seq1 = pF1KA1926.tfa, 1206 bp
seq2 = pF1KA1926/gi568815579r_19157906.tfa (gi568815579r:19157906_19361564), 203659 bp

>pF1KA1926 1206
>gi568815579r:19157906_19361564 (Chr19)

(complement)

1-121  (100000-100119)   99% ->
122-484  (100390-100752)   100% ->
485-817  (102710-103042)   100% ->
818-1206  (103357-103745)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGTGTGCGCTCGGGCGGCCCTCGGTCCCGGCGCGCTCTGGGCCGCGGC
        |-||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100000 A GGTGTGCGCTCGGGCGGCCCTCGGTCCCGGCGCGCTCTGGGCCGCGGC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CTGGGGCGTCCTGCTGCTCACAGCCCCTGCGGGGGCGCAGCGTGGCCGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100049 CTGGGGCGTCCTGCTGCTCACAGCCCCTGCGGGGGCGCAGCGTGGCCGGA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 AGAAGGTCGTGCACGTGCTGG         AGGGTGAGTCGGGCTCGGTA
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 100099 AGAAGGTCGTGCACGTGCTGGGTG...CAGAGGGTGAGTCGGGCTCGGTA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GTGGTACAGACAGCGCCTGGGCAGGTGGTAAGCCACCGTGGTGGCACCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100410 GTGGTACAGACAGCGCCTGGGCAGGTGGTAAGCCACCGTGGTGGCACCAT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CGTCTTGCCCTGCCGCTACCACTATGAGGCAGCCGCCCACGGTCACGACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100460 CGTCTTGCCCTGCCGCTACCACTATGAGGCAGCCGCCCACGGTCACGACG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 GCGTCCGGCTCAAGTGGACAAAGGTGGTGGACCCGCTGGCCTTCACCGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100510 GCGTCCGGCTCAAGTGGACAAAGGTGGTGGACCCGCTGGCCTTCACCGAC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 GTCTTCGTGGCACTAGGCCCCCAGCACCGGGCATTCGGCAGCTACCGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100560 GTCTTCGTGGCACTAGGCCCCCAGCACCGGGCATTCGGCAGCTACCGTGG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 GCGGGCTGAGCTGCAGGGCGACGGGCCTGGGGATGCCTCCCTGGTCCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100610 GCGGGCTGAGCTGCAGGGCGACGGGCCTGGGGATGCCTCCCTGGTCCTCC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 GCAACGTCACGCTGCAAGACTACGGGCGCTATGAGTGCGAAGTCACCAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100660 GCAACGTCACGCTGCAAGACTACGGGCGCTATGAGTGCGAAGTCACCAAT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 GAGCTGGAAGATGACGCTGGCATGGTCAAGCTGGACCTGGAAG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 100710 GAGCTGGAAGATGACGCTGGCATGGTCAAGCTGGACCTGGAAGGTG...C

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    485   GCGTGGTCTTTCCCTACCACCCCCGTGGAGGCCGATACAAGCTGACCT
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102708 AGGCGTGGTCTTTCCCTACCACCCCCGTGGAGGCCGATACAAGCTGACCT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 TCGCGGAGGCGCAGCGCGCGTGCGCCGAGCAGGACGGCATCCTGGCATCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102758 TCGCGGAGGCGCAGCGCGCGTGCGCCGAGCAGGACGGCATCCTGGCATCT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    583 GCAGAACAGCTGCACGCGGCCTGGCGCGACGGCCTGGACTGGTGCAACGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102808 GCAGAACAGCTGCACGCGGCCTGGCGCGACGGCCTGGACTGGTGCAACGC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    633 GGGCTGGTTGCGCGACGGCTCAGTGCAATACCCCGTGAACCGGCCCCGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102858 GGGCTGGTTGCGCGACGGCTCAGTGCAATACCCCGTGAACCGGCCCCGGG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    683 AGCCCTGCGGCGGCCTGGGGGGGACCGGGAGTGCAGGGGGCGGCGGTGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102908 AGCCCTGCGGCGGCCTGGGGGGGACCGGGAGTGCAGGGGGCGGCGGTGAT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    733 GCCAACGGGGGCCTGCGCAACTACGGGTATCGCCATAACGCCGAGGAACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102958 GCCAACGGGGGCCTGCGCAACTACGGGTATCGCCATAACGCCGAGGAACG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    783 CTACGACGCCTTCTGCTTCACGTCCAACCTGCCGG         GGCGCG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 103008 CTACGACGCCTTCTGCTTCACGTCCAACCTGCCGGGTG...CAGGGCGCG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    824 TGTTCTTCCTGAAGCCGCTGCGACCTGTACCCTTCTCCGGAGCTGCGCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103363 TGTTCTTCCTGAAGCCGCTGCGACCTGTACCCTTCTCCGGAGCTGCGCGC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    874 GCGTGTGCTGCGCGTGGCGCGGCCGTGGCCAAGGTGGGGCAGCTGTTCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103413 GCGTGTGCTGCGCGTGGCGCGGCCGTGGCCAAGGTGGGGCAGCTGTTCGC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    924 CGCGTGGAAGCTGCAGCTGCTAGACCGCTGCACCGCGGGTTGGCTGGCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103463 CGCGTGGAAGCTGCAGCTGCTAGACCGCTGCACCGCGGGTTGGCTGGCCG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    974 ATGGCAGTGCGCGCTACCCCATCGTGAACCCGCGAGCGCGCTGCGGAGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103513 ATGGCAGTGCGCGCTACCCCATCGTGAACCCGCGAGCGCGCTGCGGAGGC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1024 CGCAGGCCTGGTGTGCGCAGCCTCGGCTTCCCGGACGCCACCCGACGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103563 CGCAGGCCTGGTGTGCGCAGCCTCGGCTTCCCGGACGCCACCCGACGGCT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1074 CTTCGGCGTCTACTGCTACCGCGCTCCAGGAGCACCGGACCCGGCACCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103613 CTTCGGCGTCTACTGCTACCGCGCTCCAGGAGCACCGGACCCGGCACCTG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1124 GCGGCTGGGGCTGGGGCTGGGCGGGCGGCGGCGGCTGGGCAGGGGGCGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103663 GCGGCTGGGGCTGGGGCTGGGCGGGCGGCGGCGGCTGGGCAGGGGGCGCG

   1200     .    :    .    :    .    :
   1174 CGCGATCCTGCTGCCTGGACCCCTCTGCACGTC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||
 103713 CGCGATCCTGCTGCCTGGACCCCTCTGCACGTC