCAGGTCAGCT

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1670 CCCTCAGCGAGCGCAAAGCCAAGAAACTCATTCGGGAGGCAG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 117276 CCCTCAGCGAGCGCAAAGCCAAGAAACTCATTCGGGAGGCAGGTA...CA

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1712  GGAACAGCTTTGTCAGGCACAATGCCCGCCAGCTGACCCGCGTGTACCC
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118044 GGGAACAGCTTTGTCAGGCACAATGCCCGCCAGCTGACCCGCGTGTACCC

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1761 GCTGGGGCTGCGGATGAACTCAGCCAACTACAGTCCCCAGGAGATGTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118094 GCTGGGGCTGCGGATGAACTCAGCCAACTACAGTCCCCAGGAGATGTGGA

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1811 ACTCGGGCTGTCAGCTGG         TGGCCTTGAACTTCCAGACGCCA
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 118144 ACTCGGGCTGTCAGCTGGGTA...CAGTGGCCTTGAACTTCCAGACGCCA

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1852 GGCTACGAGATGGACCTCAATGCCGGGCGCTTCCTAGTCAATGGGCAGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118829 GGCTACGAGATGGACCTCAATGCCGGGCGCTTCCTAGTCAATGGGCAGTG

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1902 TGGCTACGTCCTAAAACCTGCCTGCCTGCGGCAACCTGACTCGACCTTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118879 TGGCTACGTCCTAAAACCTGCCTGCCTGCGGCAACCTGACTCGACCTTTG

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1952 ACCCCGAGTACCCAGGACCTCCCAGAACCACTCTCAGCATCCAG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 118929 ACCCCGAGTACCCAGGACCTCCCAGAACCACTCTCAGCATCCAGGTC...

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1996    GTGCTGACTGCACAGCAGCTGCCCAAGCTGAATGCCGAGAAGCCACA
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119151 CAGGTGCTGACTGCACAGCAGCTGCCCAAGCTGAATGCCGAGAAGCCACA

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2043 CTCCATTGTGGACCCCCTGGTGCGCATTGAGATCCATGGGGTGCCCGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119201 CTCCATTGTGGACCCCCTGGTGCGCATTGAGATCCATGGGGTGCCCGCAG

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2093 ACTGTGCCCGGCAGGAGACTGACTACGTGCTCAACAATG         GC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 119251 ACTGTGCCCGGCAGGAGACTGACTACGTGCTCAACAATGGTG...TAGGC

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2134 TTCAACCCCCGCTGGGGGCAGACCCTGCAGTTCCAGCTGCGGGCTCCGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119401 TTCAACCCCCGCTGGGGGCAGACCCTGCAGTTCCAGCTGCGGGCTCCGGA

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2184 GCTGGCACTGGTCCGGTTTGTGGTGGAAGATTATGACGCCACCTCCCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119451 GCTGGCACTGGTCCGGTTTGTGGTGGAAGATTATGACGCCACCTCCCCCA

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2234 ATGACTTTGTGGGCCAGTTTACACTGCCTCTTAGCAGCCTAAAGCAAG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 119501 ATGACTTTGTGGGCCAGTTTACACTGCCTCTTAGCAGCCTAAAGCAAGGT

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2282        GGTACCGCCACATACACCTGCTTTCCAAGGACGGGGCCTCACT
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119551 T...CAGGGTACCGCCACATACACCTGCTTTCCAAGGACGGGGCCTCACT

   2450     .    :    .    :    .    :    .    :
   2325 GTCACCAGCCACGCTCTTCATCCAAATCCGCATCCAGCGCTCC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119750 GTCACCAGCCACGCTCTTCATCCAAATCCGCATCCAGCGCTCC