seq1 = pF1KA1887.tfa, 3009 bp
seq2 = pF1KA1887/gi568815586f_57424304.tfa (gi568815586f:57424304_57629231), 204928 bp

>pF1KA1887 3009
>gi568815586f:57424304_57629231 (Chr12)

1-113  (100001-100113)   100% ->
114-216  (100417-100519)   100% ->
217-379  (100650-100812)   100% ->
380-1420  (101045-102085)   100% ->
1421-2082  (102263-102924)   100% ->
2083-2236  (103204-103357)   100% ->
2237-2406  (103545-103714)   100% ->
2407-2820  (103844-104257)   100% ->
2821-2873  (104363-104415)   100% ->
2874-2937  (104643-104706)   100% ->
2938-3009  (104857-104928)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAATGGGGGCAATGAGAGCAGTGGAGCAGACAGAGCTGGGGGCCCTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGAATGGGGGCAATGAGAGCAGTGGAGCAGACAGAGCTGGGGGCCCTGT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGCCACATCTGTCCCCATCGGCTGGCAGCGCTGTGTGCGAGAGGGTGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GGCCACATCTGTCCCCATCGGCTGGCAGCGCTGTGTGCGAGAGGGTGCTG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TGCTCTACATCAG         TCCAAGTGGCACAGAGCTGTCTTCCTTG
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TGCTCTACATCAGGTA...CAGTCCAAGTGGCACAGAGCTGTCTTCCTTG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GAGCAAACCCGGAGCTACCTCCTCAGCGATGGGACCTGCAAGTGCGGTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100445 GAGCAAACCCGGAGCTACCTCCTCAGCGATGGGACCTGCAAGTGCGGTCT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GGAGTGTCCACTTAATGTCCCCAAG         GTTTTCAACTTTGACC
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 100495 GGAGTGTCCACTTAATGTCCCCAAGGTC...CAGGTTTTCAACTTTGACC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 CTTTGGCCCCGGTGACCCCGGGTGGGGCTGGGGTGGGGCCAGCATCAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100666 CTTTGGCCCCGGTGACCCCGGGTGGGGCTGGGGTGGGGCCAGCATCAGAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 GAGGACATGACCAAGCTGTGCAACCACCGGCGGAAAGCTGTTGCTATGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100716 GAGGACATGACCAAGCTGTGCAACCACCGGCGGAAAGCTGTTGCTATGGC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 AACTCTGTACCGCAGCATGGAGACCACCTGCTCACACTCTTCTCCTG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 100766 AACTCTGTACCGCAGCATGGAGACCACCTGCTCACACTCTTCTCCTGGTG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    380       GAGAGGGAGCGAGCCCCCAAATGTTCCACACTGTGTCCCCAGGG
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100816 ...CAGGAGAGGGAGCGAGCCCCCAAATGTTCCACACTGTGTCCCCAGGG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 CCCCCCTCTGCCCGCCCTCCCTGTCGAGTTCCTCCTACAACTCCACTTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101089 CCCCCCTCTGCCCGCCCTCCCTGTCGAGTTCCTCCTACAACTCCACTTAA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 TGGGGGTCCTGGCTCCCTTCCCCCAGAACCACCCTCAGTTTCCCAGGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101139 TGGGGGTCCTGGCTCCCTTCCCCCAGAACCACCCTCAGTTTCCCAGGCCT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 TTCCCACTCTAGCAGGCCCTGGGGGGCTTTTCCCCCCAAGGCTTGCTGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101189 TTCCCACTCTAGCAGGCCCTGGGGGGCTTTTCCCCCCAAGGCTTGCTGAC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 CCAGTCCCTTCTGGGGGCAGTAGCAGCCCCCGTTTCCTCCCAAGGGGCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101239 CCAGTCCCTTCTGGGGGCAGTAGCAGCCCCCGTTTCCTCCCAAGGGGCAA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 TGCCCCCTCTCCAGCCCCACCTCCTCCACCTGCTATCAGCCTCAATGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101289 TGCCCCCTCTCCAGCCCCACCTCCTCCACCTGCTATCAGCCTCAATGCTC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    674 CCTCATACAACTGGGGAGCTGCCCTCAGATCCAGCCTGGTGCCCTCTGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101339 CCTCATACAACTGGGGAGCTGCCCTCAGATCCAGCCTGGTGCCCTCTGAC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    724 CTGGGCTCTCCTCCGGCCCCTCATGCCTCCTCCTCACCACCTTCAGACCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101389 CTGGGCTCTCCTCCGGCCCCTCATGCCTCCTCCTCACCACCTTCAGACCC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    774 TCCTCTCTTCCACTGTAGTGATGCCTTAACACCCCCTCCCCTGCCCCCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101439 TCCTCTCTTCCACTGTAGTGATGCCTTAACACCCCCTCCCCTGCCCCCGA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    824 GCAATAATCTCCCCGCCCACCCTGGTCCTGCCTCTCAGCCACCAGTGTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101489 GCAATAATCTCCCCGCCCACCCTGGTCCTGCCTCTCAGCCACCAGTGTCT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    874 TCAGCCACTATGCACCTGCCCCTGGTCCTGGGGCCCCTGGGAGGGGCCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101539 TCAGCCACTATGCACCTGCCCCTGGTCCTGGGGCCCCTGGGAGGGGCCCC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    924 CACGGTGGAGGGGCCTGGGGCACCCCCCTTCCTTGCTAGCAGCCTACTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101589 CACGGTGGAGGGGCCTGGGGCACCCCCCTTCCTTGCTAGCAGCCTACTCT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    974 CTGCAGCGGCCAAGGCACAGCATCCCCCACTACCCCCTCCCAGCACTTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101639 CTGCAGCGGCCAAGGCACAGCATCCCCCACTACCCCCTCCCAGCACTTTA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1024 CAGGGCCGAAGGCCCCGTGCCCAGGCACCCTCAGCTTCCCACTCCTCATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101689 CAGGGCCGAAGGCCCCGTGCCCAGGCACCCTCAGCTTCCCACTCCTCATC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1074 ACTTCGTCCCTCTCAGCGTCGTCCCCGCAGACCCCCTACTGTATTTCGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101739 ACTTCGTCCCTCTCAGCGTCGTCCCCGCAGACCCCCTACTGTATTTCGAT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1124 TGCTAGAAGGGAGAGGCCCTCAAACCCCTAGACGGAGCCGTCCTCGGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101789 TGCTAGAAGGGAGAGGCCCTCAAACCCCTAGACGGAGCCGTCCTCGGGCC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1174 CCTGCTCCTGTCCCCCAACCCTTTTCTCTCCCGGAGCCATCCCAACCAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101839 CCTGCTCCTGTCCCCCAACCCTTTTCTCTCCCGGAGCCATCCCAACCAAT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1224 TCTCCCTTCTGTGCTGTCCCTGCTGGGACTCCCCACCCCTGGCCCTTCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101889 TCTCCCTTCTGTGCTGTCCCTGCTGGGACTCCCCACCCCTGGCCCTTCCC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1274 ACTCTGATGGAAGCTTTAACCTTTTGGGGTCAGATGCACACCTTCCTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101939 ACTCTGATGGAAGCTTTAACCTTTTGGGGTCAGATGCACACCTTCCTCCT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1324 CCCCCAACCCTCTCCTCAGGGAGCCCTCCCCAGCCCAGGCACCCCATCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101989 CCCCCAACCCTCTCCTCAGGGAGCCCTCCCCAGCCCAGGCACCCCATCCA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1374 GCCCTCCCTGCCTGGGACCACCAGTGGCAGCCTCAGCAGTGTGCCAG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 102039 GCCCTCCCTGCCTGGGACCACCAGTGGCAGCCTCAGCAGTGTGCCAGGTA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1421       GTGCCCCTGCCCCACCAGCTGCCTCCAAAGCCCCAGTAGTCCCC
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102089 ...CAGGTGCCCCTGCCCCACCAGCTGCCTCCAAAGCCCCAGTAGTCCCC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1465 AGCCCTGTGCTTCAAAGCCCATCCGAAGGACTGGGGATGGGGGCAGGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102307 AGCCCTGTGCTTCAAAGCCCATCCGAAGGACTGGGGATGGGGGCAGGCCC

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1515 GGCCTGCCCTCTGCCTCCCCTGGCTGGTGGAGAGGCTTTCCCTTTCCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102357 GGCCTGCCCTCTGCCTCCCCTGGCTGGTGGAGAGGCTTTCCCTTTCCCCA

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1565 GCCCTGAGCAGGGCCTGGCACTGAGTGGAGCTGGCTTCCCTGGGATGCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102407 GCCCTGAGCAGGGCCTGGCACTGAGTGGAGCTGGCTTCCCTGGGATGCTT

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1615 GGGGCCTTGCCTCTCCCTCTGAGTCTGGGGCAGCCTCCACCTTCTCCATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102457 GGGGCCTTGCCTCTCCCTCTGAGTCTGGGGCAGCCTCCACCTTCTCCATT

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1665 GCTCAACCACAGTTTATTTGGTGTGCTGACTGGGGGAGGAGGACAACCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102507 GCTCAACCACAGTTTATTTGGTGTGCTGACTGGGGGAGGAGGACAACCTC

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1715 CCCCTGAGCCCCTGCTACCCCCACCAGGAGGACCTGGTCCTCCCCTAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102557 CCCCTGAGCCCCTGCTACCCCCACCAGGAGGACCTGGTCCTCCCCTAGCC

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1765 CCAGGAGAGCCTGAAGGGCCTTCGCTTTTGGTGGCTTCCTTGCTTCCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102607 CCAGGAGAGCCTGAAGGGCCTTCGCTTTTGGTGGCTTCCTTGCTTCCTCC

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1815 ACCACCCTCAGACCTTCTTCCACCTCCTTCAGCACCTCCCAGCAACCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102657 ACCACCCTCAGACCTTCTTCCACCTCCTTCAGCACCTCCCAGCAACCTCC

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1865 TTGCCTCTTTCCTGCCCCTGTTGGCTCTGGGCCCCACAGCTGGGGATGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102707 TTGCCTCTTTCCTGCCCCTGTTGGCTCTGGGCCCCACAGCTGGGGATGGG

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1915 GAGGGATCTGCAGAGGGAGCCGGGGGTCCAAGTGGGGAGCCATTTTCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102757 GAGGGATCTGCAGAGGGAGCCGGGGGTCCAAGTGGGGAGCCATTTTCAGG

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1965 CTTGGGAGACCTGTCCCCCCTACTTTTCCCCCCACTTTCAGCCCCCCCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102807 CTTGGGAGACCTGTCCCCCCTACTTTTCCCCCCACTTTCAGCCCCCCCTA

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2015 CCCTCATAGCTTTAAATTCTGCGCTGCTGGCTGCCACCCTGGATCCCCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102857 CCCTCATAGCTTTAAATTCTGCGCTGCTGGCTGCCACCCTGGATCCCCCC

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2065 TCGGGGACACCCCCCCAG         CCCTGTGTCCTGAGTGCCCCCCA
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 102907 TCGGGGACACCCCCCCAGGTG...TAGCCCTGTGTCCTGAGTGCCCCCCA

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2106 ACCTGGACCACCTACCTCCAGTGTCACCACGGCAACTACTGACCCGGGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103227 ACCTGGACCACCTACCTCCAGTGTCACCACGGCAACTACTGACCCGGGGG

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2156 CCTCCTCTCTGGGCAAGGCCCCCTCCAACTCAGGGAGACCCCCCCAACTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103277 CCTCCTCTCTGGGCAAGGCCCCCTCCAACTCAGGGAGACCCCCCCAACTC

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2206 CTTAGCCCTCTGCTGGGTGCCAGCCTGCTGG         GTGACCTGTC
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 103327 CTTAGCCCTCTGCTGGGTGCCAGCCTGCTGGGTG...CAGGTGACCTGTC

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2247 TTCACTGACCAGCAGCCCTGGAGCCCTCCCCAGCCTGTTGCAGCCTCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103555 TTCACTGACCAGCAGCCCTGGAGCCCTCCCCAGCCTGTTGCAGCCTCCTG

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2297 GCCCTCTTCTCTCTGGCCAGTTGGGGCTGCAGCTCCTCCCTGGGGGGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103605 GCCCTCTTCTCTCTGGCCAGTTGGGGCTGCAGCTCCTCCCTGGGGGGGGA

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2347 GCTCCTCCACCCCTCTCAGAGGCTTCTAGTCCCCTAGCCTGCCTGCTACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103655 GCTCCTCCACCCCTCTCAGAGGCTTCTAGTCCCCTAGCCTGCCTGCTACA

   2450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2397 GAGTCTCCAG         ATCCCTCCAGAGCAGCCAGAAGCCCCCTGTC
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 103705 GAGTCTCCAGGTG...CAGATCCCTCCAGAGCAGCCAGAAGCCCCCTGTC

   2500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2438 TACCCCCCGAGAGCCCTGCCTCAGCCCTCGAACCAGAGCCTGCCAGGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103875 TACCCCCCGAGAGCCCTGCCTCAGCCCTCGAACCAGAGCCTGCCAGGCCT

   2550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2488 CCCCTCAGTGCCTTAGCCCCACCCCATGGTTCTCCCGACCCCCCAGTCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103925 CCCCTCAGTGCCTTAGCCCCACCCCATGGTTCTCCCGACCCCCCAGTCCC

   2600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2538 TGAGCTGCTCACTGGGAGGGGGTCAGGGAAACGGGGCCGGAGGGGAGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103975 TGAGCTGCTCACTGGGAGGGGGTCAGGGAAACGGGGCCGGAGGGGAGGAG

   2650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2588 GGGGACTTAGGGGCATTAATGGTGAGGCCAGGCCAGCCCGGGGCCGAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104025 GGGGACTTAGGGGCATTAATGGTGAGGCCAGGCCAGCCCGGGGCCGAAAG

   2700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2638 CCTGGCAGCCGGCGGGAGCCTGGCCGACTGGCCCTCAAATGGGGGACACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104075 CCTGGCAGCCGGCGGGAGCCTGGCCGACTGGCCCTCAAATGGGGGACACG

   2750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2688 TGGTGGCTTCAATGGACAAATGGAAAGGTCCCCAAGAAGAACCCACCATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104125 TGGTGGCTTCAATGGACAAATGGAAAGGTCCCCAAGAAGAACCCACCATT

   2800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2738 GGCAGCATAATGGGGAGCTGGCTGAAGGGGGTGCTGAGCCCAAGGATCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104175 GGCAGCATAATGGGGAGCTGGCTGAAGGGGGTGCTGAGCCCAAGGATCCA

   2850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2788 CCCCCTCCCGGGCCCCATTCTGAGGACCTTAAG         GTGCCCCC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 104225 CCCCCTCCCGGGCCCCATTCTGAGGACCTTAAGGTG...CAGGTGCCCCC

   2900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2829 GGGAGTAGTCAGAAAGTCTCGTCGTGGCCGTAGGAGAAAATACAA     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 104371 GGGAGTAGTCAGAAAGTCTCGTCGTGGCCGTAGGAGAAAATACAAGTG..

   2950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2874     CCCTACCCGGAACAGCAATAGCTCCCGCCAGGACATTACCTTGGAA
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104421 .CAGCCCTACCCGGAACAGCAATAGCTCCCGCCAGGACATTACCTTGGAA

   3000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2920 CCCAGCCCTACAGCCCGA         GCAGCTGTCCCTCTGCCTCCCCG
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 104689 CCCAGCCCTACAGCCCGAGTA...TAGGCAGCTGTCCCTCTGCCTCCCCG

   3050     .    :    .    :    .    :    .    :    .
   2961 GGCCCGCCCTGGCCGTCCTGCCAAAAACAAGAGGAGGAAACTGGCCCCA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104880 GGCCCGCCCTGGCCGTCCTGCCAAAAACAAGAGGAGGAAACTGGCCCCA