seq1 = pF1KA1893.tfa, 2394 bp
seq2 = pF1KA1893/gi568815593r_176496743.tfa (gi568815593r:176496743_176699834), 203092 bp

>pF1KA1893 2394
>gi568815593r:176496743_176699834 (Chr5)

(complement)

1-2240  (100001-102241)   99% ->
2241-2394  (102939-103092)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGACACTGCTGAAGACCCGGCCTGGCTCCAGCTGCTTCAAAAGGATTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGACACTGCTGAAGACCCGGCCTGGCTCCAGCTGCTTCAAAAGGATTC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CAGCCCCCCAGGACCCCGACCCACAGCCTTCTTCTGCCCACAGGATGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CAGCCCCCCAGGACCCCGACCCACAGCCTTCTTCTGCCCACAGGATGGGA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GCCTGGGGGCTGGCAGCTCGGCTATGAGGGATTACTGCCCCTCCCAGCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 GCCTGGGGGCTGGCAGCTCGGCTATGAGGGATTACTGCCCCTCCCAGCAA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 AAGGCAAGCCCTGCACCCCCCAGGCACACCCCTGACCAAAGCCCAGGCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 AAGGCAAGCCCTGCACCCCCCAGGCACACCCCTGACCAAAGCCCAGGCAT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 GGAGTCTAGACACAGAAGCCCCAGTGGGGCTGGGGAAGGGGCCTCCTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 GGAGTCTAGACACAGAAGCCCCAGTGGGGCTGGGGAAGGGGCCTCCTGCT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 CTGACGGCCCCAGAGGGAGCCTGGCCTGCCCCTCCCCAACCTGCTTCTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 CTGACGGCCCCAGAGGGAGCCTGGCCTGCCCCTCCCCAACCTGCTTCTCT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 CCCCAGGAGTCACCCTCCAAGGAGACATTGGAGGCACATGGAGCCTCCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 CCCCAGGAGTCACCCTCCAAGGAGACATTGGAGGCACATGGAGCCTCCAT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 CTCAGGGACACCAGAAGCCACCACGTCTGGGAAGCCAGAGCCTGTGTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 CTCAGGGACACCAGAAGCCACCACGTCTGGGAAGCCAGAGCCTGTGTCCT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 CCGTGAAAACTGAGCCCAAATCCTCAGATGACAGAAATCCCATGTTCTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 CCGTGAAAACTGAGCCCAAATCCTCAGATGACAGAAATCCCATGTTCTTA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 GAGAAGATGGATTTCAAGTCCTCAAAGCAGGCCGATTCCACTTCCATAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 GAGAAGATGGATTTCAAGTCCTCAAAGCAGGCCGATTCCACTTCCATAGG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 AAAGGAGGATCCTGGGTCCTCACGGAAGGCAGATCCCATGTTTACAGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 AAAGGAGGATCCTGGGTCCTCACGGAAGGCAGATCCCATGTTTACAGGAA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 AGGCAGAGCCTGAAATCTTGGGAAAGGGGGATCCTGTGGCTCCTGGAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 AGGCAGAGCCTGAAATCTTGGGAAAGGGGGATCCTGTGGCTCCTGGAAGG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 ATGGATCCCATGACTGTAAGAAAGGAAGATCTTGGATCCCTGGGAAAAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 ATGGATCCCATGACTGTAAGAAAGGAAGATCTTGGATCCCTGGGAAAAGT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 AGATCCTTTGTGCTCCAGCAAGACGTATACAGTGTCACCGAGGAAGGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 AGATCCTTTGTGCTCCAGCAAGACGTATACAGTGTCACCGAGGAAGGAGG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 ATCCTGGGTCTTTGAGAAAGGTGGATCCTGTGTCCTCAGACAAAGTGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100701 ATCCTGGGTCTTTGAGAAAGGTGGATCCTGTGTCCTCAGACAAAGTGGAC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 CCTGTATTCCCAAGAAAGGAGGAGCCCAGGTATTCAGGAAAAGAGCATCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100751 CCTGTATTCCCAAGAAAGGAGGAGCCCAGGTATTCAGGAAAAGAGCATCC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    801 TGTGTCCTCAGAAAAGGTCGCTCCTACATCTGCAGAAAAGGTAGATCTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100801 TGTGTCCTCAGAAAAGGTCGCTCCTACATCTGCAGAAAAGGTAGATCTTG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    851 TATTGTCGGGAAAGAGAGATCCTGGGCCCTCGGGAAAGGCAGATCCCGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
 100851 TATTGTCGGGAAAGAGAGATCCTGGGCCCTCGGGAAAGGCAGATCCCATG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    901 CCCTTGGAAAGCATGGATTCTGCGTCCACAGGAAAGACAGAGCCGGGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100901 CCCTTGGAAAGCATGGATTCTGCGTCCACAGGAAAGACAGAGCCGGGGCT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    951 CCTGGGCAAGCTGATTCCAGGCTCATCAGGCAAGAATGGGCCTGTATCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100951 CCTGGGCAAGCTGATTCCAGGCTCATCAGGCAAGAATGGGCCTGTATCCT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1001 CTGGGACCGGGGCTCCTGGGTCCTTGGGAAGGCTGGATCCCACATGCTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101001 CTGGGACCGGGGCTCCTGGGTCCTTGGGAAGGCTGGATCCCACATGCTTG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1051 GGGATGGCAGATCCCGCATCTGTGGGAAATGTAGAAACTGTGCCTGCCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101051 GGGATGGCAGATCCCGCATCTGTGGGAAATGTAGAAACTGTGCCTGCCAC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1101 AAAAGAGGACTCCCGGTTCCTGGGAAAGATGGACCCTGCCTCCTCAGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101101 AAAAGAGGACTCCCGGTTCCTGGGAAAGATGGACCCTGCCTCCTCAGGAG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1151 AGGGGCGTCCTGTGTCTGGCCACACGGATACTACGGCTTCAGCAAAGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101151 AGGGGCGTCCTGTGTCTGGCCACACGGATACTACGGCTTCAGCAAAGACA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1201 GATCTCACATCTTTGAAAAATGTGGATCCCATGTCTTCAGGCAAGGTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101201 GATCTCACATCTTTGAAAAATGTGGATCCCATGTCTTCAGGCAAGGTGGA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1251 TCCAGTTTCTCTGGGAAAGATGGACCCCATGTGCTCAGGAAAGCCAGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101251 TCCAGTTTCTCTGGGAAAGATGGACCCCATGTGCTCAGGAAAGCCAGAGC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1301 TCTTGTCTCCTGGACAGGCAGAGCGTGTGTCTGTGGGAAAGGCAGGAACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101301 TCTTGTCTCCTGGACAGGCAGAGCGTGTGTCTGTGGGAAAGGCAGGAACT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1351 GTATCCCCAGGAAAAGAGGACCCGGTGTCCTCCAGAAGGGAGGACCCCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101351 GTATCCCCAGGAAAAGAGGACCCGGTGTCCTCCAGAAGGGAGGACCCCAT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1401 ATCTGCTGGAAGTAGAAAGACATCATCTGAAAAAGTGAATCCTGAGTCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101401 ATCTGCTGGAAGTAGAAAGACATCATCTGAAAAAGTGAATCCTGAGTCTT

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1451 CAGGAAAGACAAACCCTGTGTCTTCAGGTCCAGGCGATCCCAGGTCCTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101451 CAGGAAAGACAAACCCTGTGTCTTCAGGTCCAGGCGATCCCAGGTCCTTG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1501 GGGACAGCAGGTCCCCCATCTGCAGTAAAGGCTGAGCCAGCGACGGGGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101501 GGGACAGCAGGTCCCCCATCTGCAGTAAAGGCTGAGCCAGCGACGGGGGG

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1551 AAAAGGAGATCCCCTGTCCTCGGAGAAGGCAGGTCTGGTGGCCTCTGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101551 AAAAGGAGATCCCCTGTCCTCGGAGAAGGCAGGTCTGGTGGCCTCTGGAA

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1601 AGGCGGCTCCCACAGCCTCAGGGAAGGCCGAGCCCCTCGCGGTGGGCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101601 AGGCGGCTCCCACAGCCTCAGGGAAGGCCGAGCCCCTCGCGGTGGGCAAG

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1651 GAGGACCCTGTGAGCAAGGGAAAGGCAGACGCTGGCCCCTCTGGACAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101651 GAGGACCCTGTGAGCAAGGGAAAGGCAGACGCTGGCCCCTCTGGACAAGG

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1701 GGACTCTGTGTCTATAGGTAAAGTGGTCTCAACTCCAGGAAAAACAGTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101701 GGACTCTGTGTCTATAGGTAAAGTGGTCTCAACTCCAGGAAAAACAGTCC

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1751 CGGTGCCCTCGGGGAAGGTGGATCCCGTGTCCCTGGGAAAAGCAGAAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101751 CGGTGCCCTCGGGGAAGGTGGATCCCGTGTCCCTGGGAAAAGCAGAAGCT

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1801 ATCCCAGAGGGAAAAGTGGGTTCTCTGCCTCTAGAGAAGGGGAGTCCTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101801 ATCCCAGAGGGAAAAGTGGGTTCTCTGCCTCTAGAGAAGGGGAGTCCTGT

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1851 TACCACCACAAAGGCGGATCCCAGGGCCTCGGGGAAAGCACAGCCGCAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101851 TACCACCACAAAGGCGGATCCCAGGGCCTCGGGGAAAGCACAGCCGCAGT

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1901 CTGGTGGCAAAGCAGAAACAAAGCTCCCTGGGCAAGAGGGCGCTGCAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101901 CTGGTGGCAAAGCAGAAACAAAGCTCCCTGGGCAAGAGGGCGCTGCAGCA

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1951 CCAGGAGAAGCAGGGGCTGTGTGTTTGAAAAAGGAGACACCACAGGCCTC
        ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101951 CCAGGGGAAGCAGGGGCTGTGTGTTTGAAAAAGGAGACACCACAGGCCTC

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2001 AGAGAAGGTGGATCCTGGATCCTGCAGAAAAGCAGAGCCCCTTGCCTCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102001 AGAGAAGGTGGATCCTGGATCCTGCAGAAAAGCAGAGCCCCTTGCCTCAG

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2051 GGAAGGGAGAGCCTGTGTCCCTGGGGAAAGCCGACTCTGCACCTTCCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102051 GGAAGGGAGAGCCTGTGTCCCTGGGGAAAGCCGACTCTGCACCTTCCAGA

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2101 AAAACGGAGTCCCCATCCTTGGGGAAGGTGGTCCCCCTGAGTCTGGAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102101 AAAACGGAGTCCCCATCCTTGGGGAAGGTGGTCCCCCTGAGTCTGGAGAA

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2151 GACCAAGCCGTCCTCCTCCTCCAGGCAGTTAGACCGCAAAGCCCTCGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102151 GACCAAGCCGTCCTCCTCCTCCAGGCAGTTAGACCGCAAAGCCCTCGGCT

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2201 CAGCCCGGTCTCCCGAGGGTGCCAGGGGCAGTGAAGGCCG          
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||->>>...>>>
 102201 CAGCCCGGTCTCCCGAGGGTGCCAGGGGCAGTGAAGGCCGCGTG...CCG

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2241 CCAAGCGTCCGCCCGGCCTGTTCCGCGCGCTGCTGCAGAGTGTGCGCCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102939 CCAAGCGTCCGCCCGGCCTGTTCCGCGCGCTGCTGCAGAGTGTGCGCCGG

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2291 CCGCGGTGCTGCTCGCGGGCGGGACCCACGGCCGAGTGATCTGCCCCCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102989 CCGCGGTGCTGCTCGCGGGCGGGACCCACGGCCGAGTGATCTGCCCCCAT

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2341 TTTGTACGCCCGAGTTTCCGACCTTCTCAGGCTCCCTTCTTGATCACAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103039 TTTGTACGCCCGAGTTTCCGACCTTCTCAGGCTCCCTTCTTGATCACAGG

   2400 
   2391 CCCC
        ||||
 103089 CCCC