seq1 = pF1KA1948.tfa, 1596 bp
seq2 = pF1KA1948/gi568815579r_36292744.tfa (gi568815579r:36292744_36508013), 215270 bp

>pF1KA1948 1596
>gi568815579r:36292744_36508013 (Chr19)

(complement)

10-136  (100001-100127)   100% ->
137-229  (102342-102434)   100% ->
230-1596  (113904-115270)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     10 CGATCAGTGATGTTCAGTGATGTATCCATAGACTTCTCTCCAGAAGAGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 CGATCAGTGATGTTCAGTGATGTATCCATAGACTTCTCTCCAGAAGAGTG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     60 GGAATACCTGGACTTGGAACAAAAGGACTTGTACAGAGATGTCATGTTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GGAATACCTGGACTTGGAACAAAAGGACTTGTACAGAGATGTCATGTTGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    110 AGAACTACAGCAACTTGGTCTCACTGG         GATGCTTCATTTCT
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 100101 AGAACTACAGCAACTTGGTCTCACTGGGTA...CAGGATGCTTCATTTCT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 AAACCAGATGTGATTTCCTCATTGGAGCAAGGAAAAGAGCCTTGGAAAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102356 AAACCAGATGTGATTTCCTCATTGGAGCAAGGAAAAGAGCCTTGGAAAGT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 TGTGAGGAAAGGAAGAAGACAATATCCAG         ATTTGGAGACCA
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 102406 TGTGAGGAAAGGAAGAAGACAATATCCAGGTG...TAGATTTGGAGACCA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 AGTATGAGACCAAGAAGTTATCTTTAGAAAATGACATTTATGAAATAAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113916 AGTATGAGACCAAGAAGTTATCTTTAGAAAATGACATTTATGAAATAAAT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 TTATCCCAGTGGAAGATAATGGAAAGAATTGAAAACCATGGCCTTAAGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113966 TTATCCCAGTGGAAGATAATGGAAAGAATTGAAAACCATGGCCTTAAGGG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 TCTCATTTTAAAAAATGATTGGGAATCCACAGGAAAAATTGAAGGACAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114016 TCTCATTTTAAAAAATGATTGGGAATCCACAGGAAAAATTGAAGGACAGG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 AGAGACCTCAAGAAGGATACTTCAGTAGTGTGAAAATGCCATCTGAAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114066 AGAGACCTCAAGAAGGATACTTCAGTAGTGTGAAAATGCCATCTGAAAAG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 GTGTCCTCTTACCAGAAACGCACATCTGTTACTCCACATCAGAGACTTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114116 GTGTCCTCTTACCAGAAACGCACATCTGTTACTCCACATCAGAGACTTCA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 TTTTGTTGATAAACCCTATGAATGTAAGGAATGTGGGAAGGCGTTCAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114166 TTTTGTTGATAAACCCTATGAATGTAAGGAATGTGGGAAGGCGTTCAGAG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    542 TGCGCCAACAGCTTACTTTTCATCACAGAATTCATACTGGTGAAAAACCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114216 TGCGCCAACAGCTTACTTTTCATCACAGAATTCATACTGGTGAAAAACCG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    592 TATGAATGTAAGGAATGTGGGATGGCCTTCAGACAGACTGCACACCTTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114266 TATGAATGTAAGGAATGTGGGATGGCCTTCAGACAGACTGCACACCTTAC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    642 TCGACATCAGAGACTTCATTCTGGTGAAAAACTCTATGAATGTAAGGAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114316 TCGACATCAGAGACTTCATTCTGGTGAAAAACTCTATGAATGTAAGGAAT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    692 GTGGGGAAGCTTTCATATGTGGTGCAGATCTTAGAGTACATCAGAAAATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114366 GTGGGGAAGCTTTCATATGTGGTGCAGATCTTAGAGTACATCAGAAAATG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    742 CATATTGGTGAGAAGCCCTATGAATGTAAAGAATGTGGGAAGGCTTTTAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114416 CATATTGGTGAGAAGCCCTATGAATGTAAAGAATGTGGGAAGGCTTTTAG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    792 GGTACGAGGACAACTTACTCTGCATCAGAGGATTCATACTGGTGAGAAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114466 GGTACGAGGACAACTTACTCTGCATCAGAGGATTCATACTGGTGAGAAAC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    842 CCTATGTGTGTAAAGAGTGTGGAAAAGCCTTTAGACAGTACGCACACCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114516 CCTATGTGTGTAAAGAGTGTGGAAAAGCCTTTAGACAGTACGCACACCTG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    892 ACTCGGCATCAGAAGCTTAATAGTGCTGACAGGCTCTATGAATGCAAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114566 ACTCGGCATCAGAAGCTTAATAGTGCTGACAGGCTCTATGAATGCAAAGA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    942 ATGTGGGAAGGCCTTTTTGTGTGGCTCTGGTCTTAGAGTACATCACAAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114616 ATGTGGGAAGGCCTTTTTGTGTGGCTCTGGTCTTAGAGTACATCACAAAC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    992 TTCATACTGGTGAGAAACCCTATGAATGTAAGGAATGCGGGAAGGCCTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114666 TTCATACTGGTGAGAAACCCTATGAATGTAAGGAATGCGGGAAGGCCTTT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1042 AGAGTGCGACAACAACTAACACTCCATCAGAGAATTCATACTGGTGAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114716 AGAGTGCGACAACAACTAACACTCCATCAGAGAATTCATACTGGTGAGAA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1092 ACCCTATGAATGTAAGGAATGTGGAAAGACCTTTAGCCGTGGTTATCATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114766 ACCCTATGAATGTAAGGAATGTGGAAAGACCTTTAGCCGTGGTTATCATC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1142 TTATTCTCCATCACAGAATTCATACTGGTGAAAAACCTTACGAATGTAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114816 TTATTCTCCATCACAGAATTCATACTGGTGAAAAACCTTACGAATGTAAG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1192 GAATGCTGGAAAGCCTTTAGTCGCTACTCACAACTTATTTCACATCAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114866 GAATGCTGGAAAGCCTTTAGTCGCTACTCACAACTTATTTCACATCAGAG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1242 TATTCATATTGGTGTTAAGCCCTATGACTGTAAGGAATGCGGGAAGGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114916 TATTCATATTGGTGTTAAGCCCTATGACTGTAAGGAATGCGGGAAGGCCT

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1292 TCAGACTACTTTCACAACTCACACAGCATCAGAGTATTCATATTGGTGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114966 TCAGACTACTTTCACAACTCACACAGCATCAGAGTATTCATATTGGTGAG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1342 AAACCTTATAAATGTAAGGAATGTGGCAAGGCCTTTAGATTGCGCCAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115016 AAACCTTATAAATGTAAGGAATGTGGCAAGGCCTTTAGATTGCGCCAAAA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1392 ACTTACTCTACATCAGAGCATTCATACTGGCGAAAAACCCTTTGAGTGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115066 ACTTACTCTACATCAGAGCATTCATACTGGCGAAAAACCCTTTGAGTGTA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1442 AGGAATGTAGGAAGGCCTTTAGACTTAATTCATCCCTTATTCAACATCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115116 AGGAATGTAGGAAGGCCTTTAGACTTAATTCATCCCTTATTCAACATCTG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1492 AGAATTCATTCTGGTGAGAAACCCTATGAATGTAAGGAATGTAAGAAGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115166 AGAATTCATTCTGGTGAGAAACCCTATGAATGTAAGGAATGTAAGAAGGC

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1542 CTTTAGGCAACATTCACACCTTACTCATCATCTGAAAATTCATAATGTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115216 CTTTAGGCAACATTCACACCTTACTCATCATCTGAAAATTCATAATGTAA

   1600     .
   1592 AAATC
        |||||
 115266 AAATC