seq1 = pF1KA1878.tfa, 1317 bp
seq2 = pF1KA1878/gi568815587r_75505807.tfa (gi568815587r:75505807_75768369), 262563 bp

>pF1KA1878 1317
>gi568815587r:75505807_75768369 (Chr11)

(complement)

1-905  (100001-100905)   99% ->
906-1119  (160048-160261)   100% ->
1120-1317  (162366-162563)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCGTGGCCGTGCATCACGAGGGCCTGCTGCATCGCCCGCTTCTGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCGTGGCCGTGCATCACGAGGGCCTGCTGCATCGCCCGCTTCTGGAA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CCAGTTGGACAAAGCGGACATCGCTGTGCCGCTGGTTTTCACCAAGTACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CCAGTTGGACAAAGCGGACATCGCTGTGCCGCTGGTTTTCACCAAGTACT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CGGAGGCCACCGAGCACCCGGGCGCCCCGCCGCAGCCACCGCCGCCGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CGGAGGCCACCGAGCACCCGGGCGCCCCGCCGCAGCCACCGCCGCCGCAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CAGCAGGCGCAGCCGGCGCTCGCGCCCCCCTCGGCGCGCGCGGTTGCCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 CAGCAGGCGCAGCCGGCGCTCGCGCCCCCCTCGGCGCGCGCGGTTGCCAT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 AGAGACGCAGCCAGCCCAGGGCGAGTTGGATGCAGTTGCCCGGGCAACGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 AGAGACGCAGCCAGCCCAGGGCGAGTTGGATGCAGTTGCCCGGGCAACGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 GGCCAGCGCCTGGGCCTACCGGCGAGCGCGAGCCGGCGGCGGGCCCCGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 GGCCAGCGCCTGGGCCTACCGGCGAGCGCGAGCCGGCGGCGGGCCCCGGC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 CGGAGCGGGCCGGGCCCGGGCCTGGGCTCCGGCTCCACCTCCGGCCCCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 CGGAGCGGGCCGGGCCCGGGCCTGGGCTCCGGCTCCACCTCCGGCCCCGC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 GGACTCGGTGATGCGGCAGGATTACCGAGCCTGGAAGGTGCAGCGGCCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 GGACTCGGTGATGCGGCAGGATTACCGAGCCTGGAAGGTGCAGCGGCCCG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 AGCCCAGCTGCCGGCCGCGCAGCGAATACCAGCCCTCCGACGCTCCCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 AGCCCAGCTGCCGGCCGCGCAGCGAATACCAGCCCTCCGACGCTCCCTTC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 GAGCGCGAGACCCAGTACCAGAAGGACTTCCGCGCCTGGCCGCTGCCGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 GAGCGCGAGACCCAGTACCAGAAGGACTTCCGCGCCTGGCCGCTGCCGCG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 CCGCGGGGACCACCCGTGGATCCCCAAGCCCGTGCAGATCTCTGCGGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 CCGCGGGGACCACCCGTGGATCCCCAAGCCCGTGCAGATCTCTGCGGCCT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 CCCAGGCGTCGGCGCCCATTCTCGGGGCGCCCAAGCGCCGGCCGCAGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 CCCAGGCGTCGGCGCCCATTCTCGGGGCGCCCAAGCGCCGGCCGCAGAGC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 CAGGAGCGCTGGCCAGTGCAGGCCGCCGCTGAGGCCCGGGAGCAGGAGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 CAGGAGCGCTGGCCAGTGCAGGCCGCCGCTGAGGCCCGGGAGCAGGAGGC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 GGCCCCCGGCGGAGCGGGTGGCCTGGCGGCCGGAAAGGCGTCCGGGGCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 GGCCCCCGGCGGAGCGGGTGGCCTGGCGGCCGGAAAGGCGTCCGGGGCGG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 ACGAGCGCGACACGCGCAGGAAGGCCGGGCCTGCCTGGATGGTGCGCCGC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
 100701 ACGAGCGCGACACGCGCAGGAAGGCCGGGCCTGCCTGGATTGTGCGCCGC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 GCCGAGGGCCTGGGGCACGAGCAGACGCCGCTGCCCGCGGCCCAGGCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100751 GCCGAGGGCCTGGGGCACGAGCAGACGCCGCTGCCCGCGGCCCAGGCCCA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    801 GGTCCAGGCCACCGGCCCCGAGGCTGGCAGGGGGCGCGCCGCGGCGGACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100801 GGTCCAGGCCACCGGCCCCGAGGCTGGCAGGGGGCGCGCCGCGGCGGACG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    851 CCCTCAACCGGCAAATCCGCGAGGAGGTGGCGAGTGCAGTGAGCAGCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100851 CCCTCAACCGGCAAATCCGCGAGGAGGTGGCGAGTGCAGTGAGCAGCTCC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    901 TACAG         GAATGAATTCAGGGCATGGACGGACATCAAGCCTGT
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100901 TACAGGTG...CAGGAATGAATTCAGGGCATGGACGGACATCAAGCCTGT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    942 GAAACCAATAAAGGCCAAGCCCCAGTACAAGCCCCCAGATGATAAGATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 160084 GAAACCAATAAAGGCCAAGCCCCAGTACAAGCCCCCAGATGATAAGATGG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    992 TTCATGAGACCAGCTACAGTGCTCAGTTCAAAGGAGAGGCCAGCAAGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 160134 TTCATGAGACCAGCTACAGTGCTCAGTTCAAAGGAGAGGCCAGCAAGCCA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1042 ACAACAGCTGACAATAAGGTCATTGATCGCAGAAGAATACGCAGCCTCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 160184 ACAACAGCTGACAATAAGGTCATTGATCGCAGAAGAATACGCAGCCTCTA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1092 CAGCGAACCCTTCAAGGAACCCCCAAAG         GTGGAAAAACCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 160234 CAGCGAACCCTTCAAGGAACCCCCAAAGGTG...CAGGTGGAAAAACCTA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1133 GTGTTCAGAGTTCCAAACCAAAAAAGACCTCAGCGAGCCATAAGCCCACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 162379 GTGTTCAGAGTTCCAAACCAAAAAAGACCTCAGCGAGCCATAAGCCCACG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1183 AGGAAGGCCAAAGACAAGCAGGCGGTGTCAGGCCAGGCTGCCAAGAAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 162429 AGGAAGGCCAAAGACAAGCAGGCGGTGTCAGGCCAGGCTGCCAAGAAAAA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1233 GAGCGCGGAGGGCCCGAGTACCACCAAGCCAGACGACAAGGAGCAAAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 162479 GAGCGCGGAGGGCCCGAGTACCACCAAGCCAGACGACAAGGAGCAAAGCA

   1300     .    :    .    :    .    :    .
   1283 AAGAGATGAACAATAAACTGGCTGAGGCGAAAGAG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||
 162529 AAGAGATGAACAATAAACTGGCTGAGGCGAAAGAG