seq1 = pF1KA1880.tfa, 1836 bp
seq2 = pF1KA1880/gi568815592r_38074988.tfa (gi568815592r:38074988_38698094), 623107 bp

>pF1KA1880 1836
>gi568815592r:38074988_38698094 (Chr6)

(complement)

1-185  (100001-100185)   100% ->
186-549  (103768-104131)   100% ->
550-814  (105255-105519)   100% ->
815-1034  (117658-117877)   100% ->
1035-1154  (120376-120495)   100% ->
1155-1264  (353002-353111)   100% ->
1265-1454  (409634-409823)   100% ->
1455-1562  (441579-441686)   100% ->
1563-1641  (505498-505576)   100% ->
1642-1836  (522913-523107)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAGTAACAGCCACCCTCTTCGCCCCTTTACTGCAGTGGGGGAAATTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGAGTAACAGCCACCCTCTTCGCCCCTTTACTGCAGTGGGGGAAATTGA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TCATGTGCACATTTTGTCTGAACATATTGGTGCCTTGTTGATTGGGGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TCATGTGCACATTTTGTCTGAACATATTGGTGCCTTGTTGATTGGGGAAG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 AATATGGCGACGTCACATTCGTGGTGGAAAAGAAACGTTTTCCTGCCCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 AATATGGCGACGTCACATTCGTGGTGGAAAAGAAACGTTTTCCTGCCCAC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 AGGGTAATTTTAGCAGCCAGGTGCCAATATTTTCG         AGCATT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 100151 AGGGTAATTTTAGCAGCCAGGTGCCAATATTTTCGGTA...CAGAGCATT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 ATTATATGGTGGAATGCGAGAGTCTCAGCCTGAAGCAGAAATTCCTCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103774 ATTATATGGTGGAATGCGAGAGTCTCAGCCTGAAGCAGAAATTCCTCTCC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 AAGACACCACTGCAGAAGCATTCACAATGCTACTCAAATATATCTACACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103824 AAGACACCACTGCAGAAGCATTCACAATGCTACTCAAATATATCTACACT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 GGGCGGGCAACGCTGACAGATGAGAAGGAGGAGGTGCTGCTGGACTTTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103874 GGGCGGGCAACGCTGACAGATGAGAAGGAGGAGGTGCTGCTGGACTTTTT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 GAGCCTGGCTCATAAATATGGATTTCCAGAGCTAGAGGATTCTACCTCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103924 GAGCCTGGCTCATAAATATGGATTTCCAGAGCTAGAGGATTCTACCTCTG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 AGTATCTCTGCACCATACTTAACATTCAGAATGTCTGCATGACTTTTGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103974 AGTATCTCTGCACCATACTTAACATTCAGAATGTCTGCATGACTTTTGAT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 GTTGCCAGTCTCTACTCACTTCCCAAGTTAACTTGTATGTGCTGCATGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104024 GTTGCCAGTCTCTACTCACTTCCCAAGTTAACTTGTATGTGCTGCATGTT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 TATGGATAGGAATGCTCAGGAAGTCCTCTCAAGTGAAGGTTTCCTCTCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104074 TATGGATAGGAATGCTCAGGAAGTCCTCTCAAGTGAAGGTTTCCTCTCCC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    542 TTTCTAAG         ACAGCACTTTTAAACATCGTGTTAAGAGACTCA
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 104124 TTTCTAAGGTG...CAGACAGCACTTTTAAACATCGTGTTAAGAGACTCA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    583 TTTGCAGCTCCCGAAAAAGATATTTTCCTAGCCTTATTAAACTGGTGTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105288 TTTGCAGCTCCCGAAAAAGATATTTTCCTAGCCTTATTAAACTGGTGTAA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    633 GCACAATTCAAAGGAGAATCATGCTGAAATCATGCAGGCTGTGCGTTTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105338 GCACAATTCAAAGGAGAATCATGCTGAAATCATGCAGGCTGTGCGTTTAC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    683 CTCTCATGAGCCTCACAGAGCTTCTGAATGTTGTGAGGCCTTCAGGACTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105388 CTCTCATGAGCCTCACAGAGCTTCTGAATGTTGTGAGGCCTTCAGGACTG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    733 CTGTCTCCTGATGCCATCCTGGATGCCATTAAAGTGCGATCTGAGAGCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105438 CTGTCTCCTGATGCCATCCTGGATGCCATTAAAGTGCGATCTGAGAGCCG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    783 GGATATGGACCTCAATTATAGAGGCATGCTCA         TACCAGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 105488 GGATATGGACCTCAATTATAGAGGCATGCTCAGTA...TAGTACCAGAAG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    824 AAAACATTGCAACTATGAAGTATGGAGCCCAAGTTGTAAAGGGGGAGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117667 AAAACATTGCAACTATGAAGTATGGAGCCCAAGTTGTAAAGGGGGAGCTG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    874 AAATCAGCCTTATTAGATGGTGATACTCAAAATTATGATTTGGATCATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117717 AAATCAGCCTTATTAGATGGTGATACTCAAAATTATGATTTGGATCATGG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    924 ATTTTCAAGGCACCCAATTGATGATGACTGCCGTTCCGGCATCGAGATTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117767 ATTTTCAAGGCACCCAATTGATGATGACTGCCGTTCCGGCATCGAGATTA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    974 AGCTAGGTCAGCCATCCATTATCAATCACATACGGATACTCTTGTGGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117817 AGCTAGGTCAGCCATCCATTATCAATCACATACGGATACTCTTGTGGGAC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1024 CGAGATAGCCG         GTCTTACTCATACTTCATTGAAGTGTCAAT
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 117867 CGAGATAGCCGGTA...CAGGTCTTACTCATACTTCATTGAAGTGTCAAT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1065 GGATGAACTTGATTGGGTCAGAGTGATAGATCATTCACAATATCTGTGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120406 GGATGAACTTGATTGGGTCAGAGTGATAGATCATTCACAATATCTGTGTC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1115 GTTCTTGGCAGAAATTATATTTTCCAGCCCGTGTCTGCAG         G
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 120456 GTTCTTGGCAGAAATTATATTTTCCAGCCCGTGTCTGCAGGTT...CAGG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1156 TATATTCGAATTGTTGGGACTCACAACACAGTGAACAAGATTTTTCACAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 353003 TATATTCGAATTGTTGGGACTCACAACACAGTGAACAAGATTTTTCACAT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1206 TGTGGCTTTTGAATGTATGTTTACAAACAAAACCTTCACTCTTGAGAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 353053 TGTGGCTTTTGAATGTATGTTTACAAACAAAACCTTCACTCTTGAGAAGG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1256 GGCTGATAG         TTCCCATGGAGAATGTTGCAACAATTGCTGAT
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 353103 GGCTGATAGGTA...CAGTTCCCATGGAGAATGTTGCAACAATTGCTGAT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1297 TGTGCCAGTGTGATTGAAGGAGTCAGTCGGAGCCGAAATGCCTTGCTGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 409666 TGTGCCAGTGTGATTGAAGGAGTCAGTCGGAGCCGAAATGCCTTGCTGAA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1347 TGGGGACACTAAGAATTATGACTGGGATTCTGGCTACACATGTCACCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 409716 TGGGGACACTAAGAATTATGACTGGGATTCTGGCTACACATGTCACCAGC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1397 TAGGAAGTGGTGCGATTGTGGTTCAGTTGGCACAACCGTACATGATTGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 409766 TAGGAAGTGGTGCGATTGTGGTTCAGTTGGCACAACCGTACATGATTGGG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1447 TCAATACG         GTTACTACTTTGGGATTGTGATGATCGAAGCTA
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 409816 TCAATACGGTA...CAGGTTACTACTTTGGGATTGTGATGATCGAAGCTA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1488 TAGCTACTACGTTGAGGTTTCTACCAACCAGCAACAGTGGACCATGGTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 441612 TAGCTACTACGTTGAGGTTTCTACCAACCAGCAACAGTGGACCATGGTTG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1538 CTGACAGAACTAAAGTCTCCTGCAA         GTCCTGGCAGTCAGTA
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 441662 CTGACAGAACTAAAGTCTCCTGCAAGTA...CAGGTCCTGGCAGTCAGTA

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1579 ACTTTTGAAAGGCAGCCTGCCTCCTTCATCCGTATCGTTGGGACACACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 505514 ACTTTTGAAAGGCAGCCTGCCTCCTTCATCCGTATCGTTGGGACACACAA

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1629 CACAGCAAATGAG         GTGTTCCACTGTGTCCACTTTGAGTGTC
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 505564 CACAGCAAATGAGGTA...CAGGTGTTCCACTGTGTCCACTTTGAGTGTC

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1670 CAGAGCAGCAGAGCAGCCAGAAGGAGGAAAATAGTGAGGAATCGGGGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 522941 CAGAGCAGCAGAGCAGCCAGAAGGAGGAAAATAGTGAGGAATCGGGGACA

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1720 GGGGACACCAGCCTGGCCGGTCAGCAGCTCGACTCCCATGCGCTGCGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 522991 GGGGACACCAGCCTGGCCGGTCAGCAGCTCGACTCCCATGCGCTGCGGGC

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1770 GCCTAGTGGCAGCTCACTACCCTCCAGCCCAGGCTCCAACTCACGCTCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 523041 GCCTAGTGGCAGCTCACTACCCTCCAGCCCAGGCTCCAACTCACGCTCCC

   1900     .    :    .
   1820 CCAACCGGCAGCACCAA
        |||||||||||||||||
 523091 CCAACCGGCAGCACCAA